실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 되었으므로 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 배제한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2000.7.25. 개업하여 화장지 제조 및 도․소매업을 영위하고 있는 법인으로 2013사업연도 법인세 신고시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) 및 제10조(연구․인력개발비에 대한 세액공제)의 감면규정을 적용하여 법인세 OOO을 감면신고하였다.
• 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2014년 4월 처분청에 대한 종합감사시 청구법인과 청구법인이 주식 50%를 보유한 ㈜OOO는 관계기업에 해당하고, 두 법인의 매출액을 합산할 경우 2013사업연도 환산매출액이 OOO으로 매출액 기준금액인 OOO을 초과하여 중소기업에 해당하지 않음에도 중소기업에 한정하여 적용되는 중소기업특별세액감면과 일반 연구․인력개발비세액공제율인 25%를 적용하여 세액공제 받은 사실을 확인하여, 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고, 중견기업에 대한 일반 연구․인력개발비세액공제율인 8%를 적용하여 감면세액을 재계산하도록 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 연구․인력개발비세액공제액을 재계산하고 중소기업특별세액감면을 배제하여 2014.10.1. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2012사업연도 매출액이 OOO을 초과하여 조특법 시행령 제2조의 규정에 따라 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업에 해당한다. 조특법 제2조 제5항에서 “ 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다”고 규정하고 있으며, 2011.12.28 개정된 중소기업기본법 시행령제3조의2 제1항 제1호 가목이 종전 “지배기업의 의결권 있는 주식 등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자”에서 “단독으로 또는 친족과 합산하여 지배 기업의 주식 등을 100분의 30이상 소유하면서 최다출자자인 개인”으로 개정되었으므로 청구법인의 경우 개정 전 중소기업기본법 시행령제3조의2를 기준으로 하는 경우 관계기업에 해당되지 않아 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호의 개정으로 새로이 중소기업에 해당되지 아니하게 되는 때에 해당되므로 조특법 제2조 제5항을 적용하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업에 해당된다. 따라서, 처분청이 중소기업 적용 유예기간 중 중소기업기본법제2조에 따른 관계기업에 해당된다 하여 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 중소기업의 범위 판정시 일반적인 경우에는중소기업기본법이 적용되지만 세법 적용시에는 별도의 규정이 없는 한 조특법이 적용되고, 두 법 간의 중소기업 판단기준은 다소 차이가 있으며, 가장 큰 차이점은 판단기준이중소기업기본법의 경우 직전 사업연도 기준이나 조특법의 경우 당해 사업연도 기준이라는 점이며, 이는 중소기업기본법의 경우 중소기업에 대한 자금지원 등 다양한 정책적 지원을 목적으로 제정되어 정책적 지원이 필요한 때에 즉시 적용해야 하므로 적용 시점별로 중소기업 여부를 판정하는 것은 현실적으로 불가능하고 실익도 없어 직전 사업연도 기준으로 판단하도록 규정한 것이며, 조특법의 경우에는 중소기업에 대하여 세제상 혜택을 부여하기 위한 것에 그 제정 목적이 있으므로 실제 혜택이 부여되는 과세연도에 직접 적용하기 위하여 해당 과세연도 종료일 기준으로 중소기업 여부를 판정하고 있다. 중소기업요건 판단시점과 관련하여 조특법 시행규칙 제2조 제3항 내지 제5항에서 “과세연도 종료일 현재” 기준으로 자기자본, 매출액, 자산총액을 판단하도록 규정하고 있으며, 지분율 적용 또한 과세연도 종료일 현재로 하도록 해석 OOO하고 있는바, 청구법인은 당초 ㈜OOO 주식 228,208주(34.67%)를 보유하고 있었으나 2013.10.16 변OOO 외 8명으로부터 101,192주를 추가 취득하여 2013.12.31. 330,000주(지분율 50 %)를 보유하였다. 2013년도 법인세 결정시 청구법인을 중소기업으로 보지 않은 것은 2011.12.28. 중소기업기본법 시행령제3조의2 가 개정됨에 따라 중소기업에서 제외된 것이 아니라 청구법인의 2013년도 ㈜OOO 주식 추가취득에 따른 2013년도 지분율 변동에 따라 “지배기업 단독으로 종속기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우”에 새로이 해당되어 중소기업에 해당되지 않게 된 것이다. 따라서, 중소기업 적용 유예기간 중 중소기업기본법제2조에 따른 관계기업에 해당된다 하여 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 중소기업 적용 유예기간 중 관계기업에 해당하는 것으로 보아 중소기업 유예기간의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법제32조에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법제25조에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2) 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

• 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
• 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 사회적기업 육성법 제2조 제1호 에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 중소기업협동조합법이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기업협동조합이나 그 밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다. (3) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제3조【중소기업의 범위】

① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 (4) 중소기업기본법 시행령 제9조 【유예 제외】 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 부칙(대통령령 제23412호, 2011.12.28.) 제1조【시행일】 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다. 제3조【중소기업의 범위에 관한 경과조치】이 영 시행당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2012년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 법인세 신고내용은 아래 <표1>과 같이 국세청 전산자료에 나타난다. OOO

(2) ㈜OOO의 연도별 매출액은 아래 <표2>와 같이 국세청 전산자료에 나타난다. OOO

(3) 청구법인은 외부감사 대상법인으로 2010사업연도의 매출액이 OOO을 초과하여 조특법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 2013사업연도까지 4년간 중소기업유예기간을 적용받던 중 2013.10.16. ㈜OOO의 주식을 추가로 101,192주 취득하여 2013.12.31. 현재 지분율 50%의 관계기업에 해당되며, 청구법인의 ㈜OOO 주식 취득내역은 <표3>과 같다. OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2010사업연도에 규모의 확대로 이미 중소기업을 졸업하고 유예기간 중인 법인으로 조특법 시행령 제2조 제2항에서 규정하고 있는 중소기업에 해당하지 아니하므로 조특법 시행령 제2조 제2항 제3호에 따라 중소기업 해당 여부를 재판정하여 잔여 유예기간을 실효하는 처분은 부당하다고 주장하나, 중소기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서에서 규정하고 있고, 청구법인은 2010사업연도 매출액이 OOO 이상인 경우에 해당하여 조특법 시행령 제2조 제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2013사업연도에 관계기업에 해당되어 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목을 적용하는 경우 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 해당한다 할 것이므로 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.