농지의 현물출자에 따른 양도세 면제액을 양도가액에서 쟁점채무를 차감한 가액이 양도가액에서 차지하는 비율로 계산한 처분은 잘못이 있음

OOO세무서장이 2015.5.20. 청구인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2012.8.17. OOO전 20,105㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 농업회사법인인 OOO유한회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 현물출자한 후, 조세특례제한법제68조 제2항을 적용하여 쟁점농지에 대한 양도소득세 OOO 전액에 대하여 면제신청하였다. 한편, 쟁점법인은 쟁점농지를 현물출자받고 쟁점농지에 설정된 근저당 채무액 OOO(이하 “쟁점채무”라 한다)을 자산가액에서 차감한 순자산가액에 상당하는 쟁점법인의 주식을 청구인에게 교부하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사시 조세특례제한법제68조 제2항에 따른 세액면제 대상인 양도소득금액을 양도가액에서 채무상당액을 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 전체 양도소득금액에 곱하여 산정한 가액으로 보아 쟁점채무에 상당하는 양도소득금액에 대하여는 세액면제를 배제하여 과세하도록 처분청에 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2015.5.20. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.6.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점농지를 쟁점법인에 현물출자하여 출자자산의 감정가액 OOO백만원에서 쟁점채무를 차감한 OOO백만원에 상당하는 쟁점법인의 주식을 교부받고 쟁점농지에 대한 양도소득금액에 대하여 양도소득세 세액면제를 적용한 것이므로 당초 신고내용은 정당하다.

(1) 쟁점채무가 쟁점법인에게 쟁점농지를 현물출자한 날부터 6개월 이상 지연하여 인수된 것은 근저당권자인 OOO은행 본점에서 승인처리가 되지 않아 채무자 명의변경이 되지 않은 때문으로 쟁점법인의 귀책사유로 인한 채무의 지연인수로 보기 어렵고, 현물출자일 이후 쟁점법인에서 채무와 관련된 이자를 부담하고 있음이 객관적으로 확인되고 있어 실질과 세원칙에 따라 현물출자일에 쟁점채무가 인수된 것으로 봄이 타당하다.

(2) 쟁점농지에 설정된 근저당 채무가 농업과 관련된 경우에 한하여 현물출자함으로써 발생된 소득에 대하여 양도소득세가 면제된다고 조세특례제한법 제68조 에 규정되어 있지 아니하므로 처분청이 채무상당액의 소득금액을 제외하여 면제세액을 계산함은 부당하다.

(3) 일반법인에 현물출자하여 이월과세 적용을 받는다면 현물출자가액에서 취득가액 및 필요경비를 공제한 양도소득금액 전액이 대상일 것임에도, 이 건 과세기준자문회신(법규과-1163, 2014.11.5.)은 농업회사법인에 대하여서만 채무상당액의 양도소득금액에 대한 세액면제를 배제하는 것이므로 조세법령에 반하여 타당하지 아니하다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점농지를 쟁점법인에게 현물출자함으로써 발생하는 소득 중 양도소득세 면제세액은 양도가액에서 채무상당액을 뺀 가액이 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액이다. (1) 쟁점법인은 청구인의 쟁점농지에 대한 현물출자 당시 청구인에게 승계받은 쟁점채무를 현물출자일 (2012.8.17.)이 아닌 6개월이 지난 2013.2.28.에 인수한 것으로 등기부등본에 나타나고, 승계받은 쟁점채무는 쟁점농지의 취득(1999.7.6. 증여 원인) 당시가 아닌 2010년 이후에 발생된 채무로 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점채무가 농업과 관련된 것임을 입증하지 못하고 있어 조세특례제한법 시행규칙제15조에서 규정한 사업과 관련된 채무로 보기 어렵다.

(3) 이 건 과세기준자문신청 결과 조세특례제한법제68조 규정에 따른 농업회사법인에 농지를 현물출자한 후 양도소득세 세액면제를 적용받을 수 있는 양도 소득은 양도가액에서 채무 상당액 을 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액이라고 회신하였다.

• 가. 쟁 점 농업인이 쟁점농지를 농업회사법인에게 현물출자함으로써 발생하는 양도소득세 면제세액을 양도소득금액에 양도가액에서 쟁점채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱해 계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제31조[중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 제32조[법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

⑤ 제1항에 따라 설립되는 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액을 해당 거주자로부터 징수한다.

1. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 사업을 폐지하는 경우

2. 해당 법인이 법인전환 후 5년 이내에 법인전환 당시 자본금의 100분의 50 이상을 유상감자 하는 경우 제66조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다.

⑤ 제4항에 따라 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 그 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다.(단서 생략)

⑥ 제4항에 따라 면제받은 양도소득세를 제5항 본문에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한다.

⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.

