주거지역에 편입된 지 3년이 경과하여 쟁점농지를 양도하였다고 보아 양도소득세감면을 것은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2003.10.18. OOO전 1,343㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 쟁점토지는 2006.5.22. OOO도시관리계획 결정 고시에서 ‘20호 이상의 집단취락지를 개발제한구역 해제지침에 의거, 제1종 일반주거지역으로 지정한다’는 이유로 주거지역에 편입됨과 동시에 도로로 결정되었으며, 2011.5.20. 쟁점토지 중 803㎡는 지목이 대지로 변경(주택 197.64㎡가 2011.4.11. 동 토지에 소유권보존등기)되었고, 나머지 540㎡는 OOO전 300㎡, 같은 동 OOO전 27㎡, 같은 동 OOO전 213㎡(이하 동 토지들을 합하여 “쟁점농지”라 한다)로 분할되었다.
• 나. 청구인은 2013.9.24. 쟁점농지, OOO대지 803㎡ 및 주택 197.64㎡를 사인에게 OOO만원에 일괄양도한 후 양도소득세 신고시 쟁점농지에 대하여 조세특례제한법 제69조 를 적용하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 다. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 실지조사 결과, 쟁점농지가 양도일 현재(2013.9.24.) 주거지역에 편입된 날(2006.5.22.)부터 3년이 지났다고 보아 감면 적용을 배제하여 2014.9.18. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2014.10.1. 이의신청을 거쳐 2015.1.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점농지는 개발사업비 부족 및 토지보상 등과 관련된 예산확보의 어려움으로 인해 사업시행 및 보상이 지연되어 사업시행이 장기화되었고, 이에 따라 단계별 집행계획상 2단계 사업 예정지역 내에 소재하게 되었다. 청구인은 보상이 장기간 지연되는 사유가 예산부족 등에 기인한다는 OOO공식적인 답변을 요구하였으나, OOO쟁점농지는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제85조 에 의한 2단계 사업 예정지역이라는 원론적인 답변만을 할 뿐이었다. 도시관리계획 고시 후 쟁점농지 매매에 관한 법률적 제한은 없었다고 하더라도 누구나 보상가액이 실지거래가액보다 높지 않을 것으로 판단하였기에 매매거래가 성사될 수 없었다. 청구인은 도시관리계획 고시 후 공인중개업소 수십 곳을 통해 시세보다 많이 낮은 가격에 매수의향자를 물색하였으나, 고시지역임이 확인되는 즉시 매매계약 협의가 취소되었다. 이렇듯 쟁점농지에 대한 권리행사에 커다란 장애가 발생하였으나 7년 이상 방치됨으로써 청구인의 정신적, 물질적 손해가 막중하였다. 쟁점농지 등에 대한 대출금 OOO억원의 이자 월 OOO만원 정도를 감수해야 했고, 양도일 현재 주변지역의 대단위 개발로 지가는 상승하였으나, 청구인은 경제적인 손실을 감당하기 어려워 평균적인 시세인 약 OOO억원의 65% 수준인 OOO억원에 쟁점농지 등에 대한 양도계약을 체결하게 된 것이다. 쟁점농지와 동일하게 OOO고시 제2006-145호(2006.5.22.)’로 주거지역에 편입되고, 2010.8.11. 수용되어 주거지역에 편입된 날부터 3년이 경과된 후 양도되어 양도소득세 감면이 배제된 토지에 대하여, 선결정례(조심 2012서5030, 2013.6.27.)는 사업시행자인 OOO예산부족에 기인하여 보상이 지연되었다고 확인하고 있는 점 등을 이유로 세무서장이 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단하였는바, 쟁점농지의 경우 다르게 판단된다면 형평과세의 원칙에도 어긋난다. 따라서, 쟁점농지의 경우 사업 또는 보상의 지연책임이 사업시행자인 OOO있는바, 이 건 처분은 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세감면요건은 엄격하게 해석하여야 하는바, 쟁점농지는 OOO고시 제2006-145호 OOO도시관리계획 결정 고시’에 따라 일반주거지역으로 지정된 후 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하여 양도된 양도소득세 감면 배제대상이 명백하고, 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 것이 아니라 개발제한구역의 집단취락 해제를 위하여 편입(OOO도시계획팀에 유선으로 확인)된 점, 청구인의 배우자인 OOO민원을 제기하여 회신된 내용을 보면, 미집행된 도시계획시설에 대하여 향후 사업시행시 보상하게 된다는 내용만 확인되는 점, 쟁점농지 매매에 관한 법률적 제한이 없으므로 주거지역 편입일 이후 3년이 경과하기 이전 매매하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용이 가능하였던 점 등에 비추어 쟁점농지는 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목에 해당되지 않는바, 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점농지가 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지났다고 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다) (2013.2.15. 신설)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. (단서 생략)

⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 다음 산식 중 양도 당시의 기준시가를 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가로 한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)/(양도 당시의 기준시가) － (취득 당시의 기준시가)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정되기 전의 것) 제27조(농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인.
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제7항 제1호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관과 지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제7항 제1호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2013.12.30. 법률 제12143호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "도시ㆍ군계획"이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군(광역시의 관할 구역에 있는 군은 제외한다. 이하 같다)의 관할 구역에 대하여 수립하는 공간구조와 발전방향에 대한 계획으로서 도시ㆍ군기본계획과 도시ㆍ군관리계획으로 구분한다.

4. "도시ㆍ군관리계획"이란 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 개발ㆍ정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지 이용, 교통, 환경, 경관, 안전, 산업, 정보통신, 보건, 복지, 안보, 문화 등에 관한 다음 각 목의 계획을 말한다.

• 가. 용도지역ㆍ용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획
• 나. 개발제한구역, 도시자연공원구역, 시가화조정구역(市街化調整區域), 수산자원보호구역의 지정 또는 변경에 관한 계획
• 다. 기반시설의 설치ㆍ정비 또는 개량에 관한 계획
• 라. 도시개발사업이나 정비사업에 관한 계획

6. "기반시설"이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.

• 가. 도로ㆍ철도ㆍ항만ㆍ공항ㆍ주차장 등 교통시설

7. "도시ㆍ군계획시설"이란 기반시설 중 도시ㆍ군관리계획으로 결정된 시설을 말한다.

10. "도시ㆍ군계획시설사업"이란 도시ㆍ군계획시설을 설치ㆍ정비 또는 개량하는 사업을 말한다.

11. "도시ㆍ군계획사업"이란 도시ㆍ군관리계획을 시행하기 위한 다음 각 목의 사업을 말한다.

• 가. 도시ㆍ군계획시설사업
• 나. 도시개발법에 따른 도시개발사업
• 다. 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업

12. "도시ㆍ군계획사업시행자"란 이 법 또는 다른 법률에 따라 도시ㆍ군계획사업을 하는 자를 말한다.

(5) 도시개발법(2013.3.23. 법률 제11690호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "도시개발구역"이란 도시개발사업을 시행하기 위하여 제3조와 제9조에 따라 지정·고시된 구역을 말한다.

2. "도시개발사업"이란 도시개발구역에서 주거, 상업, 산업, 유통, 정보통신, 생태, 문화, 보건 및 복지 등의 기능이 있는 단지 또는 시가지를 조성하기 위하여 시행하는 사업을 말한다. 제4조(개발계획의 수립 및 변경) ① 지정권자는 도시개발구역을 지정하려면 해당 도시개발구역에 대한 도시개발사업의 계획(이하 "개발계획"이라 한다)을 수립하여야 한다. 다만, 제2항에 따라 개발계획을 공모하거나 대통령령으로 정하는 지역에 도시개발구역을 지정할 때에는 도시개발구역을 지정한 후에 개발계획을 수립할 수 있다. 제5조(개발계획의 내용) ① 개발계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 다만, 제13호부터 제16호까지의 규정에 해당하는 사항은 도시개발구역을 지정한 후에 개발계획에 포함시킬 수 있다.

