ㅇㅇㅇ공사가 시행하는 사업은 공익사업으로 볼 수 있는 점, 조특법 제77조 제1항 제1호를 공익사업의 시행자로부터 강제적으로 수용된 토지에 대해서만으로 제한적으로 해석할 필요가 없는 점 등에 비추어 청구인의 쟁점토지 양도는 조특법 제77조 제1항 제1호에서 정하는 양도소득세 감면 대상에 해당함
ㅇㅇㅇ공사가 시행하는 사업은 공익사업으로 볼 수 있는 점, 조특법 제77조 제1항 제1호를 공익사업의 시행자로부터 강제적으로 수용된 토지에 대해서만으로 제한적으로 해석할 필요가 없는 점 등에 비추어 청구인의 쟁점토지 양도는 조특법 제77조 제1항 제1호에서 정하는 양도소득세 감면 대상에 해당함
OOO장이 2015.5.8. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.
(1) OOO는 해당 공익사업의 사업시행자이다. (가) 재정경제부고시 제2003-19호(OOO, 2003.8.11.)에 따르면 OOO는 OOO 개발사업의 시행자로 지정되었으며, 이후 지식경제부고시 제2010-131호[OOO)개발계획 변경, 2010.7.7.]에서도 개발사업의 시행자로서의 지위가 변경된바 없다. (나) 당해 고시의 내용을 살펴보면 OOO 지정목적, 토지이용계획 및 주요 기반시설 계획, 주요 산업유치계획 등 해당 사업이 공익목적에 따른다는 사실을 충분히 인지할 수 있다.
(2) 쟁점매매계약은 토지보상법 제17조 규정에 의거 체결한 것이다. (가) OOO는 2009.3.9. “토지 등 매입계획 알림”이라는 제목으로 청구인 소유의 쟁점토지가 OOO 개발부지내 편입대상이며, “토지 등에 대한 매입조건 안내”에서 ‘쟁점토지의 매입관련 적용 법률은 토지보상법에 의한다’라고 통보한 사실이 있다. (나) 또한, 기타사항으로 토지보상법에서 규정한 사업인정고시일을 적용하는 경우 고시 전까지는 공사의 토지매입계획 확정일을, 고시 후에는 사업인정고시일을 각 적용한다고 표시하고 있다. (다) 청구인은 이와 같은 OOO의 국제업무지역 개발과 관련된 공익을 위한 투자사업이라는 설명과 안내에 따라 쟁점토지를 양도하기로 하고 2009.5.12. 쟁점매매계약을 체결하였으며, 계약서상에 ‘ 토지보상법 제17조 의 규정에 의거 위 표시 물건매매에 관하여 매수인 OOO사장(이하 “갑”이라 한다)과 매도인(이하 “을”이라 한다)간에 매매계약을 체결한다’라고 적시하고 있다. (라) 이와 함께 양도 후 표시된 토지 등기부등본상 등기원인 역시 ‘공공용지의 협의 취득’이라고 기재되어 있다. (마) 이러한 다수의 근거를 가지고 청구인으로서는 조특법 제77조에 따른 양도소득세 감면대상에 해당된다고 판단하였고, 2009.7.31. 감면내용이 포함된 양도소득세 신고를 하였던 것이다.
(3) 공익사업시행자로부터 강제적으로 수용된 토지만이 감면대상은 아니다. (가) 처분청은 OOO의 안내문에 협의 매도할 의사가 있는 경우 토지매입요청서를 제출하라고 기재되어 있고, 이 요청서를 제출한 자에 한하여 매매계약을 체결한다고 되어 있어 강제적으로 수용된 토지가 아니며 따라서 감면대상이 아니라는 의견이다. (나) 이러한 제한적 해석은 조특법 제77조 제1항 제1호의 문언적 한계를 벗어날 뿐만 아니라 같은 법 제77조 제1항 제3호가 토지보상법 기타 법률에 의한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득을 별도로 양도소득세가 감면되는 소득으로 규정하고 있는 점에 비추어 그 제1호의 규정을 공익사업의 시행자로부터 강제적으로 수용된 토지에 대해서만 양도소득세를 감면하는 규정이라고 제한적으로 해석할 이유가 없다OOO. (다) 따라서, 강제적 수용이 아니더라도 양도소득세 감면을 적용하는 것이 정당한 것이다.
