㈜＊＊외 3개 업체가 청구법인의 토지에 불법폐기물을 적치함에 따른 법원의 판결서에 의하면 각 토지의 ㎡당 월 임료를 기준으로 무단점유기간 동안의 부당이득금을 산정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 익금산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
㈜＊＊외 3개 업체가 청구법인의 토지에 불법폐기물을 적치함에 따른 법원의 판결서에 의하면 각 토지의 ㎡당 월 임료를 기준으로 무단점유기간 동안의 부당이득금을 산정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 익금산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2011년 및 2020년 OOO도시기본계획에 따라 OOO동 소재 OOO에서 중소기업을 운영하던 300여개의 사업자가 이주할 공단의 토지를 공동으로 취득하기 위해 2003.4.12. 결성된 비영리조합으로 2003.4.23. 처분청에 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 신고하여 고유번호증을 교부받았다. 청구법인의 주요사업은 조합원 이주에 따른 보상비의 협상, 대체 공장부지 선정, 조합원의 사업장에 필요한 점유토지의 매입, 토지를 매입한 후 목적에 필요하지 아니한 부분의 처분과 기부채납 및 조합원 전원을 위탁자로 하고 청구법인을 수탁자로 한 신탁행위 등이고 이를 정관에 명시하였다. 청구법인은 2003.5.14. OOO동 64-3 잡종지 등 156,438㎡(이하 “1차 토지”라 한다)를, 2006.6.27.～2006.11.16. 기간 동안 1차 토지의 인근에 소재한 OOO동 64-1 외 10필지 72,231㎡(이하 “2차 토지”라 한다) 및 2006.12.29. 이OOO 및 유OOO로부터 OOO동 63-4 외 26필지 333,741㎡(이하 “3차 토지”라 한다)를 취득하였고, 1차 토지는 2005년 10월, 2차 토지는 2007년 7월, 3차 토지는 2013년에 조합원에게 각 배분하였으며, 토지의 취득대금과 업무추진비 등은 모두 조합원이 부담하고 청구법인은 사업추진을 위임받아 3차례에 걸쳐 취득한 토지로 OOO광역시 및 OOO공사가 수용한 4,354㎡(총 취득토지의 약 0.8%)를 제외하고는 조합원에게만 양도하였다. 토지대금과 업무추진비 등은 조합원 총회에서 결정하였고 취득한 토지의 조합원 배분가액은 1차 및 2차 토지의 경우 취득가액으로, 3차 토지는 토지취득가액에 적재된 폐기물처리비OOO를 가산하여 결정하였다. 업무추진비 등은 1차 토지에 대해서는 토지취득가액의 10%를, 2차 토지에 대해서는 평당 OOO원을, 3차 토지는 평당 OOO원의 업무추진비와 취․등록세를 별도로 구분하여 조합원에게 토지를 배분할 때 미리 징수하였고, 조합원으로부터 수납한 업무추진비는 주로 공과금(국세 및 지방세), 측량비, 조합운영비 및 임직원의 인건비로 지출하였다. 청구법인이 3차 토지에는 OOO 주식회사 등 4개 업체가 무단으로 불법폐기물을 적치하여 부당이득금 반환청구소송을 제기하여 승소함에 따라 발생한 채권 OOO원이 있고, 2012.6.1. OOO 주식회사와 OOO원에 적치골재처리계약을 체결하였으나 지방자치단체의 허가지연으로 2013년 12월부터 폐기물 처리를 시작하여 3년 정도 소요될 것으로 추정된다. 청구법인은 업무추진비의 추가징수 등을 담보하기 위해 1차 및 2차 토지를 조합원에게 소유권이전등기를 하면서 7,594.6평에 대해 개별등기를 유보하고 있고, 3차 토지는 폐기물 적치로 토지의 분할이 불가하여 조합원이 공유등기를 하였으며, 이를 청구법인에 신탁하였다. 3차 토지의 폐기물 처리를 완료하여 매입한 토지가 공장부지로서 이용가능하게 되면 분할측량 후 공유지분등기를 조합원 개별명의로 등기할 예정이고, 1차 및 2차 토지 중 조합원 개별등기를 유보한 신탁된 토지도 조합원에게 개별등기하여 청구법인의 고유목적사업이 종결될 예정이다.
