청구종중은 양도일 현재 법인으로 보는 단체이고 쟁점토지는 3년 이상 고유목적에 직접 사용한 자산의 소득이므로 과세소득에서 제외 됨
청구종중은 양도일 현재 법인으로 보는 단체이고 쟁점토지는 3년 이상 고유목적에 직접 사용한 자산의 소득이므로 과세소득에서 제외 됨
○○세무서장이 2015.1.30. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
2. 청구종중 주장 및 처분청 의견
(1) 청구종중은 쟁점토지를 1959.12.31. 취득하여 정관에 따라 선조들의 묘를 모시는 종주의 선산으로 사용하였고, 2011.6.14. 국세기본법제13조 제2항에 따라 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인(고유번호: 000-00-00000) 받아 비영리단체로 현재까지 존재하고 있으며, 처분청으로부터 승인 취소를 통지받은 사실이 없으므로 법인으로 보는 단체에 해당하고, 법인으로 보는 단체에 해당하는 청구종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적 사업에 직접 사용한 토지의 양도소득은 법인세법제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것이므로 법인세 경정청구 대상이다.
(2) 처분청이 법인세를 무신고하였다고 이 건 양도소득세가 경정청구 대상이 아니라고 거부한 처분은 부당하고, 법인세법제62조의2제8항의 “비영리내국법인이 양도소득 과세표준 예정신고를 한 경우에는 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다”라는 규정에 따라 법정신고기한 내 신고한 것으로 보아야 하므로 청구종중이 신고한 양도소득세에 대하여 법인세로 경정청구함은 정당하다.
(1) 청구종중은 사업개시일로 소급하여 법인으로 보는 단체를 자진폐업하고 동일한 규약으로 개인 비영리 단체를 신청하여 계속 유지되고 있으므로 법인으로 보는 단체를 구성하지 않은 것으로 볼 수 있다. 법인으로 보는 단체 요건 중 국세기본법 제13조 제2항 제3호 에서 그 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것을 규정하고 있으나, 청구종중의 규약을 보면, 수익의 분배에 대한 언급이 없고 양도대금을 수령하고 즉시 출금하여 구성원에게 배분하여 법인으로 보는 단체의 법적 요건을 갖추지 못하였다. 청구종중이 소유한 부동산 양도에 따라 세금을 정산함에 있어서도 소득세법제92조를 적용하여 소득세를 납부한 사실로 보아 청구종중은 법인으로 보는 단체가 아닌 개인 비영리 단체라는 것을 인지하고 있었다. 따라서, 위와 같이 당초 개인 비영리 단체를 구성하였음에도 법인으로 보는 단체를 구성하였다는 청구주장은 타당하지 아니하다.
(2) 국세기본법제45조의2 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자만이 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 경정청구할 수 있도록 규정하고 있어 당초 법인세를 무신고하고 양도소득세로 신고납부한 세액은 법인세 경정청구대상에 해당하지 않는다. 청구종중은 소득세법제110조 제4항의 단서 규정인 예정신고를 2회 이상한 경우로 법인세 확정신고납부 대상에 해당하여 청구종중이 법인으로 보는 단체인 경우 법인세법상에서 정하는 신고납부의무를 이행하지 않은 것에 해당하여 청구법인의 경정청구 거부는 정당하다.
(1) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제13조[법인으로 보는 단체]
① 법인(법인세법 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.
⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.
⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령(2012.2.2 대통령령 제23592호로 개정되기 전의 것) 제8조[법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등]
① 법 제13조제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령제8조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (3) 국세기본법 시행규칙(2012.2.28 기획재정부령 제262호로 개정되기 전의 것) 제5조의2[법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등]
① 영 제8조 제1항에 따른 법인으로 보는 단체의 승인신청은 별지 제6호서식의 법인으로 보는 단체의 승인신청서에 의한다.
② 영 제8조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 승인 여부 통지는 별지 제6호의2서식에 따른다.
③ 영 제8조제4항에 따른 법인으로 보는 단체의 승인 취소의 통지는 별지 제6호의3서식에 따른다.
(4) 법인세법(2011.12.31 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제1조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이라 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제62조의2[비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례]
① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.
1. 소득세법 제94조제1항제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다.(후단생략)
⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 122조의2를 준용한다.
⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (5) 법인세법 시행령(2012.2.2 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제2조[수익사업의 범위]
② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1학에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다.