(4) 처분청은 이러한 사실에도 불구하고 쟁점토지의 매매가 감면 적용대상이 아니라는 논리로 부당하게 과세하였다. (가) 처분청은 OOO가 조특법 제77조 제5항에 따라 감면신청한 사실이 없으며, 해당사업이 3년 이내에 시행되지 않은 점 등을 사유로 청구인에게 양도소득세를 과세처분하였다. (나) 그러나, OOO은 조특법 제77조 제5항은 사업시행자로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과할 뿐 반드시 공익사업시행자의 감면신청이 감면적용의 필수조건이 아니라고 판시OOO하고 있다. (다) 또한, 해당사업이 3년 이내에 시행되지 않은 점에 대해서는 조특법 제77조 제3항 제1호에 따라 사업시행자인 OOO가 사유가 발생한 연도의 과세표준 신고시 법인세로 신고․납부할 사항으로 청구인의 감면을 취소할 사항이 아니다. 실제로 처분청은 사업시행자인 OOO에 관련 법인세를 부과하였고, 조세심판원에서는 이러한 처분청의 법인세 부과가 정당한 것으로 기각결정(조심 2014중0074, 2014.5.1.)한 바 있다. (라) 조특법 제77조에 따른 감면규정은 양도당시 토지보상법에 따른 사업시 행자에게 양도하는 토지 등을 전제로 적용할 수 있는 것(부동산거래관리과-668, 2010.5.10.)으로, 사업시행여부에 따른 과세문제는 청구인에게 책임을 지울 것이 아니고, 같은 조 제3항에 따라 사업시행자인 OOO에 과세하는 것이 타당한 것이다.
(5) 관련 소송에서 양도소득세 감면대상임을 확인하였다. (가) 처분청은 해당 사건과 관련하여 OOO에 조특법 제77조 제3항에 따라 법인세 과세처분을 하였고, 이는 청구인이 같은 법 제77조 제1항에 따라 양도소득세 감면 받은 것에 대해 사업시행자인 OOO가 일정 기간 사업시행을 하지 않아 청구인이 감면받은 양도소득세를 OOO로부터 추징하겠다는 의미로서 청구인이 감면대상에 해당한다는 것을 처분청 스스로 인정한 행위인 것이다. (나) 한편, OOO는 처분청의 법인세 과세처분에 대해 불복하여 행정소송을 제기하였고, 소장에서 법인세 과세처분과 청구인에 대한 양도소득세 감면이 부당함을 주장하였으나, OOO은 청구인에 대한 양도소득세 감면이 정당함을 판시하였다. 최근 2심에서 OOO의 조정권고에 따라 OOO와 국세청이 받아들여 1심 판결내용이 그대로 확정된 사실OOO이 있어 청구인의 주장이 정당함을 입증하고 있는 것이다. (다) 이렇듯 청구인은 토지보상법에 따라 쟁점토지를 사업시행자인 OOO에 매각하였으며, 조특법 제77조 제1항 규정에 의거 정상적으로 양도소득세 감면을 적용한 것으로 청구인에 대한 과세처분은 위법함이 명백하다.
(6) 따라서, 쟁점토지의 양도는 토지보상법에 따라 사업시행자인 OOO에 매각한 것으로, ① 토지 매매계약서상 토지보상법 제17조 에 따라 매매계약을 체결한 점, ② 토지 등기부등본상 등기원인에 ‘공공용지의 협의 취득’으로 기재되어 있는 점,
③ OOO측에서 청구인에 발송한 공문에 첨부된 ‘토지등에 대한 매입조건 안내문’상에 사업인정고시일을 적용하는 경우 고시 전까지는 공사의 토지매입계획 확정일을, 고시 후에는 사업인정고시일을 적용하라는 점, ④ 토지보상법 제20조 에 따른 사업인정을 받지 아니하고 공익사업을 수행하는 경우에는 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날을 사실상 사업인정고시일로 볼 수 있는 점, ⑤ 최근 관련사건 재판에서 당해 양도사건이 조특법 제77조 제1항 제1호에서 정하는 양도소득세 감면 대상에 해당된다는 판결이 있었던 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도는 같은 법 제77조 제1항 규정에 의거 감면 적용대상이 명백하며, 처분청의 과세처분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.