(2) 청구법인이 조합원의 공장토지를 취득하여 조합원에게 배분한 것은법인세법제3조 제3항 제1호에서 정하고 있는 부동산업에 해당하지 아니하여 이를 비영리법인의 수익사업으로 보아 법인세를 과세하는 것은 부당하다. 첫째, 청구법인이 취득한 토지는 전액 조합원이 납부한 토지대금 등을 재원으로 지출되어 실제 토지취득자는 청구법인이 아닌 조합원이고 조합원 각자가 토지를 매입하여 공단을 조성할 수가 없어 청구법인을 설립하여 공동으로 공장토지를 취득하여 배분하는 업무를 청구법인이 조합원으로부터 위임받아 수행한 것이다. 공동으로 취득한 토지를 청구법인의 명의로 등기하고 등기 후 토지를 조합원에게 신청한 평수별로 추첨을 통해 지번과 면적을 배정하였으며 배정된 토지는 조합원을 위탁자로, 청구법인을 수탁자로 하는 신탁등기를 한 후 각 토지의 실소유자인 조합원 명의로 신탁해지를 원인으로 하는 권리귀속 소유권이전등기를 하였으므로 신탁재산귀속을 원인으로 소유권이전등기를 귀속받는 것은 부동산분양업에 해당하지 아니한다. 둘째, 토지의 취득가액과 배분가액은 수익사업이 아니더라도 토지취득자가 부담할 비용은 당연히 차이가 발생할 수밖에 없다. 공동으로 취득한 토지의 토지거래허가지연 등으로 등기가 지연됨에 따라 취득한 토지에 부과되는 재산세, 종합부동산세 및 취득등기시 납부하는 취득세 및 등록세, 청구법인의 임직원의 급여와 일반관리비 등의 비용이 조합원이 납부한 토지대금 등으로 지출되어 당초 토지의 취득가액보다 배분가액이 많은 것은 당연하고 토지의 취득가액과 배분가액, 업무추진비 및 제세공과금 등은 토지의 실지취득자인 조합원들이 결정하여 납부하였고 청구법인은 조합원의 결정을 위임받아 사업을 진행하였을 뿐이다. 셋째, 준조합원은 조합원의 자격을 갖추고 있으나 이주할 공장토지를 매입할 자금이 없는 조합원이 추천하는 자를 준조합원 자격으로 조합결성시 조합원에 포함하여 2005년 1차 토지취득시 15명이고 토지대금 등도 조합원과 같이 토지 취득 전에 납부하였으며 2차 및 3차 토지를 취득한 조합원은 준조합원이 없으며, 준조합원의 자격으로 조합원으로 가입하는 것을 규제하기 위해 조합결성시 조합원 총회에서 조합원과 준조합원의 토지배분가액을 달리한다는 사실을 미리 공고하여 희망자를 조합원에 가입시킨 것이다. 넷째, 청구법인이 조합결성시 조합원은 300명이었고 공장토지를 일시에 매수할 수 없어 3차에 걸쳐 분할하여 매수하기로 하고 조합원의 희망에 따라 1차 토지취득 77명(준조합원 15명 포함), 2차 토지취득 28명, 3차 토지취득 143명으로 총 248명의 조합원이 공장토지를 취득하였으며, 토지의 실제 취득자는 매입대금 등을 납부한 조합원으로 청구법인은 토지소유자가 아니기 때문에 조합원 이외의 자에게 토지를 양도할 수 있는 권한이 없다. 다섯째, 처분청은 청구법인이 토지의 효용을 증가시키는 자본적 지출을 하여 부동산업을 영위하였다고 주장하나, 청구법인은 취득한 토지의 가치를 증대시키기 위한 개발사업을 한 사실이 없다. 토지를 매립하거나 형질을 변경하는 개발사업을 하기 위해서는 지방자치단체의 허가를 받아야 하나 청구법인은 2007～2012년 중 취득한 토지의 개발을 위해 어떠한 허가를 받은 사실이 없고, 청구법인이 세무조사시 제출한 토지대금 등 지출현황(<표1> 참조)과 조사청의 수입금액 및 소득금액 결정내역을 보면 청구법인이 취득한 토지의 효용을 증가시키기 위하여 토지를 매립하거나 어떠한 개발사업을 위해 지출된 자금이 없으며, 취득한 토지의 사진을 보아도 개발이 되지 아니한 것을 확인할 수 있다. 따라서, 청구법인이 설립목적에 따라 공장토지를 공동으로 취득하여 조합원에게 배분한 사업은법인세법제3조 제1항 및 제3항에 규정하는 부동산업의 수익사업에 해당하지 않음에도 조사청에서는 청구법인이 추진한 사업을 비영리법인의 수익사업으로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
(3) 조합원이 납부한 업무추진비가 청구법인의 수입금액에 해당한다 하더라도 업무추진비를 납부한 사업연도에 전액을 수입금액으로 보아 법인세를 과세하는 것은 부당하다. 청구법인은 OOO도시기본계획에 의해 장기간에 걸쳐 공장이전사업을 추진하면서 토지가액과 함께 업무추진비 등을 수납하여 사업추진기간의 토지 취득비용 등으로 지출하고 있으므로 법인세법제40조 제1항과 같은 법 시행령 제69조 제2항 제1호에 의하여 업무추진비는 사업추진기간에 지출될 비용을 미리 받은 선수금에 해당되므로 지출이 확정된 사업연도의 수입금액으로 보아 익금에 산입하고 지출된 금액을 손금으로 산입하여야 하므로 2007년에 수납한 업무추진비 등 OOO원 중 당해연도에 지출된 OOO원을 익금과 손금에 각 산입하여야 한다.
