무상양여받은 공공시설 가액을 사업승인일이 속하는 사업연도의 자산수증이익 으로 보아 익금에 산입한 처분의 당부.

OOO세무서장이 0000.00.00. 청구법인에게 한 2012사업연도 법인세 OOO부과처분은 2009사업연도의 자산수증이익으로 익금산입한 OOO을 2014사업연도에 익금산입하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 OOO도시개발사업의 시행자로서 2009사업연도부터 OOO로부터 OOO이전신도시 개발사업”을 승인받았고, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제65조 및 도시개발법제66조(이하 “도시개발법등”이라 한다)에 따라 2009년 또는 2012.4.23.부터 해당 개발사업에 편입된 국가 등 소유의 공공시설인 OOO및 같은 도 OOO(이하 “쟁점공공시설”이라 한다)의 점용 또는 사용권한을 가지게 되었으나, 그 소유권을 청구법인 명의로 이전받지 아니한채 개발사업에 사용하다가, 개발사업이 준공된 2000.0.00. 또는 2000.0.00.에 쟁점공공시설을 청구법인 명의로 소유권이전등기하였으며, 새로 설치한 시설인 OOO및 같은 도 OOO(이하 “신축공공시설”이라 한다)를 국가 등에 무상양여하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 사업승인 시점에 관계 법령에 따라 쟁점공공시설을 국가 등으로부터 무상양여 받은 것으로 보아, 쟁점공공시설의 가액 OOO을 2009사업연도의 자산수증이익으로 익금에 산입하였고, 이에 따른 2009사업연도의 결손금 감소분을 2012사업연도에 공제될 이월결손금에 반영하였으며, 기타 조사내용을 반영하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청은 0000.0.00. 청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 0000.0.00. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 도시개발법등에 따라 신축공공시설을 국가에 귀속시키고 그 반대급부로 쟁점공공시설을 양여받는 것인바, 이는 자산수증에 해당하지 아니하고, 설령 자산수증으로 보더라도 그 귀속사업연도는 신축공공시설을 국가에 귀속시키고 쟁점공공시설의 소유권을 이전받은 2014사업연도이므로, 쟁점공공시설의 가액을 2009사업연도의 자산수증이익으로 보아 익금에 산입한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 개발사업 승인일에 쟁점공공시설의 사용․수익 권한을 얻었는바, 쟁점공공시설의 취득시기는 사용수익일이 속한 2009사업연도로 봄이 타당하고, 쌍무계약이라고 하더라도 관련 수익과 비용의 귀속사업연도가 다른 경우에는 이를 상계할 수 없으므로, 청구법인이 2009사업연도에 자산수증이익을 얻은 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 도시개발사업과 관련하여 도시계획법등에 따라 지방자치단체로부터 양여받은 쟁점공공시설의 가액을 사업승인일이 속하는 2009사업연도의 자산수증이익으로 익금에 산입하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제40조【손익의 귀속 사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 다른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. (3) 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호․제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

5. 제2호와 제3호의 기간이 끝난 날이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 소득세법 제45조 제3항, 법인세법 제13조 제1호, 제76조의13 제1항 제1호 또는 제91조 제1항 제1호에 따라 이월결손금을 공제하는 경우에는 그 결손금이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세는 제2호와 제3호에도 불구하고 이월결손금을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년간 (4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제65조 【개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속】 ② 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 설치한 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 개발행위로 용도가 폐지되는 공공시설은 국유재산법과 공유재산 및 물품 관리법에도 불구하고 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 양도할 수 있다.

④ 특별시장․광역시장․특별자치시장․특별자치도지사․시장 또는 군수가 제3항에 따라 관리청의 의견을 듣고 개발행위허가를 한 경우 개발행위허가를 받은 자는 그 허가에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인․허가 등을 받은 것으로 보아 개발행위를 할 수 있다. 이 경우 해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 또는 사용료는 면제된 것으로 본다.

⑥ 개발행위허가를 받은 자가 행정청이 아닌 경우 개발행위허가를 받은 자는 제2항에 따라 관리청에 귀속되거나 그에게 양도될 공공시설에 관하여 개발행위가 끝나기 전에 그 시설의 관리청에 그 종류와 토지의 세목을 통지하여야 하고, 준공검사를 한 특별시장․광역시장․특별자치시장․특별자치도지사․시장 또는 군수는 그 내용을 해당 시설의 관리청에 통보하여야 한다. 이 경우 공공시설은 준공검사를 받음으로써 그 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속되거나 양도된 것으로 본다.

