조세심판원 심판청구 양도소득세

청구인은 양도소득세 신고ㆍ납부의무가 없는 법인으로 보는 단체에 해당함

사건번호 조심-2015-중-0569 선고일 2015.05.07

청구인은 조직과 운영에 관한 규정이 있고 대표자를 선임하였으며 자신의 계산과 명의로 청구인의 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리하고 쟁점임야를 양도하기 전인 2013.12.16. 처분청에게 고유번호증을 발급받았으므로 청구인을 소득세법상 납세의무자인 거주자로 보아 경정청구 거부한 처분은 잘못임

주 문

OOO세무서장이 2014.9.24. 청구종중에게 한 2014년 귀속 양도소득세 OOO환급경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구종중은 OOO임야 18,645㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)가 2014.3.21. OOO수용되어 보상금을 수령하자 양도소득세 예정신고 후 2014.4.29. 및 2014.5.29. 양도소득세 및 농어촌특별세 합계 OOO납부하였다가, 청구종중은 양도소득세 신고의무가 없는 “법인으로 보는 단체”에 해당한다고 주장하면서 기신고‧납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 2014.8.5. 제기하였다.
  • 나. 처분청은 청구종중이 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니한다고 하면서 2014.9.24. 청구종중의 경정청구를 거부하였다.
  • 다. 청구종중은 이에 불복하여 2014.12.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구종중 주장 청구종중은 쟁점임야 등 선산에 분묘를 설치하고 음력 10월 시제를 지내오는 등 자연발생적인 종중으로, 오랜 기간 동안 고유한 업무를 수행하였고, 1994.12.15. 종중총회를 개최하고 종중규약을 제정하면서 청구종중 소유부동산에 대한 제반 권리를 취득하였으며, 2013.12.16.에는 국세기본법 제13조 에 따라 처분청에 청구종중을 “법인으로 보는 단체”로 승인하여 줄 것을 신청하여 비영리법인으로 승인받고 고유번호를 부여받았고(고유번호 OOO, 승인일 이후에는 이를 정정하는 어떠한 처분이나 통지도 받은 사실이 없으므로 청구종중은 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인에 해당한다. 따라서, 청구종중은 비영리법인으로서 그 수익에 대하여 법인세법에 따른 신고를 하였어야 하나 착오로 양도소득세를 신고‧납부한 것이므로 기신고‧납부한 양도소득세는 취소되어야 한다.
  • 나. 처분청 의견 청구종중이 2013.12.13. 처분청에 “법인으로 보는 단체”의 승인신청을 하여 2013.12.16. 처분청으로부터 고유번호증OOO발급받은 것은 사실이나, 법인으로 보는 단체의 승인신청은 민원실에 접수하면 실지조사 없이 고유번호증을 발급하며, 고유번호증에는 “① 이 고유번호증의 부여로 인해 민법 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다. ② 수익사업을 하고자 하는 경우에는 사업자등록 신청 및 수익사업개시 신고를 하여야 합니다.”라는 유의사항이 명시되어 있고, 이러한 유의사항은 과세관청이 고유번호증을 발급하더라도 무조건 법인사업자로 적용되는 것으로 해석되지 않는다는 점을 대외적으로 분명하게 표방한 것이라고 할 수 있는 점, 청구종중의 대표자 또한 법인이 아닌 사단의 부동산 등기용 등록번호 부여 신청을 하였다고 기재되어 있는 점, 종중은 일반적으로 종중의 제사 등을 목적으로 구성된 사단으로서의 성질을 가지고 종중의 재산은 종원들의 총유에 속하며 종원들은 목적범위 내에서 총유권의 대상인 종중재산을 사용수익할 수 있는 점(대법원 1999.7.7. 선고 97누17261 판결 참조) 등에 비추어 보면 청구종중은 세법에서 규정하고 있는 비영리법인에 해당되지 아니한다. 또한, 공익을 목적으로 하는 비영리법인이 해산되는 경우에는 그 재산이 국가에 귀속되지만, 청구종중의 경우 국가가 아닌 종중원 개인에게 귀속됨에도 조세부담을 전혀 지지 않는 결과가 초래되는 점에 비추어 보면 국세기본법 제13조 제1항 의 “수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다”는 규정은 같은 조 제2항에도 적용되는 것으로 해석되어야 할 것이고, 청구종중이 양도소득에 대한 법인세 신고를 하지 아니하고 거주자로서 양도소득세를 법정신고기한 내에 자진신고한 점 등을 종합적으로 고려해보면 청구종중을 법인세법상 비영리법인으로 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구종중이 양도소득세 신고‧납부의무가 없는 “법인으로 보는 단체”에 해당하는지 여부
  • 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제13조 (법인으로 보는 단체)

① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 법인으로 보는 단체가 제5항에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 관할 세무서장은 그 단체의 구성원 또는 관계인 중 1명을 국세에 관한 의무를 이행하는 사람으로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청·승인과 납세번호 등의 부여 및 승인취소에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령 제8조 (법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등)

① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 그 밖에 필요한 사항

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제12조 제2항 에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제12조 (등록번호)

① 법 제8조 제5항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조 제3항 및 제4항에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다.

② 관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제54조 제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다. (4) 국세기본법 시행규칙 제5조의2 (법인으로 보는 단체의 신청·승인 등)

① 영 제8조 제1항에 따른 법인으로 보는 단체의 승인신청은 별지 제6호 서식의 법인으로 보는 단체의 승인신청서에 따른다.

② 영 제8조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 승인 여부 통지는 별지 제6호의2서식의 법인으로 보는 단체의 승인 여부 통지서에 따른다.

③ 영 제8조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체의 승인 취소의 통지는 별지 제6호의3 서식의 법인으로 보는 단체의 승인 취소 통지서에 따른다. (5) 법인세법 제1조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "내국법인"(內國法人)이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

  • 가. 민법 제32조 에 따라 설립된 법인
  • 나. 사립학교법이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)·사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)
  • 다. 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) (6) 법인세법 제2조 (납세의무)

① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

1. 내국법인

(7) 법인세법 제3조 (과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 에 따른 이자소득

3. 소득세법 제17조 제1항 에 따른 배당소득

4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 소득세법 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 (8) 소득세법 제1조의2 (정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "거주자"란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소(居所)를 둔 개인을 말한다.

2. "비거주자"란 거주자가 아닌 개인을 말한다.

3. "내국법인"이란 법인세법 제1조 제1호 에 따른 내국법인을 말한다.

4. "외국법인"이란 법인세법 제1조 제3호 에 따른 외국법인을 말한다.

5. "사업자"란 사업소득이 있는 거주자를 말한다. (9) 소득세법 제2조 (납세의무)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 거주자

2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

국세기본법 제13조 제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. (10) 소득세법 시행령 제3조의2 (거주자 또는 비거주자로 보는 단체의 구분) 법 제2조 제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 법인 아닌 단체에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 법을 적용한다.

1. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 해당 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 구성원별로 과세

2. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않거나 확인되지 않는 경우에는 해당 단체를 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 과세