(1) 조특법 제77조를 적용받기 위해서는 같은 조 제6항에 의해 사업시행자가 감면신청을 하도록 하고 있는 바, 양수인인 OOO는 감면신청을 한 사실이 없음이 확인되고, 쟁점토지의 매매거래 대금 산정만 토지보상법을 준용한 것이다.
(2) 쟁점토지 매입당시 시행사인 OOO가 토지 소유자들에게 보낸 안내문인 ‘토지 등 매입계획 알림’에도 협의매도할 의사가 있는 경우 ‘토지매입요청서’를 제출하라고 기재되어 있으며, 이 요청서를 제출한 자에 한하여 매매계약을 체결한다고 명시되어 있어 강제성이 없는 것이다.
(3) 청구인은 매매계약서에 사업명(OOO 개발부지 내 편입토지 보상)과 토지보상법 제17조 의 규정에 의해 매매계약을 체결한다는 내용이 기재되어 있어 감면대상에 해당한다고 주장하나, (가) OOO 홈페이지에 게재된 OOO 개발사업 개요내용을 보면, “외국인 관광객 유치를 위한 관광위락, 쇼핑 등이 어우러지는 복합위락단지 조성을 위한 ‘호텔, 쇼핑, 업무시설’ 용도”로 규정하고 있어 토지보상법 제2조 및 제4조에서 규정하는 공익사업인 “철도, 도로, 항만, 공항 등”의 범위에 해당하지 않는다. (나) 매수인인 OOO는 2003.8.11. 경제자유구역 개발사업 시행 자로 지정되었으나, 외국인 투자가 지연되면서 경제자유구역 개발사업의 실시계획승인을 받지 못하였고, 현재까지 재정경제부장관에 의한 경제자유구역개발계획(지식경제부장관에 의한 변경계획 포함)의 고시 외에경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(이하 “경제자유구역법”이라 한다)에 따른 개발사업을 시행한 사실이 없다. (다) 한편, 경제자유구역법 제13조 제1항 은 “개발사업시행자는 개발사업을 시행하기 위해 필요한 경우 토지보상법 제3조 에서 정하는 토지․물건 또는 권리를 수용할 수 있다”고 규정하고 있고, 토지보상법 제20조 제1항 은 “사업시행자는 토지보상법 제19조 의 규정에 따라 토지 등을 수용, 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다”고 규정하고 있어, 사업시행자가 토지보상법에 따라 토지를 취득하기 위해서는 국토해양부장관의 사업인정이 필요하다. (라) 다만, 토지보상법 제14조 내지 제17조는 일정한 경우 사업시행자가 토지보상법 제20조 의 규정에 의한 ‘사업인정’ 전에 협의에 의해 토지 등을 취득할 수 있도록 규정하고 있는바, 이를 위해서는 ① 토지조서 및 물건조서 작성, ② 보상계획의 공고, 통지, 열람, 이의제기 기회부여, ③ 토지소유자 및 관계인과의 협의, ④ 협의 성립에 따른 계약체결 등의 절차를 거치도록 하고 있다. (마) 따라서, 사업시행자가 토지보상법에 의거 토지를 취득하기 위해서는 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 하고, 사업인정 전에 토지를 취득하기 위해서는 토지보상법 제14조 내지 제17조의 소정의 절차를 거쳐야 하는 것이다. 토지보상법상의 사업인정이나 사업인정이 있는 것으로 의제되는 경제자유구역법 상의 실시계획 승인이 없는 경우 또는 토지보상법 제14조 내지 제17조의 소정의 절차를 거치지 아니한 경우에는 경제자유구역법에 따른 취득으로 볼 수 없다. 상기 요건을 모두 갖추지 못한 쟁점토지는 공익사업용 토지를 공익사업시행자에게 양도한 것으로 볼 수 없고, 조특법 제77조 제1항 제1호 ‘토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득’요건에 의한 감면요건에 해당하지 않아 감면 부인한 당초 처분은 정당하다.