(4) 2012사업연도 중 3차 토지의 조합원 배분금액에 대한 수입금액과 대응원가를 결정하면서 법인세법제40조 제1항 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호에서 부동산의 경우 대금정산이 완료되거나 등기일 중 빠른 날이 속하는 사업연도의 수입금액으로 결정하도록 규정하고 있다. 3차에 취득한 토지의 조합원 배분등기일이 2013.1.14.이므로 2012.12.31.까지 토지대금 등을 완납한 조합원이 납부한 금액을 2012사업연도 수입금액으로 결정하고 이에 대응하는 토지원가를 계산하여야 함에도 불구하고 처분청의 수입금액 결정내역을 보면 토지대금 수입금액을 OOO원으로 토지원가를 OOO원으로 결정하였으나, 청구법인이 계산한 토지의 배분가액은 OOO으로 조합원이 토지대금 등을 최초로 완납한 2012년도 및 이후 사업연도의 수입금액과 비용으로 구분하여 법인세를 과세하여야 하고, 조합원이 2012.12.31.까지 납부한 토지대금과 업무추진비 등 선수금을 전액 2012사업연도 수입금액으로 결정하여 수입금액 OOO원을 과다하게 결정하였으며, 자본적 지출인 폐기 물처리비와 취․등록세를 원가에 가산하지 않아 토지원가 OOO원을 과소하게 결정하는 오류를 범하였다. 따라서, 2012사업연도에 수납한 업무추진비 등 선수금 OOO 중 2012사업연도에 사업추진을 위해 지출된 OOO원 을 익금과 손금에 각 산입하고 잔액은 선수수익으로 지출되는 사업연도의 익금과 손금에 각 산입해야 하는바, 조사청과 청구법인 간 차이 금액은 아래 <표2>와 같다.
(5) 청구법인이 부당이득금반환 청구소송을 통해 받게 된 부당이득금은법인세법에서 열거하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 않아 법인세를 과세하는 것은 부당하다. 청구법인이 3차에 취득한 토지에 OOO 주식회사 등의 폐기물처리업자들이 불법폐기물을 적치함에 따라 OOO 주식회사 등을 상대로 부당이득금반환 청구소송을 제기하여 2011.2.9. 확정판결로 청구법인에게 토지임료 등 OOO원의 채권(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 발생하였다. 조사청은 쟁점금액이 청구법인의 수익사업에서 발생한 소득으로 보아 수입금액에 산입하고 채권액 중 회수불능금액 OOO원을 대손금OOO으로 손금에 산입하여 법인세를 과세하였으나, 청구법인은 취득한 토지에 대하여 토지 임대업을 표방하여 부동산임대업을 영위한 사실이 없고 청구법인이 취득한 토지를 공장부지로 조성하려는 것일 뿐이었는바, OOO 주식회사 등이 토지상에 건설폐기물을 불법으로 적치함으로써 청구법인이 공장부지로 사용하려면 엄청난 폐기물처리비를 부담하는 손해가 발생하여 손해배상금조로 위와 같은 채권이 발생하였는바, 실질적으로 손해배상금의 성격의 일시적 기타소득에 해당하므로 법인세법상 열거된 수익사업에서 발생한 소득으로 볼 수 없고 당해 손해배상금을 자금원천으로 토지를 매입하거나 폐기물 처리비 등에 지출한 금액은 청구법인의 조합원이 실제 지출한 토지대금 등이 아닐뿐더러 과세대상수익도 아니므로 토지원가를 구성하지 않는다. 따라서, 쟁점금액을 청구법인의 수익사업에서 발생한 수익으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세하는 것은 부당하다.
