청구법인이 쟁점금액 상당의 유류를 매출누락한 것으로 본 처분은 잘못이 있음

OOO세무서장이 2015.1.15. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원과 2009사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 및 2009년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2001.1.12.부터 OOO에서 유류 도․소매업을 영위하는 법인사업자이다.
• 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2010.1.20.～2010.6.15. 기간 동안 OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)에 대한 자료상 혐의조사를 실시한 후, 청구법인이 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 유류를 정유사에 주문하고 실물을 OOO에게 판매한 사실을 신고누락한 것으로 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.1.15. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2009사업연도 법인세 OOO원을 각 경정․고지하고, 청구법인의 대표자인 김OOO에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 2009년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2001.1.12. 설립되어 OOO에 본점을 두고 7명의 임직원이 재직하면서 석유, 경유 및 윤활유 등을 판매하고 있는 법인으로 청구법인의 주요 매입처는 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다) 및 OOO 등이고, 주요 매출처는 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다), OOO 주식회사 및 OOO 주식회사 등이다. 청구법인은 아래 <표1>과 같이 OOO으로부터 경유를 매입하여 OOO에게 매출한 사실이 거래자료에 의하여 확인되고 동 거래와 관련하여 적법하게 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고․납부하였다. 조사청은 OOO에 대한 세무조사시 청구법인이 OOO에게 유류구매주문을 하면 OOO이 OOO에 구매주문을 함에 따라 OOO에서 발행한 출하전표 2매(이하 “쟁점출하전표”라 한다)와 이에 표기된 유류를 OOO의 매출처인 OOO에 운송하였다는 유조차 기사인 육OOO의 확인서를 근거로 쟁점금액의 유류를 OOO에게 무자료로 판매한 것으로 보았다. 처분청은 이 건 과세처분과 관련하여 별도로 청구법인에 대한 세무조사를 실시한바 없이 청구법인이 OOO에게 무자료로 쟁점금액 상당의 유류를 공급하였다는 의견이나, 처분청의 의견대로라면 OOO는 청구법인으로부터 무자료로 OOO원의 유류를 매입한 후 동 유류를 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발행하면서 OOO에게 판매하였다는 것인데 이는 OOO원의 금액을 손해보며 판매한 것이 된다. 또한, 청구법인이 OOO으로부터 유류를 매입하여 OOO에 무자료로 판매하였다고 보면 청구법인은 동일한 유류를 OOO과 OOO에게 이중으로 판매한 것이 되어 거래의 실질에 전혀 부합하지 않게 된다. 처분청은 자료상인 OOO가 쟁점출하전표를 보관하고 있다는 것을 청구법인이 OOO에게 무자료로 유류를 매출한 중요한 근거로 보고 있으나, 쟁점출하전표에는 OOO이 청구법인에게 유류를 판매하였다는 내용만 기재되어 있을 뿐이고 청구법인이 OOO에게 유류를 판매하였다거나 OOO가 OOO에 유류를 판매하였다는 증거는 없다. 