[요지] 쟁점토지는 쟁점지장물과 별개의 자산으로 구분하여 매매계약을 하고 잔금을 지급받아 양도한 사실이 나타나는 점, 매수법인도 쟁점토지를 ＊＊년에 취득한 것으로 장부에 계상한 사실이 나타나는 점, 조사청의 기존 세무조사에서 쟁점토지의 양도시기(잔금청산일)를 ＊＊로 보고 농지면적에 대해 농지대토에 따른 양도소득세 비과세요건을 충족한 것으로 조사된 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 ＊＊로 보아 농지면적에 대하여 농지대토에 따른 양도소득세 비과세적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이OOO 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세OOO원의 부과처분은OOO및 같은 동 OOO 양도한 것으로 보아 농지대토에 따른 양도소득세 비과세 적용대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구인은 OOO필지의 토지 17,395㎡및 지장물(이하 “전체부동산”이라 한다)을 OOO주식회사(이하 “OOO”라고 한다)와 OOO원에 다음 <표1>과 같이 필지 및 자산별로 나누어 매매계약을 체결하면서 같은 동 OOO필지의 토지 9,983㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 OOO을 잔금일로 하고, 이 중 농지 8,556㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)에 대하여 농지대토에 따른 양도소득세 비과세로, 나머지 1,427㎡는양도소득세 과세대상으로 하여 OOO양도소득세를 기한 후 신고·납부하고, 전체부동산 중 쟁점토지를제외한 나머지 토지(이하 “기타토지”라 한다)는 잔금일을 OOO 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였으며, 같은 동OOO 및 지장물(이하 “쟁점지장물”이라 한다)은 무신고하였다. <표1>
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인과 OOO는 매매계약서 작성시 당초에는 모두 농지이므로 토지와 지장물만을 구분하여 작성하려 하였으나, 농지대토에 따른 양도소득세 비과세를 적용받을 수 있는 농지와 받을 수 없는 토지로 구분하여 3종류의 계약서를 작성하였다.
① OOO필지 9,983㎡를 OOO원(평당 OOO원)에 양도(잔금일 OOO)하는 계약서를 작성하였고, ② OOO필지 6,627㎡를 OOO원(평당 OOO원)에 양도(잔금일 OOO)하는 계약서를 작성하였으며, ③ OOO필지 지상의 지장물에 대하여 OOO원(평당 OOO원)에 양도(잔금일 OOO)하는 계약서를 작성하였다. 그러나, 계약서를 작성한 후 바로 OOO 농지대토 비과세가 소멸된다는 세법 개정사실을 알게 되어 ①번 계약서의 잔금일을 OOO로 하고 일시불 지급조건으로 계약서를 다시 작성하였고, 실제로 OOO 일시불로 OOO원을 수령한 후 동일자에 OOO원을 OOO에 빌려주고(금전소비대차약정, 이자율 연 OOO) 동 이자에 대한 이자소득은 원천징수 및 소득세 신고를 이행하였으며, 이에 대하여는 조사청의 세무조사에서도 확인된 내용이다. 그리고, 계약서 작성 후 OOO 임야 758㎡ 및 같은 동 OOO 신고누락된 사실이 발견되어 OOO원(평당 OOO원)에 양도하는 계약서를 작성하였다. 위 모든 계약서를 작성한 후 OOO측에서 계약내용 및 대금집행에 대한 사실을 명확히 한다고 계약서 1매에 모든 내용을 축약하여 작성한 후 본인에게 서명할 것을 요구함에 따라 총금액에 변동이 없음을 확인하고 서명날인한 후 동계약서를 공증하였다.
