[요지] 외국인투자에 대한 조세감면은 ‘감면사업을 하기 위한 외국인투자’로서 ‘감면사업을 영위하기 위하여’ 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우를 대상으로 하므로 그 조세감면의 기준은 과세요건이 성립할 당시 감면사업을 영위하여야 충족될 수 있다고 보아야 하고, 감면사업의 영위와 무관하게 공장시설을 설치하기만 하는 경우 또는 감면사업의 양도 등으로 그 사업을 더 이상 여위하지 아니하는 경우에는 조세감면기준이 충족된다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점사업의 양도에 대하여 구조세특례제한법 제121조의5 제1항 제2호를 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점사업의 양도는 구 조세특례제한법 제121조의5 제1항 제2호에서 규정한 법인세 감면세액의 추징사유에 해당하지 아니한다. (가) 구 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제116조의2 제1항 제2호는 고도의 기술을 수반하는 사업을 하기 위한 외국인투자로서 그 사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우에 해당하는 외국인투자에 대하여는 법인세 등을 감면하도록 규정하고 있으며, 위 규정에 따른 법인세 등의 감면기준으로서 외국인투자기업은 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설의 설치를 완료하면 족하고, 별도로 이를 운영할 것을 요하지는 않는다. (나) 따라서, 청구법인은 고도의 기술을 수반하는 쟁점사업을 영위하기 위하여 쟁점공장의 설치를 완료하였으므로 구 조세특례제한법에서 정한 법인세 감면기준을 충족하였는바, 청구법인이 쟁점공장을 설치한 이후 쟁점사업을 양도하였다고 하더라도 구 조세특례제한법 제121조의5 제1항 제2호에서 규정한 감면세액의 추징사유인 ‘같은 법 제121조의2 제1항 각 호 외의 부분에 따른 조세감면기준에 해당하지 아니하게 된 경우’에 해당하지 아니한다.
(2) 설령, 쟁점사업의 양도가 감면된 법인세액의 추징사유에 해당한다고 하더라도, 쟁점사업의 양도는 구 조세특례제한법 제121조의5 제5항에서 규정한 추징면제사유에 해당한다. (가) 청구법인은 쟁점공장을 약 10년 동안 직접 운영하여 오다가 에어백 및 안전벨트 제조업이 매우 상용화되어 보편적 기술이 된 2010.3.31. 쟁점사업을 내국법인인 OOO에 양도하였고, 쟁점사업의 양도에 대하여 공정거래위원회로부터 기업결합승인을 받았으며, 쟁점공장을 양수한 OOO는 청구법인과 동일한 방식으로 에어백 및 안전벨트를 생산, 납품하고 있어 에어백 및 안전벨트를 국내에서 자체적으로 생산하는데 지장이 없다. (나) 비록 청구법인이 쟁점사업의 양도일부터 구 조세특례제한법 시행령 제116조의10 제3항에서 규정한 2월의 조세추징면제여부 확인신청기간을 도과한 2014.7.4. 기획재정부장관에게 쟁점사업의 양도에 대한 조세추징면제여부 확인신청을 함으로써 기획재정부장관으로부터 신청기한 도과를 이유로 위 확인을 받지는 못하였으나, 위와 같은 확인신청은 납세자의 협력의무에 불과하여 기획재정부장관의 확인을 받지 못하였다는 이유만으로 조세추징이 면제될 수 없다고 할 수는 없다. (다) 따라서, 고도의 기술을 수반하는 쟁점사업에서 생산되는 제품인 에어백 및 안전벨트를 국내에서 자체적으로 생산하는데 지장이 없음이 명백한 이상, 쟁점사업의 양도는 구 조세특례제한법 제121조의5 제5항 및 같은 법 시행령 제116조의10 제2항 제1호에서 정한 감면된 법인세액의 추징면제사유에 해당한다.
