전자세금계산서 미전송 후 전송분으로 기재하여 신고한 경우 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO로부터 매입하여 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)에 판매하는 법인으로, 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 공급가액 OOO원의 전자세금계산서 48매를 발급하고, 매출처별 세금계산서합계표에 전자세금계산서 발급분으로 구분하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점거래처에 발급한 전자세금계산서 중 공급가액 OOO원의 전자세금계산서 35매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 그 발급명세를 국세청장에게 전송하지 않은 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점세금계산서 관련 거래에 대해 매출처별 세금계산서합계표의 매출처별 명세를 기재하지 않았다고 하여 2015.6.8. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인이 OOO 주식회사에 발급한 운송비 대납분에 대한 세금계산서는 청구법인이 직접 발급하여 발급명세를 국세청장에서 전송하였으나, 쟁점거래처에 대한 세금계산서는 쟁점거래처가 역발행하고 청구법인이 이를 근거하여 부가가치세를 신고한 것으로, 쟁점거래처가 2010년 1월분 세금계산서는 전송하고 2월～6월분 세금계산서를 미전송한 사실을 당시 전혀 의심하지 못하였다. 부가가치세법 제22조 제4항 및 같은 법 시행령 제70조의3 제5항에 의하면, 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우 교부하였거나 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 가산세를 적용하지 아니하는바, 청구법인이 쟁점세금계산서의 발급명세를 전송한 것으로 착오하여 매출처별 세금계산서합계표에 전자세금계산서 발급분으로 구분하여 기재하였으나, 청구법인이 발급한 전자세금계산서로 거래사실이 명확히 확인되고, 청구법인은 매출처별 세금계산서합계표에 매출처 수, 매수 및 공급가액의 합계를 정확히 기재하되, 단지 매출처별 명세를 기재하는 란에 기재하지 아니한 것 뿐이며, 실질적으로 매출처가 단일 거래처(가스매입에 따른 매입 운반비 대지급분을 운송비 매출세금계산서로 처리하였으나, 상품매출도 아님)인 점 등을 감안하면 기재사항이 착오로 적힌 경우로 세금계산서에 의해 거래사실이 확인되는 부분에 해당하므로 이 건 가산세의 부과는 취소되어야 한다. 한편, 2010년은 전자세금계산서가 시범운영되는 시기였으므로 전자세금계산서 미발급가산세가 유보되고 있었고, 청구법인이 거래 전부를 전자세금계산서를 발급하지 아니하고 일반세금계산서를 발급하였더라면 착오를 야기할 근본적인 원인도 없었을 것인데, 정부제도에 적극 협조하는 과정에서 쟁점세금계산서가 적법하게 전송된 것으로 착오하여 기재한 것이므로 이에 대해 매출처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점거래처로부터 역발행세금계산서를 수신하면서 쟁점세금계산서 발급명세가 국세청장에게 적법하게 전송되었는지 확인하지 아니하였고, 쟁점거래처는 2010년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서를 전자세금계산서 외의 발급분으로 매입처별 세금계산서합계표에 명세를 작성하여 제출한 것을 종합하여 볼 때, 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 아니하여 발생하게 된 쟁점세금계산서에 대한 매출처별 세금계산서합계표 작성누락에 대한 책임은 청구법인에게 있는 것이며 이를 청구법인의 단순 착오로 보기 어렵다. 2010년이 전자세금계산서 의무발급기간이 아니라고 하더라도 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 공급받는 자에게 전자세금계산서를 발급하였으나 그 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니한 경우에는 다른 일반세금계산서를 발급한 사업자와 동일하게 매출처별 세금계산서합계표를 작성하여 제출하여야 하는 것이고, 이를 이행하지 아니한 경우에는 부가가치세법 제22조 제4항 의 가산세가 적용된다 할 것이며, 전자세금계산서 발급세액공제는 부가가치세법 제32조의5 에 따라 전자세금계산서를 발급하고 국세청장에게 전송한 경우에만 적용이 가능한 것으로 쟁점세금계산서 35매에 대한 세액공제액 OOO원을 부인한 처분 또한 타당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 전자세금계산서를 발급 후 그 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니하고 매출처별 세금계산서합계표에 전자세금계산서 전송분으로 기재하여 신고한 것에 대하여 매출처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2010.12.27. 법률 제10409호로 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.(각 호 생략)

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다.

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다.

④ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자가 아닌 사업자도 제2항 및 제3항에 따라 전자세금계산서를 발급·전송할 수 있다. 제20조【세금계산서합계표의 제출】 ① 사업자는 제16조 제1항․제2항․제4항 및 제5항에 따라 세금계산서를 발급하였거나 발급받은 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 매출처별 세금계산서합계표와 매입처별 세금계산서합계표(이하 “매출·매입처별 세금계산서합계표”라 한다)를 해당 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제16조 제3항 및 제4항에 따라 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

4. 거래기간의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 제18조 제1항 및 제2항 단서에 따라 예정신고를 하는 사업자가 각 예정신고와 함께 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 못하는 경우에는 해당 예정신고기간이 속하는 과세기간에 확정신고와 함께 이를 제출할 수 있다. 제22조【가산세】 ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(제2호의2에 해당하는 경우에는 1천분의 5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 제2호 및 제2호의2는 법인사업자에 대해서는 2010년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2011년 1월 1일부터 2012년 12월 31일까지는 각각 1천분의 3, 1천분의 1을 적용하며, 대통령령으로 정하는 개인사업자에 대해서는 2011년 12월 31일까지 적용하지 아니하고 2012년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지는 각각 1천분의 3, 1천분의 1을 적용한다.

