청구법인이 근거로 제시한 매입거래명세 내역을 부외 매출원가로 인정할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2010.9.1. 개업하여 OOO에서 젓갈류 및 절임반찬 도․소매업을 영위하는 법인으로, 2011사업연도부터 2013사업연도까지(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 매출금액 합계 OOO원OOO으로 법인세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점사업연도 기간 동안 작성하여 보관 중이던 OOO건(전표번호 기준)의 거래명세표(이하 “쟁점거래명세표”라 한다)를 확인한 후 이를 기준으로 매출누락액 OOO원, 매입원가 누락액 OOO원으로 각 산정한 후 처분청에 통보한바, 처분청은 2014.10.13. 청구법인에게 쟁점사업연도분 법인세 OOO원과 쟁점사업연도에 해당하는 과세기간분의 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였고, 청구법인의 대표자에게 OOO원(부가가치세 예수금 포함)을 상여처분하고 소득금액변동통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 대해 쟁점거래명세표에는 오류․착오 등의 금액이 포함되어 있다는 주장으로 2014.11.12. 이의신청을 제기하여 재조사 결정을 받았고, 조사청이 청구법인에 대해 재조사를 실시한 결과, 쟁점사업연도 기간 동안의 당초 매출누락액에서 OOO원OOO을 차감 및 당초 매입원가에서 OOO원OOO을 추가로 산입하여, 타 조사내용을 포함한 결의내용을 처분청에 통보하였다.
• 라. 이에 따라 처분청은 2015.6.3. 청구법인에게 당초 결정․고지한 세액에서 쟁점사업연도분 법인세 합계 OOO원OOO과 2011년 제1기부터 2013년 제2기 과세기간까지 부가가치세 합계 OOO원OOO을 감액 처분하고, 청구법인의 대표자 OOO에게 당초 2011년∼2013년 귀속소득금액변동통지한 금액에서 OOO원OOO으로 감액하여 통지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 2015.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인에서 엑셀파일로 작성한 전산자료(이하 “쟁점전산자료”라 한다)를 근거로 조사청이 매출누락금액을 확정한 것과 마찬가지로 같은 전산자료의 OOO원(이하 “쟁점매출원가”라 한다)의 매출원가도 인정하여야 하고, 상여처분금액도 이에 따라 차감조정하여야 한다. 즉, 당초 조사청에서는 쟁점전산자료를 과세근거로 하여 매출금액을 결정하고 매출누락금액을 산정하였듯이, 매입금액도 쟁점전산자료에 매입으로 기록되어 있는 OOO원OOO으로 결정하여야 할 것이나, 조사청은 단지 거래상대방 실체가 확인되지 않는다는 사유로 쟁점매출원가OOO를 제외한 OOO원OOO으로 결정한바, 쟁점매출원가에 해당하는 품목과 수량에 대하여 매출액 계산시에는 매출금액으로 익금산입하고 매출원가 계산시에는 손금에 산입하지 않는 모순된 결정을 한 것이다. (2) 쟁점매출원가에 해당하는 매입처는 OOO 및 OOO의 좌판 할머니에서부터 OOO 소재 수입업체까지 다양하고, 매출처는 주로 영세 반찬가게 등으로 구성되어 있어 거래명세서와 계산서 발급 및 수취를 소홀히 취급한 측면도 있다. 청구법인의 구매담당 직원 OOO이 부둣가 배에서 직접 인수한 새우젓이나 영세사업자로부터 매입한 젓갈은 계산서나 거래명세서를 수취하지 못하였으므로 매입거래처를 “OOO식품”으로 수록하였던 것이고, 매입대금은 구매담당 직원인 OOO을 통하여 거의 현금으로 지급하여 금융자료를 제시 못하였던 것이다. 청구법인이 작성한 거래명세서는 수동으로 작성한 거래명세서가 아니라 쟁점전산자료와 연계되어 있어 전산으로 출력된 거래명세서이다. 조사청에서 매출․매입, 수금․지불 내역이 상세하게 입력되어 있는 쟁점전산자료가 내부적으로 사업상 관리를 위하여 작성·보관하였던 전산자료라고 하므로 조사청에서도 쟁점전산자료를 인정하였다. 따라서, 거래명세서 실물의 유무에 따라 실지거래여부를 판단하는 것은 타당하지 않다. 또한, 조사관청에서 작성한 “이의신청 재조사 조사종결 보고서(보충조서)”에 첨부된 “거래명세표에 대한 검토내역”에 의하면 쟁점사업연도의 매출명세표 OOO원, 순매출액 OOO원, 매입원가 OOO원, 순매입액 OOO원, 매출이익 OOO원 등 상세하게 기재되어 있는바 이러한 내용은 청구법인의 원시전산자료와 그대로 일치하고 있다. (3) 물량 흐름상 쟁점매출원가는 청구법인의 매출원가로 추인하여야 한다. 조사청이 과세근거로 제시하는 거래명세서 총액을 보면, 쟁점사업연도 중 순매출금액 OOO원OOO과 순매입 금액 OOO원OOO으로 나타나고 있으며, 이를 근거로 순매출금액을 OOO원OOO으로 결정하였으므로 이에 대응하는 매출원가 수량도 OOO개로 결정하여야 함에도 조사관청에서는 매출원가 수량을 OOO개OOO로 결정하였다. 최근 심판례OOO에서도 매출에 대응하는 매입원가를 인정하고 있는 실정이다.