(6) 소득세법(2012.1.1 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제2조[납세의무]
③ 법인격 없는 사단․재단 기타 단체 중국세기본법제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단․재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. 제92조[양도소득과세표준의 계산]
① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.
② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다. 제94조[양도소득의 범위]
① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제105조[양도소득과세표준 예정신고]
① 제94조제1항 각 호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 의한 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 제107조[예정신고 산출세액의 계산]
② 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 거주자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하려는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 제2회 이후 신고하는 예정신고 산출세액으로 한다. 예정신고 산출세액 = [(이미 신고한 양도소득과세표준 + 제2회 이후 신고하는 양도소득과세표준) × 제104조 제1항 제1호 ․ 제11호 가목에 따른 세율] - 이미 신고한 예정신고 산출세액 제110조[양도소득과세표준 확정신고]
④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (7) 소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것) 제173조[양도소득과세표준 확정신고]
④ 법 제110조 제4항 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조 제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우
2. 법 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 토지, 건물, 부동산에 관한 권리 및 기타자산을 2회 이상 양도한 경우로서 법 제103조 제2항의 규정을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우
(1) 처분청과 청구종중이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 처분청이 제시한 사실관계를 요약하면 <표1>과 같다. 2011.6.13. 청구종중 법인으로 보는 단체 접수 2011.6.14. 법인으로보는 단체 승인 및 고유번호증(--) 발급 LH와 수용계약체결(○○ ○○ 90 외 13필지) 종중명의의 통장개설(○○은행 186---) 2011.6.16. LH로부터 전체토지에 대한 보상금 수령(0,000백만원) 2011.6.17. 법인으로 보는 단체 폐업신고(개업일로 소급하여 폐업) 1거주자 비영리단체 신청: 고유번호증(--*) 수령 2011.7.6. 수용 계약 체결 2차(○○ 89 외 1필지: ○○ 89 토지 1,249㎡, ○○ 산10 임야 2,182㎡) 이하 “쟁점외토지”라 한다. 2011.8.31. 전체토지(총 14필지로 쟁점토지가 포함되어 있음)에 대해 양도소득세 신고(양도금액: 0,000백만원, 납부세액 0,000백만원) 2011.9.1. 쟁점외토지에 대한 양도소득세 신고(양도금액: 541백만원, 납부세액: 130백만원) 2014.12.2. 법인세 2011년 귀속 경정청구서 접수(청구세액 0,000백만원) (나) 청구종중의 토지가 택지개발촉진법제8조 및 동법시행령 제18조에 따라 제0000-000호(0000.0.00.)로 개발계획 승인고시된 ○○국제화계획 택지개발산업 지역에 편입되었고, 사업시행자인 한국토지주택공사가 사업인정 고시일 이후에 청구종중이 소유한 토지를 수용하였다. (다) 청구종중은 2011.2.19. 관리규약을 작성하고 법무법인 ○○으로부터 2011.4.19. 동 규약을 공증받아 2011.6.13. 청구종중의 대표인 문○○가 처분청에 법인으로 보는 단체로 승인을 신청하여 2011.6.14. 고유번호증(결성연월일 2011.5.9.)을 발급받았다. (라) 청구종중의 대표자 문○○가 2011.6.17. 당초 처분청으로부터 승인받은 비영리법인의 고유번호증을 반납하고 당초 개업일로 소급하여 폐업신고하였다. 이 때 폐업과 동시에 신규로 개인 비영리단체 고유번호증을 당초 개업일로 신청하여 발급받았고, 법인으로 보는 단체 승인 신청시 첨부한 동일한 관리규약을 첨부서류로 제출하였으며, 동 개인 비영리단체는 계속 유지되고 있다. (마) 청구종중은 한국토지주택공사로부터 수용된 토지에 대하여소득세법제92조(양도소득과세표준의 계산)의 규정에 따라 양도소득세를 아래 <표2>와 같이 4회에 걸쳐 신고납부하였다. (바) 청구종중은 2012.12.2. 법인으로 보는 단체임을 주장하면서법인세법제3조제5항 및 동법 시행령 재2조(수익사업의 범위) 제2항에 따라 쟁점토지의 처분일 현재 고유목적 사업에 3년 이상 직접 사용하다가 처분한 자산에 해당하므로 당초 신고납부세액 중 0,000백만원을 법인세로 환급해 달라는 취지로 경정청구서를 접수하였다.
