법인으로 보는 단체 승인 이전의 양도에 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 소재의 교회로, OOO로부터 2006.12.11. 증여받은 OOO 잡종지 1,002㎡, OOO 종교용지 331㎡ 및 종교시설 197.82㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2009.12.30. OOO에 공공용지 협의취득을 원인으로 양도한 후 그 양도차 익을 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 고정자산처분이익으로 보아 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도 당시 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받지 아니하였으므로 쟁점부동산의 양도에 대해 양도소득세 납세의무가 있는 거주자에 해당된다고 보아 2015.3.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정 ․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.6.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 OOO로부터 쟁점부동산을 증여받은 2006.12.11. 이후 시점부터는 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서국세기본법제13조의 법인으로 보는 단체의 요건을 충족하였으므로 처분청의 법 인승인일(2010.1.29.)과 관계없이 실질적인 비영리법인에 보아야 하며 이는 대법원 판례에 의해서도 확인된다. 국세기본법제13조 제2항에서 규정하는 처분청의 법인 승인 행위는 새로운 납세의무를 창설하는 행위가 아닌 단순 확 인행위에 불 과하다. 즉, 청구인에 대한 법인승인 행위는 새로운 인격 형성의 창설효를 가지는 것이 아니므로 청구인은 OOO로부터 쟁점부동산을 증여받은 2006.12.11. 이후부터는 처분청의 법인 승인과 무관하게법인세법의 적용을 받아야 한다. 현재 세무서 민원실에서는 별도의 승인절차 없이 민원담당 세무 공무 원의 임의적․주관적․자의적 판단기준에 의하여 고유번호OOO가 부여되는 바, 이와 같은 부실한 세무행정으로 야기된 책임을 청구인에게 전가하는 것은 부당하다. 또한, 청구인은상속세 및 증여세법제16조 제1항 및 제48조 제1항에서 규정하는 "종교·자선·학술 또는 그 밖의 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 공익법인"에 해당하여 OOO로부터 증여받은 쟁점부동산에 대하여 증여세가 과세되지 않았는바, 같은 논리로 위 쟁점부동산 양도 건에 대하여도 양도소득세 과세대상에서 제외되어야 한다. 따라서, 쟁점부동산은 청 구인이 고유목적에 사용해온 것이므로 쟁점부동산 양도차익은 양도 소득세 과세대상이 아니라 법인세 비과세대상에 해당한다고 봄이 타당 하다 할 것이어서 이 건 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다. (2) 처분청은 이 건 양도소득세 체납을 이유로 청구인의 재산에 대 하여 압류처분을 하였는바, 이는 처분청에서 거주자로 간주하여 과세한 ‘거주자’에 대한 과세체납을 이유로 처분청이 ‘법인’으로 승인한 청 구인의 재산을 압류한 것으로 ‘타인’재산에 대한 압류가 되어 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산과 같이 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날을 양도시기로 보므로, 이 건의 경우 쟁점부동산 양도일은 등기접수일인 2009.12.30.과 보상금지급일인 2009.12.31. 중 빠른 날인 2009.12.30.이라 할 것인바, 청구인은 쟁점부동산 양도일 이후인 2010.1.28.에 법인으로 보는 단체로 승인받았으므로, 청구인을 양도소득세 납세의무가 있는 거주자로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 법인으로 보는 단체로 승인받기 이전의 양도에 대하여 양도 소득세를 부과한 처분의 당부

② 청구인의 재산에 대한 압류처분의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제1조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다. 다.국세기본법제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (2) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (3) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단․재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단․재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단․재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각 호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단․재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단․재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유․관리할 것

3. 사단․재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (4) 국세기본법 시행령 제8조【법인으로 보는 단체의 신청․승인 등】 ① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. ～ 7.(생 략)

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인여부를 신청일부터 10일 내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서법인세법제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 소득세법 제1조 【납세의무】 ③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. (6) 국세징수법 제50조 【제3자의 소유권 주장】 압류한 재산에 대하여 소유권을 주장하고 반환을 청구하려는 제3자는 매각 5일 전까지 소유자로 확인할 만한 증거서류를 세무서장에게 제출하여야 한다. 제53조【압류 해제의 요건】 ① 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 압류를 즉시 해제하여야 한다.