(1) 비영리내국법인의 고유목적사업이라 함은 법인세법 시행령 제56조 제5항 에 따라 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 같은 법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말하는 것으로서, 법인세법제3조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제2조 제1항에 의하면, 비영리법인의 각 사업연도 소득의 대상이 되는 수익사업이라 함은 제조업, 건설업, 도․소매업 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 의미하고, 한국표준산업분류에 의하면 부동산업은 부동산의 임대, 구매, 판매에 관련되는 산업활동으로서 직접 건설한 주거용 및 비주거용 건물의 임대활동과 토지 및 기타 부동산의 개발․분양, 임대활동이 포함된다고 하고, 기타 부동산 개발 및 공급업은 택지, 농지 및 공장용지 등 각종 용도의 토지 및 기타 부동산을 위탁 또는 자영 개발하여 분양․판매하는 산업활동을 말하는 것으로 구입한 토지를 재판매하는 경우도 포함한다고 명시되어 있다. 청구법인이 OOO동 64-3번지 일대 폐염전 등의 잡종지를 매입하여 공장용지 및 산업단지로 개발한다는 명분으로 조합원을 모집하고 토지를 재판매한 사업은 한국표준산업분류표상의 사업에 해당하고 법인세법 시행령제2조 제1항에 의거 비영리법인의 각 사업연도 소득의 대상이 되는 수익사업에 해당한다. 첫째, 청구법인은 토지분양사업을 영위한 사실이 없고 위탁자의 재산을 맡고 있는 수탁자에 불과하다고 주장하나, 청구법인은 토지분양사업을 영위하였고 위탁자의 재산을 수탁한 수탁자가 아니다. 청구법인이 1차 토지를 확보한 후 2003년 9월경 OOO동 64-3번지 주변 토지 약 35,000평을 추가로 매입하고자 발송하였던 OOO동 이주 부지 추가분양 안내문과 3차 토지분양을 위해 2006.10.12. 발송한 안내문을 보면, 추가 분양신청을 마감한 후에는 일반분양으로 하거나 선착순 분양으로 하고 있는 것으로 나타난다. 둘째, 청구법인은 토지의 취득가액보다 배분가액이 많은 것은 당연하고 토지의 취득가액과 배분가액, 업무추진비 및 제세공과금은 조합원들이 결정하였으며 조합원의 결정내용을 위임받아 사업을 진행하였다고 주장하나, 이는 거짓된 주장으로 이를 뒷받침하는 입증자료로 2012.9.26. 임시총회 속기록과 2013.1.10. 해산총회 회의록을 보면 청구법인은 조합원들에게 조합이 설립되어 해산될 때까지 경과보고나 결산서 및 수입․지출내역을 공개한 적이 없고, 조합원은 청구법인과 토지지분매입동의서를 체결하고 그 계약상대방으로서 본인들이 부담해야할 채무인 토지대금, 업무추진비 및 회비를 납부할 책임만 있으며, 납부한 토지대금, 업무추진비 및 회비가 어떻게 사용되는지 모르고 있었으며, 청구법인의 대표자 이OOO의 발언내용을 보면 청구법인은 경과보고서나 결산서를 작성한 사실이 없으며 토지의 취득가액과 배분가액, 업무추진비 및 제세공과금 등을 토지의 실질취득자인 조합원들이 결정하여 납부한 사실도 없음을 알 수 있다. 청구법인은 토지의 매입비용과 분양가액의 차이로 수익이 발생했음에도 이를 조합원들에게 결산보고서나 경과보고서를 통해 공개한 사실이 없어 이는 청구법인이 조합원의 결정내용을 위임받아 사업을 진행하였을 뿐이라는 주장이 사실이 아님을 반증하는 증거이다. 셋째, 청구법인은 준조합원의 자격으로 조합원으로 가입하는 것을 엄격히 규제하기 위해 조합원과 준조합원의 토지배분가격을 달리하였다는 주장은 신빙성이 없다. 청구법인의 정관상 조합원의 자격은 OOO(지정개발구역) 내에서 사업을 영위하는 자로서 제조, 유통, 창고 및 기타 등의 사업자등록이 있는 자나 그 배우자로 한다고 규정하였으나, 조합원의 자격요건과 관계없이 토지를 분양받고자 하는 사람들에게 토지지분매입 동의서나 약정서의 형식으로 계약서를 작성하고 토지대금, 업무추진비 및 회비를 납부하면 준조합원이라고 하였던 바, 일반분양, 추가분양 및 선착순 분양이라는 단어가 적힌 청구법인의 안내문에서도 알 수 있듯이 준조합원 가입에 대한 어떠한 제재도 없다. 청구법인은 1차 토지 분양시에는 조합원에게는 토지대금은 평당 OOO원, 매립비는 평당 OOO원에, 준조합원에게는 토지대금 평당 OOO원과 매립비 평당 OOO원에 분양하였으며, 2차 토지 분양시에는 조합원․준조합원 구분 없이 토지대금은 평당 OOO원과 업무추진비는 평당 OOO원에, 3차 토지 분양시에는 조합원․준조합원 구분 없이 토지대금은 평당 OOO원과 업무추진비는 평당 OOO원에 분양하였다. 청구법인이 정관상 조합원 자격여부와 관계없이 수분양자를 준조합원이라 칭하고 청구법인의 토지를 준조합원에게 매각하였으므로 이는 토지 재판매에 따른 부동산업을 영위한 것이다. 넷째, 청구법인은 토지소유자가 아니므로 조합원 이외의 자에게 토지를 양도할 권한이 없고 양도한 토지도 전혀 없다고 주장하나, 청구법인은 최OOO 및 강OOO에게 토지소유주로서 매매를 등기원인으로 하여 신탁재산을 처분하고, OOO동 64-225, 64-195 및 64-230 총 3필지 (7,633㎡)를 2007.6.29. 신탁재산의 귀속을 등기원인으로 하여 조합의 임원인 신OOO 및 전OOO에게 무상으로 소유권을 이전등기한 사실이 있다. 매매를 등기원인으로 신탁재산을 처분한 사실이나 조합임원에게 토지를 무상으로 소유권을 이전등기한 사실로 보아 청구법인은 토지소유자로서 그 권한을 행사하였으므로 조합원 이외의 자에게 토지를 양도할 권한이 없다는 청구법인의 주장은 사실이 아니다. 다섯째, 청구법인은 상기 주장대로 토지의 효용증가를 위한 어떠한 자본적 지출행위를 한 사실이 없음에도 토지취득가액에 자본적 지출에 해당하는 폐기물처리비를 토지원가로 인정하여 줄 것을 청구하고 있고, 청구법인이 토지매립이나 어떠한 개발사업을 한 사실이 없음에는 동의하나 OOO동 일대 잡종지를 매입하여 조합원 등에게 토지를 재판매한 사업은 한국표준산업분류표상 기타 부동산개발 및 공급업에 해당된다.