(2) 처분청은 쟁점지장물의 대가인 쟁점금액을 쟁점토지의 양도대가로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였으나, (가) 민법은 토지와 그 위의 지장물을 각각 별개의 부동산으로 다루고 있고, 토지와 건물은 서로 독립적으로 거래대상이 될 수 있는 것이며, 민법제283조 및 제643조에서 ‘지상권이 소멸한 경우에 건물 기타 공작물이나 수목이 현존한 때에는 지상권자는 계약의 변경을 청구할 수 있는데, 지상권 설정자가 계약의 변경을 원하지 아니하는 때에는 지상권자가 상당한 가액으로 그 공작물이나 수목의 매수를 청구할 수 있는 지장물매수청구권을 규정하고 있고, 건물 기타 공작물의 소유 또는 식목, 채염 및 목축을 목적으로 한 토지임대차의 기간이 만료한 경우에 건물, 수목 기타 지장물이 현존한 때에는 임차인이 지장물의 매수를 청구할 수 있는 임차인의 지장물매수청구권을 규정’하고 있다. 즉, ‘지장물매수청구권’이란 타인의 토지에 지장물(건물 공작물 수목)을 소유하기 위하여 그 토지를 용익(用益)하다가 그 기간이 만료하거나 기타 사유로 용익권이 소멸한 경우에 지주 또는 용익권자가 그 지장물의 매수를 청구할 수 있는 권리 를 의미하는 것으로서, 그 지장물을 용익권자가 수거(收去)하여 원상회복하는 것이 원칙이나, 국민경제상 손실이 되는 경우가 있기 때문에 이를 방지하기 위하여 민법이 특별히 규정하고 있는 제도이다. 이 매수청구권은 형성권(形成權)이므로 청구권자의 청구가 있으면 정당한 이유가 없는 한, 상대방의 승낙을 요하지 않고 즉시 매매계약이 성립된 것과 같은 법률효과가 생기며, 지상권 및 임대차의 경우에 인정되는 규정이다. (나) 쟁점금액은 청구인과 OOO 간에 쟁점지장물의 대가로 계약한 금액으로서 쟁점토지 등 위에 산재한 비닐하우스, 주택, 무허가건물 및 농작물(청구인 및 세입자 소유)등에 대한 보상금과 세입자 퇴거를 청구인이 책임지는 조건으로 지급받은 금액이므로, 민법상 임차인이 지장물매수청구권을 행사할 경우 지장물 대가로 지급받은 것으로 토지가액으로 지급받은 금액이 아니다. (다) 청구인은 OOO와의 계약조건에 의하여 모든 세입자와의 계약을 해지하고 쟁점토지 지상의 건축물 및 지장물 등을 말소하려 하였고 쉽게 정리될 것으로 예상하였으나, OOO 외 2명 및 OOO 등은 쟁점토지 지상에 그들 소유의 건물을 갖고 있는 자로서 토지임대계약을 해지하였음에도 불구하고 보상금 등을 과다하게 수령할 목적으로 철거에 응하지 않고 있으며, 세입자 OOO경부터 월세도 전혀 지급하지 아니하고 현재까지 이주를 거부하고 있는 실정이다. 특히, OOO 외 2명 및 OOO은 당초에는 본인 가구만 거주를 하였으나 현재는 보상금을 많이 받을 목적으로 일가 친척 등의 주민등록을 옮겨와서 가구수를 많이 늘려 놓았다. 사업시행자인 OOO가 부도난 이후에는 청구인과 세입자는 보상금에 대한 추가 협의 없이 현재까지 답보상태로 있으나, 세입자들은 청구인에게 시설비 및 이사비용을 포함한 보상금을 부당하게 많이 청구할 것으로 예상되고, OOO는 쟁점토지 위의 지장물과 세입자들을 청구인이 정리하는 조건으로 쟁점금액을 지급한 것이므로, 쟁점금액은 지장물대가이지 토지가액이 아니다.
(3) 특수관계가 없는 당사자 간의 계약내용은 탈세 등 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 한다. 대법원 판례(92누1155 판결 1992.12.8. 선고)에 의하면, ‘법률관계의 형성이 탈세를 위한 것이거나 그 밖에 위법·부당한 목적을 위한 것이 아닌 이상 당사자들이 선택한 법률관계를 무시하고 이와 다른 법률관계로 의제하는 것은 옳다고 할 수 없으며, 원래 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것이다’라고 판시하고 있는바, 청구인과 OOO는 특수관계인이 아니고 대등한 지위에서 양 당사자 간에 토지대가와 지상권대가로 구분하여 매매계약을 하고 계약내용대로 대금을 수수한 계약내용을 처분청이 아무런 이유 없이 부인하는 것은 납득하기 어려우므로 쟁점금액은 지장물의 매매대가로 보는 것이 타당하다.
