조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점전자세금계산서의 부가가치세 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하지 않는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

사건번호 조심 2015중1404 선고일 2015-06-03 조세심판원

[요지] 쟁점전자세금계산서의공급시기는쟁점부동산을사용ㆍ수익할 수 있었을 것으로 보이는 소유권이전등기일로 보아야 하므로 전자세금계산서는 등록전 매입세액에 해당하여 공제가 불가능한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 2013.5.16. 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 OOO 공장용지 2,164㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 공장건물 2,259.87㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 매입하는 부동산매매계약을 체결하고, OOO로부터 쟁점건물과 관련한 2013.5.31.자 공급가액 OOO원(이하 “쟁점전자세금계산서”라 한다)의 주민등록번호 기재분 전자세금계산서를 교부받았으나, 청구인은 쟁점전자세금계산서를 교부받은 부가가치세 과세기간에 부가가치세를 신고하지 않았다.
  • 나. 청구인은 2013.11.5. 사업자등록을 신청하였고, 쟁점건물이 이용가능한 시기는 입주허가서를 수취하여 공장을 가동하기 시작한 때라고 판단하고, 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점전자세금계산서의 매입세액 OOO원을 공급받지 못했다 하여 2014.9.3. 처분청에 쟁점전자세금계산서상의 부가가치세 매입세액의 환급을 구하는 경정청구서(이하 “쟁점경정청구”라 한다)를 처분청에 제출하였으나, 처분청은 쟁점부동산의 공급시기는 원칙적으로 등기부상 소유권 이전 등기일인 2013.5.31.이고, 쟁점전자세금계산서를 2013.5.31. 교부받았으므로 적어도 2013.7.19.까지는 사업자등록을 신청하였어야 하나, 청구인은 2013.11.5. 사업자등록을 신청하였다 하여 쟁점전자세금계산서의 부가가치세 매입세액을 등록전 매입세액으로 보아 2014.10.13. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.19. 이의신청을 거쳐 2015.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2013년 5월 청구인의 남편 최OOO(이하 “남편”이라 한다)과 공동사업을 위해 쟁점부동산을 공동명의(각 2분의 1)로 취득하여 등기를 완료하면서 사업자등록을 하는 과정에서 공단 입주허가서를 요구하여 OOO을 방문하였으나, 일정면적(500평) 이하의 공장취득시는 공동명의가 불가하다고 하여 2013.10.25. 쟁점토지의 남편 지분(2분의 1 지분)을 증여받고, 2013.11.1. OOO으로부터 입주확인서를 발급받아 사업자등록증을 수취하였다.

(2) 청구인의 경우, 쟁점부동산을 취득하는 매매계약을 체결한 후 매매대금을 완불하고 청구인의 명의로 소유권이전등기를 완료한 후 쟁점부동산을 담보로 기업은행으로부터 대출받은 점을 들어 이의신청에서 청구주장을 기각하였으나, 쟁점부동산의 소유권이전과정은 대출실행을 위한 연결과정이었고, 소유권이 이전되어 대출을 실행하였다고 쟁점부동산이 본래 목적에 맞게 이용이 가능한 것은 아니며, 입주확인서가 없으면 공장을 생산목적에 이용하거나 임대를 할 수 없는 사용수익이 불가능한 것이므로 쟁점부동산의 공급시기는 2013년 10월 이후임에도 쟁점경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점부동산의 매매계약서에 사용·수익의 제한을 하는 특약사항이 없으므로 등기부등본상 소유권이전접수일(2013.5.31.)을 쟁점부동산의 공급시기로 보는 것이 타당하고, 청구인은 사업자등록을 2013.11.4. 신청하였으므로 쟁점전자세금계산서의 부가가치세 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제8호에 따른 사업자등록전 매입세액에 해당하여 청구인의 쟁점경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 쟁점전자세금계산서의 부가가치세 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하지 않는 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2014.1.1. 법률 제12167호로 개정되기 전의 것) 제8조【사업자등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 제15조【재화의 공급시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 제38조【공제하는 매입세액】① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제38조【입주계약 등】① 산업단지에서 제조업을 하거나 하려는 자는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 관리기관과 그 입주에 관한 계약(이하 "입주계약"이라 한다)을 체결하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 입주기업체 및 지원기관이 입주계약사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 사항을 변경하려는 경우에는 새로 변경계약을 체결하여야 한다.

