청구법인이 구리스크랩 계좌를 통하여 이체한 부가 가치세는 구리스크랩을 공급하는 자가 납부하는 부가 가치세이므로 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 공제받은 매입세액을 부가가치세법 제39조에 따라 불공제하는 것은 이중과세에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
청구법인이 구리스크랩 계좌를 통하여 이체한 부가 가치세는 구리스크랩을 공급하는 자가 납부하는 부가 가치세이므로 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 공제받은 매입세액을 부가가치세법 제39조에 따라 불공제하는 것은 이중과세에 해당하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점①매입세금계산서는 구리 스크랩 매입물량을 확보하기 위하여 영업차 돌린 명함을 보고 OOO의 대표 OOO이 청구법인에 방문하여 매입한 구리 스크랩으로 매입물량 만큼 세금계산서를 발행받은 정상거래이고, 청구법인 입장에서 OOO이 정상 사업자인지, 당해 재화가 OOO의 재화인지 아니면 다른 업체로부터 구입하여 청구법인에게 공급하는 재화인지를 확인하는 것은 업종의 성격상 불가능하며, 당해 재화가 공급될 당시 수량을 체크하였고, 대금도 구리 스크랩 전용계좌를 통하여 지급하였으며, 매입과 동시에 청구법인의 매출처인 OOO 주식회사에 즉시 매출한 것으로 청구법인이 해야 될 의무를 성실히 다하여 청구법인은 선의의 거래당사자로 주의의무를 다하였고, 청구법인 입장에서는 정상거래이므로 매입세액공제를 부인한 이 건 처분은 취소되어야 한다
(2) OOO로부터의 수취한 쟁점②매입세금계산서는 가공거래에 의한 허위 세금계산서임은 인정하나, 구리 스크랩 매입자 납부제도로 인하여 물품대금은 전액 OOO 구리 스크랩 전용계좌를 통하여만 결재가 가능하여, 물품공급에 대한 부가가치세 OOO원은 자동으로 전액 국가에 납부되었는바, 쟁점②매입세금계산서가 거짓세금계산서라는 이유로 다시 청구법인의 매입세액공제를 부인한다면, 하나의 사실에 대한 이중과세(OOO의 부가가치세 납부와 청구법인의 매입세액불공제)에 해당하여, 이는 거래단계에서 과세되는 부가가치세의 법 취지에도 어긋나고, 국가입장에서는 구리 스크랩 매입자 납부제도를 통해 이미 관련 부가가치세를 국고에 귀속시켰기 때문에 청구법인의 매입세액공제 부인금액을 환급해 준다고 해서 부가가치세의 일실도 발생하지 않는 것이므로 가산세를 제외한 이중과세된 매입세액 OOO원은 취소되어야 한다.
(1) OOO장의 OOO에 대한 조사내용을 보면, OOO은 구리 스크랩 도매업이라는 업종의 성격상 매입․매출과 관련된 계근표, 사진 등 해당 거래가 있음을 증명하는 증빙을 갖추는 것이 중요함에도 관련 증빙을 전혀 제출하지 못하였고, 구리 스크랩 도매업의 경우는 큰 규모의 자금과 경험이 필요하나, OOO 대표 OOO은 그간의 직업이나 사업이력 등으로 볼 때 한 번의 거래에 수억원이 필요할 수도 있는 사업을 할 만한 자금력도 없고, 관련 경험도 없어 단기간에 고액의 매입․매출을 발생시키는 것은 거의 불가능한 일이며, OOO은 자료상의 전형적인 행태인 ‘매출대금’의 입금 즉시 현금인출을 하였으며 그 사용처를 밝히지 못하고 있는 등 OOO로부터 매입한 사실 자체가 존재하지 않으므로 쟁점①매입세금계산서가 정상거래에 의한 세금계산서이고, 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다는 청구 주장은 타당하지 않다.
