청구법인이 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 준비금으로 수익용 대체부동산을 취득한 경우에는 동 준비금을 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이므로 동 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에 해당하는 것으로 보이는 점, 평가기준일인 현재에는 개별공시지가가 고시되어 있어 이를 적용하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
청구법인이 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 준비금으로 수익용 대체부동산을 취득한 경우에는 동 준비금을 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이므로 동 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에 해당하는 것으로 보이는 점, 평가기준일인 현재에는 개별공시지가가 고시되어 있어 이를 적용하여야 할 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 아래와 같은 이유로 이 건 과세처분은 부당하다. (가) 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 에 따라 고유목적사업준비금을 통해 비영리사업회계에 전입한 금액은 그 전입 시점에 고유목적사업(비영리사업)에 지출한 것으로 보아야 한다. 법인세법제113조에 따른 수익사업 구분경리원칙은 수익사업과 비수익사업간 거래는 비영리법인 내부거래이기는 하나 제3자간 거래와 같이 인식하도록 하고 있고, 법인세법 시행규칙 제76조 제3항 에서도 ‘비영리사업 → 수익사업’으로의 ‘자산 이전’에는 ‘전입’만 있더라도 거래를 인식하여 ‘자본 원입’으로 경리하도록 하고 있다. 마찬가지로 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문에서는 사립학교법에 의한 학교법인을 비롯한 각종 교육관련 비영리법인에 대하여는 ‘수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다’고 규정하여 일반 비영리법인에 비하여 거래 인식 시점을 앞당기고 있는바, 이는 교육의 공공성, 특수성을 고려하여 교육사업에 대한 재원 공급을 촉진할 필요가 있고, 학교법인의 학교회계(비영리사업회계)에 대하여는 사립학교법에 따라 고유목적사업 외 용도로 부당 지출되는 것을 차단할 수 있는 각종 안전장치가 확보되어 있기 때문이다. (나) 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 과세기간 종료일로부터 5년이 경과한 사업연도에 익금에 산입하여야 한다. 법인세법 제29조 제3항 은 손금산입한 고유목적사업준비금의 익금산입 시기를 규정하고 있고, 수익용 재산의 구입에 소요된 비용을 수익사업회계로 구분되어 있는 자산에서 사용할지 또는 고유목적사업준비금에서 먼저 사용할지의 여부는 해당 준비금을 적립한 법인에서 선택할 수 있는 것인 바, 손금 산입한 준비금의 익금산입 여부는 수익사업회계에서의 자산 총액을 초과하여 사용하지 않는 이상 동 조문에 따라 반드시 전입일로부터 5년이 경과한 다음에 결정될 것이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
(2) 쟁점토지의 취득가액은 1991.1.1. 기준으로 1991.6.29.에 고시된 개별공시지가를 적용하여야 한다. 대법원은, “개별공시지가는 그 공시 기준일을 기준으로 하여 효력이 있다 할 것”이라 판시(대법원 1996.9.20., 선고 95누18819. 판결)하였는바, 1991.1.1.을 기준일로 하는 개별공시지가가 고시되기 전(1991.6.29.)에 쟁점토지를 평가하는 것이라면, 처분청과 같이 1990.8.30.에 고시한 개별공시지가(기준일이 1990.1.1.인 개별공시지가)를 사용하여야 할 것이나, 1991.1.1. 기준 개별공시지가가 고시된 이후(1991.6.29.)에 토지 등을 평가하는 것이라면 이미 고시되어 있는, 1991.1.1.을 기준일로 하는 개별공시지가 즉, 1991.6.29.에 고시된 개별공시지가를 이용하여 쟁점 토지의 취득가액을 평가하여야 한다.
(1) 아래와 같은 이유로 이 건 과세처분은 정당하다. (가) 청구법인이 쟁점금액으로 수익용 대체자산을 취득한 것은 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당된다. 법인세법제3조는 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산을 제외한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여 과세소득으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제56조 제6항에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산의 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있으며, 조세심판원도 학교법인이 수입사업 회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항 의 규정을 적용하는 것이나 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 전출 후에도 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하는 경우에는 그 전출이 없는 것(조심 2013중3164, 2013.10.22. 같은 뜻임)으로 보고 있으므로 청구법인이 2007사업연도에 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입한 쟁점토지의 처분이익 OOO원을 고유목적사업회계로 전출하여 정기예금하고, 해당 정기예금으로 수익용 대체자산을 취득한 것은 전출행위가 명목뿐인 경우에 해당하여 고유목적사업 지출로 볼 수 없을 뿐 아니라 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당된다. (나) 수익용 대체부동산 취득으로 지출된 비용은 지출된 사업연도에 익금에 산입함이 타당하다. 법인세법 제29조 제3항 제4호 에 따라 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있으므로, 청구법인이 고정자산처분이익을 재원으로 하여 수익용 부동산을 취득하는데 지출한 비용은 그 지출된 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여야 하는 것으로 해석함이 타당하고, 조세심판원도 같은 입장(조심 2013중3164, 2013.10.22. 같은 뜻임)이다.
(2) 쟁점토지의 취득가액은 1990.8.30. 공시된 개별공시지가를 적용하여야 한다. 상속세 및 증여세법 제61조 에 따라 토지에 대한 평가는부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가로 하여야하고, 개별공시지가의 적용은 평가기준일이 아닌 결정공시일을 기준으로 적용하여야하므로 1991.1.1.현재 쟁점토지의 평가액은 결정공시일이 1990.8.30.인 개별공시지가를 적용하여야 한다.
