쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인 최OOO, 신OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 부부로, 2004.4.28. 취득한 OOO를 2012.5.30. 양도하고 쟁점토지가조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의 규정에 의한 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 보아 2012.7.31. 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 자경농지에 대한 양도소득세 감면 기획점검을 실시한 결과, 쟁점토지가 양도 당시 주거지역에 편입된지 3년이 경과하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2014.10.2. 청구인들에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO을 각 경정·고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) 처분청은 청구인들이 쟁점토지를 8년 이상 자경한 사실을 인정하면서도 쟁점토지가 주거지역 편입일로부터 3년이 경과하였다 하여 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세하였으나 쟁점토지가 주거지역으로 편입된 후 비사업용 토지에서 제외 되는 기간인 개발 행위허가 제한지역 지정 기간(11개월 10일), 도시개발구역 지정 기간(2년 3개월) 등을 제외할 경우 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

(2) 또한, 쟁점토지는 편입된 면적이 3,584,618㎡에 해당하는 대규모 개발사업 지역 안의 농지로서 2008.12.1. 주거지역 지정 및 제1종 지구 단위계획구역으로 지정된 후 사업시행자인 OOO시청의 재원 부족으로 인하여 보상이 지연되었고, 2011.12.2. 제1종 지구단위계획구역 지정이 실효된바, 쟁점토지는 조특법 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목의 감면요건을 충족하므로 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정을 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 2008.12.1. 주거지역으로 편입되었고, 청구인들은 그로부터 3년이 지난 2012.5.30. 쟁점토지를 양도한바, 양도일 현재 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 쟁점토지에 대하여 감면을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다. (2) 청구인들은 사업시행자인 OOO의 귀책사유로 인하여 사업이 지연되었다고 주장하나, 쟁점토지가 2008.12.1. 주거지역으로 지정된 후 2009.10.20. 도시개발구역으로 지정되어 사업을 시행해 오던 중 주민들의 반대에 부딪혀 2011.3.14. 도시개발구역이 해제된 사실이 각종 신문 등 보도자료를 통해 확인되므로 사업시행자의 귀책사유로 사업이 지연되었다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점토지에 대하여 8년 이상 자경농지에 대한 감면의 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법률 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2012.10.2. 법률 제11486호로 개정되기 전의 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정되기 전의 것)

① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위】

③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만제곱미터로 하되,택지개발촉진법에 의한 택지개발사업 또는주택법에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관과지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업․지방공사․지방공단을 말한다.

⑤ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 “기획 재정부령으로 정하는 부득이한 사유”란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들은 쟁점토지를 양도하고 양도가액을 OOO, 취득가액을 OOO으로 하고, 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 보아 100% 감면규정을 적용하여 양도소득세를 각 신고하였고, 처분청은 쟁점토지가 양도일 현재 주거지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 감면적용이 배제되는 농지에 해당되므로 8년 자경감면을 부인하여 양도소득세를 과세하였다. (2) 부동산 등기부등본 등에 의하면, 청구인들은 쟁점토지를 2004.4.28. 매매로 취득하여 2012.5.30. 양도한 것으로 나타나고, 쟁점토지의 주거 지역 편입일은 2008.12.1.이며, OOO 등 심리자료에 의하면, 쟁점토지가 2009.10.20. OOO으로 지정되어 사업을 시행해 오던 중 주민들의 반대에 부딪혀 2011.3.11. 지정 해제(해제 사유: 개발 여건 변화 및 주민요청)된 것으로 나타난다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제4항의 규정에 의하면, 8년 이상 거주하면서 농지를 경작한 자가 농지를 양도한 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면받을 수 있으나, 양도일 현재 특별시․광역시․시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역․상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 없으며, 다만, 이 경우에도 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역․상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연 등 농지소유자의 귀책사유가 없는 경우에는 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 이들 지역에 편입 된 날까지 발생한 양도소득세를 감면받을 수 있도록 규정하고 있는바, 쟁점토지의 경우 주거지역에 편입된지 3년이 경과하였음이 확인되고, 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 편입된지 3년이 경과된 것인지 또는 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정 되는 사유가 있는 것으로는 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 양도소득세 감면적용을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.