(4) 쟁점토지의 양도당시 인근 토지의 매매거래가액은 평당 OOO원에서 OOO원으로서, 쟁점토지 평당 양도가액(OOO원)은 매매거래가액과 유사하므로 쟁점토지 양도가액은 평당 OOO원으로 보는 것이 타당하며, OOO도 2005사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 취득일을 OOO로, 취득가액을 OOO원(평당 OOO원)으로 하여 장부상 자산으로 계상한 사실을 조사청에서 실시한 청구인에 대한 세무조사OOO에서도 확인한바 있다. 따라서, 쟁점토지의 양도가액은 평당 OOO원이고, 지장물대가로 영수한 평당 OOO원은 쟁점토지의 양도가액이 아니고 지장물매수청구권을 행사할 경우에 청구인이 지장물 점유자와 세입자들을 정리하기 위하여 수령한 금액으로서 쟁점토지의 양도가액이 아니다.
(5) 쟁점지장물의 대가(OOO원)가 적정한 가액인지 여부는 별론으로 하더라도 지장물대가를 토지의 대가로 볼 수 없다. 처분청은 쟁점금액을 토지의 매매대가로 보아 이 건 양도소득세를 부과처분하였으나, 쟁점토지상에 다수의 지장물이 존재하고 있고 청구인과 OOO가 지장물의 매매가액을 쟁점금액으로 산정한 것은 특수관계 없는 제3자 간의 합의에 의하여 이루어진 계약으로 지장물이 실제 있음에도 불구하고 이를 부인하여 토지의 매매로 보는 것은 부당하며, 관련 법령에 의하여 토지가 수용되는 경우 지장물은 별도의 가치를 산정하여 토지와 별개로 보상하는 것이 일반적인 경우이므로 쟁점지장물에 대한 계약 자체는 별개의 계약이고, 세법을 적용함에 있어 지장물의 시가가 적정한지 여부는 쟁점토지의 양도와는 별개의 문제라 할 것이다. 오히려, 청구인의 입장에서는 토지가액을 평당 OOO원으로 받았다면 농지대토에 따른 양도소득세 비과세가 더 많아져 세금부담이 줄어들 수 있었을 것이다. 왜냐하면 청구인은 OOO에 쟁점토지의 대가로 받은 OOO원 중 OOO원을 OOO에 대여하였는데 청구인이 지장물대가 OOO원을 토지가액으로 하여 더 받고 그 만큼 양수자에게 대여하였다면 평당 OOO원 전액에 대하여 농지대토에 따른 양도소득세 비과세적용을 받을 수 있었을 것이다. 설령, OOO로부터 OOO원 밖에 받을 수 없다면 그만큼 토지를 분할하여 잔금을 청산하면 되는 것이고, 일반적인 납세자라면 누구나 받을 수 있는 비과세 적용을 받은 것으로 사실관계를 왜곡하여 비과세 적용을 받은 것이 아니다.
(6) 조사청에서 청구인에 대한 2차례의 세무조사에서도 쟁점토지의 양도일자를 잔금청산된 OOO로 보고 농지면적은 농지대토에 따른 양도소득세 비과세로 보아 청구인에게 과세하지 않았으며, 처분청에서는 청구인의 수정신고내용을 신고시인하여 쟁점토지에 대한 양도소득세를 추가로 부과하지 않았다. 그럼에도 국세청 감사지적으로 갑자기 2006년에 받은 지장물 대금 중 일부를 쟁점토지의 잔금으로 보아 농지대토에 따른 양도소득세 비과세적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 경정·고지하였는데 그 중 가산세만OOO원을 부과하였는바, 청구인은 양도소득세를 회피하기 위해 계약서를 조작하거나 사실관계를 다르게 진술한 사실이 없고, 처음부터 내야 할 세금이라면 당연히 납부해야 하나, 지장물 대가를 거래가 완료된 비과세 농지의 잔금이라 하여 가산세와 함께 부담해야 하는 것은 평생 농사만 짓고 성실하게 살아온 청구인으로서는 참으로 감당하기 어렵다.
