[요지] 쟁점토지의 양도일 현재 그 주소지가 도농 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역에 해당하지 않고, 쟁점토지는 주거지역으로 편입되어 양도일 현재 3년 이상이 지나 자경농지 감면대상에서 제외되는 것으로 판단되며, 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하나 일부 면적이 사권제한으로 재산세가 감면된 것으로 확인되므로 해당 면적에 대하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
[요지] 쟁점토지의 양도일 현재 그 주소지가 도농 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역에 해당하지 않고, 쟁점토지는 주거지역으로 편입되어 양도일 현재 3년 이상이 지나 자경농지 감면대상에서 제외되는 것으로 판단되며, 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하나 일부 면적이 사권제한으로 재산세가 감면된 것으로 확인되므로 해당 면적에 대하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
[주 문] OOO장이2015.2.5.청구인에게 한2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 양도한 토지 중 사권제한으로 재산세를 감면받은 부분이 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 쟁점①·②토지가 양도 당시 주거지역 편입일인 1997.10.30.로부터 3년이 경과하였다는 이유로 자경 감면을 부인하였으나, 쟁점①·②토지는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 괄호 부분에서 규정한 “도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역”에 소재하여 감면대상에서 제외되지 않고, 그 밖에 청구인이 제출한 인우보증서 등에 의하여 쟁점①·②토지의 자경사실이 확인되므로 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
(2) 처분청은 쟁점①·②토지 양도일로부터 6년이 지나 세무조사를 실시하여 자경 여부를 판단하기 어렵다는 점을 인정하면서도, 쟁점①·②토지 관련 재산세 및 종합부동산세 과세 내역만을 토대로 비사업용 토지의 기간기준을 적용하여 과세하였는바, 실제 자경 여부를 판단하지 아니하고 쟁점①·②토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다. 또한, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 제한된 토지’는 그 제한된 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보도록 규정하고 있는바, 이 건 양도 당시 쟁점①토지 면적 중 약 OOO는 용인시 시세 감면 조례의 사권제한토지에 대한 재산세 감면(제18조)을 받은 토지로서 비사업용 토지로 보기 어려우므로 쟁점①토지 전부를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다.
(1) 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호에서 자경 감면의 예외사유로 “양도일 현재 시(도농복합형태의 시의 읍·면 지역은 제외한다)에 있는 농지중 주거지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지”를 규정하고 있는바, 쟁점①·②토지는 1997.10.30. 주거지역으로 편입되어 양도일 현재 편입된 날부터 3년이 지난 것은 역수상 명백하고, 쟁점①·②토지의 행정구역 명칭이 2005.10.31.까지 “OOO”이었던 것은 사실이나, 이후 행정구역 개편으로 인하여 쟁점①·②토지의 양도 당시에는 행정구역 명칭이 “OOO동”으로 변경되어 면 지역에 해당하지 않게 되었으므로 쟁점①·②토지가 감면대상에서 제외되는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분에는 잘못이 없다. 또한, 청구인은 쟁점①·②토지 자경의 근거로 인우보증서만을 제출하였는바, 인우보증서만으로 쟁점①·②토지의 자경을 인정하기 어려운 점, 청구인은 고소득의 부동산 중개업 및 임대업을 영위하는 사업자로서 쟁점①·②토지를 자경하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 자경 감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분에는 잘못이 없다.
(2) 쟁점①·②토지는 소득세법령상 비사업용 토지의 기간기준 요건을 충족하고, 소득세법 제104조의3 제1항은 비사업용 토지를 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지”라고 규정하고 있는바, 설령 청구인이 쟁점①·②토지를 자경하였다 하더라도, 다시 말해 같은 항 제1호에 해당하지 아니한다 하더라도 쟁점①·②토지가 제4호에서 규정한 바와 같이 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상에 해당하지 않는다면 쟁점①·②토지를 비사업용 토지로 보는 것이 타당하다. 또한, 쟁점①토지 중 일부가 사권제한으로 재산세 감면을 받은 것은 사실이나, 그 감면근거는 지방세법등 관련 법률에 의한 감면이 아닌 조례에 의한 감면으로서 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 소정의 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’에 해당한다고 보기 어렵다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점①·②토지가 8년 이상 자경농지에 해당하는지 여부
② 쟁점①·②토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부
(1) 조세특례제한법 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략)대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략)
(2) 조세특례제한법 시행령 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시·광역시(괄호 생략) 또는 시[지방자치법 제3조 제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다]에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지.(단서 생략)
(3) 소득세법 제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
(4) 소득세법 시행령 제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
(5) 소득세법 시행규칙 제83조의5[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등]①영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음각호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.
