특수관계자에게 임차료 과다지급한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용함은 정당

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008.9.1. 청구법인의 이사장인 손OOO이 OOO을 출연하여 설립된 공익의료법인으로, 2008.8.31. 손OOO 소유의 OOO 및 쟁점토지 소재 지상 3층의 주차장 건물 7,165.93㎡ 중 5,315㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, “쟁점토지”와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 보증금 OOO 및 월 임대료 OOO에 임차하였다.
• 나. OOO국세청장은 청구법인의 법인세통합조사 결과, 2010～2013사업연도에 걸쳐 청구법인의 특수관계자인 송OOO에게 쟁점부동산에 대하여 지급한 임차료 OOO(이하 “쟁점임차료”라 한다)이 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 의 적정임차료 보다 과다하게 산정되어 지급된 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 2015.5.14. 이에 따라 쟁점임차료와 처분청이 산정한 적정임차료의 차액을 손금불산입하여 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO, 2011사업연도 법인세 OOO, 2012사업연도 법인세 OOO, 및 2013사업연도 법인세 OOO을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 손OOO이 2008.9.1.자로 기본재산 OOO을 출연하여 설립된 OOO으로서, 손OOO이 기본재산을 청구법인에게 출연할 당시 쟁점부동산 중 쟁점토지의 명의 문제로 출연받지 못하여 부득이 이 건 임대차계약을 체결한 것이고, 쟁점임차료는 쟁점부동산 관련 필요적 고정비에 근거하여 산출하였고 국토교통부가 발표한 상가건물 소득수익률과 비교하여도 현저히 낮게 책정된 것인바 경제적 합리성을 갖추고 있다. 또한 법인세법제52조는 부당행위계산부인의 요건으로 조세의 부담을 부당히 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 적용된다고 규정하고 있으나, 쟁점임차료의 지급으로 인하여 청구법인의 법인세 감소액보다 특수관계자이자 경제적 동일체인 손OOO의 종합소득세의 증가액이 큰 점을 볼 때 조세의 부담을 부당히 감소시키기 위해 쟁점임차료를 과다하게 계상하였다고 보기 어려운바, 처분청이 쟁점임차료를 부인하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점임차료는 필요적 고정비에 근거하여 산출한 것으로 적정한 임차료로 보아야 한다는 주장이나, 청구법인이 특수관계자인 손OOO으로부터 쟁점부동산을 임차하고 임차료를 지급하는 경우 시가는 법인세법제89조 제1항, 제2항 및 제4항의 규정을 순차적으로 적용하여 산정하는 것이고, 쟁점부동산은 의료기관의 주차장으로 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 존재하지 아니하여 법인세법제89조 제1항 및 제2항을 적용할 수 없으므로, 동법 제4항에 따라 산정한 적정 임차료와 쟁점임차료의 차액을 손금불산입하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 특수관계자에게 지급한 임차료가 법인세법 시행령 제89조 제4항 의 시가를 초과한 것으로 보아 시가 초과액을 손금불산입하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다) 을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2015.5.14. 이에 따라 쟁점임차료와 처분청이 산정한 적정임차료의 차액을 손금불산입하여 청구법인에게 다음 <표1>과 같이 2010사업연도 법인세 OOO, 2011사업연도 법인세 OOO, 2012사업연도 법인세 OOO, 및 2013사업연도 법인세 OOO을 각 경정·고지한 사실이 법인세 경정결의서에 나타난다.

(2) 처분청이 제출한 법인사업자 조사종결 보고서를 보면, 2008년도 감정평가액을 기준으로 쟁점부동산의 시가를 산정하고, 다음 <표2>와 같이 적정임차료를 산정한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점임대료가 경제적 합리성을 바탕으로 적정하게 산정되었다고 주장하며, 이에 대한 근거로 쟁점부동산 고정비용 내역, 설립발기인 회의록, 쟁점부동산 임대차계약서, 국토교통부 발행 보도자료 등을 제출하였다. (가) 쟁점부동산과 관련한 고정비용 내역은 다음 <표3>과 같다. (나) 국토교통부가 상업용 빌딩에 대한 투자정보를 위해 매년 분기별로 상가건물을 오피스와 매장용으로 구분하여 투자수익율을 발표하는 보도자료에 의하면, 2009년 현재 매장용 건물의 연간 평균 소득 수익률이 4.56%, 오피스용 건물의 연간 평균 소득 수익률이 4.84%로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임차료가 필요적 고정비에 근거하여 산출한 것으로 적정하다고 주장하나, 쟁점부동산은 의료시설 주차장으로 인근에 유사한 임대 사례가 없는 점, 국토교통부가 발표한 자료는 특별․광역시 등 7대 대도시를 대상으로 상가․오피스텔 건물의 수익률을 평균하여 발표하 는 것으로 이를 주차장 건물인 쟁점부동산의 적정임대료 산정의 기준으로 보기는 어려운 점,법인세법제52조는 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 부당행위계산부인을 하는 것으로 규정되어 있을 뿐 법인과 특수관계인을 통산하여 조세회피목적을 판단한다고 규정되어 있지 아니하는 점, 기타 청구법인이 처분청이 산정한 적정임대료를 대신할 만한 시가를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 법인세법 시행령 제89조 제4항 에 따라 산정한 적정 임차료와 쟁점임차료의 차액을 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.