쟁점기술료에 대하여 부가가치세를 과세한 것이 신의성실의 원칙에 위배되었는지 및 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

OOO세무서장이 2015.6.15. 청구법인에게 한 <별지> 기재의 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은

1. 청구법인이 OOO지방국세청장으로부터 과세기준자문신청 결과 통보(신고분석2과-101, 2012.1.27.)를 받은 이후부터 처분청으로부터 사업자등록정정신고 안내문(2014.10.29.)을 받기 이전까지의 부가가치세 과세기간에 해당하는 2012년 제2기 및 2014년 제1기 부가가치세 합계 OOO원은 이를 취소하고,

2. 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 대하여는 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것으로 보아 그 세액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 정부출연기관으로 2009년 제1기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 국가 연구개발사업 등 연구과제를 수행하면서 취득․소유하게 된 연구개발성과를 제3자에게 실시․양도하고 기술료 OOO원(이하 “쟁점기술료”라 한다)을 받았으나, 쟁점기술 료를 부가가치세 면세대상으로 보아 부가가치세 신고를 하지 않았다.
• 나. 처분청은 쟁점기술료를 부가가치세 과세대상으로 보아, 2015.6.15. 청구법인에게 <별지> 기재와 같이 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명한데 대하여 ② 납세자가 아무런 귀책사유 없이 이를 믿고 행위를 하였음에도 ③ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 ④ 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2010.4.29. 선고 2007두19447 판결, 같은 뜻임), 이 건의 경우 ① 쟁점기술료가 부가가치세 과세대상인지에 대한 청구법인의 질의에 대하여 OOO지방국세청장은 쟁점기술료가 부가가치세 면세대상이라고 회신(신고분석2과-101, 2012.1.27.)하였고, ② 청구법인은 아무런 귀책사유 없이 이를 믿고 쟁점기술료에 대하여 부가가치세 면세대상으로 신고하였음에도 ③ 처분청은 위 견해표명에 반하는 이 건 부가가치세 부과처분을 함으로써 ④ 청구법인의 이익이 침해되는 결과를 초래하였다. 따라서, 이 건 부가가치세 부과처분은국세기본법상 신의성실의 원칙을 위반한 부당한 처분으로 취소되어야 한다.

(2) 쟁점기술료가 부가가치세 과세대상인지 면세대상인지에 대한 청구법인의 질의에 대하여 OOO지방국세청장은 쟁점기술료가 부가가치세 면세대상이라고 회신한 바가 있고, 이에 반하여 감사원은 OOO지방국세청에 대한 감사시 쟁점기술료가 부가가치세 과세대상이라는 해석이 있었는바, 이는 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 청구법인이 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에 해당하므로 가산세는 부과할 수 없다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 OOO지방국세청장의 과세기준자문 회신만을 근거로 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙을 위반하였다고 주장하나, 민간기업의 기술료 수익은 부가가치세가 과세됨에 반해 정부출연 연구기관의 기술료를 부가가치세 면세함은 분명 조세정의와 형평성 실현에 역행하고, 청구법인에게 회신한 과세기준 자문을 제외하고 2006년부터 2014년까지 관련법령에 대한 국세청의 해석사례 등에서는 일관되게 쟁점기술료를 부가가치세 과세대상으로 보고 있는바, 청구법인이 이러한 사실을 간과한 점은 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 납세자의 귀책사유가 없다고 볼 수 없으므로 청구법인이 침해당했다고 주장하는 납세자의 이익은 보호받을 신뢰의 대상으로 볼 수 없다. 또한, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 합법성의 원칙을 희생하여서라도 처분 상대방의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 경우에 한하여 예외적으로 적용되어야 할 것이다. (2) 국세청은 쟁점기술료를 부가가치세 과세대상이라고 반복적으로 회 신하였음에도 불구하고 청구법인이 주의의무를 다하지 아니하여 쟁점기술료를 면세대상으로 판단한 것은 가산세 감면의 정당한 사유로 보기 어려우므로 가산세 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점기술료에 대하여 부가가치세를 과세한 것이 신의성실의 원칙에 위배되었는지 여부

② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2) 부가가치세법 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 부가가치세법 시행령 제45조(종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO지방국세청장이 청구법인에게 송부한 ‘과세기준자문신청 결과 통보 및 법인세(수정)신고 안내’ 문서(신고분석2과-101, 2012.1.27.)에는 “정부출연연구기관이 연구성과로 취득한 지식재산권 등을 이전 또는 대여하고 받는 기술료가 부가가치세 과세대상인지에 대한 과세기준자문신청을 한 결과, 부가가치세법 시행령제37조의2 제1호의2(학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역)에 의하여 면세를 적용하는 것으로 회신되었음을 알려드린다”라는 내용이 나타난다.

(2) 처분청이 청구법인에게 보낸 사업자등록 정정신고 안내문(2014.10.29.)에는 “청구법인은 부가가치세 과세사업을 겸하고 있음에도 과세사업자로 사업자등록이 되어 있지 아니하였으므로 2014.11.21.까지 사업자등록 정정신고를 이행하여 주길 바란다”는 내용이 나타난다.

(3) 청구법인은 1981.1.1. 면세사업자로 사업자등록을 하고, 2014.11.21. 과세사업자로 사업자정정등록을 하였다.

(4) 청구법인은 쟁점기술료가 면세대상이라는 과세관청의 해석과 달리 부가가치세 과세대상으로 보아 과세한 이 건 부가가치세 처분은 신의성실의 원칙에 위배되고, 세법해석에 혼란이 있어 납세자가 그 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법제15조에 규정하는 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로 과세관청의 공적인 견해표명이 있어야 하며, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하 며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 하며, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것(1987.5.26. 선고 대법원 86누92 판결, 같은 뜻임)이라 하겠다. (나) 청구법인은 쟁점기술료가 부가가치세 면세대상인지에 대하여 OOO지방국세청장에게 서면질의를 하였고, OOO지방국세청장은 2012.1.27. 쟁점기술료가 면세대상이라는 서면답변을 한 점, 그럼에도 불구하고 처분청은 이에 반하여 쟁점기술료가 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점기술료가 면세대상이라는 서면회신을 받은 이후부터 사업자등록 정정신고 안내문을 보내어 당초의 견해표명을 변경하기 전까지는 납세자가 과세관청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 부가가치세를 신고․납부하지 아니한 것으로 봄이 타당하다 할 것이므로 이에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 신뢰이익을 침해할 수는 없다고 하겠다. 따라서 2012년 제2기 및 2014년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 이 건 부가가치세 과세처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(6) 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 당초부터 면세사업자로 등록되어 있었고, 처분청으로부터 상당한 기간 내에 부가가치세 납세에 대한 안내, 지도, 독촉이나 부과처분을 받지도 아니한 점, 처분청도 청구법인에게 쟁점기술료가 면세대상이라고 서면답변을 하였다가 과세대상으로 의견을 변경한 점 등에 비추어 법률의 오해나 부지를 넘어 세법해석상의 의의가 있는 경우에 해당하므로 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 대하여는 가산세 감면의 정당한 사유가 있는 것으로 판단된다. 다만, 처분청은 2014.10.29. 청구법인에게 사업자등록 정정신고 안내문을 발송하였고, 이에 대하여 청구법인은 2014.11.21. 부가가치세 과세사업자로 사업자정정등록을 하였음에도 2014년 제2기분에 해당하는 쟁점기술료에 대하여 부가가치세 과세대상으로 신고하지 아니하였으므로 동 과세기간분에 대하여는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.