(2) 청구법인은 OOO가 구리 스크랩 매입자 납부제도에 따라 관련 매출 세액을 전액 납부하였음에도 관련 세금계산서가 허위임을 이유로 다시 청구법인의 매입세액공제를 부인한다면 하나의 과세사실에 대하여 이중으로 과세되는 것이라고 주장하나, 이는 부가가치세법 제39조 를 잘못 이해한 것으로, OOO가 실물 거래없이 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부한 사실이 확인되어 해당 처분청이 OOO의 매출액에 대하여 전액 감액결정(2014.9.30.)한 경우, 납부한 세액이 과오납금에 해당되어 OOO 에 환급되어야 하는지는 별론으로 하고, 청구법인에 대한 매입세액불공제는 부가가치세법 제39조 에 따라 청구법인이 허위의 세금계산서를 수취하고도 매입세액공제를 받았기 때문에 이루어진 것으로, 이는 OOO(OOO)의 매출세액 납부여부와는 관계가 없는 것이며, OOO(OOO)의 매출세액이 납부된 상태에서 처분청이 청구법인의 매입세액공제를 부인함으로써 하나의 과세사실에 동일금액이 두 번 과세되는 결과가 발생한 것은 사실이나 그렇다고 해서 청구법인의 매입세액공제를 부인하는 것이 이중과세라고 할 수는 없는바, OOO가 구리 스크랩 매입자 납부제도에 따라 부가가치세를 납부한 것은 OOO(OOO)가 납부한 것이며, ‘원천징수’된 것이 아니므로 처분청이 가공매입을 사유로 청구법인의 매입세액공제를 부인한 것은 정당하며, 청구법인에 쟁점세액을 이중으로 과세한 사실도 없으므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다.
① 쟁점①매입세금계산서가 정상거래에 의한 정당한 세금계산서 인지와 쟁점①매입세금계산서를 수취한 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 있는지 여부
② 구리 스크랩 매입자 납부제도에 따라 납부된 세액과 청구법인의 매입세액 불공제액은 이중과세에 해당한다는 청구주장의 당부
(2) 조사청의 청구법인에 대한 조사 (조사기간: 2014.7.8.～2014.11.17., 조사대상기간: 2014.2.7. ～ 2014.6.30.) 종결보고서(2014.11월)에 따르면, 청구법인이 2014년 제1기 과세기간 중 신고한 매출액은 OOO원이고, 매입액은 OOO원(쟁점매입처 매입분 OOO원 포함)이며, 2014.1.1. 이후 거래분부터 적용되는 구리 스크랩 매입자 납부제도에 따라 청구법인이 매입한 구리 스크랩 매입자료에 대한 부가가치세는 전액 매입처들의 구리전용계좌에 입금함으로써 청구법인에게 구리 스크랩을 매출한 사업자들의 부가가치세는 전액 납부된 상태이고, 사업장현황을 확인한 바, 660㎡의 마당에 사무실(콘테이너 2개를 개조하여 사용)과 계근대를 갖추고 있으며 약간의 구리 스크랩이 적치되어 있는 것으로 보아 사업을 하고 있는 것으로 보이고, 청구법인의 실제 영업을 총괄하는 실행위자 OOO 이사는 OOO로부터 받은 매입세금계산서는 사실이 아니며, 실 매입처는 소위 “OOO”라고 불리우는 영세 고물상인 것으로 진술한 것으로 보아 청구법인의 매출은 정상거래인 것으로 확인되나, 2014년 제1기 과세기간 중에 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 실물거래 없이 받은 위장거래(무자료 매입)에 의한 허위세금계산서로 확정한 것으로 나타난다.