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 서울고등법원 2013.6.19. 선고 2012나53569 판결(동 판결은 2013.8.13. 상소각하로 확정되었다)은 다음과 같은 사실들을 인정하면서 청구종중이 해방 이전부터 종중으로서 실재하고 있었고 1948.6.11.경 쟁점임야를 취득하여 이를 종중원에게 명의신탁한 것으로 판단하였다. (가) 쟁점임야 위에는 청구종중의 공동선조인 OOO의 분묘가 설치되어 있고, 청구종중은 해방 이전부터 쟁점임야 위에 있는 OOO의 분묘에서 매년 음력 10.8.경 시제를 지내왔다. (나) 쟁점임야에는 OOO 분묘 이외에도 등기명의인인 OOO등 종중원 내지 종중원 처의 분묘 13기가 설치되어 있고, 그 중에는 등기명의인들과 특별한 연관이 없는 종중원의 분묘도 설치되어 있다. (다) 청구종중은 1994.12.15. 종중총회를 개최하여 종중규약을 제정하였는바, 종중총회에서는 종중재산인 쟁점임야에 관한 소유권이전등기신청을 하기 위한 등록번호부여신청 등에 관한 일체의 행위를 당시 회장으로 선출된 OOO에게 위임하는 내용의 결의를 하였고, 당시 종중총회에는 쟁점임야의 등기명의인의 일부도 참석하여 결의서에 서명날인하였다. (라) 위 종중총회에서 대표자로 선출된 OOO은 청구종중에 대한 법인 아닌 사단의 부동산등기용 등록번호부여신청과 부동산등기용 등록증명서발급신청을 하였으며, 이에 따라 1994.12.26. 청구종중에 대하여 법인 아닌 사단으로 등록번호가 부여되었다. (2) “고유번호증”에 의하면 청구종중의 대표 OOO은 2013.12.13. 청구종중을 법인으로 보는 단체로 승인신청하여 2013.12.16. 처분청으로부터 고유번호증(고유번호 OOO발급받은 사실이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 법인세법 제2조 제1항 은 내국법인은 법인세법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제1조 제2호 다목은 법인세법에 따른 법인세 납세의무를 부담하는 비영리내국법인 중 하나로 “ 국세기본법 제13조 제4항 에 따른 법인으로 보는 단체”를 규정하고 있으며, 국세기본법 제13조 제2항 및 제4항은 법인이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체 중 “조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있고, 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하며, 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 경우 로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것”도 법인으로 보는 단체로서 그 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제8조 제1항 내지 제3항은 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 승인을 받으려는 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인은 단체의 명칭, 주사무소의 소재지 등을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 하고, 관할 세무서장은 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 하며, 이에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제12조 제2항 에 따른 고유번호를 부여하여야 한다고 규정하고 있다. 또한, 소득세법 제2조 는 국세기본법 제13조 제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체 외의 법인 아닌 단체는 이를 거주자 또는 비거주자로 보아 소득세법을 적용한다고 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우, 청구종중은 1994.12.15. 종중총회를 개최하여 종중규약을 제정하고 OOO을 회장으로 선출함으로써 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있는 점, 청구종중의 규약에 의하면 청구종중을 위한 일체의 재산은 청구종중에게 귀속하는 것으로 규정하고 있고, 청구종중의 대표자는 청구종중에 대하여 부동산등기용 등록번호부여신청과 부동산등기용 등록증명서발급신청을 함으로써 1994.12.26. 청구종중에 대하여 법인 아닌 사단으로 등록번호가 부여되었으며, 이에 따라 청구종중은 쟁점임야 등에 대하여 청구종중 명의로 소유권이전등기를 경료하는 등 청구종중은 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리하고 있는 것으로 나타나는 점, 청구종중의 규약에 의하면 청구종중은 종중 묘소의 수호 및 재산의 관리, 종원 상호간의 친목 유지를 목적으로 하고 있을 뿐 종중원에 대한 수익 분배를 목적으로 하지 아니하며, 또한, 청구종중의 구성원인 종중원은 종중사업과 운영에 관한 의견을 개진하고 종중에 비치된 서류 및 장부를 열람할 권리가 있을 뿐 그 수익을 분배받을 권리는 규정되어 있지 아니하는 등 청구종중은 그 수익을 구성원에게 분배한다고 볼 수 없는 점, 청구종중의 대표 OOO은 2013.12.13. 청구종중을 법인으로 보는 단체로 승인신청하여 쟁점임야를 양도하기 전인 2013.12.16. 처분청으로부터 고유번호증(고유번호 OOO발급받은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구종중은 국세기본법 제13조 제2항 이 규정한 “법인으로 보는 단체”에 해당하는 것으로 봄이 타당하므로 처분청이 청구종중을 소득세법상 납세의무자인 거주자로 보아 환급경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)