조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 법령개정으로 중소기업에서 제외되어 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부 등

사건번호 조심-2015-중-0401 선고일 2015.03.09

청구법인과 관계회사의 매출액 등을 합산한 결과 관계회사 제도상의 중소기업 기준을 초과함에 따라 중소기업 및 유예기업 모두에 해당하지 아니하는 점, 이 건 과세는 청구법인이 관계회사제도 시행에 따른 중소기업 유예기간을 잘못 적용하여 결손금 소급공제에 따른 환급신청에 따른 환급세액을 추징한 처분은 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1986.4.10. 개업하여 건설업을 영위하는 법인으로 2009사업연도에 매출액 OOO억원을 초과하여 2012사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받는 것으로 보아 2013년 3월 2012사업연도에 발생한 결손금에 대하여 2011사업연도 법인세 OOO결손금 소급공제에 따른 환급신청을 하여 2013.4.9. 동 금액을 환급받았다.
  • 나. 처분청은 아래와 같이 청구법인이 특수관계자와 합산하여 종속기업인 OOO주식회사(이하 OOO한다)의 주식 등을 30% 이상 소유한 최다출자자로 중소기업기본법 시행령(이하 “중기법 시행령”이라 한다) 제2조 및 제3조의2 제1항 제1호에 따라 관계기업에 해당하여 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 제3호에 따라 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 2014.10.7. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 [주위적 청구]

(1) 청구법인은 2011.12.28. 중기법 시행령 제3조의2 개정으로 지배․종속기업의 관계가 변경되어 2012.1.1.부터 시행된 조세특례제한법 시행령제2조 제5항의 규정을 적용받을 수 있다. (가) 2011.12.28. 개정 전의 중기법 시행령 제3조의2 제1항에서 “또는 개인”이라고 하여 지배종속관계에 개인도 포함하고 있었으며, 제1항 제5호에서 개인도 그 종속기업의 최다출자자인 경우 지배종속관계를 인정하고 있는바, 중기법 시행령 개정 전에는 청구법인(중기법 시행령 제3조의2 제1항 제1호)뿐만 아니라 OOO(청구법인의 대표자, 개인사업자, 같은 령 제3조의2 제1항 제4호 또는 제5호)도 지배기업에 해당하여 종속기업 OOO법률상 지배기업은 아래와 같이 청구법인과 OOO(개인) 2개가 존재하였고, 실질적인 지배기업은 OOO개인이며, 상시근로자수 등의 산정에 있어서도 OOO개인의 지배기업에 합산되어야 하며, 이 경우 청구법인은 2011.12.31. 현재중소기업기본법상 중소기업에 해당한다. 중기법 시행령 별표2에서 지배기업이 종속기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 50 미만을 소유하고 있는 경우에는 “형식적 지배”에 해당한다고 정의하고 있고, 중기법 시행령 제3조의2 제1항 각 호의 규정을 보면 제1호만이 “100분의 50 이상을 소유하는 경우”로 규정하고 있으나 나머지 제2호 내지 제5호의 규정에서는 “최다출자자인 경우”로 규정하고 있으므로, 종속기업의 상시근로자수 등의 합산은 형식적 지배기업에 해당하는 청구법인에 합산할 것이 아니라 아래와 같이 실질적 지배기업에 해당하는 OOO(개인)에 합산하여야 한다. (나) 2011.12.28. 개정된 중기법 시행령 제3조의2 에서 “개인”이 삭제됨에 따라 2012.1.1.부터 청구법인이 아래와 같이 지배기업에 해당하게 된 것이어서, 조세특례제한법 시행령제2조 제5항의 규정에 따라 청구법인은 유예기간 적용 대상이므로 처분청이 2012사업연도 결손금 소급공제를 부인하고 과세한 처분은 부당하다. (다) 청구법인이 관계회사 제도의 적용을 받는 것은 2012.1.1. 중기법 시행령 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 시행으로 인한 것으로 이는 조세특례제한법 시행령제2조 제5항의 규정에서 “개정”과 같은 의미로 해석․적용하여야 한다. 중기법 시행령 제3조 제1호 다목과 라목이 2009.3.25. 신설되고(같은 호 다목의 경우 2012.1.1. OOO억원에서 OOO억원으로 개정) 2012.1.1.에 시행되므로 인해 2012.1.1.부터 중소기업에 해당하게 된 것이다. 청구법인은 2011년 기준으로 해외건설업을 영위하고 있었고, 아래와 같이 종속기업의 상시근로자수 등을 합산한다 하더라도 중기법 시행령 별표1의 기준과 중기법 시행령 제1항 제1호의 규정에 부합하였기에 중소기업기본법상 중소기업에 해당하였는바, 중기법 시행령 별표1에 의하면 건설업의 경우 상시 근로자수 300명 미만 또는 자본금 OOO억원 이하로 규정하고 있어, 청구법인은 자본금이 OOO억원 이하에 해당되어 별표1의 기준에 부합하여 2011년말 기준 중소기업기본법상 중소기업에 해당한다.(조세특례제한법상 관계기업제도는 2012.1.1.부터 적용으로 중소기업 해당) 2012.1.1.부터 중기법 시행령 제3조 제1항 제1호 다목과 라목이 시행됨에 따라 2012년의 경우 종속기업의 상시근로자수 등을 청구법인에 합산할 경우 청구법인은 같은 호 라목의 규정에 따라 직전 3개 사업연도 평균매출액 OOO억원 초과로 중소기업에 해당하지 않게 된 것이므로, 조세특례제한법 시행령제2조 제5항에서 규정한 중기법 시행령 제3조 제2호의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하는 경우로 봄이 타당하다.