2. 제16조 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급한 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 15일까지 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하지 아니한 경우 2의2. 제16조 제3항에 따른 기한이 경과한 후 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 말의 다음 달 15일까지 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하는 경우

④ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 부분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 빼고, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 다만, 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 적힌 경우(제20조 제2항에 따라 제출하는 경우는 제외한다)로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따른 매출처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 제출한 매출처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

3. 제20조 제2항에 따라 매출처별 세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우

⑧ 제1항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항 및 제4항을 적용하지 아니하고, 제3항이 적용되는 부분에 대하여는 제1항․제4항 및 제5항을 적용하지 아니하며, 제4항이 적용되는 부분에 대하여는 제2항을 적용하지 아니한다. (2) 부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것) 제70조의3【가산세】 ⑤ 법 제22조 제4항 각 호 외의 부분 단서 및 제5항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 거래 사실이 확인되는 부분의 공급가액”이란 발급하였거나 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 분의 공급가액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 청구법인이 발급 및 전송한 전자세금계산서의 내용과 청구법인 및 쟁점거래처가 제출한 매출(매입)처별 세금계산서합계표 내용은 다음과 같이 나타난다. (가) 청구법인은 2010년 제1기 부가가치세 과세기간에 아래 <표1>과 같이 전자세금계산서를 발급하고, 그 중 쟁점거래처에 발급한 2월～6월분 전자세금계산서의 발급명세는 국세청장에게 전송하지 아니하였다. (나) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 매출처별 세금계산서합계표상 쟁점세금계산서의 공급가액을 ‘2. 매출세금계산서 총합계’의 ‘전자세금계산서 발급분’으로 구분하여 기재하고, ‘3. 전자세금계산서 외의 발급분에 대한 매출처별 명세’에는 별도내역을 기재하지 아니하고 신고하였다. (다) 쟁점거래처는 청구법인에 대한 매입가액 전체에 대하여 매입처별 세금계산서합계표상 ‘전자세금계산서 외의 발급분’에 포함하고, ‘전자세금계산서 외의 발급분에 대한 매출처별 명세’에는 청구법인의 내역을 기재하여 신고하였다. (2) 부가가치세법 시행규칙 별지 제20호의2 서식(1) 작성요령에 의하면, ‘2. 매출세금계산서 총합계’의 ‘전자세금계산서 발급분’에는 전자적으로 발급하고 국세청에 전송된 매출세금계산서에 대한 매출처 수, 총 매수, 총 공급가액 및 총 세액을 기재하고, ‘전자세금계산서 외의 발급분’에는 종이로 발급한 세금계산서, 전자적으로 발급하였으나 그 개별명세를 국세청에 전송하지 않은 전자세금계산서 또는 매입자발행세금계산서제도에 의해 매입자가 발급한 매입자발행세금계산서에 대한 매출처 수, 총 매수, 총 공급가액 및 총 세액을 기재하며, ‘전자세금계산서 외의 발급분에 대한 매출처별 명세’에는 전자세금계산서 외의 발급분에 대한 각 매출처별로 1번부터 부여하여 마지막까지 순서대로 기재하는 것으로 설명되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서는 역발행된 것으로서 청구법인이 그 발급명세를전송한 것으로 착오하여 매출처별 세금계산서합계표에 전자세금계산서 발급분으로 구분하여 기재하였으나 세금계산서에 의해 거래사실이 확인되는 점, 2010년은 전자세금계산서가 시범운영되는 시기로 전자세금계산서 미발급가산세가 유보되고 있었던 점 등에 비추어 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나,부가가치세법상 전자세금계산서의 발급명세를 국세청장에게 전송할 책임은 청구법인에게 있는 것이고, 청구법인은 쟁점세금계산서 발급명세가 적법하게 전송되었는지 확인하지 아니한 점, 청구법인이 매출처별 세금계산서합계표상 전자세금계산서 발급분에 공급가액 및 세액의 합계만 기재하고 매출처별 명세에 거래처별 등록번호와 거래처별 공급가액 및 세액을 기재하지 아니한 것은 기재사항이 착오로 적힌 경우가 아닌 기재사항이 적혀 있지 아니한 경우로 보이는 점, 2010년이 전자세금계산서의 의무발급기간이 아니라 하더라도 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 공급받는 자에게 전자세금계산서를 발급하였으나 그 발급명세를 국세청장에게 전송하지 아니한 경우에는 다른 일반세금계산서를 발급한 사업자와 동일하게 매출처별 세금계산서합계표를 작성하여 제출하여야 하고, 이를 이행하지 아니한 경우에는 매출처별 세금계산서합계표 불성실가산세가 적용된다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 매출처별 세금계산서합계표 불성실가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.