(3) 청구법인은 OOO로부터 수취한 쟁점①매입세금계산서는 정상거래에 의해 수취한 세금계산서이며, 설령 OOO이 실물거래 없이 세금계산서만 발행하였다 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자로 주의의무를 다했다고 주장하며 OOO 사업자등록증 사본, OOO 대표 OOO의 인감증명서 사본, OOO 사업장 부동산임대차계약서, 통장거래내역, OOO의 성실세금납부확인서(OOO은 신의성실의 원칙으로 구리 스크랩을 약정에 따라 성실히 납품할 것을 약속하며, 구리 스크랩 유통 구조 확립을 위해 부가가치세, 소득세 및 국세, 지방세 등 모든 세금에 대하여 정확히 납부할 것을 확인한다는 내용, 2014.3.14.), 거래사실 확인서(2014.2.27. ～ 2014.4.30. 거래분에 대한 세금계산서를 분실하였거나, 고의나 과실로 부가가치세 신고를 하지 않아 부당하게 피해를 입혔을 시 즉시 민형사상의 고발을 할 것이며, 쌍방간의 동의하에 각각 한부씩 보관하고 자필로 서명함, 확인자: 청구법인 및 OOO OOO, 2014.7.18.)를 제출하였는바, 거래사실 확인서에 기재된 OOO과의 거래내역은 2014.2.27. 구리 스크랩 2건 실량 13,340㎏, 3,770㎏, 2014.3.3. 구리 스크랩 2건 실량 10,262㎏, 7,110㎏, 2014.3.10. 구리 스크랩 1건 실량 2,968㎏, 2014.3.14. 구리 스크랩 1건 실량 7,970㎏, 2014.3.24. 구리 스크랩 1건 실량 10,018㎏, 2014.4.7. 구리 스크랩 1건 실량 5,808㎏, 2014.4.30. 구리 스크랩 1건 실량 13,136㎏ 이다.
(4) 국세통합전산망의 쟁점매입처들에 대한 수납내역조회에 의하면, 청구법인이 쟁점매입처들로부터 구리 스크랩을 매입하고 쟁점매입세금 계산서를 수취하면서 OOO 구리 스크랩등거래계좌에 입금한 부가 가치세 OOO원(쟁점매입처들의 매출세액으로 OOO OOO원, OOO OOO원)은 모두 납부된 것으로 확인된다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO 대표 OOO이 청구법인을 방문하여 판매한 정상거래이며, 대금결제도 OOO OOO전용계좌에 입금하는 등 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다했다고 주장하나, OOO에 대한 OOO장의 자료상 조사종결보고서에 의하면, OOO을 자료상OOO으로 고발하였고, 사업장 소재지 확인 결과 구리 스크랩 도매업을 영위할 만한 사업시설을 갖추고 있지 않으며, 사업 흔적을 찾아볼 수 없고, OOO 대표 OOO은 고철에 대해 잘 알지 못하고 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인 이 제출한 계근표(2014.3.14.)에 의하면 차량 입고 및 계근을 완료하기도 전에 세금계산서를 발급한 점 등으로 보아 정상거래라고 주장하는 청구주장을 받아들이기 어려움 점, 청구법인이 제출한 거래사실 확인원, 통장거래내역 등은 실제 공급자를 확인함에 있어 청구법인이 선의의 거래당사자로 주의의무를 다했다는 증거자료로 인정하기 어렵고, 그 외 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 2014년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO로부터 수취한 쟁점①매입세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO로부터 구리 스크랩 매입시 OOO의 매출세액을 구리 스크랩 전용계좌를 통하여 전액이 납부되었음에도 OOO로부터 수취한 쟁점②매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제하는 것은 이중과세에 해당한다고 주장하나, 조세특례제한법제106조의9의 “구리 스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례”는 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 구리 스크랩등의 가액은 구리 스크랩등을 공급한 사업자에게, 당해 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인이 OOO 구리 스크랩등 거래계좌에 입금한 OOO의 매출세액 OOO원은 구리 스크랩등을 공급받는 자(청구법인)을 통하여 공급하는 자(OOO)가 납부한 부가가치세인 반면, 청구법인이 OOO로부터 실물공급 없이 사실과 다른 쟁점②매입세금계산서를 수취하고 공제받은 매입세액은 부가가치세법 제39조 에 따라 청구법인의 매입세액을 불공제한 것이므로 이중과세에 해당한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률
(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것) 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 조세특례제한법 제106조의9 [구리 스크랩등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품(이하 "구리 스크랩등"이라 한다)을 공급하거나 공급받으려는 사업자 또는 수입하려는 사업자(이하 "구리 스크랩등사업자"라 한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구리 스크랩등 거래계좌(이하 "구리 스크랩등거래계좌"라 한다)를 개설하여야 한다.