(1) 조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
2. 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다)안의 토지 등을 동법에 의한 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득
3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 기타 법률에 의한 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득
② 다음 각 호의 1에 해당하는 경우 당해 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
1. 제1항 제1호의 규정에 의한 공공사업의 시행자가 사업시행의 인가 등을 받은 날부터 3년 이내에 당해 공익사업에 착수하지 아니하는 경우
2. 제1항 제2호의 규정에 의한 사업시행자가 대통령령이 정하는 기한 내에 도시 및 주거환경정비법에 의한 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우
③ ․④ (생 략)
⑤ 제1항 제1호 또는 제2호의 규정에 의하여 세액을 감면받고자 하는 경우에는 당해 공익사업 또는 정비사업의 시행자가 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제72조【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제77조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 채권"이라 함은 법률 제6656호 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 부칙 제2조에 따라 폐지된 토지수용법 제45조 또는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 의 규정에 의한 보상채권(이하 이 조에서 "보상채권"이라 한다)을 말한다.
② (생 략)
③ 법 제77조 제2항 제2호에서 "대통령령이 정하는 기한"이라 함은 사업시행인가에 있어서는 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.
④ (생 략)
⑤ 법 제77조 제5항에 따른 감면신청을 하고자 하는 공익사업 또는 사업시행자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 공익사업 또는 시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
⑥ 법 제77조 제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 법인세법 제62조의2 제7항 의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 예탁사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제96조【공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용】① 제95조에 따른 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.
② 제1항에 따라 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용할 때에 제91조에 따른 실시계획을 고시한 경우에는 같은 법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다. 다만, 재결 신청은 같은 법 제23조 제1항과 제28조 제1항에도 불구하고 실시계획에서 정한 도시계획시설사업의 시행기간에 하여야 한다.
(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. "토지 등"이라 함은 제3조 각 호에 해당하는 토지·물건 및 권리를 말한다.
2. "공익사업"이라 함은 제4조 각호의 1에 해당하는 사업을 말한다.
3. "사업시행자"라 함은 공익사업을 수행하는 자를 말한다. 4.～6. (생 략)
7. "사업인정"이라 함은 공익사업을 토지등을 수용 또는 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다. 제4조【공익사업】이 법에 의하여 토지등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.
2. 관계 법률에 의하여 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도·도로·공항·항만·주차장·공영차고지·화물터미널·삭도·궤도·하천·제방·댐·운하·수도·하수도·하수종말처리·폐수처리·사방·방풍·방화·방조(防潮)·방수·저수지·용배수로·석유비축 및 송유·폐기물처리·전기·전기통신·방송·가스 및 기상관측에 관한 사업
3. 국가 또는 지방자치단체가 설치하는 청사·공장·연구소·시험소·보건 또는 문화시설·공원·수목원·광장·운동장·시장·묘지·화장장·도축장 그 밖의 공공용 시설에 관한 사업
4. 관계 법률에 의하여 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교·도서관·박물관 및 미술관의 건립에 관한 사업
5. 국가·지방자치단체·정부투자기관·지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 임대나 양도의 목적으로 시행하는 주택의 건설 또는 택지의 조성에 관한 사업
6. 제1호 내지 제5호의 사업을 시행하기 위하여 필요한 통로·교량·전선로·재료적치장 그 밖의 부속시설에 관한 사업
7. 제1호부터 제5호까지의 사업을 시행하기 위하여 필요한 주택, 공장 등의 이주단지 조성에 관한 사업
8. 그 밖에 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업 제14조【토지조서 및 물건조서의 작성】① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조의 규정에 의한 사업인정 전에 협의에 의한 토지 등의 취득 또는 사용이 필요한 때에는 토지조서 및 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자 및 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유 없이 서명 또는 날인을 거부하거나 또는 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소ㆍ거소를 알 수 없는 등의 사유로 인하여 서명 또는 날인을 할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하되, 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 그 사유를 기재하여야 한다.
② 토지와 물건의 소재지, 토지소유자 및 관계인 등 토지조서 및 물건조서의 기재사항과 작성에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제15조【보상계획의 열람 등】① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서 및 물건조서를 작성한 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기ㆍ방법 및 절차 등을 기재한 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.