⑨ 공공시설의 귀속에 관하여 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우에는 이 법률의 규정에도 불구하고 그 법률에 따른다. (5) 도시개발법 제66조 【공공시설의 귀속 등】 ① 제11조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 시행자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 국유재산법과 공유재산 및 물품 관리법 등에도 불구하고 종전의 공공시설은 시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 행정청(이하 이 조 및 제67조에서 "관리청"이라 한다)에 무상으로 귀속된다.

③ 지정권자는 제1항과 제2항에 따른 공공시설의 귀속에 관한 사항이 포함된 실시계획을 작성하거나 인가하려면 미리 그 공공시설의 관리청의 의견을 들어야 한다. 다만, 관리청이 지정되지 아니한 경우에는 관리청이 지정된 후 준공검사(지정권자가 시행자인 경우에는 제51조에 따른 공사 완료 공고를 말한다)를 마치기 전에 관리청의 의견을 들어야 한다.

④ 지정권자가 제3항에 따라 관리청의 의견을 들어 실시계획을 작성하거나 인가한 경우 시행자는 실시계획에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인․허가 등을 받은 것으로 보아 도시개발사업을 할 수 있다. 이 경우 해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 및 사용료는 면제된 것으로 본다.

⑤ 제11조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 시행자는 도시개발사업이 끝나 준공검사(지정권자가 시행자인 경우에는 제51조에 따른 공사 완료 공고를 말한다)를 마친 경우에는 해당 공공시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세부목록을 알려야 한다. 이 경우 공공시설은 그 통지한 날에 해당 공공시설을 관리할 관리청과 시행자에 각각 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 답변서 등 심리자료에 나타나는 주요 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점공공시설이 추후 개발사업 완료 시 동일한 부동산으로 국가 등에 귀속되는 것이 아니고, 쟁점공공시설이 아닌 별도의 부동산인 신축공공시설이 완공 후 지방자치단체로 무상양여 되는 것이며, 청구주장에서 기술한 “무상귀속에 대한 반대급부”가 어떤 형태의 어디 소재의 자산이 될 지는 사업승인일 당시에는 예상하거나 해당 자산가치를 측정할 수 없는 상태이고, 법인세법은 각 사업연도로 구분하여 발생한 익금과 손금항목을 적용하여 신고․납부를 원칙으로 하고 있는바, 추후에 발생할 반대급부(손금)에 의해 상계될 것이라는 이유로 익금산입을 누락할 수는 없으며, 법인에 귀속된 자산에 대하여 아무런 회계처리가 없는 것이 합리적일 수는 없는바, 청구주장은 이유없다. (나) 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호에서 대금청산일, 인도일, 등기일, 사용수익일 중 빠른 날을 취득시기로 규정하고 있고, 청구법인은 사업계획 승인일부터 쟁점공공시설에 대한 사용․수익이 가능하였으며, 청구법인이 해당 개발사업을 끝까지 유지할 의지가 있었고, 사용수익일 시점에 준공까지 갈 것을 충분히 예측할 수 있었으므로, 법인세법제40조의 권리․의무확정주의에 따라 청구법인이 쟁점공공시설을 사용․수익할 수 있게 된 2009사업연도 및 2012사업연도에 청구법인이 쟁점공공시설을 취득하였다고 봄이 타당하다. (다) 청구법인과 같은 공공기관들은 각자 자신들의 이해관계에 따라 관계 법률을 제정건의하고, 그렇게 제정된 관계 법률에 따라 운영이 되므로 세법적용에 있어 관계 법률을 우선적으로 고려하게 되면 관계 법률 개정에 의한 조세회피가 발생할 우려가 있는바, 관계 법률에 불구하고 세법을 우선 적용하고, 만약 관계 법률과 세법 간에 충돌이 발생하는 경우 그 필요성을 검토하여 세법에 예외규정을 입법하는 방식으로 각 법률간의 조정을 함이 타당하며, 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호에서는 도시개발법등이 적용되는 개발사업의 경우에 대한 별도의 예외규정을 두고 있지 아니한바, 청구법인이 쟁점공공시설을 사용수익한 2009사업연도에 이를 취득한 것으로 봄이 타당하다.