(2) 종속기업의 부득이한 매출로 인해 매출액이 합산되어진 것이므로 이로 인해 단순히 금액이 OOO억원을 초과하였다고 하여 중소기업 유예기간을 배제하는 것은 부당하다. 중기법 시행령 제7조의2 규정에 따라 관계기업을 가정할 경우 매출액 등을 산정해 보면 다음과 같다. 위 표에서 청구법인의 종업원수는 실제 증가하지 아니하였고, 자본금은 증가하나 OOO억원 이내로 문제가 되지 않으며, 매출액은 약 OOO백만원이 증가하나 그 비율은 10,000분의 1도 되지 아니하는바, 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 제3호에 따라 중소기업 유예기간을 적용하지 않음에 있어 매출액의 기준금액의 초과가 종속기업의 매출액 합산으로 인해 발생한 것이 아니고 지배기업인 청구법인의 매출액으로 인한 것이 명백하므로 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서의 규정를 적용하여 중소기업유예기간을 배제하는 것은 부당하다. [예비적 청구] 청구법인은 2013년 3월 결손금소급공제를 신청하였고 과세관청에서는 정상적으로 환급신청세액을 환급해 주었음에도중소기업기본법상 관계기업제도의 시행으로 중소기업에 해당되지 않는다는 이유로 1일 1만분의 3의 율의 이자상당액을 가산하여 과세하였으나, 2013년 3월 결손금소급공제 신청금액에 대해 과세관청에서 환급하여 주지 않았다면 동 이자상당액을 부담하지 않아도 되었을 것이며, 동 이자상당액을 부담하게 된 것은 당초 신청세액을 환급해 준 과세관청에 그 귀책사유가 있다 할 것이므로, 청구법인에게 정당한 사유가 있는 것으로 보아 국세기본법 시행령제43조의3의 시중은행 1년 만기 정기예금 평균수신금리를 적용하여 과세함이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견 [주위적 청구]

(1) 청구법인은 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 기준이 되는 같은 법 제3조 제1항 제1호 라목 및 제3조의2의 개정으로 새로이 관계기업에 해당되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 것이므로 조세특례제한법 시행령제2조 제5항에 따라 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 중기법 시행령 제3조 제1항 제1호는 중소기업기본법상 중소기업의 범위를 정의하는 것으로 조세특례제한법상 중소기업을 정의할 때 실질적 독립성을 판단하는 기준이 될 수 없고, 중기법 시행령 제2조에 의거 관계기업이란주식회사 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 “기업”이라 하고 있는바, 2011.12.28. 중기법 시행령이 개정되기 전 청구법인이 청구법인의 의결권 있는 주식 등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자(OOO, 40%)와 그의 친족(OOO, 30%)과 합산하여 OOO주식 등의 100분의 50 이상을 소유하여 청구법인과 OOO지배․종속관계에 있는 관계회사에 해당하는 것이므로 중기법 시행령 개정으로 관계기업에 해당된 것이 아니다

