청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당하였는지 여부 등

[주 문] OOO 세무서장이 2015.1.7. 청구인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 청구인이 OOO의 양도대가로 받은 OOO이 총매매대금 인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정 한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1980.12.9. 증여로 취득한 OOO를 2012.7.27. 주식회사 OOO에게 양도한 후, 양도소득세 신고시 8년 이상 자경농지에 의한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 OOO을 감면 세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 8년 자경 충족여부에 대한 조사를 실시하여 쟁점토지를 양도할 당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 자경 감면을 부인하고, 2015.1.7. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.4.3. 이의신청을 거쳐 2015.5.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 당초 양도소득세 신고시 쟁점토지를 2012.7.27. OOO에 양도한 것으로 신고하였으나, 청구인과 배우자의 이혼소송 등 가정사정 으로 쟁점토지에 압류가 되어 있어 소유권이전등기를 하지 못하였을 뿐 실제로는 쟁점토지를 2008.12.29. 주식회사 OOO에게 양도하였고, 쟁점토지의 양도소득세 신고서 및 등기부등본 상의 양도일인 2012.7.27.은 OOO가 공장기반시설을 갖춘 후 쟁점토지를 OOO에게 양도한 날이며, OOO은 쟁점토지의 매수대금을 청구인이 아닌 OOO에 송금하였으 므로 OOO이 OOO에 지급한 쟁점토지에 대한 양도대금은 청구인 과는 상관이 없는 것이며, 청구인이 쟁점토지를 실제 매수자인 OOO에게 양도한 2008.12.29.부터 OOO가 쟁점토지를 OOO에게 양도한 2012.7.27.까지는 부동산매매업에 해당되며, OOO는 법인세 신고누락에 해당한다. (2) 청구인은 고향후배인 OOO 대표이사 안 OOO 의 권유에 따라 쟁점토지를 OOO에 양도하였고, 쟁점 토지 양도계약일 이후 OOO의 필요에 따라 공장신설승인을 받았으므로 양도소득세 집행기준OOO에 따라 대금청산일이 아닌 매매 계약일 현재의 상황으로 농지 여부를 판단하여야 하며, 공장신설승인당시 OOO시청에서 쟁점토지가 농지상태임을 확인한 후 농지전용부담금을 부과하였는바, 쟁점토지 양도 계약당시 쟁점토지가 농지였음이 확인됨에도 처분청이 청구인의 8년 자경을 부인하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다. (3) 청구인은 항변자료를 통하여, 쟁점토지의 매매계약서가 사후에 작성 된 것은 배우자와의 분란으로 청구인이 보관하고 있던 서류 등이 훼손, 소실 및 망실 되었고, OOO도 다른 공동매도인의 계약서는 모두 가지고 있으나,

