[요지] 청구법인이 15년 전에 준공한 이 건 임대주택에 대하여 해당 각 사업연도의 거래증빙에 의한 결산을 통하여 재무제표 등에 자산으로 계상하여 이월하였다가 의무임대기간이 종료되면서 이를 분양하는 사업연도의 분양원가로 대체하는 방법으로 법인세를 신고ㆍ납부하여 관련 납세의무가 이미 확정된 점, 청구법인이 지방자치단체에 제출한 건축비 등의 분양원가는 관련 규정에 의하여 표준건축비를 적용하여 산정한 것이므로 실제 건축비와 차이가 있는 점, 청구법인이 15년 전 공사원가에 대한 지출증빙을 보관하는 것은 현실적으로 어려운 점 등에 비추어 처분청이 결산서상의 분양원가를 부인하고 표준건축비를 적용하여 산정한 분양원가를 실제의 공사비로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이 2015.1.14. 청구법인의 대표이사 김OOO에게 한 OOO원의 소득금액변동통지 처분은 OOO원을 제외하고, 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 OOO원을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 주택사업실적을 보면 이 건 임대주택을 1990년 말부터 2000년 초에 준공되었고, 정상적으로 법인세 등 각종 제세를 신고·납부하여 납세의무가 확정되었으며, 각 사업연도의 거래 증빙에 의하여 결산한 자료가 재무제표에 계상되어 자산(분양원가)으로 이월되어 오고 있었다.
(2) 청구법인은 매사업연도 결산시 지급증빙에 의하여 성실하게 법인세를 신고하였으며, 법인세 신고 당시 세무서뿐만 아니라 주택임대사업자의 관련 법상 지방자치단체 및 금융기관 등으로부터 엄격한 통제와 사후검증을 받아야 하는 입장이므로 가공으로 공사원가를 계상하거나 회사의 자금을 임의로 운용할 수 있는 상황이 아니었다.
(3) 청구법인은 매 사업연도의 법인세 신고 후 수차례에 걸쳐 과세관청과 주택건설조합, 거래은행 등으로부터 경영의 투명성과 관련한 각종 검증을 받아왔으며, 청구법인의 경영권이 으뜸저축은행으로 넘어갔던 5년 동안에는 많은 비용을 손금으로 처리하지 못하여 분식결산이 이루어진 사실이 확인되었다.
(4) 청구법인의 임대주택은 정부에서 서민들의 주거안정을 목적으로 정책적으로 지원하는 공공 건설임대주택인바,임대주택법등에 따라 사업전반에 걸쳐 제 규정을 준수해야만 허용되는 것이며, 일반 법인과는 다른 엄격한 통제를 받고 있음에 따라 건축비의 일부를 장기저금리로 지원하는 것이다.
(5) 임대주택사업의 인·허가, 임대아파트의 공급, 유지, 관리 등 모든 행위가임대주택법에 명시되어 있는 대로 시행하도록 규제하고 있는바, 쟁점건설원가는임대주택법 시행규칙제14조 공공건설임대주택의 분양전환가격 산정기준에 따라 산정하여 신고된 것이고, 건설원가는 최근 입주자 모집 당시의 주택가격 + 자기자금 이자 + 감가상각비로 산정되도록 하고 있는데 이는 의무보유기간 후에 입주자들과 분양전환가격을 산정하기 위한 기준이므로 실제적인 임대주택의 건설원가는 당해사업년도의 법인세 신고시 결산서에 기재된 금액이고, 지자체에 신고된 건설원가는 실제의 건설원가와는 관련 없는 분양전환가격산정 및 임대료의 책정을 위한 건설교통부에서 규정한 기준에 불과한 것이다. 따라서, 청구법인은 15년 전에 준공한 임대주택에 대하여 해당 각 사업연도의 거래증빙에 의하여 결산하여 재무제표 등에 자산으로 계상한 후 의무임대기간이 종료되면서 임대주택을 분양하는 사업업도에 해당 자산을 분양원가로 대체하는 방법으로 법인세를 신고·납부하였고, 15년 전에 공사원가에 대한 지출증빙을 모두 보관하는 것이 현실적으로 쉬운 일이 아니며, 경영권을 빼앗기는 등의 특수한 사정으로 건설원가 등의 증빙의 보관이 어려웠고, 해당 사업연도의 거래내역 등에 대하여 성실하게 신고하였고 이에 대하여 수시로 검증을 받아 왔음에도 기 신고한 결산서상의 분양원가를 부인하고 표준건축비를 실제 공사비로 보아 과세한 처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.