1. 도시개발구역의 명칭·위치 및 면적

2. 도시개발구역의 지정 목적과 도시개발사업의 시행기간

4. 도시개발사업의 시행자에 관한 사항

11. 도로, 상하수도 등 주요 기반시설의 설치계획 제9조(도시개발구역지정의 고시 등) ① 지정권자는 도시개발구역을 지정하거나 제4조 제1항 단서에 따라 개발계획을 수립한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 관보나 공보에 고시하고, 대도시 시장인 지정권자는 관계 서류를 일반에게 공람시켜야 하며, 대도시 시장이 아닌 지정권자는 해당 도시개발구역을 관할하는 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장에게 관계 서류의 사본을 보내야 하며, 지정권자인 특별자치도지사와 관계 서류를 송부받은 시장(대도시 시장을 제외한다)·군수 또는 구청장은 해당 관계 서류를 일반인에게 공람시켜야 한다. 변경하는 경우에도 또한 같다. (6) 도시개발법 시행령(2013.3.23. 대통령령 제24443호로 개정된 것) 제15조(도시개발구역지정 및 개발계획수립의 고시 및 공람 등) ① 지정권자는 도시개발구역을 지정한 때에는 법 제9조 제1항 전단에 따라 다음 각 호의 사항을 관보 또는 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제7호의2에 해당하는 사항은 시행자를 지정한 이후에 고시할 수 있다.

4. 시행자(시행자가 지정이 되지 아니한 경우에는 제안자를 말한다)와 그 주된 사무소의 소재지

5. 도시개발사업의 시행기간 및 시행방법

7. 국토교통부령으로 정하는 토지 명세(도시개발구역을 지정할 때 제7호의2에 따라 토지 세목을 고시한 경우는 제외한다) 7의2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조 제1항 에 따라 고시하는 토지의 세목(수용 또는 사용 방식으로 도시개발사업을 실시하는 지역으로 한정한다)

8. 도시개발구역의 이용에 제공되는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제2조 제6호 에 따른 기반시설을 도시개발구역 밖에 설치할 필요가 있는 경우 도시개발구역 밖의 기반시설계획에 관한 사항

9. 법 제11조 제8항 제4호에 따른 실시계획의 인가신청기간

11. 도시·군관리계획에 관한 사항(법 제9조 제2항에 따라 도시지역 및 지구단위계획구역으로 결정된 것으로 보는 사항을 포함한다)

12. 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 사항

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기사항전부증명서에 따르면 청구인이 쟁점농지 등을 취득 및 양도한 내역은 다음 <표1>과 같다.

(2) 양도소득세 신고서 및 결의서에 따르면 청구인의 양도소득세 신고 내역 및 처분청의 이 건 양도소득세 경정 내역은 다음 <표2>와 같고, 처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사보고서(2014년 5월)에 따르면 쟁점농지는 양도일 현재 주거지역으로 편입된 날(2006.5.22.)부터 3년이 경과하여 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 적용이 배제된 것으로 나타난다.

(3) 과세전적부심사결정서(처분청, 2014.8.14., 사건번호: 2014-11), 이의신청결정서(OOO지방국세청장, 2014.11.7., 2014중이534호), 폐쇄등기부에 따르면 다음과 같이 나타난다. (가) 주민등록표상 2014.8.14. 현재까지 청구인의 주소지 변동이력이 나타나는바, 다음 <표3>과 같다. (나) 농지원부상 청구인의 소유농지 현황(최초 작성일자: 2005.1.17.)에 따르면 청구인은 2005.1.17. 현재 쟁점농지가 분할되기 전 토지인 OOO전 1,343㎡를 소유하고 있는 것으로 나타나고, 주재배작물은 ‘채소’로, 경작구분은 ‘자경’으로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (다) 청구인은 2003.10.18. OOO주택 47.6㎡를 취득하였으나, 2005.1.29. 멸실된 것으로 나타나고, 2005.1.24. 쟁점농지가 분할되기 전 토지인 OOO전 1,343㎡(개발제한구역 내 소재)에 대해 주택신축허가가 있었으며, 농지원부 사본편철 통지 공문(2009.8.27., 신장2동-5571호)에 OOO전 1,343㎡에 주택을 신축하여 농지원부가 경작면적 미달로 사본편철하니 추후 경작면적이 농지원부 작성 기준에 적합하면 재신청하라’는 내용이 기재된 것으로 나타난다. (라) 청구인과 배우자 OOO사업자등록 내역은 다음 <표4>와 같다. (마) 청구인은 처분청에 경작지 전경 사진 23매, 2005～2013년 기간 동안 OOO에서 종자 등을 구매한 간이영수증 54매를 제출한 것으로 나타난다.