(2) 청구법인은 조합원이 납부한 업무추진비가 청구법인의 수입금액에 해당한다 하더라도 업무추진비를 납부한 사업연도(2007 및 2012사업연도)에 전액을 수입금액으로 본 것은 부당하다고 주장하나, 조합원들이 조합에 납부한 업무추진비는 모두 토지대금에 해당한다. 조합원 이OOO 및 김OOO는 2006년 6～7월경 청구법인으로부터 개발예정 사업부지 2차 토지를 평당 OOO원에 매수하고 매립공사비 명목으로 업무추진비를 평당 OOO원을 지급하였던 바, 토지를 매립하거나 어떠한 개발사업도 하지 않은 청구법인에게 업무추진비 반환 소송을 제기하였다. 안OOO 외 2명이 제기한 소송(2013가합 7829 업무추진비 반환)에서 피고인 청구법인은 원고들이 지급한 평당 OOO원은 모두 토지대금에 해당한다는 답변서를 OOO지방법원 OOO지원에 제출하였고, 김OOO가 제기한 소송(2012가합16663 부당이득금반환)에서 법원은 추가비용은 그 실질이 이 사건 각 토지에 관한 매매대금의 일부라고 보이고, 각 토지 등에 대한 공장부지개발을 위한 업무추진비로 보기 어렵다는 내용으로 판시한 바 있다. 또한, 청구법인의 대표자 이OOO는 OOO지방검찰청의특정경제범죄가중처벌에 관한 법률 위반(횡령) 관련 사건에서 토지의 매매대금은 평당 OOO원이었다고 봄이 상당하다고 보아 증거불충분으로 불기소 결정을 받았다. 따라서, 민․형사상 재판에서 전부 토지대금이라고 주장하여 조합원들에게 반환하지 않았던 업무추진비를 청구법인은 사업추진기간에 지출될 비용을 미리 받은 선수금에 해당한다고 상반된 주장을 하고 있는 것이다.
(3) 청구법인은 배분(공유)등기일이 2013.1.14.이므로 2012사업연도 조합원의 토지배분가액의 수입금액 및 토지 취득원가를 잘못 결정하였다고 주장하나, 청구법인은 2012.
12.
31. 신탁재산의 귀속을 원인으로 2013.
1.
14. 109명의 공유자에게 소유권이전등기를 하였고, 토지대금, 업무추진비, 회비 및 등기관련 실비를 2012년 완납한 109명에 대하여 소유권이전등기가 완료하여 공유지분을 배분하였으며, 대금청산이 되지 않은 34명에 대하여는 소유권이전등기를 하지 않았다. 조사청은 2012년 대금청산이 완료된 109명의 토지대금 OOO원 과 업무추진비 OOO원을 익금산입하고, 3차 토지 100,230평 중 소유권이전등기를 완료한 73,114평에 대해 평당 취득가액을 OOO원으로 하여 토지대금 OOO원과 취․등록세 OOO원 을 대응원가인 토지원가로 손금산입하였다. 2012년 납부한 토지대금, 폐기물처리비 및 취․등록세에 대한 증빙이나 근거서류가 없고, 2014.6.5. 제출한 소명자료 중 3차 토지대금 미납자명단 및 미납금액명세, 2012년 2월 및 2013년 12월 기준 미납자명세를 제출하였던 바, 조합원 김OOO 및 황OOO가 2013년 12월 기준으로 미납했는데도 2013.