(1) 쟁점사업의 양도는 구 조세특례제한법 제121조의5 제1항 제2호에서 규정한 법인세 감면세액의 추징사유에 해당한다. (가) 이 건 법인세 감면은 시설투자에 대한 감면이 아닌 사업소득에 대한 감면으로 감면사업과 관련한 사업행위인 공장시설의 운영 없이는 감면대상인 소득이 발생할 수 없으므로 감면기준에 원천적으로 ‘운영’을 배제할 수 없다. 그럼에도 불구하고 감면기준을 ‘설치 또는 운영’이라고 규정한 이유는 감면대상인 조세가 사업소득에 대한 법인세 및 소득세 외에 취득세·등록세도 해당되기 때문이며, 설치 시점에 납세의무가 성립하는 취득세·등록세의 경우 해당시설을 운영하는 조건이 붙는다면 당해 시점에 조세감면을 받을 수 없으므로, 이러한 세목들을 염두에 두어 ‘설치 또는 운영’이라고 정한 것이다. (나) 공장시설을 설치함으로써 고도 기술의 국내 도입이라는 실체적인 조세감면의 목적이 완성된 경우 당 감면에 대해 사후관리할 필요가 없다는 청구주장은 국세기본법 상 ‘감면사후관리 원칙’에 부합하지 않고, 구 조세특례제한법 제121조의5 제1항 다른 호의 추징사유인 등록 말소, 주식 양도, 폐업 등의 경우에도 기술이전 등 실체적 감면 목적이 달성된 이후에는 적용할 수 없다는 논리로 이어져 법 취지를 무색하게 할 수 있으며, 청구법인의 주장대로라면 주식을 양도하는 형태로 감면사업을 양도하는 것은 추징사유이고, 주식을 양도하지 않은 채 전체 사업 중 감면사업부분만 양도하는 것은 추징사유가 되지 않는 이중적인 과세기준이 나타나는 모순이 발생한다.
(2) 기획재정부장관으로부터 조세추징면제여부 확인을 받지 아니하였으므로,쟁점사업의 양도는 구 조세특례제한법 제121조의5 제5항에서 규정한 추징면제사유에 해당하지 아니한다. (가) 구 조세특례제한법 시행령 제116조의10 제3항에서 조세추징을 면제받기 위해서는 조세추징면제여부확인신청서를 추징사유 발생일부터 2개월 이내에 제출하고, 기획재정부장관은 신청내용을 검토한 후 그 결과를 30일 이내 회신하도록 규정하고 있는바, 그 판단에 있어 적시성이 중요하고, 경우에 따라 신청이 거부될 수 있는 여지가 있다는 점에서 청구법인이 예로 든 단순한 협력의무에 불과한 기타 감면신청과는 신청의 의미가 다르다. (나) 쟁점사업의 양도가 조세추징면제사유에 해당하는지 여부는 구 조세특례제한법 시행령 제116조의10 제5항에 따라 기획재정부장관이 조세추징면제여부를 과세관청에 통보하면 과세관청은 그에 따르는 것으로, 과세관청이 자의적으로 판단하여 추징을 면제할 수 없는 것이다. (다) 따라서, 구 조세특례제한법 제5장 ‘외국인투자 등에 대한 조세특례’의 각 조에서 규정한 감면을 적용받고자 하는 자가 감면신청을 하도록 규정한 조항은 단순한 협력의무가 아닌 감면요건을 충족하기 위한 필수조건이므로, 조세추징면제여부확인신청이 적법하게 이루어지지 않은 쟁점사업의 양도에 대하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및고도의 기술을 수반하는 사업
② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한법인세또는 소득세는제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되,그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을,그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.
⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야한다.다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서만 적용된다.
⑦ 외국인(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제1호에 따른 "외국인"을 말한다), 외국투자가 또는 외국인투자기업은 외국인투자촉진법 제5조 제1항에 따른 신고를 하기 전에 하려는 사업이 제1항에 따른 감면대상에 해당하는지 확인하여 줄 것을 기획재정부장관에게 신청할 수 있다.
⑧ 기획재정부장관은 제6항에 따른 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항에 따른 사전확인신청을 받으면 주무부장관과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 알려야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에 따른 취득세·등록세 및 재산세의 감면에 대해서는 해당 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.
⑩ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제6항에 따른 감면신청기한이 지난 후 감면신청을 하여 제8항에 따라 감면결정을 받은 경우에는 그 감면신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 남은 감면기간에 대해서만 제1항부터 제5항까지 및 제12항을 적용한다. 이 경우 외국인투자가 또는 외국인투자기업이 제8항에 따라 감면결정을 받기 이전에 이미 납부한 세액이 있을 때에는 그 세액은 환급하지 아니한다. 제121조의5(외국인투자에 대한 감면세액의 추징)① 제121조의2 제2항 및 제12항에 따라 법인세 또는 소득세를 감면받은 외국투자가 또는 외국인투자기업은다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며, 해당 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.
1. 외국인투자촉진법에 따라 등록이 말소된 경우 2.제121조의2제1항 각 호 외의 부분에 따른 조세감면기준에 해당하지 아니하게 된 경우
3. 신고한 내용을 이행하지 아니하여 외국인투자촉진법 제28조 제5항에 따른 시정명령을 받은 자가 이를 이행하지 아니한 경우
4. 외국투자가가 이 법에 따라 소유하는 주식등을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에 양도하는 경우
5. 해당 외국인투자기업이 폐업하는 경우
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라그 감면된 세액을 추징하지 아니할 수 있다. 1.～3. (생 략) 4.그 밖에 조세감면의 목적을 달성하였다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 조세특례제한법 시행령(2010.5.4. 대통령령 제22151호로 개정되기 전의 것) 제116조의2(조세감면의 기준 등)①법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의하여 법인세ㆍ소득세ㆍ취득세ㆍ등록세 및 재산세를 감면하는 외국인투자는 기획재정부장관이 연 1회 이상 외국인투자촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(한국표준산업분류상의 제조업외의 사업의 경우에는 사업장을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 설치 또는 운영하는 경우로 한다.