(4) 심리자료에 따르면 쟁점농지의 주거지역 편입과 관련하여 다음과 같이 나타난다. (가) OOO도시관리계획(용도지역변경, 지구단위계획) 결정 고시’(OOO2006.5.22., OOO고시 제2006-145호)에 따르면 OOO개발제한구역 집단취락 해제와 관련하여 도시관리계획(용도지역변경, 지구단위계획)을 결정하고 이를 고시한다’고 기재되어 있고, OOO대지 일원 92,960㎡(구역명: OOO)가 자연녹지지역에서 제1종 일반주거지역으로 용도지역이 변경된 것으로 나타나며, 그 사유는 ‘20호 이상의 집단취락지를 개발제한구역 해제지침에 의거, 제1종 일반주거지역으로 지정’한다고 기재되어 있다. 또한 쟁점농지가 도로로 결정된 내역은 다음 <표5>와 같다. (나) 청구인이 제출한 ‘단계별 집행계획 수립 공고’(OOO2011.8.17., OOO공고 제2011-509호)에 따르면 2016년 이후 시행이 예정된 2단계 장기 도시계획시설사업 중 쟁점농지 관련 내역은 다음 <표6>과 같다. (다) 처분청 제시자료에 따르면 청구인의 배우자인 OOO진정서(2014.6.20.) 및 이에 대한 OOO민원회신 공문(2014.6.26., 도시과-10855)의 내역이 나타나는바, 청구인의 배우자 OOO에게 OOO도시관리계획을 결정하고도 사업시행(집행)을 오랫동안 지연하는 사유와 보상도 하지 않는 사유를 알고자 한다’는 내용의 진정서를 제출하였고, 이에 대해 OOO일원 토지 주변은 개발제한구역 해제와 함께 OOO고시 제2006-145호(2006.5.22.)로 도시관리계획이 결정․고시되었고, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제84조 에 의거, 미집행된 도시계획시설에 대하여 수립되는 단계별 집행계획상 2단계(2016년 이후)로 공고(2011.8.17.)된 것으로서, 향후 도시계획시설사업 시행시에는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 준용하여 보상하게 됨을 알려드린다’고 회신한 것으로 나타난다. (라) 토지이용계획열람결과(2015.3.17. 현재)에 따르면 쟁점농지는 도시지역 중 제1종 일반주거지역에 속해 있는 것으로 나타나고, 쟁점농지 중 OOO전 300㎡는 소로 2류에 접해 있는 것으로, 나머지 OOO전 27㎡ 및 OOO전 213㎡는 소로 2류에 속해 있는 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점농지가 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지나 양도되었으나 예산부족 등에 의해 개발사업의 시행 및 보상이 지연되었으므로 그 책임이 사업시행자인 OOO에게 있는바, 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 및 나목, 같은 법 시행규칙 제27조 제5항의 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유” 즉, “사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유”에 해당한다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 및 나목은 ‘사업시행자가 지방자치단체인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지’로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우, 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지나 양도되더라도 양도소득세 감면 대상인 8년 이상 자경농지에 해당한다고 규정하고 있는바, 쟁점농지의 경우 추상적인 도시관리계획 결정이 있었을 뿐 개발사업의 시행기간, 시행자 및 시행방식 등을 규정한 사업인정고시 또는 개발계획 수립고시가 없었던 점, OOO민원회신 공문에는 ‘향후 도시계획시설사업 시행시에는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 준용하여 보상하게 됨을 알려드린다’고 나타는 점 등에 비추어 사업시행자가 지방자치단체로 정해졌다거나 개발사업이 시행되었다고 보기 어렵고, 도시관리계획 결정에 따르면 ‘20호 이상의 집단취락지를 개발제한구역 해제지침에 의거, 제1종 일반주거지역으로 지정’한다는 사유로 쟁점농지가 주거지역에 편입된 것이므로 ‘개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입’된 것이 아닌 것으로 보이며, 청구인이 원용하고 있는 선결정례(조심 2012중5030, 2013.6.27.)상 농지의 경우, 1971.4.7. 도시계획결정에 의해 도로로 결정되었고, 사업인정고시가 이루어졌으며, 사업시행자인 OOO양도된 반면, 쟁점농지는 2006.5.22. 도시관리계획결정에 의해 도로로 결정되었고, 사업인정고시가 이루어지지 않았으며, 양수자가 사인인 것으로 나타나는 등 사실관계가 다른 것으로 보이는바, 처분청이 쟁점농지가 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지나 양도되었다고 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.