쟁점건물 등의 매입을 사업의 포괄적 양수로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

OOO세무서장이 OOO 청구인에게 한 2015년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO에서 폐기물 종합재활용업을 영위하고 있는 사업자로, OOO 소재 제조업을 영위하는 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO 폐기물설비장치(이하 “쟁점설비장치”라 한다)를, OOO 그 지상 공장건물 OOO사무실 및 식당 316.8㎡(이하 공장건물을 “쟁점건물”이라 한다)를 각 매입한 후, 세금계산서 2매(공급가액 쟁점설비분 OOO원, 쟁점건물분 OOO원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받고 그 매입세액을 공제하여 부가가치세를 환급받았다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 현장확인을 실시한 후, 청구법인이 OOO으로부터 쟁점건물 및 쟁점설비장치(이하 “쟁점건물 등”이라 한다)를 매입한 것을 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 포괄적 양수에 해당하는 것으로 보아, 그 매입세액을 불공제하여 OOO 청구법인에게 2015년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 사업을 시작하면서, OOO으로부터 공장용지와 그 지상의 쟁점건물을 매입하였는바, 매입 당시 OOO은 OOO 및 소재를 취급하는 업체로 위 공장용지와 쟁점건물을 취득한 OOO부터 사업부진으로 사실상 휴업상태였고, 쟁점건물 중 가․나․다동은 취득시부터 기계설비가 없는 공실이었으며, 라동(456㎡)은 폐기물 종합재활용업자인 OOO(상호 ‘OOO’으로, 이하 “OOO”이라 한다)에게 쟁점설비장치를 포함하여 임대하고 있었다. 청구법인은 OOO으로부터 폐기물 종합재활용업 허가권을 OOO원에 인수하였고, 쟁점설비장치는 실소유자인 OOO으로부터 OOO 공급가액 OOO원에, 쟁점건물은 OOO 공급가액 OOO원에 각 인수하면서 쟁점세금계산서(공급가액 합계 OOO원)를 수취하였으며, 그 후인 OOO으로부터 지정폐기물 종합재활용업OOO 허가권을 OOO으로부터 청구법인이 승계하는 것을 승인받았다. 청구법인이 쟁점건물 등을 매입할 당시 OOO의 업종은 OOO 소재 제조업이고, 청구법인의 주업종은 OOO 도․소매업 및 무역이며, 부업종은 제조, 기타 OOO 양 회사 간 업종이 달랐고, 종업원과 퇴직급여충당금을 승계하지 않았으며, 또한 OOO은 공장건물 중 가․나․다동을 가동하지 않은 상태였고, 라동은 타인에게 임대하고 있었으므로 청구법인은 단순히 공장건물 및 폐기물설비장치를 양수한 것에 불과하고, 특히 폐기물처리업 허가권은 OOO이 아니라 OOO으로부터 양수하였으므로, 청구법인이 OOO으로부터 쟁점건물 등을 매입한 것은 재화의 공급으로 보지 아니하는 포괄적 양수에 해당하지 아니한다. 따라서, 처분청이 거래상대방인 OOO이 2015년 제1기 부가가치세를 예정신고한 뒤 이를 무납부한 것을 이유로 청구법인이 사업의 포괄적 양수를 한 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO으로부터 폐기물 종합재활용업에 대한 모든 인허가사항 및 재활용시설을 매수하는 내용의 매매계약서를 작성하고, 다시 OOO 양도인으로 하여 동일한 일자에 동일한 내용으로 매매계약서를 작성하였으며, 그 이후 OOO으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세를 환급받았다. OOO은 대표이사 OOO이 주식 OOO를 소유한 1인 주주 법인이고, 쟁점건물의 임차인은 OOO의 부(父)인 OOO으로, OOO은 쟁점건물에서 OOO을 개업하였는바, OOO에 대하여 임대료 등 세금계산서를 발행한 사실이 없고, OOO은 매출신고도 하지 않았으며, 쟁점건물 사용 및 공장가동에 필수적인 전기요금 및 보안용역 OOO에 대한 매입세금계산서도 OOO이 이를 수취하여 매입세액 공제를 받았다. 또한, OOO으로부터 종합재활용업 허가권을 승계하면서 OOO에 제출한 자료에 의하면, OOO 작성된 매매계약서상 양도인은 OOO, 양수인은 OOO으로 되어 있고, 폐기물 종합재활용업에 대한 모든 인허가사항 및 재활용시설에 대해 매매하는 것으로 되어 있으며, 쟁점건물에 대해서도 임대차계약서가 작성되어 있으나, 실제로는 위 매매계약에 따른 세금계산서 수수가 없었고, 쟁점공장 임대에 관한 세금계산서 수수도 없었다. 그리고, OOO의 대표이사 OOO 작성한 확인서에는 “OOO과 임대차계약을 체결하였으나 실질적인 금전거래나 사업이 이루어지지 않았고, OOO은 당 사업장에서 사업을 하지 않았다”고 되어 있는바, 폐기물 종합재활용업 허가권은 실제로 OOO에 있었고, OOO으로부터 폐기물 종합재활용업 허가권을 양수하여 청구법인에게 다시 양도한 OOO은 도관업체에 불과하다. 청구법인은 쟁점건물 매수시 OOO이 쟁점건물 중 가동․나동․다동을 가동하지 않고 있었다고 주장하나, 현장확인 결과 쟁점건물 전체는 칸막이 없이 한 건물로 되어 있었고, 라동에서 시설을 가동하기 위해서는 원재료 적재 및 제품 적재 등으로 모두 사용할 수밖에 없는 구조로 되어 있었으며, OOO 개업하여 산업폐기물의 수집․재생과정을 통해 제품을 생산, 판매하는 종합재활용 사업을 계속하다가 사업에 사용된 토지․쟁점건물 ․종합재활용업 허가권 및 쟁점설비장치 등 시설을 모두 청구법인에게 양도하였고, 청구법인도 폐기물을 수집하여 재처리과정을 통해 제품을 생산하는 업종을 영위하고 있다. 따라서, 청구법인이 OOO으로부터 쟁점건물 등을 매입한 것은 그 실질이 사업을 포괄적으로 양수한 것이므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물 등의 매입을 사업의 포괄적 양수로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제10조[재화 공급의 특례] ⑧ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제23조[재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도] 법 제10조 제8항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(생 략)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법 제37조 제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 사업자등록증, 청구법인이 OOO으로부터 수취한 세금계산서 내역, 각 매매계약서, OOO이 OOO에 제출한 권리․의무 승계신고서, OOO의 ‘폐기물 처리업 권리․의무 승계 수리’ 공문 등의 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 사업자등록증에 의하면, 청구법인의 개업년월일은 OOO, 사업장 소재지는 이 건 공장용지 및 쟁점건물 소재지인 OOO(본점소재지도 동일), 사업의 종류는 (업태) 도소매, 제조업, (종목) 스크랩, 무역, 기타비철금속제련, 정렬 및 합금제조로 되어 있다. (나) 청구법인은 OOO으로부터 이 건 공장용지 및 쟁점건물을, OOO으로부터 폐기물 종합재활용업 허가권을 각 매입하였고, 이와 관련하여 수취한 세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인이 수취한 세금계산서 내역 (다) 처분청이 제시한 OOO․청구법인, OOO․청구법인 간 작성된 매매계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