1. (생 략) 2.고도의 기술을 수반하는 사업: 국내에서의 개발수준이 낮거나 개발이 되지 아니한 기술을 수반하는 사업으로서 국내산업의 국제경쟁력 강화를 위하여 필요하다고 인정되는 사업 제116조의7(법인세 등의 추징)①법 제121조의5 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액"이란 다음 각 호의 세액을 말한다.
1. 법 제121조의5 제1항 제1호 및 제5호의 경우: 말소일 또는 폐업일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액 2.법 제121조의5 제1항 제2호의 경우: 조세감면기준에 해당하지 아니하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액
3. 법 제121조의5 제1항 제3호의 경우: 시정명령기간 만료일부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액
4. 법 제121조의5 제1항 제4호의 경우: 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도중 먼저 도래하는 과세연도의 초일부터 3년 이내에 양도하는 경우에 감면된 세액
5. 법 제121조의5 제1항 제6호의 경우: 외국인투자신고 후 5년(고용과 관련된 조세감면기준에 미달하는 경우에는 3년)이 경과한 날부터 소급하여 5년(고용과 관련된 조세감면기준에 미달하는 경우에는 3년) 이내에 감면된 세액
② 제1항 제4호의 규정에 의한 세액은 다음 산식에 의하여 산출한 금액으로 한다. 이 경우 경과월수는 먼저 도래하는 과세연도의 초일부터 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도일까지의 경과된 월수로 하되, 월수의 계산에 있어서 1월 미만의 월수는 이를 산입하지 아니한다. 감면된 세액×(1-경과월수/36)×감면당시의 외국투자가 소유의 주식등에대한 양도주식등의 비율(이하 이 장에서 "주식양도비율"이라 한다)
③ 법 제121조의5 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한이자상당가산액"이란 제1항의 규정에 따른 감면세액에 제1호의 규정에따른 기간과 제2호의 규정에 따른 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 1.감면받은 과세연도의 과세표준신고일의 다음날부터 법 제121조의5의사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고일까지의 기간
2. 1일 1만분의 3 제116조의10(조세추징의 면제)① 법 제121조의5 제5항의 규정에 의하여법 제121조의5 제5항제1호ㆍ제3호 또는제4호에 해당되는 경우에는동 조 제1항내지 제3항에 규정된 조세의 추징을 하지 아니하며, 법 제121조의5 제5항 제2호에 해당되는 경우에는 동조 제2항에 규정된 조세의 추징을 하지 아니한다.
② 법 제121조의5 제5항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1.법 제121조의2 제1항 제1호의 규정에 의한 산업지원서비스업 또는 고도의 기술을 수반하는 사업에 투자한 외국투자가가 그 감면사업 또는 소유주식등을 대한민국국민 또는 대한민국법인에게 양도한 경우로서 당해기업이 그 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업에서 생산되거나 제공되는 제품 또는 서비스를 국내에서 자체적으로 생산하는 데 지장이 없다고 기획재정부장관이 확인하는 경우 2.～5. (생 략)
③ 제2항 제1호및 제2호의 규정에 따른 확인을 받고자 하는 자는 감면사업 또는 주식 및 지분의 양도일부터 2월 이내에 조세추징 면제사유를 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 조세추징면제여부 확인신청서를 기획재정부장관에게 제출하여야 한다.
④ 기획재정부장관은 제3항의 규정에 따른 조세추징면제여부 확인 신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 조세추징면제여부를 확인하고 신청을 받은 날부터 30일 이내에 그 결과를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 부득이한 사정이 있을 때에는 30일의 범위 내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.
⑤ 기획재정부장관은 제4항의 규정에 따라 추징면제여부를 확인한 때에는 그 사실을 국세청장ㆍ관세청장 및 당해 외국인투자기업의 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다.
(1) 청구법인은 1998.7.22. 미국법인인 OOO가 51%의 지분투자(자본금 OOO원)를 하고, 2000.7.25. 미국법인인 OOO가 49%의 지분투자(자본금 OOO원)를 하여 총 자본금 OOO원으로 설립된 100% 외국인투자법인으로서, 설립 당시에는 주식회사 OOO였으나 2009년 10월경 OOO 유한회사로 조직 및 상호를 변경하였다.