(2) 청구법인의 주요 주장 내용은 다음과 같다. (가) 도시개발법등에 의한 개발사업의 경우 도시개발사업에 편입된 종전 공공시설이 사업시행자에게 귀속되는 것은 사업시행자가 새로 설치한 공공자산을 국가 등에 무상양여할 책무를 수반하는 것이므로, 쟁점공공시설의 무상귀속은 자산의 수증이 아니고, 신축공공시설의 양여라는 반대급부를 수반하는 쌍무계약 거래이다. (나) 설령, 쟁점공공시설을 청구법인이 수증한 것으로 보아 자산수증이익으로 처리함이 정당하다고 할지라도, 도시개발법등에 따라 종전의 공공시설은 개발사업자가 새로 설치한 공공시설을 행정청에 귀속시켜야 비로소 개발사업자에게 귀속되는 것이고, 청구법인은 2009.1.30. 도시개발법제66조 제4항에 따라 쟁점공공시설의 점용 또는 사용권한을 갖게 되었으나, 해당 조항에서 ‘해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 및 사용료는 면제된 것으로 본다’고 규정하고 있는바, 쟁점공공시설의 소유권이 이전되기 전까지는 청구법인이 쟁점공공시설을 취득한 것이 아니라 임대한 것으로 봄이 타당하며, 자산수증이익의 귀속사업연도는 도시개발법등에 따라 청구법인이 신축공공시설을 준공하여 이를 행정청에 귀속시키고, 행정청이 청구법인의 부담비용 범위내에서 쟁점공공시설의 용도를 폐기하여 청구법인에게 양여한 시점, 즉 신축공공시설의 준공시점인 2014사업연도로 봄이 타당하다. (다) 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호는 자산 양도시 잔금지급시기를 조정하여 양도손익의 과세시기를 자의로 조정하는 행위를 방지하고자 하는데 그 취지를 둔 규정으로, 일반적인 양도거래가 아닌 이 건에 해당 규정을 적용하는 것은 적합하지 아니하다. (라) 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호에 따른 사용수익이란 매매계약 상 사용수익에 대한 권리를 부여받아 배타적으로 해당 재산을 사용수익하는 경우를 말하는 것으로, 매수자가 그 사용목적에 제한을 받지 아니하고 자유롭게 사용수익하는 것을 의미하는 것이나, 청구법인은 사업승인에 따라 해당 도시개발사업에의 사용이라는 목적에 한정하여 쟁점공공시설의 사용권한을 부여받은 것인바, 이 건 사업계획승인일을 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호에 따른 사용수익일의 개념에 부합한다고 볼 수 없고, 국가의 입장에서도 관계법령으로 인하여 2009사업연도에 국유재산인 쟁점공공시설을 청구법인에게 양도한 것으로 처리하는 것은 불가능하다. (3) 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산을 양도하는 경우에는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도에 해당 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금이 귀속되고, 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도에 해당 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금이 귀속된다고 규정하고 있다. (4) 도시개발법 제66조 제1항 은 시행자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 종전의 공공시설은 시행자에게 무상으로 귀속되고, 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 행정청에 무상으로 귀속된다고 규정하고 있고, 같은 법 제4항은 지정권자가 실시계획을 작성하거나 인가한 경우 시행자는 실시계획에 포함된 공공시설의 점용 및 사용에 관하여 관계 법률에 따른 승인․허가 등을 받은 것으로 보아 도시개발사업을 할 수 있으며, 이 경우 해당 공공시설의 점용 또는 사용에 따른 점용료 및 사용료는 면제된 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제5항에서 시행자는 도시개발사업이 끝나 준공검사를 마친 경우에는 해당 공공시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세부목록을 알려야 하며, 이 경우 공공시설은 그 통지한 날에 해당 공공시설을 관리할 관리청과 시행자에 각각 귀속된 것으로 본다고 규정되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 도시개발법등에 따른 쟁점공공시설의 양여는 신축공공시설이 준공된 시점에 신축공공시설의 양여와 동시에 이루어지는 것으로, 신축공공시설의 준공 이전에는 사용권을 부여하되 사용료가 면제되는 일종의 임대상태로 봄이 타당한 것으로 판단되는바, 쟁점공공시설의 양여는 자산의 무상양여라기 보다 신축공공시설의 양여를 조건으로 하는 일종의 교환거래의 성격으로 보여, 일반적인 양도의 경우 적용하는 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호의 적용대상으로 보기 어렵다. (나) 또한, 도시개발법등에 따른 쟁점공공시설의 양여는 개발사업의 시행을 위한 필요에 의하여 개발사업에의 사용으로 그 사용목적을 한정하여 청구법인에게 사용권이 부여된 것으로 보이는바, 청구법인이 용도 제한 없이 쟁점공공시설을 자유롭게 사용․수익하는 것으로 보기 어려워, 이 건의 사업승인일이 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호에 따른 사용수익일에 해당하는 것으로 보기 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 쟁점공공시설의 양여로 인한 자산수증이익의 귀속시기는 신축공공시설이 준공된 2014사업연도로 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점공공시설의 가액을 청구법인의 2009사업연도 자산수증이익으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.