쟁점금액을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장에 대하여 재조사 결정함

OOO세무서장이 2014.9.19. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO부과처분은 OOO외 2필지 위 무 허가건물 2개동, 컨테이너박스 및 토지 사용권에 대해 양도소득세 필요 경비로 공제할 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2009.11.23. OOO외 2필지 소재 무허가건물 2개동, 기계장치, 컨테이너박스, 토지 사용권 등(이하 “쟁점시설물 등”이라 한다)을 매매로, 2011.4.20. 같은 동 OOO전 1,831㎡, 같은 동 OOO전 152㎡, 같은 동 OOO전 18㎡ 합계 2,001㎡(이하 “쟁점토지1”이라 한다)를 경매로, 2013.1.10. 같은 동 OOO전 110㎡, 같은 동 OOO전 33㎡, 같은 동 OOO전 302㎡ 합계 412㎡(이하 “쟁점토지2”라 하고, 쟁점토지1과 함께 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하여 그 중 2013.4.25. 1,215㎡를 주식회사 OOO[이하 “OOO”라 한다]에게, 2013.3.5. 220㎡를 OOO에게 각 양도하고 쟁점시설물 등 취득시 지급한 OOO백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 필요경비에 산입하여 2013.6.30. 양도소득세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 처분청에 대한 정기감사를 실시하여 청구인이 쟁점시설물 등 취득시 지급한 쟁점금액을 양도소득세 계산시 필요 경비에서 제외하여 과세하도록 하는 내용의 감사처분지시를 하였으며, 처분청은 이에 따라 2014.9.19. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO경정･고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2014.11.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점시설물 등 중 샌드위치 판넬구조인 A동(주거용)과 가설물건축인 B동(차핑공장건물) 외 양도소득세 과세대상으로 볼 수 없는 기계장치 등이 포함되어 있다는 이유로 쟁점토지를 취득하기에 앞서 지상권을 매입한 것으로 보았으나, 누구나 참여할 수 있는 법원 경매 에서 청구인이 쟁점토지1을 낙찰받기 1년 6개월 전에 쟁점시설물 등을 취득한 것이므로 쟁점토지상의 지상권을 매입하였다거나 명도 관련 합의금을 지급한 것으로 볼 수 없으며, 유형고정자산에 해당하는 건축물 등이 타인 소유의 토지 위에 소재하고 있다고 하여 물적 형태가 없는 무형고정자산(지상권)으로 되는 것은 아니다.

(2) 쟁점시설물 등은 미등기 무허가건물이 포함된 것으로, 이를 매수한 OOO에서 철거하였고, 특별한 사정이 없는 한 토지와 건물을 일괄 거래하는 것이 통상적인 점 및 양도자산을 실지거래가액으로 신고하는 경우 토지 및 건물가액 구분의 실익이 없는 점 등에 비추어 거래당사자들이 이전절차 등의 편의를 고려하여 토지만 양도하는 것으로 부동산매매계약서를 작성하였다고 하더라도 토지와 건물을 일괄 양도한 것으로 보는 것이 실질과세원칙에 부합한다.