(2) 청구법인은 1999.1.3. 재정경제부장관으로부터 쟁점사업이 구 외국인투자촉진법 제9조 제1항 제1호에서 정한 고도의 기술을 수반하는 사업에 해당한다는 이유로 같은 법 제9조 제2항 내지 제5항에 따라 법인세 등에 대한 조세감면결정을 받았다.
(3) 청구법인은 1999사업연도부터 2008사업연도까지 쟁점공장의 쟁점사업에서 발생한 소득에 대하여 최초 7년간은 100%를, 이후 사업연도는 50%의 법인세를 감면받았으며, 감면세액 중 2005사업연도부터 2008사업연도까지 발생한 감면세액은 합계 OOO원으로 사업연도별로 요약하면 다음 <표1>과 같다. OOO
(4) 처분청이 쟁점사업의 양도와 관련하여 2014.12.3. 청구법인에게 고지한 법인세 고지내역은 다음 <표2>와 같다. OOO
(5) OOO그룹은 전 세계적인 사업조정 과정에서 쟁점사업을 축소하기로 결정하였고, 이에 청구법인은 쟁점공장을 2010.2.5. 공정거래위원회로부터 기업결합 승인을 받아 2010.3.31. 사업양수도 방식으로 OOO에 양도하였다.
(6) 청구법인은 2014.7.4. 기획재정부장관에게 쟁점사업의 양도에 대한 조세추징면제여부 확인신청서를 제출하였으나, 기획재정부장관은 2014년 9월경 신청기간 도과를 이유로 위 신청을 반려하였다.
(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 외국인투자에 대한 조세감면은 ‘감면사업을 하기 위한 외국인투자’로서 ‘감면사업을 영위하기 위하여’ 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우를 대상으로 하므로, 그 조세감면의 기준은 과세요건이 성립할 당시 감면사업을 영위하여야 충족될 수 있다고 보아야 하고, 감면사업의 영위와 무관하게 공장시설을 설치(또는 취득 보유)하기만 하는 경우 또는 감면사업의 양도 등으로 그 사업을 더 이상 영위하지 아니하는 경우에는 조세감면기준이 충족된다고 볼 수 없는 점, 외국인투자에 대하여 감면하는 법인세는 외국인투자기업이 감면사업을 함으로써 발생한 소득을 대상으로 하므로, 그 소득의 원천으로서 감면사업을 영위하기 위한 공장시설의 운영이 전제되어야 하는 점, 외국인투자에 대하여 감면하는 조세 중 법인세, 소득세는 감면사업을 함으로써 발생한 소득 또는 그에 기한 배당금을 대상으로 하고, 취득세, 등록세 및 재산세는 감면사업을 하기 위하여 취득 보유하는 재산을 대상으로 하는바, 조세감면의 기준을 공장시설의 설치 또는 운영이라고 정한 것은 감면하는 조세(즉, 외국인투자기업이 취득 보유하는 재산에 관한 조세)와 공장시설의 운영에 관련된 조세(즉, 외국인투자기업 또는 외국인투자가가 얻은 소득에 관한 조세)로 나뉘는 사정이 반영된 것으로 볼 수 있고, 설치와 운영 중 어느 하나만으로도 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세가 모두 감면된다는 취지를 정한 것이라고 보기는 어려운 점 등을 고려하면, 위 각 규정에 따른 법인세의 감면기준에 해당하기 위하여는 감면사업에 투자한 외국인투자기업이 법인세의 과세요건이 성립할 당시 그 감면사업을 영위하기 위하여 공장시설을 운영하고 있어야 한다고 보아야 하므로,청구법인이 쟁점사업을 양도한 것은 조세특례제한법제121조의5 제1항 제2호가 정한 ‘조세감면기준에 해당하지 아니하게 된 경우’로서 감면된 법인세액의 추징사유에 해당한다 할 것이다. 또한, 청구법인이 2014.7.4. 기획재정부장관에게 쟁점사업의 양도에대한 조세추징면제여부 확인신청을 하였으나, 신청기간 도과를 이유로 그 신청이 반려되었는바, 청구법인이 조세특례제한법 제121조의5 제5항 제4호 및 같은 법 시행령 제116조의10 제2항 제1호에서 정한 기획재정부장관의 확인을 받지 아니한 이상 쟁점사업을 양수한 OOO가 쟁점사업에서 생산되거나 제공되는 제품을 국내에서 자체적으로 생산하는 데 지장이 없는지 여부를 살필 필요 없이 쟁점사업의 양도에 대하여 조세추징의 면제사유가 인정된다고 할 수 없다. 따라서, 처분청이 쟁점사업연도에 감면받은 법인세 및 이에 대한 이자상당가산액 등을 합하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.