청구법인은 중소기업 졸업 유예기간이 적용되어야 한다고 주장하나,조세특례제한법 시행령제2조 제5항이 개정되어 관계기업의 실질적 독립성 기준이 중소기업 요건으로 추가(적용)됨으로써, 이미 중소기업에서 제외된 경우이므로 이에 따라 중소기업 졸업 유예기간이 적용되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려움
청구법인은 중소기업 졸업 유예기간이 적용되어야 한다고 주장하나,조세특례제한법 시행령제2조 제5항이 개정되어 관계기업의 실질적 독립성 기준이 중소기업 요건으로 추가(적용)됨으로써, 이미 중소기업에서 제외된 경우이므로 이에 따라 중소기업 졸업 유예기간이 적용되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 관계기업의 매출액 합산기준에 의한 중소기업 졸업 기준 규정인 조세특례제한법 시행령(대통령령 제23590호, 2012.2.2. 일부개정) 제2조 제1항 제3호는 그 시행일이 2012.1.1.이므로 동 규정의 시행일이 속하는 2012년부터 관계기업 독립성 기준이 적용되고, 이에 따라 청구법인은 동 규정의 시행일인 2012.1.1. 관계기업 독립성 요건 위배로 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으나 조세특례제한법 시행령제2조 제5항의 중소기업 졸업 유예기간이 적용되므로 2012년과 그 다음 3개 과세연도까지 청구법인을 중소기업으로 보아야 한다. (2) 중소기업기본법 시행령을 준용하여 중소기업 범위를 규정하고 있는 조세특례제한법 시행령은 중소기업 졸업 유예에 관하여 양 법령의 개정시기 및 적용시기의 차이를 해소하기 위하여 제2조 제2항에서는 중소기업기본법 시행령과 동일하게 기업의 규모 확대에 따른 상한기준 초과시 해당연도와 그 후 3개년에 대한 유예규정을 두고 있고, 제2조 제5항에서는 특별조항을 두어 중소기업기본법 시행령상 유예가 배제되는 경우라 하더라도 관계기업제도 도입에 따라 조세특례제한법 시행령상 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에 대하여 졸업유예를 하도록 규정하고 있다. 따라서, 조세특례제한법 시행령을 적용함에 있어 매출액 합산기준에 의한 중소기업 졸업 기준 규정인 조세특례제한법 시행령(대통령령 제23590호, 2012.2.2. 일부개정) 제2조 제1항 제3호는 그 시행일이 2012.1.1.이고, 3년 유예규정인 조세특례제한법 시행령(대통령령 제23590호, 2012.2.2. 일부개정) 제2조 제5항의 시행일도 2012.1.1.이므로, 관계기업 독립성 기준 초과 규정 시행(2012.1.1.)에 따라 비로소 중소기업에 해당하지 아니하게 된 청구법인은 같은 날(2012.1.1.) 시행하는 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 을 바로 적용하여 2012년과 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보아야 한다.
(1) 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 2012.2.2. 개정됨에 따라 관계회사 규정도 중소기업 졸업 유예기간 대상에 추가되었으므로 청구법인의 경우도 중소기업 유예기간이 적용될 수 있다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 의 취지는 중소기업기본법 시행령에서 2009.3.25. 관계회사 제도를 신설하여 동 제도가 시행되고 있다는 전제하에, 이후 중소기업기본법 시행령의 개정으로 관계회사 판정기준 등이 변경되거나 추후 변경되는 경우에 개정된 기준에 따라 중소기업 유예 기간을 적용한다는 것으로, 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 시행 이후 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2가 개정됨에 따라 독립성(관계회사) 판정기준이 변경됨으로써 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때 적용되는 것으로 해석함이 타당하다. 따라서, 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 다목의 관계회사와 관련한 조항은 2009.3.25. 이미 추가된 조항이고 그 이후 새로이 개정된 것이 아니므로 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 이 적용될 수 없다.