③ 제1항과 제2항은 산업단지에서 제조업 외의 사업을 하거나 하려는 자에 대하여 준용한다.

④ 관리기관 중 관리공단 또는 입주기업체협의회가 제1항 또는 제2항에 따라 입주계약 또는 그 변경계약을 체결하였을 때에는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수 또는 구청장에게 보고하여야 한다. 제39조의2【산업용지의 분할 등】① 관리권자·관리기관 및 사업시행자가 소유하고 있는 산업용지(건축물이 없는 것을 말한다)를 분할하려는 경우에는 산업통상자원부령으로 정하는 면적 이상으로 분할하여야 한다. 이 경우 사업시행자는 미리 관리기관과 협의하여야 한다.

② 입주기업체가 제15조 제1항에 따른 공장설립 등의 완료신고 또는 제15조 제2항에 따른 사업개시의 신고 후에 소유하고 있는 산업용지(건축물이 있는 것을 말한다)를 분할하거나 그 공유지분을 처분하려는 때에는 다음 각 호의 구분에 따른 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 입주기업체는 미리 관리기관과 협의하여야 한다.

1. 산업용지의 면적을 분할하는 경우: 분할된 면적이 산업통상자원부령으로 정하는 면적 이상이 될 것

2. 산업용지의 공유지분(지식산업센터의 산업용지에 대한 공유지분은 제외한다. 이하 이 호 및 제4항 제2호에서 같다)을 처분하는 경우: 산업용지의 전체면적에 공유자의 공유지분의 비율을 곱하여 계산한 면적이 제1호에 따라 산업통상자원부령으로 정하는 면적 이상이 될 것

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙 제34조【입주계약신청 등】① 법 제38조 제1항·제3항 또는 법 제38조의2 제1항에 따라 입주계약을 체결하려는 자는 산업용지 또는 공장 및 건축물과 그 밖의 시설(이하 "공장등"이라 한다)을 취득(분양에 의한 취득하는 경우를 포함한다)하거나 임대받기 전에 미리 별지 제25호 서식의 산업단지입주계약 신청서에 별지 제2호의2 서식의 사업계획서(입주계약을 체결하려는 자가 임대사업자인 경우에는 임대사업계획서를 말한다)를 첨부하여 관리기관에 제출하여야 한다.

② 관리기관은 제1항에 따른 산업단지입주계약 신청을 받으면 그 신청일부터 5일 이내에 계약체결 여부를 결정하여야 한다. 다만, 영 제6조 제1항 제2호에 따라 관련 법규의 인가·허가 등을 받았는지를 확인하거나 받을 수 있을지를 관계기관과 협의하는 경우에는 그 기간을 5일 이내에서 연장할 수 있다.

③ 관리기관은 제2항에 따른 계약체결 결정에 따라 계약을 체결한 경우 신청인에게 별지 제25호 서식의 입주계약 확인서를 발급하여야 한다. 제39조의3【산업용지의 분할기준 등】 ① 법 제39조의2 제1항 전단에서 "산업통상자원부령으로 정하는 면적"이란 1천650제곱미터를 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 산업용지의 경우에는 그 분할면적기준을 900제곱미터부터 1천650제곱미터까지의 범위에서 법 제33조에 따른 산업단지관리기본계획으로 달리 정할 수 있다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제78조의2에 따라 공급되는 산업용지

2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제46조의6 제1항에 따른 임대전용산업단지의 산업용지

3. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제7조의2에 따라 지정된 도시첨단산업단지의 산업용지