(1) 청구인은 쟁점금액을 쟁점토지 위에 현존하는 지장물에 대한 대가이지 쟁점토지의 가액이 아니라고 주장하나, 기타토지에 대한 부동산매매계약서 제7조에서 토지에 대한 잔금을 지급할 경우 지장물의 소유권도 자동적으로 이전되는 것으로 되어 있으므로 토지상에 있는 건축물은 매매대상이 아닌 본래의 토지매매계약에 종속된 것으로 보아야 한다. 그리고, 청구인은 OOO와의 계약내용에 따라 세입자를 퇴거시킬 의무는 있으나, 법률상 세입자의 이주비를 지급할 의무는 없고, 이주비를 지급할 의무가 있다 하더라도 잔금일까지 퇴거시키지 못할 경우 OOO원을 예치하도록 하고 있어 지장물 매매대금 OOO원과는 비교할 수 없는 금액이며, 지장물에 대한 매매계약서 제4조 내지 제12조에서 기타토지의 양도조건과 계약내용이 완전히 동일하여 형식만 지장물 매매계약으로 작성되었을 뿐 실제는 토지양도와 구분되지 않는다.
(2) 청구인은 대대로 전체부동산 인근에서 살아왔고, 20여년을 공무원으로 재직하다가 OOO으로 퇴직한 자로서 전체부동산 인근에서는 영향력이 있는 자로 보이고, 전체부동산은 당시 OOO가 예정하는 사업대상부지 중 가장 넓은 토지로서 전체부동산을 제외하면 사업이 불가능하여 OOO의 입장에서는 전체부동산을 프리미엄을 주고서라도 매입하려 했을 것이며, 청구인도 OOO 제출한 진술서에서 “동네 이웃 몇몇 사람은 우리가 팔면 판다고 핑계를 대고, 오히려 우리 때문에못 팔아서 자식도 주고 쓰고 싶은 사람은 원망을 들으며 양측에서 시달리고 진퇴양난 되기에 부득이 양도할 수 밖에 없었습니다. 지주들 중 가장 넓은 토지이므로 다른 사람보다 돈을 더 주고 받은 것도 사실입니다”라고 진술하여 이러한 사실을 인정하고 있다. 청구인 주장대로 쟁점금액(OOO원)이 쟁점토지상에 산재한 비닐하우스, 주택, 무허가건물 및 농작물 등에 대한 보상금과 세입자 퇴거를 책임지는 조건으로 지급된 것이라면 청구인은 대가로 받은 OOO원 내에서 세입자 등에게 보상하고 이들을 퇴거시키면 되는 것이며, 청구인이 제출한 OOO이 보내온 내용증명에 의하면, 이들은 청구인에게 “전세를 얻어 이사할 수 있는 현실적인 금액의 이주대책을 제시해 달라”고 주장하고 있는데, 청구인이 쟁점금액을 세입자 퇴거조건 등으로 받은 것이라면OOO원의 자금으로 당연히 이들에게 이주비를 지급하였어야 했고, 청구인이 받은 OOO원에 비하면 세입자들이 이주비 등으로 청구한 금액이 과다하다고 판단되지 않으며, 전세금 정도를 지급하면 충분히 퇴거시킬 수 있었는데도 지금까지 지급하지 않고 있는 것은 쟁점금액을 청구인 스스로도 지장물에 대한 대가라고 보지 않고 있다는 사실을 반증한다. 또한, 조사청에서 OOO까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 지장물 대가를 토지가액으로 보아 기타토지 양도에 대한 양도소득세 OOO원을 고지한바 있으나, 청구인은 이에 대해 불복을 제기한바 없고, 쟁점토지 양도에 대해서도 지장물 대가를 토지가액으로 보아 수정신고를 이행하는 등 청구인 스스로도 쟁점지장물 대가를 토지의 양도가액으로 인정한바 있다. 한편, 쟁점토지 및 기타토지 지상의 세입자 상황 및 지장물 내역 중 부동산등기부등본, 건축물대장 등 공부가 존재하는 물건에 대해 기준시가로 평가한 결과, 그 자산가액 합계액은 OOO원에 불과하다. 청구인이 세입자에게 지급할 보증금 OOO원과 위 지장물 평가액 OOO원의 합계액은 OOO원에 불과하여, 이것만 보더라도 청구인이 받은 OOO원을 지장물대가라고 보는 것에는 무리가 있어 보인다.