(4) 과세권자의 과세에 필요한 입증책임은 과세권자가 지는 것이고 그 정당성도 과세권자가 확보하여야 할 것인데도, 조사청은 청구법인의 확인은 물론 거래상대방의 확인 등의 사실관계를 전혀 하지 아니하였으므로 조사청의 매출누락 금액 산정 등의 조사내용은 부당하다고 보아야 한다. 기존 선결정례OOO에서와 같이 매입하지도 않은 상품을 매출한다는 것은 불가한 일이므로 쟁점전산자료에 기록되어 있는 쟁점매출원가는 청구법인의 매출원가로 인정하여야 할 것이다.

(5) 쟁점매출원가에 대해 상여처분금액에서도 제외하여야 한다. 조사청에서 쟁점매출원가에 대해 매출원가로 인정하지 아니하고 사외유출된 것으로 보아 상여로 처분하였으나, 선결정례OOO에서와 같이 청구법인이 별도의 부외자금을 보유하고 있지 아니하고 있어 매출누락액에 대응하는 쟁점매출원가를 청구법인이 별도의 부외자금으로 지급한 것으로 볼 수 없으므로 쟁점매출원가 상당액은 청구법인의 매출액에서 지출되었다고 보는 것이 합리적이라 하겠다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 반찬젓갈류 도매업을 영위하면서 동종 업계에서 큰 비중을 차지하고 있음에도 불구하고 전국적으로 매출누락, 가공매출, 무자료매입 등을 일삼아 시장거래질서 및 세법질서를 위반한 것으로 밝혀졌다. 납세의무자가 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증으로 비용의 존재와 금액을 확정하여야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 손금산입의 대상이 되는 별도의 비용은 없는 것으로 보아야 한다OOO. 청구법인에 대한 조사 당시 청구법인의 사업장에는 조사대상 과세기간 중 거래한 거래명세서가 모두 보관되어 있었으므로, 조사청은 이를 확보하여 과세근거로 삼았던 것이다. 즉, 조사청은 수동으로 작성되어 보관중이던 거래명세서를 처분근거로 삼은 것이지 청구주장과 같이 전산자료를 근거로 처분한 사실이 없다. 이와 같이 조사청이 직접 입력한 거래명세서 내역에 대해 도매업종, 낮은 원가율 등을 감안하여 부외원가 존재를 예상하고 청구법인에게 소명요구하였으나, 소명자료를 제출이 없자, 조사청은 거래처 상호 또는 사업자번호가 기재되어 있지 않은 수동거래명세서에 대해 직접 실지조사하여 거래처의 인적사항을 파악한 뒤 이를 근거로 부외원가를 인정한바 있다. 그러나, 청구법인은 이 건 심판청구시 청구법인의 사업상 관리를 위하여 임의로 거래처명을 ‘OOO식품’으로 기재한 후 내부적으로 보관하였다는 내부전산자료를 제시하면서, 당해 전산자료를 분석한 결과 매출과 매입의 수량차이가 명확히 확인된다거나 도소매업종으로서 매출이익율이 높은 것으로 분석된다고 하여, 이를 청구법인의 매출누락에 대응하는 매출원가로 인정하여야 한다고 주장하고 있는바, 청구법인이 제시한 내부전산자료를 구체적으로 살펴보면, 당해 매입거래건에 대해서는 거래상대방과 주고받은 거래명세서 실물이 존재하지 않고, 인적사항 등 거래상대방의 실체가 확인되지 않으며, 거래내역을 뒷받침하는 금융거래내역 또한 존재하지 않으므로 이를 부외원가 근거로 인정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 만일, 청구법인이 부외원가를 인정받기 위해서는 무엇보다 매입거래상대방의 존재 및 거래상대방의 매출신고 여부를 확인하는 절차를 반드시 거쳐야 하므로 거래처의 인적사항, 거래근거, 금융증빙 등을 구체적으로 제시함으로써 정상적이고 성실한 사업자와의 형평성 및 세법질서를 고려하여야 할 것이다.

