토지와 일괄취득한 쟁점건물의 총거래가액을 감정가액비율로 안분하여 쟁점건물에 대한 매입세액을 산정한 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 충청북도 OOO 소재 토지 7,192㎡(이하 “쟁점토지”라 한다), 건물 1,874.5㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 특수관계 법인인 주식회사 OOO으로부터 합계 OOO원에 매입하고, 쟁점토지와 쟁점건물의 소유권이전을 위하여 2014.4.4. 계약서(이하 “계약서①”이라 한다)를 작성하고, 2014.4.29. 감정평가한 후 2014.5.20. 소유권이전 등기하였다.
• 나. 청구법인은 2014년 제1기 부가가치세 신고시 계약서①과 다른 계약서(이하 “계약서②”라 한다)를 제시하고 계약서② 특약사항에 기재된 쟁점건물의 가액 OOO원을 매입세액 공제하여 부가가치세 OOO원을 조기환급받는 것으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 현지확인을 실시하여 계약서②상의 쟁점토지와 쟁점건물의 구분기준이 불분명하며, 쟁점토지와 쟁점건물을 구분하여 거래한 것으로 볼 수 없으므로 감정가액으로 공제대상 매입과세표준을 재계산하여 2014.11.6. 청구법인에게 2014년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.26. 이의신청을 거쳐 2015.2.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 토지와 건물을 일괄 공급할 경우 구분된 실지거래가액이 있다면 이를 공급가액으로 하여야 하고, 계약서②에 기재된 쟁점토지와 쟁점건물의 가액은 매도법인인 OOO의 장부가액에 기초한 것으로 현실을 감안한 가장 합당한 실지거래가액인 반면, 처분청이 감정가액으로 안분하여 계산한 금액은 쟁점토지 중 이용이 불가능한 경관녹지가 고려되지 않은 것이므로, 처분청이 쟁점건물에 대하여 계약서에 기재된 실지거래가액을 부인하고 감정가액을 기초로 안분하여 매입세액을 불공제한 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 동일거래에 대해서 목적에 따라 등기용 계약서(계약서①)와 부가가치세 신고용 계약서(계약서②)를 별도로 작성한 점, 당초 계약서①에는 토지와 건물의 구분기재 내용이 없고 계약서②상의 구분가액은 합리적 근거 없이 추후에 임의로 구분기재 한 것으로 OOO의 장부가액과도 현저한 차이가 있는 점, 청구법인이 주장하는 공장용지, 경관녹지의 구분은 소유자의 생각에 따른 공장배치일 뿐, 국토이용관리법상 사용이 제한된 경우가 아니므로 감정가액을 부인하는 근거가 될 수 없고 경관녹지는 사용가능한 토지로 확인되어 이에 대한 대가없이 거래되었다는 주장은 설득력이 없는 점 등을 종합하면, 쟁점토지와 쟁점건물의 총액은 확인되나 개별 실지거래가액이 확인된다고 볼 수 없으므로 감정가액에 근거하여 과세표준을 계산한 당초 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 토지와 함께 매입한 건물에 대해 계약서상 구분가액을 부인하고 감정가액으로 안분계산하여 매입세액 공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정된 것) 제29조【과세표준】

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정된 것) 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】 법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계를 살펴본다. (가) 국세통합전산망에 따르면, 청구법인과 매도법인은 특수 관계 법인으로 확인되고, 사업자등록 내역은 다음 <표1>과 같으며, OOO 및 형제자매 등 친인척의 OOO에 대한 지분은 82%로 나타난다. (나) 계약서①과 계약서②의 주요 내용은 다음 <표2>와 같다. (다) 쟁점부동산 등기부등본상 이 건 쟁점토지 및 쟁점건물 양도에 따른 등기접수일은 2014.5.20.(등기원인: 2014.4.4. 매매)으로 세금계산서 수령일과 같은 것으로 나타나고, 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 근저당설정일은 2014.5.20.(채권최고액 OOO원, 등기원인: 2014.5.20. 설정계약)이며, 이에 대한 채무자는 청구법인, 근저당권자는 OOO으로 나타난다. (라) 쟁점부동산에 대한 한국감정원의 감정평가 내용(기준시점 2014.4.29.)에 따르면, 토지는 OOO원으로 나타난다. (마) OOO의 2013.12.31. 대차대조표상 쟁점토지 및 쟁점건물 가액은 각각 OOO원(감가상각금액을 차감한 잔액)으로 나타나며, 토지 및 건물에 대한 계정별 원장에는 2014.5.20. 각각 OOO원의 금액이 대변에 기재되어 있다. (바) 처분청의 현장확인(조사기간 2014.8.27.～2014.9.5.) 조사복명서 주요내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2014.4.10. 개업하였으며 OOO으로 설립 후 현재 시제품 연구 및 생산중인 것으로 나타난다.