④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.
⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. 제85조의3【장부 등의 비치와 보존】 ① 납세자는 각 세법에서 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 갖춰 두어야 한다.
② 제1항에 따른 장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제26조의2 제1항 제5호에 해당하는 경우에는 같은 호에 규정한 날까지 보존하여야 한다.
③ 납세자는 제1항에 따른 장부와 증거서류의 전부 또는 일부를 전산조직을 이용하여 작성할 수 있다. 이 경우 그 처리과정 등을 대통령령으로 정하는 기준에 따라 자기테이프, 디스켓 또는 그 밖의 정보보존 장치에 보존하여야 한다.
④ 제1항을 적용하는 경우전자문서 및 전자거래「국세기본법 제5조 제2항에 따른 전자화문서로 변환하여 같은 법 제31조의2에 따른 공인전자문서센터에 보관한 경우에는 제1항에 따라 장부 및 증거서류를 갖춘 것으로 본다. 다만, 계약서 등 위조ㆍ변조하기 쉬운 장부 및 증거서류로서 대통령령으로 정하는 것은 그러하지 아니하다
(2) 임대주택법 제21조【건설임대주택의 우선 분양전환】③ 제1항 및 제2항에 따라건설임대주택을 분양전환하고자 하는 경우 임대사업자(국가ㆍ지방자치단체ㆍ한국토지주택공사 또는 지방공사를 제외한다)는 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하고, 분양전환에 관한 승인(이하 "분양전환승인"이라 한다)을 신청하여야 한다.
④ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 분양전환승인 신청을 받은 경우 30일 이내에 승인을 하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제10항에 따른 대통령령으로 정하는 분양전환가격으로 승인하여야 하며, 이를 조정하거나 변경하여서는 아니 된다.
⑨ 분양전환가격 산정을 위한 감정평가는 분양전환승인 신청인이 비용을 부담하는 조건으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 감정평가법인을 선정하여 시행한다. 다만, 감정평가에 대하여 대통령령으로 정하는 사항에 해당하여 임대사업자 또는 임차인 과반수 이상의 동의를 받은 임차인(임차인대표회의가 구성된 경우 임차인대표회의를 말한다)이 이의신청을 하는 경우 시장ㆍ군수 ㆍ구청장은 대통령령으로 정하는 바에 따라 1회에 한하여 재평가하게 할 수 있다.
⑩ 제1항부터 제9항에 따라 건설임대주택을 우선분양전환하는 경우 분양전환의 방법ㆍ절차 및 가격 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(3) 임대주택법 시행령 제23조【분양전환가격 산정을 위한 감정평가 등】⑧ 법 제21조 제1항부터 제9항까지의 규정에 따라 공공건설임대주택(제13조 제5항 각 호의 공공건설임대주택은 제외한다)을 분양전환하는 경우 분양전환가격 산정의 기준·방법 및 절차 등에 관하여 제1항부터 제7항까지에 규정된 것 외에 필요한 사항은 국토교통부령으로 정한다.
(4) 임대주택법 시행규칙 제14조【공공건설임대주택의 분양전환가격 산정 기준】영 제23조 제8항에 따른 공공건설임대주택의 분양전환가격 산정 기준에 관하여는 제9조 제1항을 준용한다.