14. 소유권이전등기를 하였다는데 대하여는 아무런 소명이 없다. 또한, 청구법인은 토지취득가액에 자본적 지출에 해당하는 폐기물처리비가 원가에 포함되지 아니하여 토지원가가 과소 계상되었다고 주장하나, 관련법에 따라 지자체의 허가를 받아야 건설폐기물을 처리할 수 있고 청구법인이 주장하는 폐기물처리는 제3의 업체 등과 이해관계가 얽혀 있는 것으로 조사일 현재까지 폐기물처리가 이루어진 적도 없으며 앞으로 된다고 하더라도 지자체의 허가사항으로 현재 쟁점이 되는 청구법인의 수익사업과 직접적으로 확인되는 폐기물처리비용은 없는 바, 토지원가가 과소 계상되었다는 주장을 뒷받침할 만한 근거가 없다.
(4) 청구법인은 부당이득금반환청구소송의 승소로 얻게 된 부당이득금은 법인세법에서 열거하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 않는다고 주장하나, OOO지방법원의 판결(2011.2.9. 선고 2009가합 15813호)에 의하면 청구법인이 2006.
12.
29. 취득한 OOO동 63-4 외 9필지에 대하여 OOO 주식회사 외 3개 업체를 상대로 토지무단점유에 대한 부당이득금 반환소송에서 승소하였고, 부당이득금 OOO억원 및 순환골재협회에서 2011년 토지임차료 명목으로 추가 납입한 OOO원은 청구법인의 고유목적사업과 관련 없는 부동산 임대용역에 대한 대가로 보아 익금산입하고 회수불능 대손금 OOO을 손금산입하였다.
(5) 청구법인은 공장용지 및 산업단지로 개발한다는 명분으로 조합원을 모집하여 OOO동 64-3번지 일대 폐염전 등 잡종지를 매입하고 지번을 분할하여 토지를 재판매하였고 수익사업에서 발생한 수익금 일부를 조합장과 조합임원에게 귀속시켰다. 비영리법인의 고유목적사업이란 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로 법인세법 시행령제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말하는 것으로서, 청구법인이 부동산업을 영위한 사실은 법인의 정관에 규정된 고유목적사업 외 수익사업의 범위에 해당한다 할 것이므로 법인세법 시행령 제2조 제1항 에 의거 비영리법인의 각 사업연도 소득의 대상이 되는 수익사업에 해당하므로 당초 처분은 정당하다.
① 청구법인이 조합원을 모집하고 토지를 매입하여 재판매한 사업이 비영리법인의 고유목적사업인지 여부
② 조합원이 납부한 업무추진비를 전액 납부한 날이 속하는 사업연도 수입금액으로 본 처분의 당부
③ 2012사업연도의 수입금액 및 토지의 취득원가 결정의 적정 여부
④ 쟁점금액을 익금산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. (2) 법인세법 제1조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제29조[고유목적사업준비금의 손금산입] ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다. 제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (3) 법인세법 시행령 제2조[수익사업의 범위] ①법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. 2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역 제56조[고유목적사업준비금의 손금산입] ⑤ 법 제29조 제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말한다. 제68조[자산의 판매손익 등의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
1. 상품(부동산을 제외한다)·제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날
3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. 제69조[용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.
1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우
2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.
1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우
2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우
(1) 조사청이 제출한 심리자료 등에 의하면 청구법인의 토지취득 및 양도내역과 관련한 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 중소기업협동조합법에 의거 설립된 조합이 아닌 부동산등기용 등록번호만을 부여받은 임의단체로서국세기본법제13조 규정에 의한 법인으로 보는 단체이다. (나) 2003.4.12. OOO협동조합의 창립총회에서 출석조합원수 70명의 만장일치로 의장․임원(대의원) 선출, 정관승인, 조합등록신청 및 토지매입에 대한 의안이 통과되었고 조합장은 이OOO가 선출되었다. (다) 청구법인은 2003.5.14. 1차 토지 중 OOO 지분전부를 평당 OOO원에 매입하고, 2005.4.6. 소유권이전등기를 완료하였으며 조합원은 평당 OOO원, 준조합원은 평당 OOO원에 회원이 공동으로 매입하는 것으로 약정동의서를 받고 토지대금을 조합원 등으로부터 받은 후 토지대금을 지급하고 청구법인 명의로 소유권을 이전하고 조합원 등에게는 신탁재산의 귀속을 등기원인으로 하여 2005.10.12. 소유권을 이전하였다. (라) 청구법인은 1차 토지 중 OOO동 64-29 및 48 잡종지 4,106㎡를 이OOO 및 이OOO 지분전부를 평당 OOO원에 매입하여 일부는 OOO광역시에 수용되었고 일부 토지는 청구법인 소유로 남아있다. (마) 청구법인은 2006.6.27.～2006.11.16. 기간 동안 2차 토지를 OOO 및 이OOO으로부터 평당 OOO원에 매입하고 조합원 등에게는 평당 OOO원 및 업무추진비 평당 OOO원에 토지지분매입동의서를 받아 소유권을 이전하였으며, 2차 토지에 대해 공유지 분할 및 분필을 완료하고 조합명의 토지를 신탁등기하였다가 조합원등에게 신탁재산의 귀속을 등기원인으로 하여 2007. 6. 29. 소유권을 이전하였다. (바) 양도소득세 신고내역을 보면 청구법인은 3차 토지를 OOO으로부터 평당 OOO원에, 이OOO으로부터 평당 OOO원에, 유OOO로부터 평당 OOO원에 매입하였고, 청구법인이 제출한 3차 토지 배분명세에 따르면 조합원 등 143명에게 토지 100,230평을 배분하기로 약정하였으며, 토지지분매입동의서에 의하면 조합은 조합원과 토지대금 평당 OOO원과 업무추진비 평당 OOO원에 매각하기로 토지 지분에 대한 매매계약을 체결하였다. (사) 3차 토지는 조합원 등 각자의 명의로 소유권이 이전등기되지 않고 현재 공유지분으로 등기되어 있는바, 등기부등본상 109명 73,114평만이 공유지분으로 등기되어 있고 고OOO 외 33명은 토지배분명세에는 있으나 대금청산이 이루어지지 않아 공유지분으로 등기되지 않았다.
