공사대금의 지급시기나 금액 등이 구체적으로 확인되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 수련원공사의 완료시기를 특정하기 어려워 공급시기가 불분명하므로 사용승인일을 공급시기로 봄이 타당하고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 시설 관련 공통매입세액은 안분계산하여 면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하여야 함.
공사대금의 지급시기나 금액 등이 구체적으로 확인되지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 수련원공사의 완료시기를 특정하기 어려워 공급시기가 불분명하므로 사용승인일을 공급시기로 봄이 타당하고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 시설 관련 공통매입세액은 안분계산하여 면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하여야 함.
[주 문] OOO세무서장이 2015.1.9. 청구법인에게 한 2014년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 주식회사 OOO으로부터 발급받은 매입세금계산서 2매의 공급가액 합계 OOO원의 부가가치세 매입세액을 공통매입세액으로 보아 면세사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다. [이 유]
(1) 부가가치세법 제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때
② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제34조【세금계산서 발급시기】① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제29조【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.
1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우
2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우
3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우
4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우
② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제36조【면세하는 교육 용역의 범위】① 법 제26조 제1항 제6호에 따른 교육 용역은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.
2. ｢청소년활동진흥법｣ 제10조 제1호 에 따른 청소년수련시설 제81조【공통매입세액 안분 계산】① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제82조【공통매입세액의 정산】사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.
1. 제81조 제4항 제1호 및 제2호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 가산되거나 공제되는 세액 =총공통매입세액× (1- 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액
• 이미 공제한 세액 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액
2. 제81조 제4항 제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 가산되거나 공제되는 세액 =총공통매입세액× (1- 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적
• 이미 공제한 세액 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적 (3) 청소년활동진흥법 제10조 【청소년활동시설의 종류】청소년활동시설의 종류는 다음 각 호와 같다.
(1) 심리자료를 토대로 이 건의 사실관계를 살펴본다, (가) 청구법인은 2013.10.16. “공사기간 2013.10.23.～2014.3.23., 공사금액 OOO원(부가가치세 별도), 1차 계약금 OOO원, 공사완료(준공)후 15일 이내에 모든 공사대금을 완불, 결제는 기성으로 처리하고 현금으로 결제한다.”는 내용의 수련원공사 계약을 수주처와 체결하여 공사용역을 공급받고, 2014년 8월 수주처로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 2014년 제2기 부가가치세를 신고하였다. (나) 처분청은 수련원공사 용역의 공급시기를 2014년 제1기 부가가치세 과세기간인 2014년 5월로 보고 쟁점세금계산서가 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 공제부인하여 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세를 과세하였다. (다) 처분청의 처분사유를 살펴보면, 청구법인의 법인등기부에 의하면 2014.5.26. 본점 소재지를 쟁점건물로 이전하였고, 2014.6.18. 사업자등록증상의 본점 사업장을 쟁점건물 소재지로 정정신고하였으며, 2014년 5월부터 청구법인이 쟁점건물에서 팩스와 전화번호를 개통하고 있는 점, 쟁점건물을 수련시설로 이용한 고객의 이용후기가 2014년 6월로 나타나고 있는 점, 국세통합전산망상 청구법인의 현금영수증 발급업소 가맹일이 2014.5.15.이며 2014년 제1기 부가가치세 과세기간에 매출금액이 발생한 것으로 신고하고 있는 점, 청구법인이 수주처에 2014.5.2.에 쟁점건물에 입주하였음을 확인하는 내용의 확인서를 작성하여 준 점 등을 들어 2014년 제1기 과세기간 중에 수련원공사가 종료되어 쟁점건물이 사실상 완공된 것으로 보아 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 것으로 나타나며, 이 건 심판청구에 따른 추가의견에서 청구법인의 사업자등록증상 업종이 청소년수련시설운영업으로 신고되어 있고, 공사도급계약서상 청소년 수련원 신축공사로 공사명을 표기하고 있는 점과 쟁점건물의 건축물대장상 주용도가 수련시설로 기재된 점 등을 들어 쟁점건물이 청소년 수련시설의 용도로만 사용되는 것이므로 ｢부가가치세법｣상 부가가치세가 면제되는 용역의 공급으로서 해당 매입세액 공제를 부인하는 것이 정당하다는 의견이다. (라) 청구법인은 이에 대하여, 수련원공사는 통상적인 건설공사로 당초 공사계약서상의 기간 중에 공사가 완료되지 못하고, 2014.8.19.까지 공사가 진행되었으며, 쟁점건물이 2014.8.25. 사용승인되었으므로 해당 공사용역의 공급시기를 세금계산서 작성․교부일인 2014.8.19.이나 쟁점건물의 사용승인일로 보아야 한다고 주장하면서 다음과 같이 구체적인 주장내용과 함께 관련증빙을 제시하고 있다.
1. 입주확인서는 수주처의 요청에 따라 청구법인이 선의로 작성해 준 것에 불과한 것이며, 공사의 완료 여부는 입주확인서가 아닌 실질에 따라 판단하여야 할 것으로서 정화조, 외부테크, 배수로 공사를 처분청은 쟁점건물의 신축공사와 별개의 공사로 보고 있으나 이는 모두 쟁점건물의 신축공사인 수련원공사의 일부인바, 수련원공사를 위해 해당구청에 당초 제출한 설계도면에도 이와 같은 내용이 나타나고 있고, 동 공사가 2014년 5월부터 2014.8.19.까지 이루어진 사실이 제시증빙에 의해 확인되므로 공사완료시기는 2014.8.19. 이후가 된다.