(2) 2009.3.25. 법률 제21368호로 개정된 중기법 시행령 제2조 제3호 및 제3조의2에 의하여 관계회사의 정의가 공포되었으나, 그 부칙에 따르면 동 시행령의 개정규정은 2011.1.1부터 시행되었고, 조세특례제한법에서도 중소기업 범위의 일관성 유지를 위해 2010.12.30. 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호의 개정으로 1년의 시행유예를 거쳐 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용(부칙 제1조)하도록 개정되었는바, 이러한 관계기업 제도 도입이 조세특례제한법 시행령제2조 제5항에서 규정하는 유예기간 적용 사유에 해당되지 아니한다. 청구법인은 2000년부터 현재까지 동일한 주식보유 현황을 유지하여 2009.3.25. 개정된 중기법 시행령 제2조 제3호, 제3조 제1항 제2호, 제3조의2 및 제7조의2에 따라 2011.1.1.부터 관계회사에 해당되어 중소기업으로 보지 아니하는 것이다. 따라서 청구법인은 제2조 제2항 제3호(“제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우” 즉, 실질적인 독립성 요건 미충족)에 따라 잔여 유예기간인 2012사업연도는 배제되는 것이다.

(3) 청구법인은 OOO실질적 지배를 청구법인이 아닌 청구법인의 대표이사이자 최다출자자인 OOO개인으로 봄이 타당하다고 주장하나, 중기법 시행령은 “관계기업에 속하는 경우 동법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 상시근로자수 등이 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는 경우 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하여 중소기업으로 보지 아니한다”라고 규정하여 종속기업의 규모에 따라 차등 적용을 하지 아니하고 중기법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 상시근로자수 등의 기준에 따라 중소기업을 판단하여야 하는 것이며, 2002사업연도부터 현재까지 청구법인은 특수관계자와 합산하여 OOO주식 등을 100% 보유하고 있는 것이 주식변동상황명세서 및 외부감사보고서로 확인되어 지배․종속관계라 할 수 있으므로, 청구법인과 OOO관계기업으로 볼 수 없다는 주장은 이유 없다. [예비적 청구] 법인세법 시행령제110조 제5항 제2호에서 “법인세액을 과다하게 환급 받은데 정당한 사유가 있는 때에는 국세기본법 시행령제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용한다”고 규정하고 있으나, 청구법인이 중소기업을 판단 함에 있어 그 해석을 잘못하여 귀책사유가 청구법인에 있다 할 것이어서 “정당한 사유”가 있다고 볼 수 없으므로 1일 1만분의 3의 율에 해당하는 이자상당액을 가산하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 [주위적 청구] 청구법인이 법령개정으로 중소기업에서 제외되어 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부 [예비적 청구] 환급세액 추징시 1일 1만분의 3의 율로 계산한 이자상당액을 가산함이 타당한지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지>기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세심리자료 등에 따르면, 청구법인은 2009.12.31. 매출액 OOO억원을 초과하여 3년간 중소기업 유예기간을 적용받았으나, 2011.1.1. 중소기업기본법상 관계기업 제도의 시행으로 2011.12.31. 기준 청구법인이 OOO주식 30%를 소유하고 있으므로 실질적 독립성 위반으로 조세특례제한법 시행령제2조 제2항의 규정에 의하여 중소기업 유예기간 적용을 배제하여 결손금소급공제에 따른 환급세액을 추징한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 30%의 지분을 소유한 OOO사업 연혁 등은 아래와 같이 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 주위적 청구에 대하여 살피건대, 2009.3.25. 중기법 시행령 제3조 제2호 다목의 신설로 관계회사 제도가 도입되어 2011.1.1.부터 시행된 점, 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부 개정된 것) 제2조 제2항에서 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 본다고 규정하면서 실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합하지 아니한 기업의 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점, 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부 개정된 것) 제2조 제5항에서 중기법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 본다고 규정하고 있으나, 관계기업제도의 취지 등을 감안할 때 같은 영 제2조 제2항 제3호에 의하여 중소기업 유예기간 적용을 배제하는 경우 같은 조 제5항의 유예기간을 적용하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 2010년부터 3년간은 중소기업으로 보는 유예 중인 기업에 해당되었으나 2011.1.1.부터 관계회사 제도가 새로이 도입되고 청구법인과 그 관계기업의 2011사업연도 매출액 등을 합산한 결과 관계기업 제도상의 중소기업기준을 초과함에 따라 2012.1.1.부터는 조세특례제한법상 중소기업 및 유예기업 모두에 해당되지 아니하므로 2012사업연도에 대하여 중소기업 유예 규정을 적용받을 수 없다 하겠다. 