⑧ 제1항·제2항·제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. 제68조[농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등] ② 대통령령으로 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항부터 제8항까지의 규정을 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제28조[중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ② 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. 제29조[법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ② 법 제32조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도․양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

⑥ 법 제32조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세 산출세액"이란 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 말한다.

1. 법 제32조 제5항 제1호의 경우: 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액

2. 법 제32조 제5항 제2호의 경우: 해당 법인의 유상감자액이 법인전환 당시 자본금에서 차지하는 비율을 이월과세액 중 해당 법인이 미납부한 금액에 곱한 금액 제63조[영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] ④ 법 제66조 제4항․제7항 및 법 제68조 제2항 전단․제3항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 농어업․농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지․초지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시․군․구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다.

⑤ 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항의 규정에 의하여 현물출자함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 면제되는 농지는 전․답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막․퇴비사․양수장․지소․농로․수로등에 사용되는 토지로 한다.(단서 생략) (3) 조세특례제한법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것) 제15조[이월과세 적용대상자산의 취득가액] ① 영 제28조 및 영 제29조에 따른 이월과세를 적용함에 있어서 이월과세적용 대상자산의 취득가액은 당해자산 취득 당시의 실지거래가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 실지거래가액이 불분명한 때에는 통합일·법인전환일 또는 현물출자일 현재의 당해자산에 대하여 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액을 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 의 규정을 준용하여 환산한 가액으로 한다.

1. 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

③ 영 제28조 제2항에서 "기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산"이라 함은 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 의 규정에 의한 업무와 관련이 없는 부동산(이하 이 항에서 "업무무관부동산"이라 한다)을 말한다. 이 경우 업무무관부동산에 해당하는지의 여부에 대한 판정은 양도일을 기준으로 한다. (4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 [농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등] ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

(5) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "농어업인"이란 다음 각 목의 자를 말한다.

• 가. 농업인: 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자

(6) 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 시행령 제3조[농어업인의 기준] ① 법 제3조 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지(농어촌정비법 제98조 에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람

2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람

4. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 제1항 에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2012.8.17. 쟁점농지를 주식회사 OOO감정을 의뢰하여 OOO백만원으로 평가받고, 쟁점법인에 현물출자한 후 조세특례제한법제68조 제2항의 규정을 적용하여 양도소득세 OOO백만원을 면제신청하였다.

(2) 쟁점법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 의거 설립된 농업회사법인으로 정관 제6조에 의해 현물출자받은 쟁점농지에 설정된 OOO은행의 근저당채무 OOO백만원(쟁점채무)을 상기 감정가액에서 차감한 순자산가액 OOO백만원에 상당하는 주식 306,255좌(지분율 99.34%)를 청구인에게 교부하였다.

(3) 쟁점법인은 2012.8.17. 쟁점농지를 소유권이전등기하였으나, 현물출자일부터 6개월 후인 2013.2.28. 현물출자 당시 청구인에게서 승계받은 근저당(2010.11.16. 설정) 채무액을 인수한 사실이 OOO은행 OOO부채증명원에 의해 확인된다.

(4) OOO지방국세청장은 농업회사법인에 농지 등을 현물출자하여 양도소득세 면제규정을 적용받을 때 현물출자 당시 승계받기로 한 부채의 성격 및 승계시기와 관련 없이 모두 인정할 수 있는지 여부에 대하여 과세기준자문을 신청하였고, 국세청 법규과는 “ 조세특례제한법 시행령 제63조 제4항에서 정하는 농업인이 2012년 12월 31일 이전에 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제68조 제2항에 따라 농지를 농업회사법인에 현물출자하면서 농지가 담보하고 있는 채무를 함께 농업회사법인에 승계시키는 경우에 감면이 적용되는 ‘현물출자로 발생한 소득’은 양도소득금액에 양도가액에서 해당 채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 가액으로 하는 것입니다.”라고 회신(법규과-1163, 2014.11.5.)하였다.

(5) 처분청은 농업회사법인에게 현물출자함으로써 발생하는 양도소득세 면제세액의 산정에 있어 쟁점채무를 양도가액에서 차감하여 그 비율에 상당하는 세액을 면제대상에서 제외하여야 한다고 하면서 아래와 같은 이유 등을 제시하였다. (가) 청구인은 승계받은 쟁점채무가 농업과 관련된 것이라고 주장하나, 관련된 증빙을 제시하지 못하여 사업과 관련된 것임을 입증하지 못하고 있으며, 쟁점채무는 쟁점농지 취득 이후 발생되었고, 농기계 등 관련 장비의 취득을 위한 것으로 확인되지 않아 조세특례제한법 시행규칙 제15조 에서 규정한 사업과 관련된 채무로 보기는 어렵다. (나) 조세특례제한법 시행령 제29조 가 적용되는 일반법인은 현물출자 부동산에 대한 양도소득 전액에 대하여 이월과세를 적용하고, 이후 법인에서 부동산을 양도할 때 개인이 받은 이월과세액을 납부하는 것이며, 사업과 관련 없는 자산은 이월과세 대상이 아니며 순자산가액 산정시 사업과 관련없는 채무는 인정되지 않는다. (다) 조세특례제한법 제68조 제2항 은 현물출자 이후 개인이 부담할 양도소득세 전액에 세액면제를 적용하여 주는 것으로 8년 자경 세액 감면이나 농지대토에 대한 세액감면보다 큰 혜택이 있는 규정 이므로 더욱 엄격히 적용하여야 하고, 일반법인의 이월과세와는 달리 현물출자 당시 세액면제를 받으면 농업회사법인에서 양도할 때 추가 납부세액도 없는 것이며, 만약 일반법인이 현물출자 당시 사업과 관련 없는 부채를 공제한 사실이 확인되면 채무상당액 뿐만 아니라 나머지 이월과세액 전액에 대하여 양도 소득세가 추징되는데, 청구인은 쟁점채무가 농업과 관련된 것이라고 볼 수 있는 객관적인 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있다.