1. OOO 간 작성된 공장임대차계약서OOO에는, 임대차목적물은 OOO번지 소재의 지상 1층, 건평 456㎡의 공장건물 2동(912㎡)과 사무동 및 기숙사, 보증금은 OOO원, 임대기간은 OOO, 임대료는 월 OOO원, 매월 30일까지 다음 달의 임대료를 입금한다고 되어 있다.

2. OOO 간 작성된 매매계약서OOO에는, 매도인 OOO은 매수인 OOO에게 OOO 명의인 폐기물 종합재활용업OOO에 대한 모든 인허가사항 및 재활용시설을 OOO원에 매매한다고 되어 있다.

3. OOO과 청구법인 간 작성된 매매계약서OOO에는, 매도인 OOO은 매수인 청구법인에게 OOO 명의인 폐기물 종합재활용업OOO에 대한 모든 인허가사항 및 재활용시설을 OOO원(부가가치세 포함)에 매매한다고 되어 있다.

4. OOO과 청구법인 간 작성된 매매계약서OOO에는, 매도인 OOO은 매수인 청구법인에게 OOO 명의인 폐기물 종합재활용업에 대한 모든 인허가 사항 및 재활용시설 등을 OOO원(부가가치세 포함)에 매매한다고 되어 있다. (라) 반면, 청구법인이 제시한 매매계약서의 내용은 다음과 같다.

1. OOO(매도인)과 청구법인(매수인) 간 작성된 폐기물 종합 재활용업 허가증에 대한 매매계약서OOO에는, 매매의 목적물은 OOO번지 OOO 소유공장 “라”동 임대공장에서 OOO이 소유한 폐기물 종합재활용업 허가증OOO, 매매대금은 OOO원(부가가치세 별도), 대금지급기일은 인허가 변경 신청과 동시에 지급한다고 되어 있다.