② 사업시행자는 제1항에 따른 공고 또는 통지를 한 때에는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 다만, 사업지역이 2 이상의 시ㆍ군 또는 구에 걸쳐 있거나 사업시행자가 행정청이 아닌 경우에는 해당 특별자치도지사, 시장ㆍ군수 또는 구청장에게도 그 사본을 송부하여 열람을 의뢰하여야 한다.
③ 제1항의 규정에 따라 공고 또는 통지된 토지조서 및 물건조서의 내용에 대하여 이의가 있는 토지소유자 또는 관계인은 제2항의 규정에 의한 열람기간 이내에 사업시행자에게 서면으로 이의를 제기할 수 있다.
④ 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 제3항의 규정에 따라 제기된 이의를 부기하고 그 이의가 이유 있다고 인정하는 때에는 적절한 조치를 하여야 한다. 제16조【협의】사업시행자는 토지 등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【계약의 체결】사업시행자는 제16조의 규정에 의한 협의가 성립된 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다. 제19조【토지 등의 수용 또는 사용】① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요한 때에는 이 법이 정하는 바에 따라 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있다. 제20조【사업인정】① 사업시행자는 제19조의 규정에 따라 토지 등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다.
(5) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제4조【경제자유구역의 지정 등】③ 지식경제부장관은 제25조에 따른 경제자유구역위원회(이하 “경제자유구역위원회” 라 한다)의 심의․의결을 거쳐 시․도지사가 제출한 경제자유구역개발계획을 확정하고 경제자유구역을 지정한다. 이 경우 제1항에 따라 경제자유구역의 지정을 요청한 시․도지사의 의견을 들어야 한다. 제9조【경제자유구역개발사업 실시계획의 승인】① 개발사업시행자는 제4조 제6항에 따른 고시일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 경제자유구역개발사업 실시계획(이하 “실시계획” 이라 한다)을 작성하여 지식경제부장관의 승인을 받아야 한다. 승인받은 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 다만, 제4조 제5항에 따라 경제자유구역의 개발을 단계적으로 시행하는 경우 최종 단계의 실시계획의 승인신청은 고시일부터 10년의 범위에서 따로 정하는 때까지 하여야 한다. 제10조【실시계획 승인의 고시 등】① 지식경제부장관은 제9조에 따라 실시계획을 승인하거나 변경승인한 경우에는 지체 없이 이를 관보에 고시하고 관계 서류의 사본을 관할 시·도지사에게 송부하여야 한다.
② 제1항에 따라 관계 서류의 사본을 송부받은 시·도지사는 그 내용을 14일 이상 일반인이 열람할 수 있게 하여야 한다. 제13조【토지수용】① 개발사업시행자는 개발사업을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제3조 에서 정하는 토지・물건 또는 권리(이하 “토지등” 이라 한다)를 수용(사용을 포함한다. 이하 같다)할 수 있다.
② 제10조에 따른 실시계획 승인의 고시가 있는 때에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결(裁決)의 신청은 같은 법 제23조 및 제28조에도 불구하고 실시계획에서 정하는 사업시행기간에 하여야 한다.
③ 제1항에 따른 토지등의 수용에 관한 재결의 관할 토지수용위원회는 중앙토지수용위원회로 한다.
④ 제1항에 따른 토지등의 수용에 관하여 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률을 준용한다.
(1) 청구인 및 처분청의 심리자료에 의하면, OOO는 2009.3.9. 청구인 등에게 ‘토지 등 매입계획 알림’이라는 제목으로 OOO가 OOO개발사업을 추진 중에 있으며 동 사업부지에 편입된 토지매입계획 및 협의매도할 의사가 있는 경우 붙임 매입조건 등 안내문(토지 등의 매입관련 적용 법률 “토지보상법”을 명시)을 참조하여 소정의 기한내 ‘토지매입요청서’를 작성하여 제출하도록 통지하였다.
(2) 청구인 등 13명은 2009년 5월부터 6월 사이에 쟁점토지 등을 아래 <표1>과 같이 양도하고 조특법 제77조의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 규정에 따라 양도소득세 OOO원을 감면받았다. <표1> 쟁점토지 관련 양도소득세 감면 현황
(3) 쟁점토지 매매계약서에는 “ 토지보상법 제17조 의 규정의 의거 매매계약을 체결한다.” 라고 나타나고 토지 등기부등본상 등기원인에는 공공용지의 협의취득으로 기재되어 있으며, 쟁점토지에 대한 매매계약서의 주요부분을 발췌하면 아래와 같다.