2. 2개 매매계약서의 매매금액은 동일하나 계약서①은 토지와 건물의 구분 없이 총금액으로 기재하여 작성하였고, 계약서②는 토지 OOO원으로 구분하여 작성한 것으로 나타난다.

3. 청구주장 및 각 기준에 따른 쟁점건물 가액의 안분내역은 다음 <표3>과 같다.

4. 청구법인은 세금계산서 수령 전 1월 이내에 감정평가를 실시하여 감정평가액이 있음에도 감정가액을 적용하여 안분하지 않고, 합당한 근거 없이 임의로 건물가액을 과다하게 계산하여 적용한 것으로 판단된다.

5. 당초 작성한 계약서①에는 토지와 건물의 구분이 없으며 등기신청일인 2014.5.20.까지 유효하여 등기신청시 제출되었던 것이고, 계약서② 작성일자는 2014.4.11.이나 등기신청시 제출되지 않은 것으로 보아 거래당시에는 유효한 계약서라고 보이지 않는다.

6. 계약서②의 가액은 감정평가내용과 달리 합리적 근거 없이 당초 계약 후 추후에 임의로 구분기재 한 것에 지나지 않아, 감정평가 금액에 비례한 가액으로 토지와 건물을 구분하여 부가가치세를 경정함이 타당하다. (사) 처분청과 청구법인이 제출한 사진에 따르면, 청구법인이 경관녹지로 주장하는 곳은 건물정착 위치보다 약 5㎡ 가량 높은 지대에 위치한 평탄한 대지로서, 맨바닥이 노출된 상태이며 수풀과 나무가 일부 자라고 있어 특별한 목적으로 사용되고 있지 않은 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 주장은 다음과 같다. (가) 청구법인은 당초 2014.4.4. 계약서①을 토지와 건물 구분없이 OOO원으로 작성한 후 이를 담보로 OOO으로부터 융자를 받기 위해 계약서①을 제시하였으나, 은행측으로부터 토지와 건물가액을 구분하여 재작성할 것을 요구받았고, 청구법인도 부가가치세 과세․면세 공급가액 산정을 위해 다음 <표4>과 같이 OOO의 재무재표를 근거로 가액을 산정하여 2014.4.11. 계약서②를 재작성하고 OOO 및 처분청에 제출하였다. (나) 토지양수면적 7,192㎡에 해당하는 장부가액 OOO원 중 경관녹지를 제외한 공업용지 해당부분 5,282㎡(73.44%)의 가액은 OOO원이고, 건물양수면적 1,875㎡에 해당하는 장부가액은 OOO원으로, 이는 실지 매매가액과 거의 같은 금액이고, 공장건물배치도 및 토지이용계획표상 나타나는바와 같이 공장부지 7,192㎡ 중 1910㎡(26.56%)는 경관녹지로서, 공장이 위치한 곳에서 약 5m의 급경사의 높은 언덕위에 우거진 자연림으로 되어 있어 공장용지로는 사용불가함을 처분청도 현지에서 확인하였다. (다) 공장건물은 2012.12.29. OOO이 신축한 이후 아직 공장용으로 사용하지 않은 건물로서, 현재의 인건비, 자재비, 물가상승률 등을 감안할 때 현실적으로 OOO원으로는 건축이 불가하며, OOO의 계정별원장에서도 쟁점토지와 쟁점건물에 대하여 각각 OOO만큼을 차감 처리하였음이 확인된다. (라) 처분청이 안분기준으로 활용한 감정평가액은, 청구법인이 계약서②를 작성하여 OOO에 제출한 이후인 2014.4.29.에 평가한 것일 뿐만 아니라, 쟁점토지 전체의 지목을 공장용지로 하여 ㎡당 OOO원으로 평균하여 산정하며 상기의 토지 특수성을 전혀 반영하지 않았고, 쟁점건물 또한 OOO의 장부가액이나 미래신축시 건축비를 전혀 감안하지 아니한 가액으로서, 아래 <표5>와 같이 각 평가비율을 고려하더라도, 장부가액에 의한 비율(79.1%)이 부가가치세 신고 계약서상의 비율(78.6%)과 가장 유사함을 확인할 수 있다. (마) 부가가치세법 제29조 제9항 의 해석상 구분된 실지거래가액이 있는 경우에는 이를 공급가액으로 하여야 할 것인데, “구분된 실지거래가액”이란 시가 또는 객관적 교환가치와 다른 개념으로서, 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액으로 확인되고, 구분 표시된 토지와 건물 등의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당한 경우를 의미하므로, 이 건의 경우 비록 매매계약서상 거래금액이 구분표시되지 않았으나 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고, 매매계약서상에 당사자간 토지 및 건물 가액을 합의한 사실이 관련 증빙에 의해 확인되므로 그 가액 등이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에 해당하는바, 청구법인이 매우 합리적인 근거로 토지와 건물가액을 구분하였음에도 불구하고 처분청이 쟁점건물의 감정가액을 근거로 건물가액 중 OOO원을 부인한 것은 부가가치세법 제29조 제9항 을 정면으로 위배한 것이다. (바) 매매계약서상에 토지가액과 건물가액, 부가가치세 등이 구분기재된 경우 그 가액이 허위라는 과세관청의 입증이 없는 한, 비록 객관적인 교환가치와는 다르더라도 그 구분된 실지거래가액을 인정해야 하므로(서울고등법원 2008.04.17. 선고 2007누21039 판결), 청구법인과 OOO간의 쟁점토지 및 쟁점건물 매매가액은 상기의 장부가액 및 토지형질 등 제반 사정을 고려해 당사자간 약정에 의해 가장 합리적인 가액으로 감정평가전에 체결되었음에도, 처분청은 이 건 양도계약이 감정평가이후에 체결되었다고 추측하여 이를 근거로 자의적으로 과세하였다.