12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간
(6) 용인시 시세 감면 조례 제18조[사권제한토지에 대한 감면]① 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제13호의 규정에 의한 공공시설용 토지로서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조 및 제32조의 규정에 의하여 도시관리계획결정 및 도시관리계획에 관한 지형도면이 고시된 토지와 철도안전법 제45조의 규정에 의하여 건축 등이 제한된 토지의 경우 그 해당부분에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다.
② 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제7호의 규정에 의한 도시계획시설로서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제32조 규정에 의하여 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기간 미 집행된 토지·지상 건축물 및 주택(그 해당 부분에 한한다)에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감하고, 도시계획세를 면제한다.
(1) 쟁점①과 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다. (가) OOO이 발급한 ‘주거지역 편입일 회신서’(2013.12.26.)에 의하면 쟁점①·②토지가 1997.10.30. 주거지역으로 편입된 것으로 확인되고, 인근토지인 OOO 지상 건물 등기사항전부증명서에 의하면 2005.10.31.에 행정구역 명칭이 ‘OOO’으로 변경(구 주소: OOO)된 것으로 확인된다. (나) 청구인은 쟁점①·②토지를 양도일까지 자경하였다는 내용의 인우보증서 55매를 제출하였다.
(2) 쟁점②와 관련하여 제출된 증빙은 다음과 같다. (가) 조사청의 부동산투기조사 복명서(2014년 11월)에는 “자경 여부 판단이 어려워 재산세 과세내역 및 종합부동산세 과세 내역을 기준으로 비사업용 토지 여부 기간기준을 적용하여 검토한바, 아래와 같이 비사업용 토지에 해당함”이라고 기재되어 있고, 그 검토내용은 아래와 같다. (나) OOO이 발급한 ‘쟁점①·②토지에 대한 재산세 부과내역 확인요청 회신서’(2013.11.27.)에는 쟁점①토지 면적 중 약 OOO는 2006년부터 2008년까지 사권제한으로 인하여 재산세가 감면된 것으로 확인되나, 쟁점①토지 취득일이 속한 1997년부터 2002년까지는 기록물 보존기관경과로 그 감면 여부 등이 확인되지 않는 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점①·②토지가 속한 주소지의 행정구역 명칭이 2005.10.31. ‘OOO’으로 변경되어 쟁점①·②토지의 양도일 현재 그 주소지가 도농 복합형태의 시의 읍·면 지역에 해당하지 않는 것으로 보이고, 쟁점①·②토지의 소재지는 1997.10.30. 주거지역으로 편입되어 양도일 현재 3년 이상이 지나 쟁점①·②토지는 자경농지 감면대상에서 제외되는 것으로 보일 뿐 아니라, 청구인이 제출한 인우보증서 등만으로 청구인의 자경 사실이 확인되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점①·②토지에 대한 자경농지 감면을 부인하고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 의하면, 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로 대통령령이 정하는 기간 동안 지방세법상 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 아닌 ‘종합합산과세대상’이 되는 것은 비사업용 토지에 해당하는바, 처분청의 기간기준 계산내역 등에 비추어 쟁점①·②토지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당하는 것으로 판단된다. 다만, 소득세법 제104조의3 제2항 및 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 제한된 토지’를 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있고, 기흥구청장의 회신서에 의하면 쟁점①토지 면적 중 약 OOO가 2006년부터 2008년까지 사권제한으로 재산세가 감면된 것으로 확인되며, 용인시 시세 감면 조례 제18조에 의하면 동 조항은 재산세 감면의 근거규정일 뿐 토지의 사용제한은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 등에 따른 것으로 보이는바, 쟁점①토지 중 일부OOO가 청구인의 쟁점토지 취득일 이후 사권제한된 것인지 등 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.