① 고유목적사업준비금을 설정하여 손금계상한 후 이를 재원으로 수익용 대체부동산을 취득한 경우 그 취득비용이 지출된 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분의 당부
② 쟁점토지의 취득가액을 평가기준일(1999.1.1.) 이후인 1991.6.29. 고시된 1991.1.1. 현재 개별공시지가를 적용하여 평가하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세 경정결의서, 고유목적사업준비금 조정명세서 등을 보면, 청구법인은 2007.8.9. 쟁점토지를 OOO원에 양도하고, 취득가액 OOO원, 필요경비 OOO원, 처분이익을 OOO원으로 하여 OOO원을 고유목적사업에 전출한 것으로 하여 2007사업연도 법인세를 신고한 것으로 나타나고, 재산매각대금 사용명세서 등을 보면, 쟁점토지 양도대금 OOO원을 수익용 재산(정기예금)에 대체한 것으로 나타난다.
(2) OOO 공문(OOO, 2010.1.21., 학교법인 수익용 기본재산 처분 허가)을 보면, 청구법인의 수익용 기본재산 처분(대체) 허가 신청 건에 대하여 사립학교법 제28조 의 규정에 의하여 다음과 같이 허가한다는 내용 등이 나타나고, 법인 기본재산 처분․매입내역을 보면, 청구법인은 정기예금 OOO원으로 수익용 대체부동산을 취득한 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 에 따라 고유목적사업준비금을 통해 비영리사업회계에 전입한 금액은 그 전입 시점에 고유목적사업(비영리사업)에 지출한 것으로 보아야 하고, 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 과세기간 종료일로부터 5년이 경과한 사업연도에 익금에 산입하여야 하므로 처분청의 과세처분은 부당하다고 주장하나, 학교법인이 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로는 손금에 산입하기 곤란한 것(대법원 2013.3.28. 선고 2012두690 판결 같은 뜻임)인바, 법인세법 시행령 제56조 제6항 에서 고유목적사업준비금의 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것은 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액으로 한정하고 있어 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용범위에 포함되지 아니하고, 청구법인이 쟁점금액을 정기예금으로 예치하여 비영리사업회계로 전출한 뒤 수익용 대체부동산을 취득한 것은 그 행위가 명목뿐인 경우로서 고유목적사업 지출로 보기 어려운 점, 청구법인이 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 준비금으로 수익용 대체부동산을 취득한 경우에는 동 준비금을 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이므로 동 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점금액으로 수익용 대체자산을 취득한 것은 고유목적사업준비금의 임의환입에 해당하여 수익용 대체부동산 취득으로 지출된 비용은 지출된 사업연도의 익금에 산입함이 타당한 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 취득가액은 1991.1.1. 기준으로 1991.6.29.에 고시된 개별공시지가를 적용하여야 한다고 주장하나, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제50조 제6항은 보충적 평가방법에 의하여 토지를 평가할 경우 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용하도록 규정하고 있고, 평가기준일인 1991.1.1. 현재에는 결정공시일이 1990.8.30.이 개별공시지가가 고시되어 있는 점, 상속세 및 증여세법상 평가시 적용할 개별공시지가는 상속․증여개시일 현재 고시되어 있는 개별공시지가를 적용하여야 하는 점 등에 비추어 쟁점토지의 취득가액은 1990.8.30. 공시된 개별공시지가를 적용하여야 할 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법 제3조 [과세소득의 범위] ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제29조 [고유목적사업준비금의 손금산입] ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.
4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) 제113조 [區分經理] ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회計로 구분하여 경리하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제56조 [고유목적사업준비금의 손금산입] ③ 법 제29조 제1항 제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항 및 조세특례제한법 제73조 제1항 의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항 및 조세특례제한법 제73조 제1항 의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. 제156조 [구분경리] ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제76조 [비영리법인의 구분경리] ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.
③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.
④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (4) 법인세법 부칙 부칙(1988.12.26. 법률 제4020호로 개정된 것) 제14조[수익사업용 고정자산의 취득가액산정에 관한 특례] 제1조 제1항 제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액 중 높은 금액으로 할 수 있다. 부칙(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제1조 [시행일] 이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 부칙(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제21조 [수익사업소득계산의 과세특례에 관한 적용례] 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도에 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정된 것) 제8조 [수익사업소득계산에 관한 특례] ② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.
(5) 상속세 및 증여세법 제61조 [부동산등의 평가] ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. (6) 상속세 및 증여세법 시행령 제50조 [부동산의 평가] ① 법 제61조 제1항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 개별공시지가가 없는 당해 토지와 지목·이용상황등 지가형성요인이 유사한 인근토지를 표준지로 보고 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제9조 제2항 의 규정에 의한 비교표에 의하여 납세지관할세무서장(납세지관할세무서장과 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장이 서로 다른 경우로서 납세지관할세무서장의 요청이 있는 경우에는 당해 토지의 소재지를 관할하는 세무서장으로 한다)이 평가한 가액을 말한다. 이 경우 납세지 관할세무서장은 2이상의 감정기관에 의뢰하여 당해 감정기관의 감정가액을 참작하여 평가할 수 있다.
1. 지적법에 의한 신규등록토지
2. 지적법에 의하여 분할 또는 합병된 토지
3. 토지의 형질변경 또는 용도변경으로 인하여 지적법상의 지목이 변경된 토지
4. 개별공시지가의 결정·고시가 누락된 토지(국·공유지를 포함한다)
⑥ 법 제61조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 개별공시지가는 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.