(6) 청구인은 농업회사법인에게 현물출자함으로써 발생하는 양도소득세 면제세액의 산정에 있어 쟁점채무를 양도가액에서 차감하여 그 비율에 상당하는 세액을 면제대상에서 제외하는 것이 부당하다고 주장하면서 아래와 같은 이유 등을 제시하였다. (가) 현물출자일 현재 당사자 사이에 채무의 인계와 인수 약정을 맺고 그 사실에 대하여 법원의 공증과 인가를 받았으면 채무가 농업회사법인에게 귀속되고, 쟁점채무에 대한 본점승인을 얻는 과정에서 채무자의 명의변경이 2013.2.28.까지 6개월 지연되었으나, 이는 채무자의 명의변경절차만 그런 것이고 현물출자가 완료된 시점인 2012.8.17. 이후의 지급이자 상당액을 쟁점법인이 지급한 사실이 통장거래내역에 나타나고, 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기가 완료되어 쟁점법인 소유의 쟁점농지에 근저당권이 설정된 채무이며, 동 법인이 실제 채무를 부담하고 있음이 확인된다. (나) 처분청이 과세근거로 제시한 조세특례제한법 시행규칙 제15조 에 “이월과세를 적용함에 있어서 이월과세적용대상자산의 취득가액은 당해자산 취득 당시의 실지거래가액으로 한다”라고 규정하고 있는바, 이는 쟁점채무와 관련된 것이 아니다. (다) 처분청은 “농업과 관련된 채무는 농기계 등 관련장비의 취득에 소요된 것이어야 한다”고 지극히 지엽적인 해석을 하여 쟁점채무가 사업과 관련된 채무가 아니라고 보고 있다. (라) 현물출자 당시 청구인이 쟁점농지 감정가액에서 쟁점채무를 차감한 OOO백만원에 대하여 출자지분을 교부받은 것으로 보아 그 채무는 동 농지를 담보로 한 채무로 소득세법 집행기준 27-55-22에서 농업과 관련된 채무상당액으로 해석하고 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제68조 제2항에 “농업인이 2012년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다.”고 규정하면서, 같은 법 제66조 제5항부터 제8항까지를 준용하고 있는바, 그 주요 내용은, 농업인이 농지 또는 초지를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서 양도소득세를 면제하되, 사후관리기간으로 3년을 설정하고 있고(제5항), 사후관리 위반시 이자 상당액을 추징하며(제6항), 농업인이 영농조합법인에 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있고(제7항), 조세특례를 적용받기 위해서는 신청을 하여야 한다(제8항)는 것인데, 처분청이 과세근거로 제시한 같은 법 제32조는 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세이며, 제2항의 순자산가액 계산은 설립되는 법인의 자본금 요건에 관한 것이고 이월과세되는 양도소득세는 채무와 무관한 전체 양도소득금액에 대한 세액이므로 이를 이 건에 적용하기는 어려운 점, 청구인이 농업인이며 현물출자 대상이 농지이고, 쟁점법인이 농지법에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 농업회사법인인 점, 같은 법 제68조에 채무를 차감하여 양도소득세를 계산한다는 규정이 없는 점, 농어촌지역에 생산인력 부족현상이 심화되고 있는 문제점을 보완하고 협업적․기업적 농업경영을 할 수 있도록 농업회사법인의 설립․육성을 적극 지원하려는 입법취지를 감안할 필요가 있는 점, 농업인이 농업회사법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 면제요건은 적격 대상물인 농지의 현물출자이며 면제되는 세액은 양도가액에서 필요경비를 차감하여 계산하는 점 등에 비추어 이 건은 전체 양도소득금액에 대한 양도소득세가 면제된다고 봄이 타당하고, 처분청이 쟁점농지를 농업회사법인에게 현물출자함으로써 발생하는 양도소득세 면제세액을 양도가액에서 쟁점채무를 뺀 가액이 양도가액에서 차지하는 비율로 계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.