쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분은 잘못임

OOO세무서장이 2015.2.5. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO부과처분은 장기보유특별공제를 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO전 834㎡, 같은 동 OOO전 1,543㎡, 같은 동 OOO전 502㎡ 및 같은 동 OOO답 586㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2013.4.18. 양도가액 OOO백만원에 아들 OOO에게 양도하였고, 이와 관련하여 2013.7.1. 쟁점토지에 대하여 8년 자경농지 감면 및 장기보유특별공제를 각 적용하여 2013년 귀속 양도소득세를 예정신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지가 양도 당시 농지에 해당하지 아니하고, 소득세법 시행령제168조의6에 따른 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아, 2015.2.5. 8년 자경농지 감면 및 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.4.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 1978년 취득하여 1979년 10월부터 축사시설을 신축하여 2010년 말까지 축산업을 영위하였는바, 쟁점토지는 조세특례제한법제69조의2에 따른 양도소득세 감면대상 축사용지이고, 장기보유특별공제 적용 대상 사업용 토지이므로, 축사용지에 대한 양도소득세의 감면과 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 축사용지에 대한 양도소득세 감면은 양도일(양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일) 현재 축사용지인 토지에 대하여 적용하는 것이나, 쟁점토지는 2010년경 축사 철거 후 부동산등기부등본상 매매원인일인 2013.6.30.까지의 기간 동안 방치된 사실이 항공사진으로 확인되며, 청구인은 2009.11.2. 노유자시설의 허가를 조건으로 하는 특약조건부 부동산매매계약을 체결하였다며 계약서를 제출하였으나, 해당 계약서는 예정신고 당시 제출하지 아니하였다가 불복청구 중 사본을 제출하였는바 사후작성이 의심되고, 청구인은 당초 쟁점토지에 대하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세를 예정신고하였다가 불복청구 중 쟁점토지는 축사용지라고 주장을 번복하였으며, 해당 계약서가 사실임을 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제출한 사실이 없는바, 청구주장은 신빙성이 없고, 청구인이 제출한 축산기간 및 폐업확인서를 보면 축산기간이 총 11년 11개월로 확인되는바, 쟁점토지의 전체 보유기간 중 20%를 초과하여 비사업용 토지로 사용한 것으로 판단되고, 달리 청구인이 제출한 증빙서류만으로는 청구인이 쟁점토지를 사업용 토지로 사용하였다는 점을 객관적으로 입증하기에 부족한바, 쟁점토지에 대하여 축사용지에 대한 양도소득세 감면과 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지가 축사용지에 대한 양도소득세 감면 대상인지 여부

② 쟁점토지가 장기보유특별공제 적용 대상인지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제69조의2 【축사용지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 축산에 사용하는 축사와 이에 딸린 토지(이하 이 조에서 "축사용지"라 한다) 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 축산에 사용한 대통령령으로 정하는 축사용지(1명당 990제곱미터를 한도로 한다)를 폐업을 위하여 2017년 12월 31일까지 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역․상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 해당 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대하여만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 양도소득세를 감면받은 거주자가 해당 축사용지 양도 후 5년 이내에 축산업을 다시 하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다. 다만, 상속 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 축사용지의 보유기간, 폐업의 범위, 감면세액의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조의2 【축사용지에 대한 양도소득세의 감면】 ③ 법 제69조의2 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 축사용지"란 해당 토지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 직접 축산에 사용한 축사용지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(각 호 생략)

④ 제3항을 적용할 때에는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 축사용지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 축사용지를 기준으로 하며, 환지처분 전에 해당 축사용지가 축사용지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 축산을 하지 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 축사용지를 기준으로 한다. (3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 주택분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(표 생략) 제104조의3【비사업용 토지의 범위】 ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

3. 목장용지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것. 다만, 토지의 소유자, 소재지, 이용 상황, 보유기간 및 면적 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

• 가. 축산업을 경영하는 자가 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시․광역시․특별자치시․특별자치도 및 시지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 것(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다).
• 나. 축산업을 경영하지 아니하는 자가 소유하는 토지 (3) 소득세법 시행령 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1978.4.15. 쟁점토지를 취득하였고, 2013.6.30. 매매를 원인으로 하여 쟁점토지의 소유권이 OOO에게 이전되었다. (나) 쟁점토지의 항공사진에 의하면, 쟁점토지 상에 2009년까지 양계장 형태의 건축물이 나타나고, 2010～2012년의 기간 동안은 공터로 보이며, 2013년부터 건축물(OOO)이 나타난다. (다) OOO는 쟁점토지와 관련하여 2009.11.18. 건축물 철거 도급계약, 2009.12.18. 토지매립계약, 2012.5.31. 노유자시설 신축공사 설계용역 및 감리용역계약을 체결하였고, 2012.6.4. 건축허가신청서를 제출하여 2012.10.17. 건축허가를 받았으며, 2013.3.11. 노유자시설 신축공사 계약을 체결하였고, 2013.4.1. 착공신고서를 제출하였다. (라) 청구인은 2009.11.2. OOO와의 조건부매매계약을 체결하였다며 아래 <표1>과 같이 조건부매매계약서 사본을 제출하였으나, 원본을 제시하지 못하였고, 이외에 조건부매매계약 체결사실을 객관적으로 입증할 증빙을 제시한 바 없어 쟁점토지를 양도일 현재 축사용지로 볼 수 없다. (마) 청구인은 OOO이 발행한 축산기간 및 폐업 확인서를 제출하였고, 해당 확인서상 축사용지 사용기간은 1999.1.～2010.11.30.로 되어있는바, 그 외의 기간은 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보여 장기보유특별공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다. (바) 청구인 및 OOO의 사업자등록 이력은 아래 <표2>, <표3>과 같다.

