쟁점매입세액을 반영하여 매출누락액을 추계경정하여 과세는 정당함

1. OOO세무서장이 2014.11.3. 청구법인에게 한 2008년 제1기～2011년 제2기 부가가치세 합계 OOO(2015.8.3. OOO으로 직권 감액경정됨)의 경정청구 거부처분에 대해 같은 과세기간 동안 OOO주식회사 및 주식회사 OOO로부터 각 수취한 세금계산서상 매입세액 합계 OOO을 공제하여야 한다는 주장에 대한 심판청구는 이를 각하한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 2006.11.27. OOO에 설립되어 유류판매업을 영위하는 법인으로서, 처분청은 청구법인이 2008년 제1기～2011년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 유류판매대리점인 OOO주식회사 및 주식회사 OOO(이하 각 OOO 및 OOO라 하고, 이들을 합하여 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 수취한 공급가액 OOO억원 상당의 유류(육상 경유) 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액 OOO(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제하여 2012.7.1. 청구법인에게 다음 <표1>과 같이 부가가치세를 각 경정․고지하였고, 청구법인 및 대표이사 OOO실질운영자 OOO과 위 유류매입 거래를 알선한 OOO 등 관련자들을조세범처벌법제10조 제3항 위반 등의 혐의로 검찰에 고발하였다.
• 나. 청구법인은 2014.9.5. 위 검찰 고발에 따라 개시된 청구법인에 대한 형사사건에서 쟁점세금계산서가 허위의 세금계산서가 아니라는 이유로 청구법인에게 내려진 무죄 확정판결(서울고등법원 2014.7.4. 선고 2013노1117 판결, 위 판결은 검찰의 상고포기로 원심 확정되었다)을 근거로 처분청에국세기본법제45조의2 제1항 제1호의 후발적 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014.11.3. 청구법인에 대한 부가가치세 과세처분의 취소에 대한 직접적인 판결이 없고, 해당 매입과 관련된 매출이 신고 누락된 것이나 당초 매입세액 불공제분에 대하여만 환급 청구하였으므로 인용할 근거가 없다는 이유로 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.17. 심판청구를 제기하였다.
• 라. 처분청은 2015.8.3. 위의 청구주장을 받아들여 당초 불공제한 쟁점매입세액을 공제하는 한편, 관련 매출액을 추계경정하면서 위 부가가치세액을 다음 <표2>와 같이 감액경정하였다(처분청은 청구법인의 매출 누락에 대하여 2015.8.10. 청구법인에게 법인세 2008사업연도분 OOO2009사업연도분 OOO2010사업연도분 OOO2011사업연도분 OOO2012사업연도분 OOO합계 OOO을 각 경정․고지하고, 관련 금액을 OOO의 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지하였다).

• 가. 청구법인 주장 청구법인에 대한 형사판결에서 인정한 바와 같이, 청구법인은 쟁점매입처로부터 육상 경유를 실제로 매수하고, 그에 대한 부가가치세가 포함된 매입대금을 쟁점매입처에게 지급하였으며, 쟁점매입처가 관할세무서장에게 그 부가가치세를 납부하였으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는바, 쟁점매입세액을 공제하여 이 건 처분을 취소하여야 한다. 처분청은 쟁점매입세액이 정당한 것으로 인정된다고 하더라도 청구법인이 그 매입에 대응되는 매출세액 신고를 누락하였다는 이유로 경정청구를 거부하였는바, 청구법인의 매출누락 여부는 이 건 매입세액공제 여부와는 직접적인 관련성이 없으므로 경정청구 거부의 정당한 사유가 되지 못한다.
• 나. 처분청 의견 형사재판은 범죄사실의 존부, 범위를 확정함을 목적으로 하는 것이지 과세표준 및 세액의 기초가 되는 거래 또는 행위에 대한 다툼을 소송대상으로 하지 않고, 형사사건의 확정판결만으로 사법상 거래행위가 바로 무효 또는 취소가 되는 것이 아니므로 형사판결은 후발적 경정청구사유에 해당하는 ‘판결’에 해당될 수 없다. 청구법인은 당초 처분을 행정소송을 통하여 취소를 구할 수 있었는바, 쟁점세금계산서가 실물거래를 수반하는 진정한 세금계산서라면 청구법인은 당초 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하여 다투었어야 하고, 가사 청구법인 주장대로 본건 형사판결이 후발적 경정사유가 된다고 하더라도 본건 형사판결은 관련 매입, 매출 모두에 관한 것인데 청구법인은 관련 매입세액의 공제만을 경정청구하고 있어 부당하다.

• 가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서 관련 거래가 실제거래이므로, 해당 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 매출 누락한 것으로 보아 추계경정한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제55조 [불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제65조[결정] ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 적법하지 아니하거나[심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우를 포함한다] 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다. 제81조[심사청구에 관한 규정의 준용] 심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다. (2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 "전자세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다. 제17조[납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제21조[결정 및 경정] ① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

② 사업장 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

1. 과세표준을 계산할 때 필요한 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료가 없거나 그 중요한 부분이 갖추어지지 아니한 경우

2. 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가(時價)에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서·장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(動力) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

③ 사업장 관할 세무서장등은 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. (3) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제69조[추계결정·경정방법] ① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각 호에 규정하는 방법에 의한다.

1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법

2. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 그 과세기간 중에 공급한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법

3. 국세청장이 사업의 종류·지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적·물적 시설(종업원·객실·사업장·차량·수도·전기등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산하는 방법

4. 국세청장이 사업의 종류별·지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법

• 가. 생산에 투입되는 원·부재료 중에서 일부 또는 전체의 수량과 생산량과의 관계를 정한 원단위 투입량
• 나. 인건비·임차료·재료비·수도광열비 기타 영업비용 중에서 일부 또는 전체의 비용과 매출액의 관계를 정한 비용관계비율
• 다. 일정기간 동안의 평균재고금액과 매출액 또는 매출원가와의 관계를 정한 상품회전율
• 라. 일정기간 동안의 매출액과 매출총이익의 비율을 정한 매매총이익률
• 마. 일정기간 동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

5. 추계결정·경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법

6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법

② 제1항의 규정에 의하여 납부세액을 계산함에 있어서 공제하는 매입세액은 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 관할세무서장에게 제출하고 그 기재내용이 명백한 분에 대한 것에 한한다. 다만, 재해 기타 불가항력으로 인하여 교부받은 세금계산서가 소멸됨으로써 이를 제출하지 못하는 때에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 2015.8.3. 당초 불공제한 쟁점매입세액을 공제하는 한편, 매출액을 추계경정하면서 위 부가가치세 부과처분을 감액경정하였는바, 처분청 소속 세무공무원의 부가가치세 부분조사 종결 보고서 및 보충조서(2015년 6월)의 주요내용은 다음 <표3>과 같다. (2) 청구법인은 매출 누락(쟁점②)과 관련하여 심리일 현재까지 불복이유 및 이에 대한 근거자료를 제출하지 않고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청이 청구주장을 받아들여 2015.8.3. 쟁점매입세액(OOO)을 전액 공제하였으므로, 이에 대한 심판청구는 불복대상이 없는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다. (4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하면서 감액경정 후 세액(합계 OOO)과 관련하여 다른 불복이유 및 증빙자료를 제출하지 않고 있는바, 누락된 매출액을 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제69조 제1항 제4호 라목에 따라 추계경정하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.