(3) 쟁점시설물 등은 양도 당시 실제로 존재한 무허가 건축물이 포함된 것으로, 양도 당시 잔존가액보다 철거비용이 더 소요되어 사실상 OOO원으로 추정되는데, 매수인 OOO에서 철거 예정에 있었고, 실제로 매매 후 OOO책임 하에 철거되었으므로 소유권이전등기 등의 편의 때문에 매매계약서에 토지만을 매매대상으로 기재하였는바, 쟁점토지 일부와 쟁점시설물 등을 일괄 양도한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청의 이 건 부과처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인이 양도소득세 신고시 쟁점금액은 쟁점토지1을 경락으로 취득(2011.4.20.)하기 전인 2009.11.23. OOO으로부터 쟁점시설물 등을 매입하고 지급한 대가임이 부동산매매계약서에 의해 확인되고, 청구인이 쟁점시설물 등 취득시 작성한 매매계약서의 매매내용에 “본 매매계약서는 지상물 및 집기류와 기득권 매매임”으로 표시되어 있어 지상권과 집기류 등에 대한 매매거래로 표시되어 있다. 또한, 청구인이 쟁점시설물을 양도한 계약서의 부동산표시내역을 보더라도 쟁점시설물이 매매목적물에 포함되어 있지 아니하다. 청구인이 쟁점토지 취득 전에 지급한 쟁점금액은 쟁점토지1 경락시 그 지상권자인 OOO법적인 분쟁을 피하기 위하여 지급의무 없는 명도비용을 지급한 것이다. 한편, 청구인이 쟁점시설물 등 중 건물 2개동을 보유한 기간이 약 2년 5개월임에도 취득시 지출한 OOO백만원 대비 양도가액이 OOO원인 점과 쟁점토지 일부와 쟁점시설물 등 양도시 작성한 매매계약서의 매매목적물에 쟁점시설물 등이 포함되지 않은 점 등에 비추어 청구인은 쟁점시설물 등을 지급의무 없음에도 불구하고 OOO백만원을 지급한 것이므로 이를 청구인의 양도소득세 계산시 필요경비에서 제외하여 과세한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 지급한 쟁점시설물 등에 대한 대가를 양도가액에서 공제할 필요경비에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부 (地 籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물 (건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

• 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
• 나. 지상권
• 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ 환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대 통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제102조(양도소득금액의 구분 계산 등)

① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산할 때 발생하는 결손금은 다른 호의 소득금액과 합산하지 아니한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 소득

2. 제94조 제1항 제3호에 따른 소득

② 제1항에 따라 양도소득금액을 계산할 때 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 해당 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 고려하여 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등)

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제48조의2(과세표준의 안분계산)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급 계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

(4) 민법 제186조(부동산물권변동의 효력) 부동산에 관한 법률행위로 인한 물권의 득실변경은 등기하여야 그 효력이 생긴다. 제187조(등기를 요하지 아니하는 부동산물권취득) 상속, 공용징수, 판결, 경매 기타 법률의 규정에 의한 부동산에 관한 물권의 취득은 등기를 요하지 아니한다. 그러나 등기를 하지 아니하면 이를 처분하지 못한다. 제192조(점유권의 취득과 소멸)

① 물건을 사실상 지배하는 자는 점유권이 있다.

② 점유자가 물건에 대한 사실상의 지배를 상실한 때에는 점유권이 소멸한다. 그러나 제204조의 규정에 의하여 점유를 회수한 때에는 그러하지 아니하다. 제279조(지상권의 내용) 지상권자는 타인의 토지에 건물 기타 공작물이나 수목을 소유하기 위하여 그 토지를 사용하는 권리가 있다. 제282조(지상권의 양도, 임대) 지상권자는 타인에게 그 권리를 양도하거나 그 권리의 존속기간 내에서 그 토지를 임대할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2013.4.25. 쟁점토지의 일부와 쟁점시설물 등을 양도하면서 양도가액을 OOO천원, 취득가액을 OOO천원, 과세표준을 OOO천원, 납부할 세액을 OOO천원으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. 이에 대하여 처분청은 청구인의 위 양도소득세 신고내용 중 신고시 산정한 취득가액에서 쟁점금액을 차감한 OOO천원을 취득가액으로 하여 OOO천원을 경정･고지하였다.