유류출하전표는 유조차 기사들이 제대로 전달하지 않고 보관하고 있다가 누군가가 달라고 하면 주는 것이 그 동안의 업계에서 이루어진 일반적인 관행이었으므로 쟁점출하전표의 경우 OOO가 불법적인 가공거래를 정상적인 거래인 것처럼 위장하기 위해 유조차기사를 통해 청구법인의 출하전표를 입수하여 보관하고 있었던 것으로 추정된다. 유조차 기사 육OOO은 2013.12.17. 청구법인에게 2009.8.7. OOO에서 경유 20,000ℓ를 싣고 청구법인으로 운송하였고 청구법인과 OOO 및 OOO과 거래하였다는 내용은 모르는 사실이며 OOO 및 OOO으로 20,000ℓ를 운송하지 않고 청구법인의 직원 박OOO에게 인계하였다고 확인하였다. 육OOO이 2015.2.24. 청구법인에게 작성 제출한 확인서에서 본인은청구법인 및 OOO와는 독립적인 위치에서 유류를 운송하는 유조차기사이고 청구법인과 OOO 간에 거래관계가 있었는지에 대해서는 전혀 알지 못하는 관계에 있으며 OOO의 세무조사와 관련해서 직접 세무공무원을 만나거나 확인서를 작성해준 사실이 없다고 진술하였다. 처분청이 확보하고 있는 유조차 기사가 작성한 확인서라는 것은 육OOO이 OOO 직원의 부탁을 받아 어떤 용도로 쓰일지도 모르는 상태에서 작성한 것이고 OOO가 유리하게 사용할 의도로 조사청에 제출한 것으로 보인다. OOO는 청구법인으로부터 무자료로 유류를 매입하여 OOO에 판매하였다고 주장하였고 청구법인은 OOO와는 어떠한 거래도 한 적이 없다고 주장하고 있는바, 조사청은 OOO가 무자료로 유류를 매입했다고 본 날(2009.8.7. 및 2009.12.26.)로부터 6개월 이내에 OOO에 대한 세무조사(2010.1.20.～2010.6.15.)를 실시했기 때문에 만일 청구법인과 무자료 거래를 했다면 관련 증빙을 확보하는 것은 매우 쉬운 상황이었음에도 불구하고 조사청은 OOO에 대한 세무조사시 OOO로부터 무자료 매입에 관한 금융자료 등 거래 근거자료도 확보하지 않았으며, 처분청은 OOO의 주장을 채택하려면 입증책임이 있는 OOO가 제시하는 거래관련 자료에 근거하여 OOO가 언제, 어디서, 청구법인의 누구와 어떻게 거래를 하였는지 등에 대한 자세한 조사를 하여야 하는바, 충분한 조사 없이 과세한 이 건 처분은 근거과세원칙 및 실질과세의 원칙에 위반된다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 조사청의 과세자료가 유류 운반기사의 확인서 이외에는 뚜렷한 근거가 없고 육OOO은 당초 확인서의 내용을 부인하는 또 다른 확인서를 작성하는 등 근거과세원칙에 위배된다고 주장하나, 조사청의 OOO에 대한 자료상조사 당시 청구법인은 OOO와 거래한 적이 없고 쟁점출하전표상의 유류를 OOO 등에 판매하였다고 소명을 하였으나 불충분하여 받아들여지지 않았고, 유류 운반기사의 확인서는 자료상과의 거래를 보충하는 증빙일 뿐이므로 운반기사가 당초 확인서의 내용을 부인하는 다른 확인서를 제출하였다고 하더라도 당초 조사내용을 부인할 수 없다. 따라서, 청구법인이 쟁점출하전표상 유류를 OOO에게 무자료 매출한 것으로 보아 매출누락분에 대해 법인세 및 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점금액 상당의 유류를 무자료 매출한 것으로 보아 한 부가가치세 및 법인세를 과세하고, 매출누락 상당액을 대표이사에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청의 OOO에 대한 자료상조사 보고서의 주요내용은 아래와 같다. (가) OOO는 유류판매업 등록을 위해 유류저장 탱크시설을 보유한 주식회사 OOO과 임대차계약서를 작성하였으나, 실제 사용하지 않았고 각 매출처들의 출하전표원본은 탱크로리 운반기사들이 OOO 사무실에 넣어두면 OOO의 윤OOO부장과 조OOO 대리가 회수하는 것으로 확인되었다. (나) 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 중 OOO의 전체 매입거래 중 92.2%, 매출거래 중 96.3%가 가공거래로 확정되었고 2009년 제2기 OOO의 매입처별 거래현황은 아래 <표2>와 같다.