(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 주택사업 실적의 주요내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> (나) 청구법인의 2010사업연도 법인세 결산시 계상한 분양전환 수입금액, 공사원가 계상액과 관할 지방자치단체에 분양전환 신고시 건설원가로 신고한 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> (다) 2014.6.24. 작성된 청구법인의 대표이사 김OOO의 문답서를 보면 사업연도별 분양면적/총면적 비율에 따라 공사원가를 계상하였고, 임대주택자산(OOO원)에 대한 산정근거는 10여 년 전의 일이고 부도 및 은행에 관리가 들어간 회사라서 관련증빙을 보관하고 있지 않으며, 대지비는 토지매입 관련 지출금액이고, 건축비는 표준건축비를 기준으로 산정하였으며, 기타비용(설계비, 분양비, 모델하우스 운영비, 유지보수비)은 건축비에 일정률을 곱하여 산정한 금액으로 진술하고 있는 사실이 나타난다. (라) 청구법인은 2004년 4월경부터 2008년 6월경까지OOO에 경영권을 빼앗기는 특수한 상황으로 인해 건설원가의 증빙이불충분하다고 주장하면서 제주지방법원 판결서(2012나4183, 2014.1.29. 선고) 및 진술서(2014년 1월)를 제출하였다. (마) 청구법인의 대표자 변경이력은 국세통합전산망(TIS)에 아래 <표3>과 같이 나타난다. <표3> (바) 청구법인이 1996년부터 2011년까지의 기간 동안 법인세 신고시 제출한 대차대조표의 자산계상내역은 국세통합전산망(TIS)에 아래 <표4>와 같이 나타난다. <표4> (사) 청구법인이 1996사업연도부터 2001사업연도까지의 기간 동안 법인세 신고시 제출한 손익계산서의 공사원가 관련비용 계상내역은 국세통합전산망(TIS)에 아래 <표5>와 같이 나타난다. <표5> (아) 청구법인이 2002사업연도부터 2011사업연도까지의 기간 동안 법인세 신고시 제출한 손익계산서, 공사원가명세서 및 분양원가명세서의 내역은 국세통합전산망(TIS)에 아래 <표6>과 같이 나타난다. <표6> (자) 처분청이 청구법인의 2010사업연도 분양전환 수입금액에 대한 분양원가를 산정한 근거는 청구법인이 지방자치단체에 임대주택 분양전환 승인신청시 제출한 세대별 건설원가 총액에 ‘임대주택채권내역(2010.12.31.)의 임대주택자산 대비 2010사업연도 분양전환 비율에 따라 아래 <표7>과 같이 2010사업연도 분양원가를 계산한 것으로 나타난다. <표7> (차) 청구법인의 2002사업연도부터 2010사업연도까지의 분양원가명세서, 표준손익계산서, 표준대차대조표 항목별 세부내역은 국세통합전산망(TIS)에 다음과 같이 나타난다.
① 분양원가명세서
② 표준손익계산서 *2007사업연도 손익계산서상의 매출원가 항목의 기말재고 금액은 OOO원으로 확인되나 2008년 귀속 매출원가 항목의 기초재고액은 OOO원으로 계상한 사실이 나타난다.
③ 표준대차대조표 (단위: 백만원)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 주택사업실적을 보면 1990년 말부터 2000년 초에 준공되었고, 정상적으로 법인세 등 각종 제세를 신고·납부하여 납세의무가 확정되었으며, 각 사업연도의 거래 증빙에 의하여 결산한 자료가 재무제표에 계상되어 자산(분양원가)으로 이월되어 오고 있었던 점, 청구법인은 저축은행으로부터 2004년부터 경영권을 빼앗겼다가 소송에 의해 2008년 6월경에 경영권을 찾아 온 사실이 확인되는 점, 청구법인이 지방자치단체에 제출하는 건축비 등의 분양원가는 관련 규정에 의한 표준건축비를 적용하여 산정하는 것이므로 실제 건축비와는 차이가 있는 점, 청구법인은 15년 전에 준공한 임대주택에 대하여 해당 각 사업연도의 거래증빙에 의한 결산을 통하여 재무제표 등에 자산으로 계상한 후 의무임대기간이 종료되면서 임대주택을 분양하는 사업연도에 해당 자산을 분양원가로 대체하는 방법으로 법인세를 신고·납부 하였고,국세기본법제85조의3에서 “장부 및 증거서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 해당 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다”고 규정하고 있는바, 15년 전에 공사원가에 대한 지출증빙을 모두 보관하는 것이 현실적으로 쉬운 일이 아닌 점 등에 비추어 처분청은 청구법인이 15년 전에 준공한 임대주택의 공사원가에 대한 원시 증빙을 보관하여 제시하지 못한다는 이유로 청구법인이 신고한 결산서상의 분양원가를 부인하고 표준건축비를 실제의 공사비로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.