(3) 청구인은 특수관계가 없는 당사자 간의 계약내용은 탈세 등 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 한다고 주장하나, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청도 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 당연히 존중하여야 한다(대법원 92누1155 판결 1992.12.8. 선고). 그러나, 위 판례의 취지는 선택할 수 있는 법률관계 중 하나를 선택하였을 때를 전제로 한 것이며, 토지의 양도가액을 토지의 양도가액과 지장물 양도가액으로 임의로 구분함으로써 탈세의 목적으로 사용하는 것까지 허용하는 것은 아니라 할 것이고, 과세를 함에 있어 실질과 형식이 다른 경우에는 그 실질에 따라 과세하는 것은 당연하다 할 것이다. 청구인이 소유한 쟁점토지는 사업주체인 OOO가 예정하는 사업대상 부지의 중심지로 쟁점토지를 매수하지 않고는 사업시행이 불가능하였으므로 청구인은 상대적으로 우월한 위치에 있어 토지대금을 지장물 대가로 구분하여 계약하고자 한다면 매수자 측에서는 응할 수 밖에 없었던 상황이며, 쟁점토지의 매매가액은 다른 토지 소유주에게 영향을 미치게 되는 대외적인 매수가액이 되어 매매가액을 낮게 책정하는 것에 대해 매수자 측에서도 마다할 이유가 없어 서로 합의한 것으로서, 청구인의 주장처럼 단지 법에 따른 특수관계 없는 자 간의계약이라 하여 이러한 특별한 사정을 무시하고 계약내용을 그대로 인정해 주어야 한다면 오히려 법에 정한 공평의 원칙에 위배된다 할 것이다.
(4) 쟁점토지 양도당시 인근 토지의 매매거래가액은 평당 OOO원에서 OOO원으로서, 쟁점토지 평당 양도가액(OOO원)은 매매거래가액과 유사하므로 쟁점토지 양도가액을 평당 OOO원으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 쟁점토지는 OOO가 사업을 시행함에 있어 가장 중심에 있는 토지이고, 청구인은 쟁점토지 인근 주민에게 영향력을 행사할 수 있는 자로서, 쟁점토지의 양도가액을 평당 OOO원으로 하여 매매계약할 경우 이는 공식적인 양도가액이 되어 다른 지주들도 평당 OOO원 정도를 받으려고 할 것이므로 청구인과 OOO는 평당 OOO원인 토지 양도가액 중 OOO원을 토지가액으로, 나머지 OOO원을 지장물대가로 하여 계약함으로써 OOO가 인근 토지를 평당 OOO원에 매입할 수 있는 근거를 마련하였고, 청구인은 양도소득세 부담을 줄이고 OOO는 사업부지를 낮은 가격에 매수할 수 있게 되어 쌍방의 목적을 달성할 수 있게 된 것이다. 이처럼 쟁점토지의 가액을 평당 OOO원으로 표방함으로써 인근토지의 가액이 평당 OOO원 선에서 책정된 것일 뿐 인근토지 가액이 평당 OOO원이므로 쟁점토지의 가액 또한 평당 OOO원이 타당하다는 청구인의 주장은 옳지 않으며, OOO 입장에서도 이러한 이유로 책정된 쟁점토지 양도가액 평당 OOO원을 장부상 자산가액으로 계상한 것은 당연한 것이다.