또한, 청구법인은 2011사업연도 OOO매출액이 OOO백만원에 불과하여 동 매출액의 합산으로 인해 청구법인의 매출액이 중소기업 규모기준을 초과한 것이 아니라고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에서 실질적인 독립성이 중기법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합하지 아니한 기업의 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 그 다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “ 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다고 규정하고 있는바, 중소기업기본법상 종속기업의 규모에 따라 당해 기준을 차등 적용하는 규정이 없음에 비추어 조세특례제한법상으로도 종속기업의 규모가 작다 하여 관계기업 적용을 배제하기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 다음으로 예비적 청구에 대하여 살피건대, 법인세법제72조 제5항 제2호에서 같은 법 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우 납세지 관할 세무서장은 환급세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수하도록 되어 있고, 법인세법 시행령제110조 제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 징수하는 법인세액에 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율을 곱하여 계산한 금액을 말하며, 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 국세기본법 시행령제43조의3 제2항에 따른 이자율(시중은행의 1년 만기 정기예금 평균수신금리)을 적용하는 것으로 규정하고 있는바, 이 건 과세는 당초 청구법인이 관계기업 제도 시행에 따른 중소기업 유예기간을 잘못 적용하여 결손금 소급공제에 따른 환급신청을 한 데 기인한 것으로 청구법인에게 정당한 사유가 있다 할 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 [주위적 청구]

(1) 법인세법 제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업년도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업년도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업년도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업년도의 법인세로서 징수한다.

1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우

2. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우 (2) 법인세법 시행령 제39조【중소기업의 범위 등】① 법 제25조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 조세특례제한법 시행령제2조의 규정에 의한 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 종전 개정 제2조【중소기업의 범위】조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, (중 략) 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이

중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(괄호 생략)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 “제1호에 따른 기준을 초과하는”은 “ 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다. 제2조【중소기업의 범위】① <좌 동>

1. <좌 동>

3. 실질적인 독립성이

중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(괄호 생략)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는”은 “ 조세특례제한법 시행령 제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는”으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

② <좌 동>

④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

④ <좌 동>

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(4) 중소기업기본법(2009.3.27. 법률 제9184호로 개정된 것) 제2조【중소기업자의 범위】① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

  • 가. 업종의 특성
  • 나. 상시 근로자 수
  • 다. 자산규모
  • 라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (5) 중소기업기본법 시행령 (2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제2조【정의】 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계회사”란 개인 또는주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만,자본시장과 금융투자업에 관한 법률제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서주식회사의 외부감사에 관한 법률제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 국내회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다. 제3조【중소기업의 범위】중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

  • 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
  • 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. (이하 생략)
  • 다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업
  • 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

  • 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것
  • 나. (생 략)
  • 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시 근로자 수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것(2009.3.27. 신설) 제9조【유예 제외】법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 부칙 제1조【시행일】 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월 1일

2. 제3조 제1호 다목ㆍ라목 및 제9조 제3호의 개정규정: 2012년 1월 1일 제2조【경과조치】이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다. (6) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계기업”이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조【중소기업의 범위】중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

