쟁점연구원에 대한 인건비가 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO을 영위하는 ｢조세특례제한법｣상 중소기업으로, 2008～2011사업연도 법인세 신고시 기업부설연구소의 연구․인력개발비에 대해 세액공제를 신청하지 아니하였다가 2012년 중 경정청구를 하여 연구․인력개발비 세액공제액을 다음 <표>와 같이 환급받았다.
• 나. OOO국세청장은 처분청에 대한 감사를 실시하여 청구법인이 연구․인력개발비 세액공제액 산정에 포함한 2명의 연구원(OOO, 이하 “쟁점연구원”이라 한다)은 울산광역시에 근무하면서 연구 전담업무를 수행하지 아니한 것으로 보아 쟁점연구원에게 지급한 인건비OOO는 세액공제액 산정에서 제외하여야 한다는 취지의 감사결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.11.17. 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 OOO(이하 “쟁점연구소”라 한다)는 2006.3.31. 설립되어 OOO를 연구하고 있는바, 2006.5.30. 한국산업기술진흥협회로부터 구 ｢기술개발촉진법 시행규칙｣ 제7조에 따라 기업부설연구소로 인정받은바 있어 ｢조세특례 제한법｣ 제10조, 같은 법 시행령 별표6 제1호 가목 및 같은 법 시행규칙 제7조의 규정에 따라 연구․인력개발비 세액공제 적용대상 전담 부서에 해당되고, 쟁점연구원은 동 기술연구소의 Project Management 팀 소속으로 프로젝트의 연구 및 개발을 전업으로 수행하고 있는 사실이 쟁점연구소의 조직도, 쟁점연구소의 연구개발업무리스트 등 청구법인이 제시한 자료로 확인되며, 처분청은 쟁점연구소 내에서 항시 근무하는 연구원에 대해서만 연구․인력개발비 세액공제 적용대상이라는 의견이나, 최근 각종 업무처리 방식이 컴퓨터 등 정보산업 중심으로 급격하게 변함에 따라 각 연구원별로 컴퓨터 등 제한된 공간만 확보하더라도 연구업무의 수행이 가능한 점을 감안할 때 연구성과를 실시간 실무에 적용하여야 하는 정보화시대에 업종의 특성을 감안하지 아니하고 일률적으로 연구소로서 별도의 독립된 공간에 격리되어 근무하여야 하는 것을 감면요건으로 적용할 수는 없는 것(국심 2004서629, 2004.12.15.)인바, 쟁점연구소 각 연구원은 별도의 담당 고객들이 있고, 쟁점연구원은 이 중 울산광역시에 소재하는 고객을 담당하게 되어 고객이 요청하는 연구개발 프로젝트에 대응하기 위해 불가피하게 오피스텔을 임차하여 임시 사무소 형태로 근무하고 있으나 동 임시 사무소는 별도의 사업장이나 지점, 연구소 등으로 등록되어 있지 아니한 임시 출장소에 불과한 것으로 쟁점연구원들은 쟁점연구소에서 타 연구원들과 동일하게 테스트, 승인 등 연구개발에 따른 제반절차를 모두 수행하고 있으므로 쟁점연구원에 대한 인건비는 ｢조세특례제한법｣ 제10조 에 따른 연구․인력개발비 세액공제 적용대상에 해당된다.
• 나. 처분청 의견 ｢조세특례제한법｣ 제10조 및 같은 법 시행령 별표6에서 ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령｣ 제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서에서 근무하는 연구전담요원의 인건비를 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 규정하고 있고, 각 기업들은 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 설립 후 한국산업기술진흥협회(KOITA)에 신고요건을 구비하여 등록신고 후 연구소로 인정받아 해당 연구인력에 대한 인건비를 연구․인력개발비 세액공제를 적용받고 있으며, 해당 연구인원 변동 및 연구소 이전 등 연구소에 관련된 변동 상황 발생시 즉시 변동신고를 하여야 하도록 되어 있는바, 청구법인은 쟁점연구소 설립 신고시 총 9명(연구보조원 1명 포함)의 연구전담 인력을 등록하였다가 2010년 한국산업기술진흥협회로부터 실사를 받아 등록사항을 재정비하면서 연구원을 12명으로 추가등록 하였으나 쟁점연구원은 전담요원 요건에 충족하지 아니한 것으로 보아 추가등록시 제외하여 쟁점연구원은 위 협회에 등록되지 아니한 점, 청구법인은 자동차부품 전문업체로 관련 연구활동은 고도로 분업화한 작업으로 실험장비를 갖춘 상태에서 연구원들 간에 유기적으로 협력하는 시스템이어야 할 것이나 쟁점연구원은 OOO에 상시 거주하며 특정지역 거래처에 대한 프로젝트 수주 및 A/S와 같은 사후관리 업무를 수행하는 등 쟁점연구원이 청구법인 주장대로 일부 연구개발 과제를 수행하였다 하더라도 순수하게 연구업무만을 전담으로 수행한 것이 아니라 특정거래처 납품 제품에 대한 견본제작이나 단순한 개량이나 개선, 수익성 개선을 위한 일반적 관리 및 고객지원업무 등 연구와 직접 관련 없는 업무를 겸하여 수행한 것으로 보아야 할 것이어서 처분청이 쟁점연구원에 대한 인건비를 ｢조세특례제한법｣ 제10조 의 규정에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 배제하여 청구법인에게 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점연구원에 대한 인건비가 ｢조세특례제한법｣ 제10조 에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구․인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.(후단 생략) (2) 조세특례제한법 시행령 【별표6】연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구분 비용 1.연구개발

