쟁점금액이 영세율 적용대상인지 여부

[주 문] OOO세무서장이 OOO 청구법인에게 한 2014년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014년 제2기 부가가치세 과세기간 중 영세율 적용 공급금액(OOO원)과 구매확인서의 신고금액(OOO원)에 차이(OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)가 발생함에도 영세율 적용대상 공급금액 OOO원 전부에 대하여 영세율을 적용하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은쟁점금액을 구매확인서에 의하지 아니한 매출로 보아 영세율 적용을 배제하고 OOO 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO 주식회사, OOO 주식회사, OOO 주식회사, OOO 주식회사 등(이하 “OOO”이라 한다)에게 OOO을 제조하여 납품하는 업체로서, 업계의 특성상 청구법인이 재화를 공급하고 세금계산서를 발행하는 것이 아니라 OOO등이 이를 발행하고 있으며, 대기업과의 지속적인 거래관계를 유지해야 하는 청구법인 입장에서 이러한 관행에 대하여 이의제기를 할 수 없는 실정이다. 청구법인의 2014년 제2기 부가가치세 신고서상영세율 세금계산서의 금액과 구매확인서의 금액이 차이가 나는 이유는 관세환급금과 단가정산으로 인한 결과이며, 부가가치세법상으로는 영세율수정세금계산서를 발행했어야 하지만 OOO등이 세금계산서를 발행하는 구조이기 때문에 청구법인이 영세율수정세금계산서를 발행할 수 없는 실정이었다. 청구법인이 쟁점금액에 대하여 영세율수정세금계산서를 발행하지 아니하고 일반 영세율매출세금계산서를 발행하였다고 하더라도 관세환급금과 단가정산으로 인한 금액이라는 사실은 OOO등의 홈페이지에서 관세정산 화면 등으로 확인되므로 쟁점금액에 대하여 영세율을 적용하고 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점금액이 영세율 매출이라는 객관적인 입증서류의 제출이 없는 점, 역발행 세금계산서가 업계관행이라 하더라도 청구법인이 영세율수정세금계산서를 발행하여야 함에도 이를 발행하지 아니한 것에 대한 면책사유는 될 수 없는 점, 청구법인은 과세 매출과 영세율 매출이 혼재되어 있는 법인이고, 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점금액이 당초 구매확인서의 공급가액 변동으로 발생한 것인지 명확하지 않은 점 등에 비추어 구매확인서와 영세율매출세금계산서에 서로 차이가 나는 쟁점금액을 영세율 매출로 볼 수 없으므로 쟁점금액을 일반 매출로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점금액이 영세율 적용대상인지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점금액이 구매확인서를 초과한 금액이지만 관세환급금 및 단가 등이 일부 정산된 것이므로 영세율적용대상이라고 주장하며, 아래의 자료를 제출하였다. (가) OOO등에 납품하는 업체들의 확인서OOO에는, 청구법인이 주장하는 업계관행이 사실이라는 내용이 기재되어 있다. (나) 청구법인은 OOO 등 사이트의 전자세금계산서 시스템상 관세환급 및 단가정산 내역, 구매확인서 등의 자료를 제출하였으며, 이를 정리하여 쟁점금액을 산출한 내역을 아래 <표>와 같이 제출하였다. <표> 쟁점금액 산출내역 (다) 청구법인이 제출한 구매확인서, OOO등의 전자세금계산서 시스템 화면에 나타나는 관세 및 단가정산 자료, 청구법인이 이를 정리하여 제출한 내역을 보면 구매확인서와 전자세금계산서의 물품이 일치하는 것으로 나타나며, 관세환급 및 단가정산자료를 보면 수백건의 각 물품별로 관세환급 및 단가 차이가 일일이 기재되어 있는바, 각 물품별 정산금액은 수백원에서 수만원이고, 금액은 증액되는 경우도 있고 감액되는 경우도 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액이 구매확인서의 공급가액 변동액인지 불분명하다는 등의 이유로 영세율 적용을 배제하였으나, 청구법인이 제출한 구매확인서, OOO등의 전자세금계산서 시스템 화면에 나타나는 관세 및 단가정산 자료 등에 의하면 쟁점금액은 구매확인서상 물품의 공급가액이 관세환급 및 단가정산으로 인해 일부 변동되어 발생한 것으로 보이는 점, 관세환급 및 단가의 정산으로 인해 그 공급가액의 일부가 변동된 경우에 이는 대가의 일부이므로 영세율 적용대상으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 쟁점금액에 대하여 영세율 적용을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법(2015.1.1. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것) 제21조[재화의 수출] ① 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다.

② 제1항에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 내국물품(대한민국 선박에 의하여 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

2. 중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것으로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것 3.기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 재화[금지금(金地金)은 제외한다]를 공급하는 것등으로서 대통령령으로 정하는 것 제32조[세금계산서 등] ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다. 제56조[영세율 첨부서류의 제출] ① 제21조부터 제24조까지의 규정에 따라 영세율이 적용되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 제48조 제1항ㆍ제4항 및 제49조에 따라 예정신고 및 확정신고를 할 때 예정신고서 및 확정신고서에 수출실적명세서 등 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 제출하여야 한다.

② 제1항에 따른 서류를 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제48조 제1항ㆍ제4항 및 제49조에 따른 예정신고 및 확정신고로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따른 서류의 작성과 제출 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 부가가치세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것) 제31조[수출의 범위] ② 법 제21조 제2항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 재화를 말한다.

1. 사업자가 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다) 제70조[수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차] ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급 3.계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일은 처음 세금계산서 작성일을 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 덧붙여 적어 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 음(陰)의 표시를 하여 작성하고 발급