토지에 대한 계약서만 분실하여 금융자료에 의거하여 다시 계약서를 작성한 것이며, OOO가 청구인으로부터 쟁점토지를 매입하면서 지급한 OOO은 OOO가 공장용지로 사용하기 위하여 매입한 쟁점 토지와 연접한 토지의 평당가액을 보아도 지극히 정상적인 거래이고, OOO가 2008년 12월에 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 하지 못한 것은 OOO가 쟁점토지, 연접토지 및 진입로 토지를 한꺼번에 등기시 등기 비를 절약할 수 있으며, 인허가관련 업무처리에 따른 번잡함을 최소화하기 위한 것으로 청구인의 배우자가 이때를 이용하여 쟁점토지를 가압류 한 것이고, OOO는 가압류된 상태에서 은행대출이 불가하여 가압류를 풀기 위하여 2년이 넘은 기간이 소요되어 부득이 등기를 하지 못한 것이며, 쟁점토지의 중도금 OOO을 OOO가 청구인에게 지급한 사실이 금융자료에 의하여 확인되고, 쟁점토지의 잔금으로 받은 OOO 중 OOO은 2008.12.29. OOO지점에 자기앞 수표로 입금하였으며, 나머지는 배우자의 이혼위자료, 생활 자금, 이혼소송에 따른 변호사수수료, 자녀 치료비 및 금융기관 채무 변제 등의 용도로 사용하였고, 중도금 OOO은 청구인이 가정불화로 불안정한 생활을 하는 중에 수표나 현금을 선호하였 으며, 출금하여 필요한 용도에 사용하였고, OOO는 토지 매수 후 4년 넘게 공사를 진행하여 거액의 손해를 본 상황에서 장부기록을 소홀히 하여 쟁점토지를 자산으로 등재하지 아니한 것이며, 다른 공동매도인들이 부동산 양도일을 2012.7.27.로 하여 신고한 것은 청구인의 가정사정으로 OOO가 많은 애로를 겪고 있다는 사실을 알고 있었고, 2008년 양도시보다 양도소득세가 많이 나올 경우 OOO가 책임지기로 하고 세무처리를 일임하였기 때문이며, 처분청이 쟁점토지의 양도일로 확정한 2012.7.27. 쟁점토지의 대금을 영수한 것은 청구인이 아닌 OOO로 확인됨에도 처분청이 OOO의 이체 및 수표발행 내역 등을 검토하면서 OOO이 누구에게 송금 및 발행한 것이지는 간과하고, 발행기간만 확인하여 청구인이 쟁점토지를 2012.7.27. 양도 한 것으로 본 것은 부당하다고 주장하고 있다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 세무조사 당시 쟁점토지에 대한 매매계약서를 제출 하지 아니하고, 추후 매매계약서를 제출하였으며, OOO가 계약금 OOO 및 잔금 OOO을 청구인에게 이체한 내역은 확인되나, 중도금 OOO은 안대현의 출금내역만 나타날 뿐 청구인에게 지급한 근거가 나타나지 아니하고, 미등기전매의 경우 모종의 거래로 현금을 추가로 수수할 수도 있으며, 청구인에게 잔금 OOO이 입금된 후 즉시 인출 되었으나 청구인이 그 사용처를 밝히지 못하고 있고, 청구인이 OOO 에서 부동산중개업을 영위한 사실이 확인되는 등 청구인에 제출한 계약 서는 신빙성이 없다. (2) 청구인이 쟁점토지에 대한 잔금을 2008.12.29. 수령한 후, 청구 인의 배우자가 쟁점토지를 압류할 때까지 OOO로 소유권이전등기를 하지 아니한 이유가 불분명하고, OOO으로부터 부동산 관련서류를 확인한 바에 의하면, 2012년 5월 청구인 및 다른 공동매도인OOO들이 OOO과 부동산 매매계약을 체결한 것으로 나타나며, 동 계약서상의 지목 현황이 나대지로 표기되어 있고, 공동매도인 전부가 양도일을 2012.7.27.로 하여 양도소득세를 신고하였을 뿐만 아니라 OOO이 위 부동산 매수 당시 발행한 계약금 및 중도금 관련 이체내역 및 수표발행 내역을 검토한 결과 2012년 2월부터 7월까지의 기간 중에 발행된 것으로 확인되는바, 쟁점토지의 등기부등본상의 접수일인 2012.7.27.을 양도일로 보고, 양도 당시 쟁점토지가 농지가 아닌 것으로 보아 8년 자경을 부인하고 청구인 에게 이 건 양도 소득세를 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점토지를 양도할 당시 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당하였는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1980.12.9. 쟁점토지를 증여로 취득하고, 2008.12.24. 쟁점토지상에 공장설립 승인을 받았으며, 청구인의 전 배우자 한OOO이 2009.6.16. 쟁점토지에 가압류OOO를 하였고, 2011.11.9. 가압류신청이 취하되었으며, 청구인은 2012.3.13. 쟁점토지를 OOO 주식회사에 신탁하였고, OOO 주식회사는 2012.7.27. 쟁점토지를 OOO에 양도하였다. (나) 처분청은 2014.11.5. 쟁점토지에 대한 양도소득세 조사를 종결하였는데 조사종결보고서의 내용은 아래와 같다. (다) 청구인이 제출한 청구인과 OOO 간의 쟁점토지 매매계약서 및 매매대금 지급 증빙은 아래와 같다. OOO

2. 매매대금 지급증빙 OOO (라) 청구인이 제출한 OOO와 OOO 간의 쟁점토지 매매계약서의 주요내용은 아래와 같고, 동 매매계약의 매매대금 지급 증빙으로 OOO이 2012.7.27. OOO 로 OOO을 이체한 내역을 제시하고 있다. OOO (마) 청구인이 제출한 OOO가 공장용지를 조성하기 위하여 쟁점 토지와 함께 매입한 인근 토지 현황은 아래 <표>와 같다. OOO (바) 청구인이 주장하는 청구인과 OOO 간의 쟁점토지 매매계약일 (2008.9.4.) 현재 쟁점 토지가 8년 자경농지에 해당하는지 여부에 대하여 처분청은 청구인이 주장하는 쟁점토지의 양도일과 매매계약일 당시 에는 농지로 보이고, 청구인이 OOO에게 양도당시 쟁점토지가 농지가 아닌 것으로 보아 8년 자경을 부인한 것으로 청구인의 8년 이상 재촌 및 자경 여부에는 다툼이 없다는 의견이고, 청구인의 위 매매계약일 현재 쟁점 토지가 8년 자경농지에 해당한다는 증빙으로 청구인의 OOO, 청구인의 OOO계좌에 2008.3.17. 및 2008.12.11. OOO 직불금이 입금된 내역, OOO조합원증명서(1994.6.24. 가입) 및 경작사실확인서 2부OOO를 제출 하고 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2008.9.4.부터 2008.12.29.까지의 기간 중에 OOO와 대표이사 안 OOO이 청구인의 금융계좌로 OOO을 입금한 사실이 나타나는 점, 2008.9.4. 당시 쟁점토지가 농지였고, 청구인의 8년 이상 재촌 및 자경 여부에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없는 점 등에 비추어 청구 인이

토지를 2008.12.29. OOO에 사실상 양도하였고, 양도당시 쟁점토지는 8년 자경 농지에 해당한다고 판단된다. 다만, 쟁점토지에 대하여 청구인과 OOO 간에 작성된 매매 계약서는 분실로 인하여 금융자료에 따라 추후 재작성된 것으로 보이 므로 처분청은 청구인이 쟁점토지의 매매대금으로 OOO로부터 받은 OOO이 쟁점토지에 대한 총매매대금에 해당 하 는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정 하는 것이 타당하다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있 으므로 국세 기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상〔대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어 촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업 으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업 법인”이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상〕 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략) (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년〔제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급 대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 “이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년〕 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역 (경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제 자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)․군․구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시․군․구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대 규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행 지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多 年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.