(2) 조사청의 청구법인에 대한 조사종결 보고서(2014년 7월) 주요내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 OOO 개발에 따른 이주보상비 협상과 대체 공장부지 선정 및 조합원의 사업장 토지의 매입 사업 등의 목적으로 설립된 조합으로 조사종결내용 및 수입금액 결정 상세내역은 아래 <표3>․<표4>와 같다. (나) 청구법인이 대단위 토지를 매입하여 개발사업을 영위한 것에 대한 2007년～2012년 부동산개발수익 OOO원을 적출하여 토지대금 OOO원 및 업무추진비 OOO원을 익금산입하고 토지원가 OOO원 및 비용 OOO원을 손금산입하였다. (다) 청구법인이 OOO 주식회사 외 3개 업체를 상대로 토지무단점유에 대한 부당이득금 반환소송에서 승소한 손해배상금 OOO원 및 주식회사 OOO에서 납입한 토지임차료 명목의 OOO을 익금 산입하고, 대손금(회수불능채권) OOO원을 손금산입하였다. (라) 신OOO 외 5명에게 조합명의토지를 증여하였고 그 외 이OOO 등 9명에게 지급한 OOO원을 임원급여 한도초과금액으로 보아 손금불산입 및 상여처분하였고, 청구법인의 대표자인 이OOO의 아들OOO이 부동산 등을 취득한 자금 중 총 OOO원을 증여추정하고 대출금 상환 등 총 OOO원을 증여한 것으로 보아 증여세를 과세하였다.
(3) 처분청의 과세근거 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 통계청 한국표준산업분류에 의하면, 기타 부동산 개발 및 공급업은 택지, 농지 및 농장, 공업용지 등 각종 용도의 토지 및 기타 부동산을 위탁 또는 자영 개발하여 분양․판매하는 산업활동을 말하고, 구입한 토지를 재판매하는 경우도 포함된다고 되어 있다. (나) 청구법인이 회원사 및 회원관련사 대표들에게 발송한 OOO동 이주 부지 추가분양 안내문(2003년 9월)을 보면, 부지매입을 희망하는 회원사 및 관련사 대표는 2003.9.30.까지 가계약을 하여야 하고 마감 후는 일반분양할 것으로 되어 있으며, 2006.10.12. 청구법인이 조합원에게 보낸 안내문을 보면 선착순으로 분양할 계획이라고 기재되어 있다. (다) 청구법인의 임시총회 속기록(2012.9.26.)을 보면 안OOO 조합원은 청구법인의 결산서를 본 적이 없다고 소유권 이전에 대해서 고지된 취․등록세 및 재산세 등도 조합원들에게 알려주지 않았다고 하였고, 이OOO 조합원은 돈을 지출할 때는 총회를 열어서 명확하게 돈 지출내역을 알려달라고 발언한 것으로 되어 있다. (라) 청구법인의 해산총회 회의록(2013.1.10.)을 보면, 이OOO 및 송OOO 조합원 등은 청구법인이 설립된 이후 수입과 지출내역 또는 결산서 등을 조합원에게 공개한 적이 없다고 한 것으로 되어 있다. (마) 김OOO가 청구법인을 상대로 부당이득금반환청구소송을 제기한 것에 대한 OOO지방법원의 판결서(2013.7.12. 선고 2012가합16663)를 보면, 청구법인이 업무추진비로 수령한 평당 OOO원을 그 실질이 토지에 관한 매매대금의 일부로 보이고 공장부지 개발을 위한 업무추진비라고 보기 어렵다고 판시하였다. (바) 청구법인이 주식회사 OOO 외 3개 업체에 제기한 부당이득금반환청구소송에 대한 OOO지방법원의 판결서(2011.2.9. 선고 2009가합15813)에 의하면, 주식회사 OOO 외 3개 업체는 OOO동 63-4 외 9필지에 재활용 골재 등 적재물 등을 적치하여 청구법인 소유의 토지를 무단으로 점유하여 사용․수익하였고 이에 따라 청구법인이 수령한 임료상당의 부당이득금과 주식회사 OOO에서 2011년 토지 임차료 명목으로 청구법인에 추가납입한 금액(쟁점금액)내역은 아래 <표5>와 같다.
