쟁점부동산의 양도로 발생한 소득이 예정신고납부세액공제대상인지 여부

OOO 세무서장이 2014.12.1. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2010.9.10. OOO를 OOO의 일환으로 OOO 주식회사 등에 양도하고 아래 <표1>과 같이 양도소득세 예정신고를 한 후, 납부할 양도소득세 OOO에 대하여 조세특례제한법 제85조의7 (공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장이전에 대한 과세특례)에 따른 3년 거치 3년 분할 납부특례를 신청하였으나, OOO세무서장은 2011.3.23. 쟁점부동산의 양도가 위 조항의 적용대상이 아닌 같은 법 제85조의8(중소기업의 공장이전에 대한 과세특례) 적용대상으로 보아 위 양도소득세에 대하여 2년 거치 2년 분할 납부를 승인하였고, 청구인은 2013.5.30. OOO 및 2014.5.29. OOO을 각 납부하였다. OOO
• 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO세무서장에 대한 종합감사결과 청구인이 쟁점부동산을 양도한 후 예정신고는 하였으나, 분할 납부를 신청하여 신고할 당시 납부는 하지 아니하였으므로 예정신고납부 세액공제(산출세액의 5%) 대상이 아님에도 이를 공제한 후 분할납부를 신청한 것으로 보아 청구인이 신고한 예정신고납부세액공제액 OOO을 부인하고 청구인에게 양도소득세를 과세하여야 한다는 내용의 감사 지적을 하였고, 처분청은 위 감사지적에 따라 2014.12.1. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2015.2.24. 심판 청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 2010년부터 양도소득세 예정신고납부세액공제제도를 폐지하면서 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 부칙 제16조 제2항 에서 공익수용 부동산에 대하여는 2010.12.31.까지 사업시행자에게 양도 하여 발생하는 소득에 대하여는 납부할 세액의 5%를 공제하는 것으로 명시 하고 있고, 쟁점부동산의 경우 위 요건에 부합하며, 청구인은 조세특례제한법 제85조의8에 따라 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 2년 거치 2년 분할 납부하도록 승인을 받아서 성실하게 전액을 납부하였으므로 예정신고납부세액공제를 지원받는 것이 개정세법의 입법취지상 타당하다 할 것 이고, 국세청 예규OOO 및 심판결정례 OOO에서 예정신고기한 내에 예정 신고만 하고, 분납 기간 또는 연장된 기한 내에 양도소득세를 납부한 경우에도 예정신고납부세액공제를 적용함이 타당하다고 하여 적합한 요건을 갖춘 경우 납세자의 부담을 경감해 주는 방향으로 운영되어 왔고, 공익목적을 위해 쟁점부동산을 양도할 수밖에 없었던 청구인의 사정을 고려하면 쟁점부동산의 양도로 발생하는 소득에 대하여 예정신고납부 세액공제를 적용하는 것이 타당함에도 조사청이 예정신고납부세액공제제도가 폐지된 이후의 국세청 예규 OOO 및 이 건에 부합하지 국세청 예규OOO 등을 근거로 청구 인에게 예정신고납부세액공제를 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다. (2) 이 건 양도소득세 과세처분은 OOO세무서, 감사원 및 OOO국세청 등의 수차례 세무조사에 의한 것으로 국세기본법상 중복조사금지원칙을 위반한 세무조사 결과에 터 잡은 것이므로 위법하다. (3) 청구인은 OOO세무서장으로부터 쟁점부동산의 양도소득세에 대한 분할납부 승인을 받는 과정에서 실질적으로 예정신고납부세액공제를 인정 받았고, 과세당국 스스로도 양도소득세를 징수하지 못한 잘못을 인정하고 있으며, 조사청에 대한 감사원의 감사시에도 청구인의 예정신고납부세액 공제에 대하여 별다른 지적사항이 없었던 점을 감안할 때 예정신고납부세액 공제액의 미납을 청구인의 귀책사유로 인한 것으로 보기 어렵다 할 것이고, 설령, 이 건 양도소득세에 대한 예정신고납부세액공제 부인이 적법한 것이며, 납부 불성실가산세에 대한 귀책사유가 청구인에게 있다고 할지라도 예정신고납부세액공제액은 조세특례제한법 제85조의8에 따라 당초부터 당연히 분할납부 승인대상이 되는 세액이므로 납부불성실가산세의 기산일을 예정신고일의 다음날인 2010.12.1.이 아니라, 2년 거치 2년 분할납부일의 다음날인 2013.6.1.OOO 및 2014.6.1.OOO로 하여 산출한 납부불성실가산세로 경정하는 것이 신의성실의 원칙에 부합한다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 양도소득세 예정신고납부세액공제 제도는 2009.12.31. 폐지되었으나, 납세자의 혼란을 우려해 과세표준이 OOO 이하 이거나 공익목적으로 수용 되는 2010년 양도분에 대하여는 경과조치를 두어 5%에 해당하는 세액을 공제하도록 한 것으로 소득세법 (2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제108조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제84조에 따르면 양도 소득세과세 표준 예정신고납부세액공제는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내 예정신고와 함께 세액을 자진납부(분납기한 내 납부도 포함)하는 경우에 한하여 그 산출세액의 10%에 상당하는 금액을 공제하는 것으로 해석OOO하고 있으므로 2010년 양도분 또한 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 세액을 자진납부 하는 경우에 한하여 예정신고납부세액공제를 적용하는 것이 타당하다 할 것이고, 조세 특례제한법에 대한 예규 OOO에 따르면 신고 후 납부를 이연시키는 분할납부특례제도 및 과세이연제도 적용시 이연 받은 세액을 자진납부 하는 경우는 예정 신고 납부세액 공제되지 아니한다 할 것이다. (2) 당초, OOO세무서장이 분할납부승인 규정을 변경하여 통지한 것과 청구 인이 예정신고납부세액공제를 적용하여 납부할 세액을 계산한 것에 대하여 부당함을 지적하며 경정한 것은 별개의 처분에 해당하고, 심판청구일 현재 청구인에 대한 양도소득세 세무조사내역이 확인되지 아니하므로 중복조사의 주장을 받아들일 수 없다. (3) OOO세무서장의 청구인에 대한 분할납부특례승인통지 및 감사원의 조사 청에 대한 감사시 청구인에 대한 소명자료 제출내용이 양도소득세 신고 내용에 대한 것이라기보다는 분할납부특례승인 적정여부에 한정된 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 청구인에게 양도소득세 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵고, 국세청 예규 OOO 등에 따르면, 과세특례로 분할납부 후 추징된 세액에 대하여는 분할납부가 적용되지 아니 하므로 납부불성실가산 세의 기산 일을 예정신고일의 다음 날인 2010.12.1.로 하여 가산세를 산출한 것은 정당 하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점부동산의 양도로 발생한 소득이 예정신고납부세액공제 대상 인지 여부