• 가. 자체연구개발 1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 (2012.2.28. 기획재정부령 제264호로 개정되기 전의 것)

① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "일반연구인력개발 전담부서"라 한다)를 말한다.

1. ｢기술개발촉진법 시행규칙｣ 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서

2. ｢문화산업진흥기본법 시행규칙｣ 제11조의6 에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서 (4) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 (2012.2.28. 기획재정부령 제264호로 개정된 것)

① 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말한다.

1. ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령｣ 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

2. ｢문화산업진흥 기본법｣ 제17조의3 에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서 (5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】

① 법 제14조 제1항 제2호에서 “연구 인력․시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. (6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제5조 【변경신고】 기업부설연구소등의 신고 내용 중 변경사항이 발생한 경우 해당 기업은 변경된 날부터 14일 이내에 별지 제8호서식의 변경신고서에 변경 내용을 적고 관련 서류를 첨부하여 협회에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2006.3.31. 설립한 쟁점연구소는 2006.5.30. 한국산업기술진흥협회로부터 ｢기술개발촉진법 시행규칙｣ 제7조 에 따라 기업부설연구소로 인정받았고, 쟁점연구원은 쟁점연구소 연구원으로 등재되지 아니한 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다.

(2) 처분청은 쟁점연구원에 대한 인건비가 ｢조세특례제한법｣ 제10조 의 규정에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상이 아니라는 의견은 다음과 같다. (가) 쟁점연구원 중 OOO은 부산광역시에서 거주하다가 2006. 10.13. 충청남도 OOO으로, 2008.2.5. 부산광역시 OOO로 각 전입한 사실이 나타나고, OOO은 2006.5.1. 울산광역시 OOO로 전입한 이래 울산광역시에 주소지를 두고 있다. (나) 청구법인이 경정청구시 제시한 ‘경정청구 사유서’에 의하면 쟁점연구소의 구성내역 및 팀별 주요업무(2012.1.1. 기준)는 다음과 같고, 쟁점연구원은 Project Management팀 소속으로 되어 있다.

(3) 청구법인은 쟁점연구원이 OOO에 소재하는 고객을 담당하게 되어 고객이 요청하는 연구개발 프로젝트에 대응하기 위해 불가피하게 임시사무소에서 근무하였으나, 2008년부터 2012년까지 기간 동안 다음과 같은 연구개발업무를 직접 수행하였고, 이 외에도 쟁점연구원이 소속되어 있는 것으로 되어 있는 쟁점연구소 조직도, 쟁점연구원이 수행한 연구개발 업무를 수행하는 과정에서 작성한 보고서, 실험결과, 각종 검토보고서, 쟁점연구원이 타 연구원들과 주고받은 내부 이메일 내역 등을 제시하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점연구원이 연구업무를 전담하여 수행하고 있으므로 이들에 대한 인건비는 연구․인력개발비 세액공제 적용대상이라고 주장하나, 쟁점연구소는 2006.5.30. 한국산업기술진흥협회로부터 구 ｢기술개발촉진법 시행규칙｣ 제7조 에 따라 기업부설연구소로 인정받은바 있으나 동 협회에 쟁점연구원을 연구원으로 등재하지 아니한 점, 청구법인이 경정청구시 제시한 쟁점연구소의 구성내역 및 팀별 주요업무(2012. 1.1. 기준)에서 쟁점연구원이 속한 Project Management 팀의 주요업무에 연구업무와 직접 관련이 없는 ‘고객 및 본사 업무 대응’이 포함되어 있고, 동 업무는 OOO 소재 사무소에 근무하는 쟁점연구 원의 업무 중 일부로 보이므로 쟁점연구원이 ｢조세특례제한법 시행령｣ [별표6]의 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원에 해당되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구원의 인건비에 대해 연구․인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법 ｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.