2. OOO(매도인)과 청구법인(매수인) 간 작성된 공장건물에 대한 부동산매매계약서OOO에는, 매매목적물은 OOO(대지, 건물) 소재의 토지 및 건물, OOO, 총 매매대금은 OOO원(부가가치세는 별도로 함)[OOO(토지: 금 OOO원, 건물: 금 OOO원, OOO(금 OOO원)]으로 되어 있다. (마) OOO의 대표이사 OOO이 OOO 작성한 확인서에는, OOO은 경영악화로 인하여 OOO과 임대차계약을 체결하였으나 실질적인 금전거래 및 사업이 이루어지지 않았고, OOO에서 공장을 매각하여 OOO과의 계약이 취소되었으며, OOO은 OOO의 사업장(쟁점건물)에서 사업을 하지 않았다고 되어 있다. (바) OOO에게 제출한 권리․의무 승계신고서에는, OOO이 OOO의 폐기물 처리업(종합재활용업)OOO의 권리․의무를 승계하였기에 신고한다고 되어 있으며, 이에 따라 OOO이 작성한 ‘폐기물 처리업 권리․의무 승계 수리’ 공문OOO의 내용은 다음과 같다. (사) 위 OOO자 공문에 첨부된 폐기물 종합재활용업 허가증OOO에는, 청구법인에 대하여 폐기물 처리업 중 폐기물 종합재활용업을 허가한다고 되어 있고, 허가사항 중 <변경사항>은 아래 <표2>와 같다. <표2> 허가증에 나타난 허가사항 중 <변경사항> (아) 국세청의 ‘차세대 국세 행정 시스템 내역’에 의하면, OOO의 대표이사인 OOO은 OOO의 대표자인 OOO의 아들이고, OOO부터 현재까지 계속사업 중이며(사업장 소재지도 변경 없음), OOO 같은 곳에서 개업하였다가 OOO 폐업한 것으로 나타난다. (자) 청구법인과 OOO의 과세기간별 매출내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인과 OOO의 과세기간별 매출내역

(2) 청구법인의 대표이사는 OOO 개최된 조세심판관회의에 출석하여, “청구법인은 OOO으로부터 공장용지 및 쟁점건물 등만을 구입하였고, OOO과 청구법인이 영위하는 사업의 종류와 내용이 달라 OOO으로부터 기술자들 및 종업원을 승계하지 아니하였다. 청구법인은 사업을 영위하기 위하여 폐기물 처리업(종합재활용업) 허가권이 필요하였는데, 청구법인이 신규로 허가권을 받으려면 3년 이상의 기간이 소요되어 기존 허가권자인 OOO으로부터 이를 구입하여 허가권을 승계받은 것이다. 청구법인으로서는 OOO에 폐기물 종합재활용업 허가권의 권리자로 등재되어 있는 자로부터 해당 허가권을 승계할 수밖에 없었기 때문에 OOO으로부터 이를 양수하였으며, OOO으로부터 매수한 쟁점설비장치는 폐기물 종합재활용업 허가권 취득을 위해 어쩔 수 없이 구입하였으나 실제로는 사용할 수 없는 설비였다. 이 때문에 OOO으로부터 OOO을 대출받아 올해 OOO원을 추가로 들여 폐기물처리설비를 갖추었다”는 취지로 진술하였으며, 이에 관한 증빙자료로 청구법인과 주식회사 OOO 간 작성한 설비공급계약서(OOO원의 ‘OOO 설치’ 관련), 청구법인과 OOO 간 작성한 설비공급계약서OOO, 전자세금계산서 및 입금내역 등을 제시하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물 등을 OOO으로부터 매입하였고, 폐기물 종합재활용업 허가권은 OOO으로부터 매입하였으며, 이에 대하여 처분청은 OOO은 도관업체에 불과하므로 청구법인은 OOO으로부터 허가권을 포함하여 사업 전부를 포괄적으로 양수한 것이라는 의견이나, 폐기물 종합재활용업 허가권의 권리․의무의 승계는 OOO에 대한 신고 및 그 수리를 요하는 것이어서 청구법인으로서는 대외적 허가권자인 OOO으로부터 그 허가권을 취득할 수밖에 없었던 사정이 있고, 그에 따라 관련 법령에 정한 절차에 따라 제반서류를 구비하여 OOO에게 권리․의무 승계신고서를 제출하여 OOO이 이를 정당하게 수리한 것으로 보이는 점, 청구법인은 자신이 영위하는 사업의 종류 및 내용이 OOO과는 다르며, OOO으로부터 구입한 쟁점설비장치는 실제 사용할 수 없는 설비라고 주장하고 있는데, 청구법인은 OOO을 대출받아 OOO원 이상의 폐기물처리설비를 추가로 설치한 것으로 나타나므로 그 주장에 신빙성이 있는 것으로 보이며, 또한, 청구법인이 OOO으로부터 종업원을 승계하였다거나 사업 관련 다른 자산이나 부채 등을 포괄적으로 승계하였다는 등의 사정이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 청구법인이 OOO으로부터 사업용 자산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리․의무 등을 포괄적으로 승계한 것으로 보기 어려우므로, 처분청이 청구법인이 쟁점건물 등을 매입한 것을 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양수로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.