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인과 청구인의 남편은 쟁점부동산을 매매대금 OOO원에 각 2분의 1 지분씩 매입하면서 쟁점건물의 매입과 관련하여 주민등록번호를 기재한 쟁점전자세금계산서를 OOO로부터 2013.5.31. 교부받았으며, 2013.5.16.자 쟁점부동산매매계약서에 의하면, 아래 <표>와 같은 특약사항이 기재되어 있고, 쟁점토지 중 청구인의 남편 지분(2분의 1)이 2013.10.25. 청구인에게 증여된 것으로 나타난다. OOO (나) 청구인은 OOO으로부터 쟁점부동산을 공장소재지로 하여 2013.11.1. ‘산업단지 입주확인서’를 발급받아 이를 첨부하여 2013.11.4. 처분청에 사업자등록(제조/전자부품)을 신청한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 쟁점부동산의 소유권이 2013.5.31. 이전되었으나, 쟁점건물의 이용이 가능한 시기는 OOO으로부터 ‘입주확인서’를 교부받은 2013.11.1.이므로 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점전자세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급하여 줄 것을 청구하는 쟁점경정청구서를 2014.9.3. 처분청에 제출한 것으로 나타난다. (라) 처분청은 이에 대하여 쟁점부동산의 공급시기는 소유권이전 등기 및 쟁점전자세금계산서 수취일인 2013.5.31.임에도, 청구인이 사업자등록신청을 2013.11.4. 접수하였으므로 쟁점전자세금계산서가 매출세액에서 공제되지 않는 사업자등록전 매입세액에 해당하는 것이라 하여 2014.10.7. 청구인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (마) 청구인은 이에 대하여 쟁점전자세금계산서를 수취하고, 사업자등록신청을 하려고 하였으나, 구비서류인 OOO의 입주확인서 발급 조건인 1인 최소 500평 이상의 대지 소유 조건을 충족하지 못하여 남편의 토지지분(2분의 1)을 증여받는 과정에서 시간이 소요되어 2013.11.4.에서야 사업자등록을 신청한 것이며, 쟁점부동산의 공급시기는 쟁점부동산의 사용 수익이 가능한 OOO의 입주확인서 교부일인 2013.11.1.이라는 주장이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 공급받은 재화가 부동산인 경우에는 원칙적으로 그 부동산을 명도받은 때(소유권이전등기일)가 실지로 사용할 수 있는 때라 할 수 있으나, 매매계약을 체결함에 있어 그 부동산의 사용시점을 특약하였다면 그 약정한 시기가 그 부동산을 실지로 사용·수익할 수 있게 되는 때라 할 것인바, 쟁점부동산의 매매계약서상 쟁점부동산의 사용·수익을 제한하는 특약이 없어 청구인이 쟁점부동산의 잔금을 지급하고, 소유권이전등기를 한 2013.5.31.부터 쟁점부동산을 사용·수익할 수 있었을 것으로 보여 그 때를 공급시기로 보아야 할 것이고, 따라서, 쟁점부동산의 공급시기인 2013.5.31.의 부가가치세 과세기간이 끝나는 2013.6.30.로부터 20일 이내인 2013.7.19.까지 청구인은 사업자등록을 신청하여야만 쟁점전자세금계산서의 부가가치세 매입세액 공제가 가능할 것이나 동 기간을 경과한 2013.11.4.에 사업자등록을 신청함으로써 쟁점전자세금계산서의 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받지 못하는 것이며, 또한, 쟁점전자세금계산서의 작성일이 2013.5.31.이므로 청구인의 주장과 같이 OOO의 입주확인서 교부일(2013.11.1.)을 공급시기로 본다 하더라도 쟁점전자세금계산서는 과세기간을 달리한 세금계산서에 해당하여 매입세액 공제대상에 해당되지 않는다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점전자세금계산서상의 부가가치세 매입세액이 매출세액에서 공제되지 아니하는 것으로 보아 청구인의 쟁점경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)