(2) 청구종중의 규약(2011.2.19. 개정)의 주요 내용은 아래 <표3>과 같이 나타난다. 제2조(회원) 본 종중의 회원은 ○○○○○○ 후손으로서 20세 이상의 남녀를 정회원으로 한다. 제3조(목적) 본 종중회는 다음 사업의 수행을 목적으로 한다.
제17조(유사) 분묘수호 및 제각을 관리하기 위하여 3명 이내의 유사(단체 또는 자생적 모임에서 사무를 맡아보는 직책)를 둘 수 있다.
3. 유사는 다음 사항의 업무를 수행한다.
(3) 양도대금(보상금) 사용내역에 대하여 보면, 1차 배분은 문○○ 외 1인당 00백만원, 총 0,000,000,000원이고 2차 배분은 문○○ 외 1인당 0백만원, 총 0,000,000,000원으로 1차 및 2차 배분 합계는 0,000,000,000원으로 나타난다 (총양도금액 00억원 중 양도소득세 00억원, 운영비 0억 0천만원, 예금잔액 0억 0천만원을 제외한 나머지 00억원을 배분함).
(4) 묘지 내역에 대하여 보면, 쟁점토지 중 산 76-2에 분묘 16기, 동소 ○○리 산78에 12기 동소 ○○리 산 108-1에 52기, 동소 ○○리 산 117에 4기가 산재되어 있는 것으로 나타난다.
(5) 처분청은 아래와 같은 논거 등과함께 청구 종중을 법인으로 보는 단체로 보기 어렵다는 의견을 제시하였다. (가) 청구종중은 법인으로 보는 단체에 해당하고 법인세법제62조의 2 제8항 “비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다”라는 규정에 따라 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 명백한 오류라고 주장하나, 법인세법」제62조의 2 제2항은 비영리법인의 자산양도소득은 「소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다」라고 규정하고 있고, 제8항 단서 규정을 보면 소득세법 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 “ 「법인세법 제62조의 2 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야한다”라고 규정하고 있어 소득세법제110조 제4항의 단서 규정인 “해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우”는 제6항에 규정한 바와 같이 법인세 신고․납부 대상이다. (나) 설령, 청구종중의 주장과 같이 법인으로 보는 단체에 해당한다고 하더라도 선조들의 묘지가 소재하였던 지번 전체가 법인세법제3조 제3항 제5호 및 동법 시행령 제2조 제2항에 따른 수익사업에서 생기는 소득에서 제외대상이라는 경정청구는 과다한 청구이다. 청구종중의 고유목적 사업은 선조의 분묘관리, 제향 등으로 법인세법에서는 비영리법인의 과세대상제외 수익사업에 대하여 처분일 현재 3년 이상 고유목적 사업에 직접 사용한 자산에 대하여만 과세제외하도록 규정하고 있어 선조들의 묘지 외의 면적이 묘지 면적에 비하여 넓고, 묘지 외 면적을 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보기 어려우므로 묘지 및 제향 등에 직접 사용한 면적만이 경정청구대상에 해당한다고 할 것이다.
(6) 청구종중은 아래와 같은 증빙 및 이유 등과 함께 쟁점토지의 양도로 인한 수입은 비영리내국법인이 고정자산처분일 현재 3년이상 고유목적에 직접 사용한 자산이 소득에 해당되어 과세소득에서 제외되어야 한다고 주장한다. (가) 청구종중은 2011.6.14 국세기본법제13조 제2항에 따라 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인(고유번호: 000-00-00000)받았고, 수익사업을 영위하고 있지 아니하다. (나) 청구종중의 정관에 의하면 청구종중은 선조의 분묘 관리, 제향(시제)등을 목적으로 하고 있다. (다) 청구종중은 쟁점토지를 취득하여 양도할 때까지 청구종중의 고유목적사업인 선조들의 묘를 모시는 종중의 선산으로 사용하다 양도하였고, 이에 대하여는 처분청과 청구종중 간에 다툼이 없다. (라) 청구종중은 양도일 2011.6.16 이전인 2011.6.14 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 있다. (마) 처분청은 쟁점토지의 양도에 대해 청구종중이 경정청구한 귀속사업연도에 대하여 법인세 무신고로 경정청구 사유에 해당하지 않으며, 청구종중을 법인으로 보는 단체로 볼 수 없는 것으로 보아 경정청구를 거부하였으나 이는 다음과 같은 이유로 부당하다. 1) 법인세법 제62조의2 (비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세 특례 규정)의 제8항에 의하면 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다라고 명시되어 있는바(심사법인 2011-67.2012.3.2 같은 뜻), 처분청이 경정청구 귀속 사업연도에 법인세를 무신고 하여 경정청구 사유에 해당하지 않는다라고 한 것은 명백한 오류이다.