  • 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
  • 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
  • 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
  • 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

  • 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
  • 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(괄호 생략)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

  • 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】① 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 “지배기업”이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 “종속기업”이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

  • 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인
  • 나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 “자회사”라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제7조의4【관계기업의 상시근로자수등의 산정】① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다. [별표 1] <2011.12.28. 개정> 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출애의 규모기준(제3조 제1항 제1호 관련) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하 광업 B 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 30억원 이하 건설업 F 운수업 H [별표 2] <2011.12.28. 개정> 관계기업의 상시근로자수 등의 산정기준(제7조의4 제1항 관련)

1. 이 표에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  • 가. “형식적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 미만으로 소유하고 있는 것을 말한다.
  • 나. “실질적 지배”란 지배기업이 종속기업의 주식등을 100분의 50 이상으로 소유하고 있는 것을 말한다.
  • 다. “직접 지배”란 지배기업이 자회사(지배기업의 종속기업을 말한다. 이하 이 표에서 같다) 또는 손자기업(자회사의 종속기업을 말하며, 지배기업의 종속기업으로 되는 경우를 포함한다. 이하 이 표에서 같다)의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.
  • 라. “간접 지배”란 지배기업이 손자기업의 주주인 자회사의 주식등을 직접 소유하고 있는 것을 말한다.

2. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 상시근로자수등으로 보아야 할 상시근로자수등(이하 “전체 상시근로자수등”이라 한다)은 다음 각 목에 따라 계산한다.

  • 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 종속기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.
  • 나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 종속기업에 대한 주식등의 소유비율과 지배기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.

3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배하되 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

  • 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 종속기업의 상시근로자수등을 합산한다.
  • 나. 종속기업의 전체 상시근로자수등은 그 종속기업의 상시근로자수등에 지배기업의 상시근로자수등을 합산한다.

4. 지배기업이 손자기업에 대하여 간접 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 손자기업의 전체 상시근로자수등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

  • 가. 지배기업의 전체 상시근로자수등은 그 지배기업의 상시근로자수등에 지배기업의 손자기업에 대한 주식등의 간접 소유비율과 손자기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.
  • 나. 손자기업의 전체 상시근로자수등은 그 손자기업의 상시근로자수등에 지배기업의 손자기업에 대한 주식등의 간접 소유비율과 지배기업의 상시근로자수등을 곱하여 산출한 상시근로자수등을 합산한다.

5. 제4호에서 지배기업의 손자기업에 대한 주식등의 간접 소유비율은 다음과 같다. 다만, 자회사가 둘 이상인 경우에는 각 자회사별로 계산한 소유비율을 합한 비율로 한다.

  • 가. 지배기업이 자회사에 대하여 실질적 지배를 하는 경우에는 그 자회사가 소유하고 있는 손자기업의 주식등의 소유비율
  • 나. 지배기업이 자회사에 대하여 형식적 지배를 하는 경우에는 그 소유비율과 그 자회사의 손자기업에 대한 주식등의 소유비율을 곱한 비율 [예비적 청구]

(1) 법인세법(2009.1.30. 법률 제9346호로 개정된 것) 제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】① 제25조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항에 따른 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여, 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령으로 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다. 이 경우 그 결손금에 대하여는 제13조 제1호를 적용할 때 이를 공제받은 금액으로 본다.

⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호의 경우에는 감소된 결손금에 상당하는 환급세액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다.

1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우

2. 제25조 제1항 제1호의 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 법인세를 환급받은 경우 (2) 법인세법 시행령 (2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】⑤ 법 제72조제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 (3) 법인세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23589호로 개정된 것) 제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】⑤ 법 제72조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율. 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 국세기본법 시행령제43조의3 제2항에 따른 이자율을 적용한다. 부칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제23조 [결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산에 관한 적용례] 제110조 제5항 제2호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 이자상당액을 징수하는 분부터 적용한다. (4) 국세기본법 시행령 제43조의3【국세환급가산금】② 법 제52조에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 시중은행의 1년 만기 정기예금 평균 수신금리를 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율을 말한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)