• 가. 쟁점 청구법인이 근거로 제시한 매입거래명세 내역을 부외 매출원가로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점사업연도 기간 중 신고 수입금액과 매출원가 내역은 다음 <표1>과 같다. <표1> 신고 수입금액 및 매출원가 (단위: 백만원, %) ◯◯◯

(2) 조사청의 조사경위 및 과세근거는 다음과 같다. (가) 조사청은 당초 청구법인에 대한 세무조사시 예치에 의한 세무조사를 실시하였고, 이 과정에서 청구법인의 전산자료(엑셀파일)상 매출․매입거래명세서를 확보하여 조사한 것으로 나타난다. (나) 조사청이 청구법인에 대해 2014.7.10.부터 2014.9.25.까지 실시한 당초 세무조사의 결과, 쟁점사업연도의 법인세 경정․결정결의서상 조사금액은 다음 <표2>와 같다. <표2> 당초 조사시 수입금액 및 매출원가 경정내역 (단위: 백만원, %) ◯◯◯ (다) 조사청은 위 조사내용 및 다른 조사내용에 대해 처분청에 법인세 등 부과처분할 것을 통보하였고, 처분청은 2014.10.13. 청구법인에게 쟁점사업연도분 법인세 OOO원과 쟁점사업연도에 해당하는 과세기간분의 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였으며, 청구법인의 대표자에게 OOO원(부가가치세 예수금 포함, 이하 같음)을 상여처분 및 소득금액변동통지한바, 청구법인은 이에 이의신청을 제기하여 재조사로 결정받았다. (라) 이에 조사청이 2015.2.11.부터 2015.5.1.까지 실시한 재조사 결과, 쟁점사업연도 법인세 경정․결정결의서상 재조사금액은 다음 <표3>과 같다. <표3> 재조사시 수입금액 및 매출원가 경정내역 (단위: 백만원, %) ◯◯◯ (마) 쟁점사업연도 청구법인의 수입금액 조사내용 및 과세근거는 다음 <표4>와 같으며, 당해 금액에 대해서는 청구법인과 조사청 간 이견이 없는 것으로 나타난다. <표4> 수입금액 과세근거 (단위: 백만원) ◯◯◯ (바) 쟁점사업연도 청구법인의 매출원가 조사내용 및 과세근거는 다음 <표5>와 같다. <표5> 매출원가 과세근거 (단위: 백만원) ◯◯◯ (사) 한편, 조사청의 이의신청 재조사 조사종결보고서(보충조서) 붙임1의 거래명세표에 대한 검토내역에 따르면, 세무조사시 확보한 청구법인의 쟁점사업연도 기간동안의 거래명세표 분석내용이 기재되어 있는바, 그 내용은 다음 <표6>과 같다. <표6> 예치조사시 확보한 거래명세표 분석내용 (단위: 백만원) ◯◯◯ (아) 조사청은 재조사내용 등을 포함하여 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2015.6.3. 청구법인에게 쟁점사업연도분 법인세 합계 OOO원과 2011년 제1기부터 2013년 2기 과세기간까지 부가가치세 합계 OOO원을 감액 처분하고, 청구법인의 대표자 OOO에게 당초 2011년∼2013년 귀속 소득금액변동통지한 금액에서 OOO원으로 감액하여 통지하였다.

(3) 청구법인의 주장 및 제시증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점전산자료에 입력되어 있는 수금․지불 전산자료와 매출․매입 전산자료를 보관하고 있으며, 이에 대한 집계표를 제출하였다. (나) 쟁점사업연도기간 동안의 청구법인의 법인계좌상 금융자료와 매출액․매출원가를 비교한 내용을 제출하였다. (다) 청구법인에 대한 재조사결과, 쟁점사업연도기간 동안의 청구법인에게 적용된 매출총이익율(120%)은 동종업계의 매출총이익율(108～109%)보다 2배 이상 많고, 청구법인에게 적용된 소득율은 13.9%로 동종 업계 평균 2.5%(국세청 홈택스 법인세 신고 안내자료 참조)보다 5배 이상 높다는 주장이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 과세관청이 실지조사방법에 의하여 납세의무자의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하는 경우에 있어, 과세관청에 의하여 인정되지 아니한 매출원가 등이 존재한다면 이는 납세의무자가 주장․입증하여야 하는 바OOO, 청구법인의 경우 OOO식품으로 기재된 쟁점전산자료 파일만을 제시할 뿐, 해당 거래명세서 실물이 존재하지 않는 점, 매출금액에 대응하는 매출원가임을 객관적으로 입증할 수 있는 세금계산서, 계산서, 거래 관련 계약서, 거래대금 지급 영수증, 상대방의 거래사실 확인서 등의 증거자료를 일체 제출하지 못하고 있는 점, 거래상대방과 거래실체가 명확하지 않는 이상 쟁점매출원가에 대해 전산파일이 있다는 사실만으로 이를 인정할 수 없는 점 등에 비추어 매입거래명세 내역을 청구법인의 부외 매출원가로 인정하기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 국세기본법 제16조 [근거과세] ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.(이하 생략)

(2) 법인세법 제14조[각 사업연도의 소득] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다. 제19조[손금의 범위] ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제66조[결정 및 경정] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출·매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아 신고 내용이 불성실하다고 판단되는 경우(이하 각 목 생략)

자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제159조 에 따른 사업보고서 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제8조에 따른 감사보고서를 제출할 때 수익 또는 자산을 과다 계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 그 내국법인, 그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조의2 에 따라 경정을 청구한 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제67조[소득 처분] 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령 제19조 [손비의 범위] 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)