(5) 청구인은 지장물대가 OOO원이 적정한 가액인지 여부는 별론으로 하더라도 지장물대가를 토지의 가액으로 볼 수 없고, 쟁점토지 지상에 다수의 지장물이 존재하고 있어 청구인과 OOO가 지장물 매매가액을 OOO원으로 산정한 것은 특수관계 없는 제3자 간의 합의에 의해 이루어진 계약이므로 토지의 양도가액으로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점지장물은 토지의 매매계약에 종속된 것이고, 청구인과 OOO와의 이해관계가 일치함으로써 토지의 양도가액을 토지와 지장물의 양도가액으로 구분하여 계약한 것에 불과하므로 쟁점금액을 토지의 양도가액으로 보아 과세한 처분은 정당하며, 쟁점지장물의 대가로 OOO원을 산정한 근거가 무엇인지, 특수관계 없는 제3자 간의 합의에 의한 것이라면 토지의 양도가액을 “OOO원”으로 하고, 양도가액OOO원 전부를 지장물에 대한 양도가액으로 하여 매매계약한 경우에도 이를 그대로 인정해야 하는지 의문이다.
(6) 조사청에서 청구인에 대한 2차례의 세무조사에서도 쟁점토지의 양도일자를 OOO로 보고 농지대토 비과세로 보아 과세하지 않았고, 2005년 귀속에 대한 수정신고시에도 신고시인하여 쟁점토지에 대한 양도소득세를 추가로 부과하지 않았다고 주장하나, 국세청에서는 지방국세청에 대한 감사를 실시하여 위법 부당한 사실이 확인되는 경우 이에 대해 시정하도록 조치하고 있는바, 조사청에서 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하고도, 당초 청구인이 신고누락토지에 대한 양도소득세 과세를 누락하였고, 쟁점지장물 대가를 토지의 양도가액으로 봄에 따라 쟁점토지의 양도시기 또한 2006년에 해당하는데도 사실관계 검토를 소홀히 하여 양도소득세를 과소부과한 사실이 있어 청구인에게는 과소부과한 양도소득세를 부과하도록 처분지시하고, 관련 직원에게는 관련 규정에 따른 처벌을 한 것이며, OOO지방국세청에 대한 감사과정에서 이러한 사실이 잘못으로 확인된 이상 이를 올바르게 바로잡는 것은 당연하다.
(7) 청구인은 이 건 청구에서 OOO와 쟁점토지 12필지와 지장물을 OOO원에 매도하는 계약서를 작성하였다가, 농지대토에 따른 양도소득세 비과세 규정이 OOO자로 종료된다는 세법 개정사항을 알게 되어 OOO에게 계약내용의 변경을 요구하였으며, 그 결과 쟁점토지, 기타토지, 누락토지 및 쟁점지장물에 대한 계약을 별개로 체결하였고, 변경된 계약내용에 따라 매매대금을 수수하였다고 진술한바 있으나, 4건의 매매계약서상의 대금지급내역과 실제 금융증빙에 의해 확인된 대금지급 내역이 차이가 있어 변경된 계약내용대로 매매대금을 수수하였다는 청구인의 주장은 사실이 아니고, 당초에 전체토지 12필지 양도에 대한 매매계약서상의 대금지급내역과 실제 금융증빙에 의해 확인되는 대금지급내역과 OOO원의 차이는 청구인과 OOO간 금전소비대차계약에 의한 차이를 제외하면 당초에 작성된 매매계약서상의 대금지급내역과 금융증빙이 정확히 일치함을 알 수 있어 양도대금을 변경된 계약내용에 따라 수취한 것이 아니라 당초 매매계약의 조건에 따라 수취한 것이며, OOO원의 금전소비대차계약은 쟁점토지에 대한 대금청산일을 OOO로 맞추기 위한 것이다. 따라서, 양도대금 지급내역에서 전체토지 12필지는 일괄 양도된 것이 나타나므로 농지면적에 대해 농지대토에 따른 양도소득세 비과세를적용할 수 없는 것이고, 청구인의 주장처럼 쟁점토지, 기타토지, 누락토지 및 쟁점지장물에 대한 계약을 각각 별도의 계약으로 인정한다 하더라고 쟁점토지에 대한 지장물대가가 2006년도에 지급된 것이어서 결과적으로농지대토에 따른 양도소득세 비과세는 적용받을 수 없는 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.(이하 생략) 소득세법 제89조【비과세 양도소득】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.～3.(생 략)
4. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득 소득세법제89조【비과세 양도소득】(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된것) 다음 각 호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 1.～3.(생 략)
4. 삭제<2005.12.31.> 제102조【양도소득금액의 구분 계산 등】① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 소득
2. 제94조 제1항 제3호에 따른 소득
3. 제94조 제1항 제5호에 따른 소득
② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다.