1. 관세법 제84조 에 따라 기획재정부장관이 고시한 관세·통계통합품목분류표 중 구리의 웨이스트 및 스크랩과 잉곳 또는 이와 유사한 재용해구리의 웨이스트와 스크랩으로부터 제조된 괴상의 주조물
2. 구리가 포함된 합금의 웨이스트 및 스크랩으로서 구리함유량이 100분의 40 이상인 물품
② 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자에게 공급하였을 때에는 부가가치세법 제31조 에도 불구하고 부가가치세를 그 공급받는 자로부터 징수하지 아니한다.
③ 구리 스크랩등사업자가 구리 스크랩등을 다른 구리 스크랩등사업자로부터 공급받았을 때에는 그 공급을 받은 때나 세금계산서를 발급받은 때에 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 제1호의 금액은 구리 스크랩등을 공급한 사업자에게, 제2호의 금액은 대통령령으로 정하는 자에게 입금하여야 한다. 다만, 기업구매자금대출 등 대통령령으로 정하는 방법으로 구리 스크랩등의 가액을 결제하는 경우에는 제2호의 금액만 입금할 수 있다.
2. 부가가치세법 제29조 에 따른 과세표준에 같은 법 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 조에서 "부가가치세액"이라 한다)
④ 구리 스크랩등 수입에 대한 부가가치세는 부가가치세법 제50조 에도 불구하고 구리 스크랩등거래계좌를 사용하여 대통령령으로 정하는 방법으로 납부할 수 있다.
⑤ 구리 스크랩등을 공급받은 구리 스크랩등사업자가 제3항 제2호에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자에게서 발급받은 세금계산서에 적힌 세액은 부가가치세법 제38조 에도 불구하고 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 보지 아니한다.
⑥ 제3항에 따라 구리 스크랩등거래계좌를 사용하지 아니하고 구리 스크랩등의 가액을 결제받은 경우에는 해당 구리 스크랩등을 공급하거나 공급받은 구리 스크랩등사업자에게 제품가액의 100분의 20을 가산세로 징수한다.
⑦ 관할 세무서장은 구리 스크랩등을 공급받은 구리 스크랩등사업자가 제3항에 따라 부가가치세액을 입금하지 아니한 경우에는 구리 스크랩등을 공급받은 날의 다음 날부터 부가가치세액을 입금한 날(부가가치세법 제48조, 제49조 및 제67조에 따른 과세표준 신고기한을 한도로 한다)까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 이자율을 곱 하여 계산한 금액을 입금하여야 할 부가가치세액에 가산하여 징수한다.
⑧ 제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액은 구리 스크랩등을 공급한 구리 스크랩등사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다.
⑨ 관할 세무서장은 해당 예정신고기간 및 확정신고기간 중 구리 스크랩등의 매출액이 구리 스크랩등의 매입액에서 차지하는 비율이 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우에는 환급을 보류할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 환급받을 세액이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우
2. 체납이나 포탈 등의 우려가 적다고 인정되는 대통령령으로 정하는 경우
⑩ 제3항에 따라 부가가치세를 입금받은 제3항 본문에 따른 대통령령으로 정하는 자는 제8항에 따라 공제하거나 환급받을 세액에 가산한 후의 부가가치세액을 매 분기가 끝나는 날의 다음 달 25일까지 국고에 납부하여야 한다.
⑪ 구리 스크랩등거래계좌 사용 대상 구리 스크랩등사업자의 범위, 구리 스크랩등거래계좌 입금 방법, 입금된 부가가치세액의 처리, 구리 스크랩등 품목을 취급하는 사업자의 부가가치세, 소득세 및 법인세의 신고·납부에 관한 관리 등 제1항부터 제10항까지의 매입자 납부제도를 운영하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.