2. 제50조에 따른 제3자의 소유권 주장이 상당한 이유가 있다고 인정하는 경우 (7) 민법 제186조 【부동산물권변동의 효력】 부동산에 관한 법률행위로 인한 물권의 득실변경은 등기하여야 그 효력이 생긴다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점

① 에 대해서 살펴본다. (가) 청구인은 담임목사 OOO로부터 2006.12.11. 증여받은 쟁점부동산을 2009.12.30. OOO에 공공용지 협의취득을 원인으로 양도한 후 그 양도차 익을 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 고정자산처분이익으로 보아 이에 대한 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 처분청은 청구인이 쟁점부동산 양도 당시 관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받지 아니하였으므로 쟁점부동산의 양도에 대해 양도소득세 납세의무가 있는 거주자에 해당된다고 보아 청구인에게 이 건 처분을 하였다. (나)법인세법제3조 제3항 제5호에서 비영리내국법인의 각 사 업 연도의 소득은 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에서 생기는 소득으로 하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다고 규정하고 있고,국세기본법제13조 제2항에서 법인으로 보는 사단․재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 대표자 또는 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다고 규정하고 있다. (다) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 2009.12.30. 쟁점부동산을 OOO에게 협의 양도한 이후인 2010.1.28. 처분청에 법인으로 보는 단체 승인(128-82-74)을 받았고, 그 이전에는 고유번호증(128-80-06)만을 부여받아 사용한 것으로 확인된다. (라) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 법인으로 보는 단체 승인을 받았으므로 쟁점부동산 양도가 국세기본법제13조 제2항의 법인으로 보는 단체의 양도에 해당한다고 주장하나, 쟁점부동산 양도일 이전에 청구인이 법인으로 보는 단체의 승인을 받은 경우에는 위 규정을 적용할 수 있다 할 것이나(조심 2014중2985, 2014.8.22. 같은 뜻임), 청구인은 쟁점부동산 양도 일(2009.12.30.) 이후인 2010.1.28.에 처분청에 법인으로 보는 단체 승인을 받은 사실이 확인되는 점에 비추어 이 부분 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 또한, 청구인은 OOO로부터 쟁점부동산을 증여받은 2006.12.11. 이후 시점부터는 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 ‘재단’으로서 국세기본법제13조 제1항의 요건을 충족하였으므로 처분청의 법 인승인과 관계없이 실질적인 비영리법인에 보아야 한다고 주장하나, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 총유권의 대상인 교회재산을 사용․수익할 수 있다고 할 것이므로 청구인을 법인격 없는 ‘재단’으로 볼 수 없는 점에서 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대해 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 다음으로, 쟁점②에 대해서 살펴본다. (가) 심판청구서 및 처분청 심리자료에 의하면 처분청은 2015.5.22. 이 건 양도소득세 체납을 이유로 청구인의 재산인 OOO 외 3필지에 대하여 압류처분을 한 사실이 나타난다. (나) 국세징수법제53조 제1항 제2호에서 압류한 재산에 대하여 소유권을 주장하고 반환을 청구하는 제3자의 소유권 주장이 상당한 이유가 있다고 세무서장이 인정하는 때에는 압류를 해제하여야 한다고 규정하고 있고, 민법제186조에서 부동산에 관한 법률행위로 인한 권리의 득실변경은 등기하여야 그 효력이 생긴다라고 규정하고 있다. (다) 이상의 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 압류처분이 타인 재산에 대한 압류가 되어 부당하다고 주장하나, 압류된 재산이 부동 산인 경우 그 재산이 제3자의 소유인지 여부에 대한 판단은 등기의 대외적 효력에 따라 이루어져야 하는바, 이 건의 경우 압류처분 당시(2015.5.22.) 압류부동산의 등기부상 소유자는 청구인으로 되어 있는 점, 청구인이 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 이후 세법상 법인으로 보는 단체로취급된다 하여 승인전후로 인격의 동일성까지 변하는 것은 아닌 점 등에서 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.