(2) 조세특례제한법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세 감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조【양도소득세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제34조, 제41조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
(1) 청구인과 OOO 체결한 당초 매매계약서의 주요내용은 다음 <표2>와 같다. <표2> 당초 매매계약서
(2) 청구인은 당초 매매계약 체결 후 농지대토에 따른 양도소득세 비과세 규정이 OOO 종료된다는 세법 개정사항을 알게 되어 OOO에 계약내용의 변경을 요구하여 OOO 다음 <표3>, <표4>, <표5>, <표6>과 같이 계약내용을 변경하고, 변경된 계약내용에 따라 매매대금을 수수한 사실이 나타나며, 쟁점토지 중 농지면적이 8,556㎡라는 사실에 대하여는 처분청과 청구인 간에 다툼이 없다. <표3> 쟁점토지 매매계약서 <표4> 기타토지 매매계약서 <표5> 지장물에 대한 매매계약서 <표6> 누락토지 매매계약서
(3) 매매계약서상 거래대금의 약정과 청구인의 실제 수령내역은 다음 <표7>과 같은 사실이 조사서에 나타나며, 처분청은 거래대금과 관련 계약서, 실제 수령액 및 OOO원의 금전소비대차를 감안하면 당초 계약서와 일치하여 전체부동산을 일괄하여 양도한 것이라는 의견이고, 청구인은 누락토지를 추가계약 후 공증받은 것으로 공증서 작성전에 이미 실제 지급된 금액을 반영하여 작성함에 따라 차이가 발생한 것이라는 주장이다. <표7>
(4) 조사청의 조사서에 의하면, 금융거래에 의해 확인된 양도가액 OOO원을 실지거래가액으로 인정하였고, 농지면적(8,556㎡)은 청구인의 농지대토 요건이 충족되고 그 검토내역은 다음 <표8>과 같다. <표7> 농지대토 비과세 요건 검토
(5) OOO는 쟁점토지의 잔금청산일인 OOO을 취득일로 하여 OOO원을 취득가액으로 장부에 계상하였고, 쟁점토지 인근 토지 6필지 OOO에 대하여도 쟁점토지와 유사한 가액으로 2005사업연도에 취득한 것으로 장부에 계상하였으며, 그 내역은 다음 <표8>과 같다. <표8> 쟁점토지 인근 토지 매매현황
(7) 청구인은 부동산매매계약에 따라 잔금을 수령하였으나, 쟁점토지 등의 소재지는 토지거래허가구역으로 소유권이전등기를 할 수 없었으며 OOO토지거래허가구역에서 해제되었고, OOO의 자금난으로 OOO 수령한 양도대금 OOO원 중 OOO원을 연 OOO의 이자율로 OOO에게 대여하였으나, OOO는 결국 부도처리 되었으며, 전체부동산 중 같은 동 OOO, 같은 동 OOO 등 8필지의 토지는 OOO주식회사에게 OOO 신탁등기되었다가 제3자에게 매매되었고, 나머지 토지들도 제3자에게 경락되거나 매매된 사실이 등기부등본 등에 나타난다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점지장물이 쟁점토지와 별개로 매매되었다고 볼 수 없고, 쟁점지장물의 대가도 쟁점토지 양도가액의 일부라는 의견이나, 양도소득금액은 매매계약에 따라 자산별·소득별로 구분하여 계산하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지는 쟁점지장물과 별개의 자산으로 구분하여 매매계약을 하고 잔금을 지급받아 양도한 사실이 나타나는 점, 매수법인도 쟁점토지를 2005년에 취득한 것으로 장부에 계상한 사실이 나타나는 점, 조사청의 2차례에 걸친 세무조사에서 쟁점토지의 양도시기(잔금청산일)를 OOO로 보아 농지면적에 대해 농지대토에 따른 양도소득세 비과세요건을 충족한 것으로 조사된 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도시기를 OOO로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 OOO로 보아 농지면적에 대하여 농지대토에 따른 양도소득세 비과세적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.