(3) 처분청은 OOO의 장부가액은 계약서내용과 금액차OOO가 있고, 토지가액/전체가액 비율(27.02%)도 계약서(21.43%)와 일치하지 않는 점, 토지이용계획표 상 경관녹지가 사용이 불가한 자연림이라 하나 현지 출장시 건물이 위치한 장소보다 높기는 하나 매입 전 이미 평탄화 작업이 완료되어 언제든지 사용이 가능한 나대지 상태인 점, 일반적인 거래 관행상 1필지의 토지를 거래함에 있어서 건물 등 정착면적과 비정착면적으로 구분하거나 비정착면적의 거래대가 없이 정착면적만 가격을 책정하여 거래하지 않는 점, 현지출장 확인시 쟁점건물 내부에는 제품(청구법인이 물건 생산전이고 청구법인의 제품이 아니라고 스스로 말하는 제품) 및 자재가 가득히 적재되어 있었는바, OOO 등이 쟁점건물을 사용하지 않았다는 주장은 신빙성이 없는 점, 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가에 비추어 감정가액은 타당한 것으로 판단되는 점, OOO과 청구법인은 대주주가 모녀(母女)간으로 거래로 인해 부가가치세가 아닐지라도 과세대상 자본의 이동이 있어 조세의 일실이 없다 할 수 없는 점 등을 종합하면, 이 건 부가가치세 과세처분은 정당하다는 입장이다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 계약서②의 진정성을 인정할 만한 객관적 증빙이 확인되지 않아 매입가액은 불분명한 것으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인이 등기신청일(2014.5.20.)에 2014.4.11.자 계약서② 가 아닌 기존의 계약서①을 제출한 것은 등기신청 당시에 계약서② 가 실재하지 않았기 때문으로 추정하는 것이 합리적인 점, 경관녹지는 국가나 지방차지단체에 의해서 또는 사용이 제한되는 토지가 아니며 공장건물배치도는 소유자가 임의로 배치도를 계획한 것인 점, 계약서에 경관녹지에 대한 사항이 기재되어 있지 않으며 매매대상으로서 공장용지 7,192㎡ 전체를 지칭하고 있는 점, 청구법인은 쟁점건물에 대하여 전소유자가 신축한 후 공장용으로 사용하지 않은 건물이라 주장하나, OOO은 건물사용에 대해 감가상각OOO을 실시한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물에 대하여 감정가액비율으로 공제대상 매입세액을 산정하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.