② 중복세무조사금지원칙을 위반하였는지 여부

③ 납부불성실가산세 기산일 산정이 적법한지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 (2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각호에 규정 하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도 소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우 에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

2. 제94조 제1항 제3호 각목의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2월

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다.

③ 제1항의 규정은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 때에도 적용한다. 제106조(예정신고자진납부) ① 거주자가 예정신고를 하는 때에는 제107조의 규정에 의하여 계산한 산출세액에서 조세특례제한법 기타 법률에 의하여 감면되는 세액과 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제를 한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부는 이를 예정신고자진납부라 한다.

③ 예정신고자진납부에 있어서 제82조 및 제118조의 규정에 의한 수시부과세액이 있는 때에는 이를 공제하여 납부한다. 제108조(예정신고납부세액공제) ① 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다.

② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라 한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

(2) 소득세법 (2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제108조 <삭제 2009.12.31.> 부칙 제16조(예정신고납부세액공제 폐지에 관한 특례) ① 제108조의 개정 규정에도 불구하고 거주자(부동산매매업자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)가 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용받는 자산을 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 양도하여 발생하는 소득에 대해서 예정신고와 함께 납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 다음 각 호에 따른 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제한다.

1. 과세표준이 4천 600만원 이하인 경우: 제106조에 따른 납부할 세액

2. 과세표준이 4천 600만원을 초과하는 경우: 산출세액을 582만원으로 하여 계산한 제106조에 따른 납부할 세액

② 제108조의 개정규정 및 제1항에도 불구하고 거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 부동산으로서 사업인정고시일이 2009년 12월 31일 이전인 부동 산을 2010년 1월 1일부터 2010년 12월 31일까지 사업시행자에게 양도하여 발생하는 소득에 대해서 예정신고와 함께 납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 5에 상당하는 금액을 공제한다. (3) 소득세법 시행규칙(2010.4.30. 기획재정부령 제154호로 개정되기 전의 것) 제84조(예정신고 납부세액공제) ① 법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부(법 제112조 및 법 제112조의2의 규정에 의한 분납 및 물납하는 경우를 포함한다)하는 경우에 한한다. 다만, 일부 자진신고납부하는 경우에는 그 납부하는 금액에 상당하는 양도소득금액에 대한 산출세액에 법 제108조 제1항에서 규정하는 율을 곱하여 예정신고납부세액공제액을 계산한다.

(4) 조세특례제한법 제85조의8(중소기업의 공장이전에 대한 과세특례) ① 10년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업이 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역으로 공장을 이전하기 위하여 해당 공장의 대지와 건물을 2017년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다.

1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업 연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도가 끝나는 날 이후 2년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 2개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다.

2. 거주자: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 양도소득세를 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한까지 납부 하여야 할 양도소득세로 보지 아니하는 방법. 이 경우 해당 세액은 양도일이 속하는 해당 연도의 양도소득세 과세표준 확정신고기한이 끝나는 날 이후 2년이 되는 날부터 2년의 기간 동안 균분한 금액 이상을 납부하여야 한다.

(5) 국세기본법 제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세 의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증 인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급 (이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 1987.6.1. OOO을 개업한 후 쟁점부동산에서 철제품 등의 제조업을 영위하였고, 쟁점부동산이 2010.9.10. OOO의 일환으로 사업시행자에게 수용(양도)되자 OOO을 OOO 소재로 이전한 것으로 나타난다. (2) 처분청이 제출한 자료 등에 의하면, 쟁점부동산의 양도소득세에 대하여 아래 <표2>와 같이 감사 등이 진행되었고, 청구인이 양도소득세 정기조사 대상에 선정된 이력은 없는 것으로 나타난다. OOO

(3) 처분청은 2014.12.1. 청구인에게 기산일을 쟁점부동산에 대한 양도 소득세 예정신고기한 다음날인 2010.12.1.로 하여 산출한 납부불성실가산 세를 가산하여 이 건 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산을 양도한 후, 양도소득세 예정신고를 하였고, 과세관청으로부터 예정신고기한 내에 납부할 세액의 납부기한을 조세특례제한법 제85조의8 의 규정에 의하여 양도소득세 과세표준 확정신고 기한이 끝나는 날 이후 2년이 되는 날부터 2년의 기간 동안 균분하여 납부하도록 연장 받았으며, 동 기한 내에 양도 소득세를 납부하여 양도소득세 예정신고납부세액공제 대상에 해당된다 할 것이 므로 처분청이 이를 부인하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (5) 쟁점② 및 쟁점③은 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있 으므로 국세 기 본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.