2. 국세기본법제13조에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 토지를 양도하는 경우, 해당 양도차익은 법인세법제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것이다(국세청 법규법인 2013-172,2013.5.27. 같은 뜻).
3. 국세기본법제13조 제3항에 의하면 세무서장에게 신청하여 법인으로 보는 단체로 승인받은 단체는 소관 세무서장이 승인을 취소하기 전까지는 거주자로 변경할 수 없으므로 법인세법상 법인으로서의 납세의무를 이행하여야 하는 것이다. 만약, 법인으로 보는 단체로 승인받은 단체가 임의로 소득세법상 거주자로서의 납세의무를 이행한다면 법인세법상 법인으로서의 납세의무를 미이행함에 따른 불이익을 받게 될 것이다(국세청 징세 46101-205,2001.2.28 같은 뜻).
4. 청구종중은 2011.6.14 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 이후 처분청으로부터 승인취소통지를 받은 사실이 없고, 청구일 현재까지도 비영리법인으로 존재하고 있는바, 청구종중을 법인으로 보는 단체로 볼 수 없다는 것은 명백히 법을 잘못 해석한 것이다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구종중이 국세기본법상 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받는 행위는 사인의 공법행위의 일종으로서 공법적 효과의 발생을 목적으로 하는 것으로 일단 관할 세무서장이 청구종중을 법인으로 보는 단체로 승인을 하면, 법정 유효기간이 지나거나 승인취소행위로 인해 공법적 효력이 없어지지 아니하는 한 승인효과는 계속되는 것으로 보아야하므로 비록 청구종중이 폐업신고를 하였다고 하더라도 이는 공법적효력(비영리법인의 지위)에 영향을 미치지 아니하는 임의적 행위에 불과하여 청구종중을 비영리법인으로 볼 수 있는 점 (청구종중은 쟁점토지 양도 후 법인으로 보는 단체에 대하여 폐업신고를 하였으나 법인으로 보는 단체 승인 후 3년까지는 1거주자로 보지 아니하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지의 양도당시는 법인으로 볼 수 있는 점), 정관 또는 규약에 이익의 분배방법이나 분배비율에 관한 구체적인 규정을 두고 그에 따라 지속적이고 일관되게 이익을 분배하는 단체의 경우에만 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있는 것으로 보아야하고 청구종중처럼 일시적 소득에 대해 종중원에게 배분하여 주는 것은 이에 해당하지 아니하여 청구종중은 양도가액(00억원)중 일부(00억원)를 잔여재산으로 남겨 단체성을 유지하고 있는 점, 청구종중은 누진세율의 적용대상 자산에 대해 예정신고나 기한후 신고(사실상 수정신고)시 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하였기 때문에 사실상 확정신고를 한 것으로 법인세법제62조의2 제8항의 적용대상으로 볼수 있는 점, 청구종중은 제례봉향을 사업목적으로 하고 있고 쟁점토지는 묘지로 사용된 사실이 확인되고 있어 쟁점토지가 고유목적사업에 사용된 것으로 보이는 점, 종중이나 교회 등이 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받을 수 있는 실질적 요건을 모두 갖추고 있었을 때 소득세(양도소득세)와 법인세 중 어떤 과세체계의 적용받을 것인지는 선택의 문제인 점,국세기본법제13조 제2항은 강행규정으로 과세관청은 3년이 되기 전이라도 승인취소를 하여 그 때부터 법인으로 보는 단체에서 제외시킬 수 있으나 청구종중은 임의로 그 효력을 변경할 수 없고 이건의 경우 신의칙이나 실질과세원칙을 직접적으로 적용하기 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구종중이 양도일 현재 법인으로 보는 단체이고 쟁점토지의 양도로 인한 수입이 비영리내국법인이 고정자산처분일 현재 3년 이상 고유목적에 직접 사용한 자산의 소득으로 과세소득에서 제외됨에도 처분청이 이에 대한 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.