(2) 결국 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 과는 관계가 없고 같은 조 제1항 제3호 및 같은 조 제2항 제3호에 따라 “실질적인 독립성이 위배”되어 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로, 중소기업기본법 시행령 제3조 는 “소유와 경영의 실질적인 독립성”에 위배되는 기업으로 “일정 기준을 초과하는 관계 회사”를 규정하였고, 조세특례제한법 시행령 역시 2010.12.30. 관계회사 제도를 도입하면서 “소유와 경영의 실질적인 독립성”이라는 중소기업기본법시행령의 개념을 대부분 준용하면서 “소유와 경영의 실질적인 독립성”에 위배되는 기업 중 “일정 기준을 초과하는 관계 회사”에 대하여는 유예기간을 적용하지 아니하는 것으로 명확하게 규정하였으므로 청구법인은 중소기업 유예기간을 적용할 수 없다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 (주)OOO(이하 “모회사”라 한다)가 OOO%의 지분을 출자하여 사료 제조 및 판매를 목적으로 2002.3.29. 설립한 법인으로, 설립 후 청구일 현재까지 총 발행주식 OOO주 중 모회사가 OOO를 보유하고 있다. (나) 청구법인은 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제2조 제3호 및 제3조의2에 따라 2011.1.1.부터 모회사와 관계기업(군)에 해당되었으며, 2011년 양 사의 직전 3개 사업연도 합산 평균 매출액이 OOO원을 초과함으로써 같은 시행령 제3조 및 제7조의4, 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 일부개정된 것) 제2조 제1항 및 부칙에 따라 2012.1.1.부터 중소기업에서 제외되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제2조 제5항에 따라 중소기업 졸업 유예기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 에 따라 중소기업 유예기간이 적용되는 경우인 “ 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”라 함은 2009.3.25. 중소기업기본법 시행령 개정으로 관계회사 제도가 신설되어 동 제도가 시행되고 있다는 전제하에 이후 중소기업기본법 시행령의 개정으로 관계회사 판정기준 등이 변경되는 경우에 개정된 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에 중소기업 유예 기간을 적용한다는 것이다. 그런데, 청구법인은 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 일부개정된 것) 제3조 제2호 다목의 개정에 따른 관계기업 기준 변경으로 비로소 새로이 중소기업에서 제외된 것이 아니라 2009.3.25. 중소기업기본법 시행령 개정으로 관계회사 제도가 신설되고 그에 따라 조세특례제한법 시행령이 개정되어 관계기업의 실질적 독립성 기준이 중소기업 요건으로 추가(적용)됨으로써 이미 중소기업에서 제외된 경우이므로 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제2조 제5항에 따라 중소기업 졸업 유예기간이 적용되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다. 따라서, 청구법인에 대하여 중소기업에 대한 조세특례규정 적용을 배제하여 법인세, 부가가치세, 근로소득세를 각 경정 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 시행령 (1) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제21307호, 2009.2.4. 개정, 2009.2.4. 시행) 제2조(중소기업의 범위)① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, (중략) 전시사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상,매출액이 1천억원 이상또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29.> 3.실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서중소기업이 그 규모의 확대 등으로동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 법인과 합병하는 경우 3.제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 별표 1과 별표 2의 개정으로새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고,중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제22037호, 2010.2.18. 개정, 2010.2.18. 시행) 제2조(중소기업의 범위)① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, (중략) 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상,매출액이 1천억원 이상또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29.> 3.실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서중소기업이 그 규모의 확대 등으로동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고,동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고,제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터유예기간을 적용하지 아니한다. 1.중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우 3.제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행령(대통령령 제22583호, 2010.12.30. 개정, 2011.1.1. 시행) 제2조(중소기업의 범위)① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, (중략) 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상,매출액이 1천억원 이상또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것
2. 삭제 <2000.12.29.> 3.실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 적합할 것.이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제2호 다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로동항 각 호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는최초로그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고,제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터유예기간을 적용하지 아니한다.
1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우
2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우 3.제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. <부칙> 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2제2항 및 제108조제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고,제2조 제1항 제3호 전단(중소기업기본법 시행령 제3조제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다. (4) 중소기업기본법 시행령(대통령령 제20620호, 2008.2.22. 개정, 2008.2.22. 시행) 제3조(중소기업의 범위)중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업 제9조(유예 제외)법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.
1. 법 제2조제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우
2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 제3조 제1호의 기준을 초과하게 되는 경우
3. 중소기업이 제3조 제2호에 해당되지 아니하는 경우 (5) 중소기업기본법 시행령(대통령령 제21368호, 2009.3.25. 개정, 2009.3.27. 시행) 제2조(정의)이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3."관계회사"란개인 또는 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제15항 에 따른 주권상장법인으로서 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 국내회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다. 제3조 (중소기업의 범위)중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우
2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말 일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
결정 내용은 붙임과 같습니다.