2. 본점 사업장을 쟁점건물 소재지로 정정신고 시기 및 법인등기부상 본점 소재지의 이전 시기, 쟁점건물의 팩스 및 전화개통 시기를 쟁점건물의 실제 사용시기와 동일시 할 수는 없는 것이며, 청구법인은 쟁점건물 임대사업 외에 쟁점건물 소재 운동장을 오토캠핑장으로 만들어 자리를 제공하고 지역레포츠 회사와 제휴하여 레포츠용품 판매를 위해 법인소재지 변경 등의 준비를 해왔는바, 이는 청구법인의 목적사업을 수행하기 위한 일반적인 사전준비에 불과한 것이고, 처분청이 주장하는 2014년 제1기 부가가치세 과세기간의 매출은 쟁점건물의 사용에 따른 매출이 아니고 오토캠핑장 대여 및 레포츠용품 판매 관련 매출로서 쟁점건물과 관련이 없는 매출이며, 처분청이 쟁점건물을 수련시설로 이용한 고객의 이용후기가 2014년 6월로 나타나고 있다는 의견이나 이를 확인한 바에 의하면, 해당 이용후기는 쟁점건물의 사용에 따른 것이 아니고 오토캠핑장 이용후기인 것으로 밝혀졌을 뿐 아니라 처분청이 제시한 블로그상으로도 9월부터 정상영업을 할 수 있다는 내용이 있는 것으로 나타나고 청구법인이 제휴하고 있는 OOO 소개글에서 2014년 9월에 영업을 시작하였다는 내용을 확인할 수 있어 수련원공사가 2014년 제1기 부가가치세 과세기간에 완료된 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
3. 청구법인은 당초 쟁점건물을 청소년 수련시설 위주로 사용하기 위해 청소년 수련원이라는 명칭을 사용하였던 것이나 실제 매출은 학교 등을 통한 청소년의 수련원 용도보다 일반 회사의 워크숖이나 단체 관광객 위주로 발생하고 있고, 과세사업자로 등록하였을 뿐 아니라 2014년 사업개시부터 2015년 제1기 부가가치세 예정 신고시까지 과세매출 외에는 면세매출이 발생하지 않았으며, 2015년 4월 선일여자중학교 수련활동 관련 매출이 최초로 발생하였는바, 청구법인이 실질적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 부가가치세법에 따라 공통매입세액을 안분계산하면 되는 것이고 당초 쟁점건물의 신축 목적이 청소년 수련시설이라는 이유로 전체를 면세전용으로 보아 해당 부가가치세 매입세액을 공제부인하는 것은 부당하다.
4. 청구법인은 위 주장과 관련하여, 강당 벽면의 누수 보강 공사 및 식당, 정화조 공사와 외부 화장실 앞 테크공사, 사무실 2층 철제 계단공사와 사무실 내부 칸막이 공사 및 주변시설에 대한 공사가 2014.8.19.에 완료되었음을 수주처가 확인하는 내용의 공사완료확인서와 쟁점건물의 2014.8.25.자 사용승인 사실 및 2014.9.22.자 소유권 보전 사실이 확인되는 건축물관리대장․등기부등본, 공사 과정을 촬영한 사진, 설계도면, (주)OOO의 홈페이지에 청구법인이 운영하는 수련원이 2014년 9월부터 영업을 시작한다는 내용으로 이용객을 모집하는 홍보물 등을 증빙으로 제시하고 있다.
(2) 이상의 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 제16조 제1항 에서 용역의 공급시기를 역무의 제공이 완료되는 때 또는 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때로 규정하고 있는바, 지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역의 공급시기는 건설용역의 제공이 완료되는 때라 할 것이고, 용역 제공 완료일이 불분명한 경우에는 사용승인일을 해당 용역의 공급시기로 보는 것인바, 처분청은 2014년 5월에 쟁점건물을 청구법인이 본래 사업의 용도로 사용한 것으로 보고 이를 수련원공사 용역의 제공이 완료된 때로 보아 공급일이 2014년 8월로 기재된 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보고 있으나, 처분청이 제시한 근거와 증빙만으로는 청구법인이 쟁점건물을 2014년 5월부터 실제로 사용하였다거나 사업상 이용가능한 상태에 있었다고 보기 어려우므로 해당 공사용역의 제공이 완료되었다고 단정하기 어렵고, 청구법인은 수련원공사의 일부로 볼 수 있는 쟁점건물의 강당 벽면 누수 보강 공사 및 식당, 정화조 공사와 외부 화장실 앞 테크공사, 사무실 2층 철제 계단공사와 사무실 내부 칸막이 공사 및 주변시설에 대한 공사를 2014.8.19.까지 계속하였다는 증빙으로 수주처의 사실확인서와 해당 공사 현장을 촬영한 사진을 제시하고 있으며, 쟁점건물의 건축물관리대장 및 등기부등본에 쟁점건물이 2014.8.25.자로 사용승인되고, 2014.9.22. 소유권 보전 등기된 것으로 나타나고 있으며, 공사대금의 지급시기나 금액 등이 구체적으로 확인되지 아니한 점에 비추어 볼 때, 쟁점건물을 포함한 수련원공사의 완료시기를 특정하기 어려워 용역의 공급시기가 불분명하므로 사용승인일을 공급시기로 보는 것이 타당한 것으로 판단되고, 처분청은 수련원공사가 청소년수련시설 공사이므로 부가가치세 면세용역에 해당한다는 의견이나, 청구법인이 제시하고 있는 증빙(수련원 이용후기, 홍보내용, 부가가치세 신고내용, 사업자등록 내용 등)에 의하면 동 수련원은 청소년 뿐 아니라 직장인이나 성인들이 모두 이용하는 시설로서 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 것으로 보이므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산하여 면세사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 그 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.