(2) 청구인은 1978.4.15. 쟁점토지를 취득하여 1979.10.13. 축사시설을 신축하였고, 2010년말까지 계속하여 축산업을 영위하여왔다고 주장하며 다음과 같은 증거서류를 제출하였다. (가) 2001년~2010년 일반건축물 정기과세내역 및 전산조회화면에 의하면 청구인은 쟁점토지상 건축물을 1978.1.1. 준공하여 1979.10.13. 취득하였고, 건축물의 용도는 농업용 시설인 것으로 나타나며, 취득일부터 2010년까지 해당 건축물에 대하여 농업용 시설로 재산세가 부과되었으나, 2001년 이전분에 대한 정기과세내역은 발급이 불가하여 제출하지 못하였다고 주장한다. (나) 청구인의 소득금액증명(1985년～2009년)의 주요 내용은 아래 <표4>와 같다. (다) 그 밖에 청구인의 주민등록초본, OOO의 실태조사등록이력, 출하주 대금정산서, 대출 원리금 납입 증명서, 가계대출 상환내역, 요구불 거래내역, OOO친목회 연말 결산 안내문, OOO축산폐수배출시설설치허가증(1994.12.7. OOO), OOO의 2001년 군납조정 가격 통보 공문, 2003년 8월 OOO거래원장, 2006.11.1.～2006.12.6. OOO외상매출금 거래내역, 가축배설물 처리 작업보고서(1997.5.7.), 근로계약서, 건축허가서 등을 제출하였다.

(3) 청구인과 OOO및 청구인의 세무대리인은 2015.9.22. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 청구인은 1978년 쟁점토지를 취득하여 이듬해에 축사시설을 신축하였고, 2010년 폐업시까지 30여년간 인근에 거주하며 축산업만을 영위하여 왔으며, OOO으로부터 발급받은 축산기간 및 폐업 확인서는 당시 담당 공무원이 세무신고 목적으로는 10년 정도만 확인해도 될 것이라 하여 1999.1.부터 2010.11.30.까지 발급받은 것일 뿐이고, 대부분의 매출에 대하여 부가가치세가 면제되는 축산업자에게 사업자등록은 현실적으로 큰 의미가 없어 1983년 당시에는 OOO권유로 사업자등록을 하였다가 이후 세무신고 등 번거로운 절차로 인하여 폐업하게 된 것이며, 이후 자금대출 등에 필요하여 2005년에 다시 사업자등록을 하게 되었고, 청구인 명의로 1989.9.1.～1990.8.30. 기간 중 소매업(OOO)의 사업자등록이 된 것은 두 딸에게 작은 가게를 얻어주었으나 사업이 여의치 아니하여 폐업하게 된 것이라는 취지로 의견진술을 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2009.11.2. OOO와 조건부매매계약을 체결하였으므로 쟁점토지는 축사용지에 대한 양도소득세 감면 대상이라고 주장하나, 쟁점토지의 등기사항전부증명서 및 검인계약서상 양도일이 2013.6.30.로 확인되는 점, 2013.6.30. 현재 쟁점토지는 축사용지가 아닌 것으로 보이는 점, 청구인은 조건부매매계약서의 원본을 제시하지 못하는 점, 청구인은 건축물 철거 도급계약서, 토지매립계약서, 건축물 설계계약서, 공사감리계약서, 신축도급계약서 등 쟁점토지 위의 건물신축과 관련된 각종 계약서들의 원본을 모두 보관하고 있는바, 쟁점토지의 매매계약서만을 분실하였다는 청구주장에 신빙성이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 제출한 축산기간 및 폐업 확인서상 축사용지 사용기간(1999.1.～2010.11.30.) 외의 기간은 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하여 장기보유특별공제 대상이 아니라는 의견이나, 청구인이 제출한 일반건축물 정기과세내역, OOO의 실태조사등록이력, 출하주 대금정산서, OOO친목회 연말 결산 안내문, OOO축산폐수배출시설설치허가증, OOO군납조정 가격 통보 공문, OOO거래원장, OOO외상매출금 거래내역, 가축배설물 처리 작업보고서, 건축허가서 등 각종 증빙에 의하면 청구인은 1978.4.15. 쟁점토지를 취득하여 1979.10.13. 축사시설을 신축․취득한 것으로 나타나고, 쟁점토지 인근에 계속 거주하면서 해당 축사에서 계속하여 축산업을 영위하여 왔다는 청구주장에 신빙성이 있는 점, 쟁점토지상에 2009년 철거 이전까지 축사가 존재한 것으로 보이는 점, 달리 청구인이 다른 직업을 영위하였다거나 쟁점토지상 축사가 타인에게 임대되었다거나, 타인에 의해 대리운영된 사실이 확인된 바 없는 점, 청구인은 쟁점토지를 사업장소재지로 하여 1983.5.10.～1988.4.20., 2005.5.27.～양도시까지의 기간 동안만 축산업의 사업자등록을 하였으나, 사업자등록을 하지 아니한 1988.4.21.～2005.5.26.의 기간 동안에도 축산업을 계속 영위하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.