(4) 청구법인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인의 정관에 기재된 청구법인의 사업은 조합원의 이주에 따른 보상비 협상(영업보상비 포함), 대체 공장부지 선정하여 조합원의 사업장에 필요한 점유토지의 매입 및 조합원 전원을 위탁자로 하고 조합을 수탁자로 한 신탁행위 등이다. (나) 청구법인은 2007～2014년 기간 동안 비영리 양도소득세 OOO원, 취득세, 등록세, 재산세 및 종합부동산세 OOO원을 납부하였다고 주장하면서 국세 및 지방세 납부현황을 제출하였다. (다) 청구법인과 주식회사 OOO 간 체결한 적치골재처리 도급계약서(2012년)를 보면, 주식회사 OOO은 OOO동 63-4 외 청구법인 소유의 토지(공사면적 211,160㎡)에 대해 2012.6.1.～2014.7.31. 기간 동안 계약금액 OOO원에 적치골재를 처리하는 용역을 수행하는 것으로 되어 있다. (라) 청구법인은 청구주장에 대한 증빙으로 그 밖에도 청구법인의 토지취득 및 배분현황, 2011년 및 2020년 OOO도시기본계획, 창립총회 의사록(2003.4.12.), 청구법인의 등록번호등록증명서(2004.10.11.), 지적도, 토지에 대한 취득 토지분배 명세표와 신탁원부 및 폐기물 적치 실태사진 등을 제출하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 조합원으로부터 권한을 위임받아 토지를 취득하여 사업을 진행하였고 조합원에게만 토지를 양도하였으므로 비영리법인의 고유목적사업에 대해 법인세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 통계청의 한국표준산업분류에 의하면 부동산 개발 및 공급업은 구입한 토지를 재판매하는 경우도 포함된다고 규정하고 있고, 청구법인의 안내문을 보면 일정기간 이후 일반분양을 하거나 선착순으로 분양하는 등 조합원만을 대상으로 사업을 영위한 것이 아닌 것으로 보이는 점, 청구법인은 조합원들에게 결산서 등의 자료를 공개하지 아니하였고 대의원들에게 무상으로 토지를 배분하는 등 청구법인은 토지소유자로서 그 권한을 행사한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 토지를 매입하여 재판매한 사업을 비영리법인의 고유목적사업이 아닌 부동산업을 영위한 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(6) 다음으로, 쟁점② 및 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구법인은 조합원이 업무추진비를 납부한 사업연도에 전액을 수입금액으로 보아 과다하게 결정하였고 폐기물처리비 등을 원가에 가산하지 않아 토지원가를 과소하게 결정하였다고 주장하나, OOO지방법원의 판결서에서 청구법인이 업무추진비로 수령한 금액에 대해 토지에 대한 매매대금의 일부로 보인다고 판시하고 있는 점, 조사청은 3차 토지 중 공유지분으로 소유권이전등기가 2013년에 되었으나 사실상 2012년에 대금청산된 것으로 확인된 토지의 수입시기를 2012년 귀속으로 보아 등기상 공유지분자 수에 조합원 및 비조합원의 분양가액 및 업무추진비를 곱하여 2012년 수입금액을 산정하였고 소유권이전등기를 완료한 토지에 대해 취득가액 및 취․등록세 등을 대응원가인 토지원가로 손금산입한 점, 기타 폐기물 처리비 등에 대하여는 이를 인정할 객관적인 증빙이 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(7) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다. 청구법인은 부동산임대업을 영위한 사실이 없고 손해배상금 명목으로 수령한 쟁점금액을 수령하였으므로 이를 수입금액으로 볼 수 없다고 주장하나, 주식회사 OOO 외 3개 업체가 청구법인의 토지에 불법폐기물을 적치함에 따라 이들을 상대로 제기한 부당이득금반환청구소송에 대한 OOO지방법원의 판결서(2011.2.9. 선고 2009가합15813)에 의하면 주식회사 OOO 등에게 각 토지의 임료 상당의 부당이득금을 반환하여야 할 의무가 있다고 판시하면서 각 토지의 ㎡당 월 임료를 기준으로 무단점유기간 동안(2007.1.1.～2009.8.31.)의 부당이득금을 산정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점금액을 익금산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.