(2) OOO지방국세청장이 결정한 청구인에 대한 과세전적부심사결정서에 기재된 내용은 다음과 같다. (가) 청구인이 제출한 쟁점시설물 등 취득시 작성한 매매계약서(2009.11.23.)에는 쟁점시설물 등의 매매대금을 OOO천원으로 하여 계약금 OOO 천원, 중도금 OOO천원, 잔금 OOO천원을 지불하고, 특약사항에 잔금 OOO천원은 쟁점토지1 경매 낙찰시 유효하며, 낙찰을 포기하거나 토지를 매입하지 못할 때에는 잔금 OOO천원이 자동 삭제(소멸)되고, 본 매매계약서는 지상물 및 집기류와 기득권 매매라고 기재되어 있다. 또한, 동 매매계약서의 별지 상세계약내용에 매매내용은 ‘지상권에 대한 시설물 일체’와 ‘토지 사용의 기득권’으로, ‘지상권에 대한 시설물 일체’의 세부 내역은 샌드위치 판넬 구조 A동(주거용 약 120㎡), 가설물 건축 B동(차핑 기계실 약 67㎡), 차핑 기계 1조, 컨테이너박스 3m, 6m 2개동, 계량다이 30톤 1대, 기타 모든 시설물 및 재활용 고물 일체이고, ‘토지 사용의 기득권’의 세부 내용은 ‘쟁점토지1 시설물 일체의 소유권과 사용권리 및 전기(380Kw/15Kw) 사용계약 승계’로 각 기재되어 있다. (나) 청구인이 쟁점시설물 등 취득시 지급한 쟁점금액(OOO천원)의 지급증빙을 보면, OOO천원이 텔레뱅킹 거래확인증 및 간이영수증으로 확인된다. (다) 국세통합전산망의 사업자기본사항 조회자료에 청구인은 1991.1.3. 개업하여 OOO이라는 상호로 하여 비철, 고철, 재활용품 도매업을 영위하는 사업자로, 2012.2.29. 쟁점토지로 사업장을 이전하였다. (라) 청구인이 2011.4.20. 경매로 취득한 쟁점토지1에 대한 경매 개시일자는 2009.7.23.로 나타난다.

(3) 청구인이 추가 제시한 심리자료를 보면, 2014.9.25. 쟁점토지 양수자 OOO대표이사인 OOO이 작성한 확인서 내용에 OOO2013.4.25. 청구인으로부터 OOO일대 토지와 건물을 일괄로 취득하였는바, 건물은 미등기 무허가상태였고, OOO연립주택을 신축하기 위하여 건물을 즉시 철거할 예정이었기 때문에 소유권이전절차 등의 편의상 쌍방합의하에 부동산매매계약서에 토지만 기재하였음을 확인한다고 되어 있다. 또한, 쟁점시설물 등에 대한 건물 2개동을 촬영한 사진 2매를 보면, 동 사진상 건물은 육안으로 볼 때 판넬 구조의 건축물로 보인다.

(4) 청구인이 쟁점토지를 취득 및 양도한 내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 다음 <표>와 같이 쟁점토지1은 경매로, 쟁점토지2는 매매로 취득하였다. (나) 청구인이 제시한 쟁점토지 관련 양도계약서를 보면, 청구인은 2013.4.25. OOO전 110㎡, 같은 동 OOO전 302㎡, 같은 동 OOO전 359㎡, 같은 동 OOO전 152㎡, 같은 동 OOO전 274㎡, 같은 동 OOO전 18㎡ 합계 1,215㎡를 OOO에게 매매대금 OOO천원에 양도하였고, 2013.3.15. 같은 동 OOO전 220㎡를 OOO에게 매매대금 OOO천원에 양도한 것으로 되어 있다. (다) 수원지방법원 안산지원에서 쟁점토지1에 대한 경매(2009타경17359)를 진행한 내역을 보면, 소유자는 OOO채권자는 파산자 OOO감정가는 OOO천원, 최저가는 OOO천원, 경매개시결정일은 2009.7.23.이며, 경매부동산 상의 주택은 매각 제외인 것으로 되어 있다. (라) 쟁점토지1 등기부상 소유자는 OOO으로 되어 있는바, OOO 쟁점토지1을 무단 점유하여 동 토지의 지상에 건물 2개동 등 시설물을 설치한 것으로 파악된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 지급의무 없이 지급한 명도비용의 성격이라는 의견이나, 청구인이 쟁점시설물 등 취득시 작성한 매매계약서상의 매매대상물을 보면, 판넬구조 건물 2개동, 컨테이너박스, 기계장치, 토지 사용권으로 구분되고 동 시설물 등은 청구인이 쟁점토지1의 경매 개시 직전 매매대금 OOO천원을 지급하고 취득한 점에 비추어 재산적 가치 있는 시설물 또는 권리로 보이는바, 이들 대상물 중 판넬구조 건물 2개동, 컨테이너박스 및 이들에 대한 토지사용권의 가치를 양도소득세 계산시 필요경비에 산입함이 타당하다 할 것이므로 그 가액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.