(2) 청구법인의 주장 및 관련 증빙은 다음과 같다. (가) 육OOO이 2013.12.17. 작성한 확인서를 보면, 청구법인과 OOO, OOO과 거래했다는 내용은 모르는 사실이고 OOO, OOO으로 경유 20,000ℓ를 운송하지 않고 청구법인의 직원에게 인수인계하였다고 되어 있고, 2015.2.24. 작성한 확인서를 보면 2010년 여름 OOO 직원의 요청으로 청구법인과 OOO 간의 유류거래가 있었던 것으로 오인할 수 있는 확인서를 작성교부한 적이 있으나, 거래관계가 있었는지에 대해서는 전혀 알지 못하고 세무조사와 관련해서 직접 확인서를 작성해준 사실이 없다고 되어 있다. (나) 쟁점출하전표에 기재된 내용은 아래 <표3>과 같고 2009.8.7. 출하전표에 수송장비번호가 OOO로 되어 있으나 수령인 서명 아래에 53이라는 숫자가 기재되어 있다. (다) 매입거래명세서를 보면, 공급자는 대성산업, 공급받는 자는 청구법인으로 하여 2009.8.7. 및 2009.12.26. 각 20,000ℓ의 저유황경유를 매입한 것으로 되어 있고, OOO과 거래한 매출세금계산서에 의하면, 청구법인은 2009.8.15. 공급가액 OOO원의 유류를 판매한 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 금융거래내역(OOO은행 계좌 789-211272- 및 OOO은행 계좌 290-25-0007-)에 의하면, OOO에 OOO원을 송금한 내역과 OOO으로부터 OOO원을 입금받은 내역이 나타난다. (마) 그 밖에 청구법인의 2008년 제1기～2010년 제2기 부가가치율(아래 <표4>)과 2009년 매입매출장 등을 제출하였다.

(3) 처분청이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 조사청의 파생자료 주요내용은 아래 <표5>․<표6>과 같다. (나) 조사청에서 2014.2.3. 육OOO과 유선으로 확인한바, 청구법인이 제시한 출하전표를 보고 그 내용이 맞을 것이라고 생각한 것이고 OOO에 유류를 운송한 적이 있으며, 2009.5.15.까지는 OOO86자47차량을 운행하였고 이후에는 OOO95자53차량을 운행하였다고 진술하였다. (다) 조사청이 2014.2.4. OOO 송유팀에게 유선으로 확인한바, 저유소 측에서는 차량만 확인하기 때문에 차량에 탑승한 운전기사가 출하전표상의 운반인과 동일한지 여부는 확인되지 않는다고 진술하였고, 운반기사 육OOO의 운송내역확인서의 주요내용은 아래 <표7>과 같다. (라) OOO의 일일마감 장부를 보면 2009.12.26. OOO에 차량번호 92**의 차량으로 40,000ℓ의 유류를 OOO원에 매출한 것으로 되어 있고, 2014.2.3. OOO에 확인한 결과 청구법인과는 직접 거래한 적이 없고 OOO와 거래하였으나 운반자 육OOO은 알고 있다고 진술하면서 2009.8.7. OOO에서 유류를 수송해온 차량번호의 끝자리가 4709와 5393인 차량으로부터 유류 20,000ℓ씩을 각 입고하였다는 내용의 판매일보를 조사청에 제출하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 OOO에 유류를 무자료 매출한 것으로 보아 과세한 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 청구법인은 OOO으로부터 쟁점금액의 유류를 매입하고 OOO에게 유류를 매출한 것으로 부가가치세 신고 등을 하였고 관련 금융거래내역 등을 제시한 점, 청구법인이 제시하는 부가가치율 관련 자료 등에 의하면 쟁점금액을 무자료 매출로 보아 매출액에 산입하여 계산한 청구법인의 2009년 제2기 부가가치율은 8%로 다른 과세기간의 부가가치율(1.28%～7.82%)보다 높게 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO에 쟁점금액 상당의 유류를 무자료로 매출한 것으로 보아 청구법인에게 한 부가가치세 및 법인세 부과처분 등은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.