(4) OOO가 토지소유자 등에게 발송한 공문에 첨부된‘토지등에 대한 매입조건 안내’에 의하면 ① 토지 등의 매입관련 적용 법률은 토지보상법을 적용하는 것으로 기재되어 있고, ② 토지 매도에 따른 세금에 관한 사항에는 “본 토지매입 업무는 관련 사업의사업인정고시이전에 시행되므로 토지매도 희망자는 토지 매도에 따른 양도소득세 등의 세금문제에 대하여는 사전 세무당국에 확인”을 권고하고 있으며, ③ 기타사항에 사업인정고시일을 적용하는 경우 고시 전까지는 공사의토지매입계획 확정일을, 고시 후에는사업인정고시일을 적용하는 것으로 나타난다. (5) 관보 제15469호(2003.8.11.)에 의하면 재정경제부고시 제2003-19호로 OOO지정 및 단위사업 시행자로 OOO가 지정되어 있고, 관보 제17293호(2010.7.7.)에 지식경제부고시 제2010-131호로 OOO개발계획 변경이 고시되었으며 개발사업의 위치․사업시행자는 변경이 없는 것으로 나타난다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점매매계약이 공익사업이 아니라는 점, 토지소유자에게 보낸 ‘토지등 매입계획 알림’을 보면 매매계약에 강제성이 없는 점, 쟁점토지의 취득시 사업시행인가를 받은 사실이 없으면 사업인정 전에 토지보상법상의 토지조서 및 물건조서 작성 등의 소정의 절차를 밟아야 하는데 거치지 않은 점, 공익사업이 OOO가 조특법 제77조 제5항에 따른 양도소득세 감면신청도 하지 않은 점 등을 들어 쟁점토지에 대한 양도소득세 감면에 해당되지 않는다고 주장한다. 그러나, 쟁점매매계약은 OOO개발사업으로 토지보상법 제4조 제2호 및 제3호에서 관계 법률에 따라 허가․인가․승인․지정을 받아 공익을 목적으로 시행하는 공항에 관한 사업 및 국가나 지방자치단체가 설치하는 문화시설․공원 또는 그 밖에 공공용 시설에 관한 사업을 공익사업으로 정하고 있는 데 쟁점매매계약은 토지보상법 제4조 에서 정하는 공익사업이라고 할 것이고 공익사업의 시행자로부터 강제적으로 수용된 토지에 대해서만 양도소득세를 감면하는 규정이라고 처분청은 주장하나, 이와 같이 제한적으로 해석하는 것은 위 조문의 한계를 벗어날 뿐만 아니라 조특법 제77조 제1항 제3호가 ‘ 토지보상법 기타 법률에 의한 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득’을 별도로 양도소득세가 감면되는 소득으로 규정하고 있는 점에 비추어 그 제1호의 규정을 공익사업의 시행자로부터 강제적으로 수용된 토지에 대해서만 양도소득세를 감면하는 규정이라고 제한적으로 해석할 필요가 없다는 점 OOO, 쟁점토지 매매계약서에는 토지보상법 제17조 에 따라 매매계약을 체결한 것으로 약정된 점, 토지 등기부등본상 등기원인에 ‘공공용지의 협의취득’으로 기재되어 있는 점, 청구법인이 토지소유자 등에게 발송한 공문에 첨부된 ‘토지등에 대한 매입조건 안내문’상에 사업인정고시일을 적 용하는 경우 고시 전까지는 공사의 토지매입계획 확정일을, 고시 후에는 사업인정고시일을 적용하는 것으로 나타나는 점, 토지보상법 제20조 에 따른 사업인정을 받지 아니하고 공익사업을 수행하는 경우에는 토지 소유자에게 보상계획을 통지한 날을 사실상 사업인정고시일로 볼 수 있는 점(조심 2014중74, 2014.5.1. 같은 뜻임), 조특법 제77조 제5항은 양도소득세 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 양수인인 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 양도소득세 등 감면대상인 점(대법원 2003.5.16.선고 2001두3006판결 같은 뜻임) 등에 비추어 볼 때 처분청이 양도소득세 감면을 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.