청구법인은 공익법인 주식보유제한 규정 도입전에 쟁점법인의 지분을 100%보유하는 등 상증법 제49조제1항 단서규정에 해당하여 이미 타회사 지분의 100% 보유가 허용되었고 처분청도 보유기준을 초과하여 주식을 보유하는 경우 부과되는 가산세를 적용하지 아니한 점 등에 비추어 이 건 증여세 과세처분은 잘못이 있음
청구법인은 공익법인 주식보유제한 규정 도입전에 쟁점법인의 지분을 100%보유하는 등 상증법 제49조제1항 단서규정에 해당하여 이미 타회사 지분의 100% 보유가 허용되었고 처분청도 보유기준을 초과하여 주식을 보유하는 경우 부과되는 가산세를 적용하지 아니한 점 등에 비추어 이 건 증여세 과세처분은 잘못이 있음
[주 문] OOO세무서장이 2014.10.8. 청구법인에게 한 증여세 합계OOO의 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 1996년 상증법 제49조 주식보유제한 규정의 도입 이전부터 OOO의 지분을 100% 보유하였고, 동 규정 단서의 요건(성실공익법인)을 충족하여 처분기한인 2001년 12월 31일까지 처분대상에서 제외되어 이미 100% 지분의 보유가 허용되었으며, 2008년 성실공익법인 요건에 출연자의 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1 이상을 넘을 수 없다는 규정이 추가되었으나, 이는 2008.2.22. 이후 시행되어 소급적용될 수 없는 것으로 청구법인은 1996년 현재 또는 2001.12.31.까지 성실공익법인에 해당하였던 이상 상증법 제49조 제1항 단서에 의해 계속 OOO의 100% 지분 보유가 허용된 것이다. 한편, 상증법 제48조 제2항 제2호에서는 공익법인의 타회사 주식 5% 초과취득시 증여세 과세와 관련하여 ‘의결권 있는 주식’일 것을 규정하고 있는바, 청구법인과 같이 이미 OOO의 100% 지분보유가 허용된 경우 이후의 유상증자는 단순히 자본금 및 주식수의 증가에 해당할 뿐 지분율의 변동은 있을 수 없는 것이므로 이는 ‘의결권 있는 주식’의 증가에 해당될 수 없다. 따라서, 청구법인의 2008년 및 2012년의 유상증자는 지분율의 변동이 없는 ‘의결권 있는 주식’의 취득에 해당하지 아니하여 상증법 제48조 제2항 제2호의 증여세 과세대상에 해당되지 아니한다.
(2) 상증법 제48조 제2항 제2호 단서에서는 공익법인의 타회사의 주식 취득시에도 증여세 과세대상에서 제외되는 경우를 규정하고 있는바, 기획재정부는 2000년 간추린 개정세법 해설을 통해 공익법인이 100% 출자하여 설립한 내국법인의 경우 출연자․특수관계인이 당해 내국법인의 주주일 수 없어 출연자가 공익법인을 통하여 계열회사를 간접 지배할 우려가 없으므로 주식보유한도의 예외를 인정하는 것으로 명시하고 있다. 즉, 청구법인과 같이 내국법인의 주식을 처음부터 100% 보유하고 있는 경우 청구법인의 출연자 등이 해당 내국법인의 주주일 수 없으므로 이후의 증자 등에 따른 주식취득에 대하여 증여세 과세대상에서 제외되는 것이다.
(3) 청구법인의 OOO 증자는 사립학교법에 따른 대학설립·운영규정의 개정으로 수익사업용 자산을 OOO원 이상으로 증액하도록 강제됨에 따라 주무부서인 교육부와 감사원의 감사지적으로 자신의 의사와 전혀 무관하게 이행된 것으로 이에 대하여 증여세를 부과하는 것은 타당하지 아니하다. 즉, 청구법인의 경우 이미 처음부터 OOO의 지분을 100% 취득한 상황에서 불가피하게 증자를 실시하여 지분율의 변동 없이 단순히 주식수만 증가된 것으로, 이에 대하여 증여세를 과세하는 것은 상증법 제48조 제2항 제2호 단서 및 제49조 단서를 통하여 경제력 집중 방지 등 제도의 목적과 관련이 없는 경우 규제대상에서 제외하고 있는 규정의 취지에도 부합하지 아니한다.
(4) 상증법 제48조 제2항에 따른 같은 법 시행령 제40조 제1항 제2호에서는 증여세 과세가액의 계산에 관하여 주식의 추가취득으로 지분율이 5%를 초과하게 되는 경우의 증여세 과세가액을 ‘지분율 5% 초과부분을 취득하는데 사용된 재산의 가액’으로 규정하고 있는바, 청구법인과 같이 증자를 통해 주식수량이 증가되더라도 지분율 100%에는 아무런 변동이 없는 경우에는 ‘지분율 5% 초과부분의 취득’에 해당하지 아니하므로 증여세 과세가액 산정대상에 해당될 수 없어 과세가액 자체가 산정될 수 없는 것이다.
(5) 쟁점인건비는 학교법인의 등록금 의존율을 낮추기 위한 정부 방침에 따라 사립학교법령 및 교육부 지침 등에 근거하여 전액을 부속병원에서 직접 지급하고 단지법인세법상 구분경리 규정에 따라 대학교수로서의 보수부분에 대한 회계처리만을 교비회계로 처리한 것으로 이는 전용계좌 사용의무 위반에 해당하지 아니한다. 교육부는 대학경영의 등록금 의존율을 낮추기 위하여 의과대학교수의 보수를 부속병원회계에서 전액 부담하도록 행정지도를 함에 따라 청구법인은 의과대학 교원의 인건비를 부속병원에서 전액 직접 지급한 것이다. 다만, 법인세법상 구분경리 규정에 따라 쟁점인건비를 부속병원회계에서 교비회계로 전입하였다가 지급한 것으로 회계처리를 하였으나, 이는 현금 등의 자금이전이 전혀 수반되지 않는 대체거래에 불과한 것으로 전용계좌 사용대상에 해당하지 아니하다.
(6) 청구법인이 부속병원으로부터 적금통장 자체를 먼저 인계받은 후 만기시 이를 전용계좌에 입금하는 것은 정기적금의 만기 전에 해약 또는 중도인출시 발생되는 손실을 피하기 위한 것으로 시점의 차이만 존재할 뿐 결국 해당금액이 전용계좌에 입금된 이상 이를 전용계좌 사용의무 위반으로 볼 수는 없는 것이다. 쟁점정기적금은 중도해지 손실을 피하기 위해 우선 통장 자체만을 먼저 인계한 것으로 통장만을 우선 인계시 현금 등 자금의 이전이 수반되지 않는 경우로 전용계좌 사용대상에 해당되지 아니하고, 적금 만료시 청구법인은 적금의 원금과 이자를 모두 인출하여 청구법인의 전용계좌로 입금되므로 결과적으로 해당 금액이 전용계좌에 입금되어 사용되는 이상, 시점의 차이만 존재할 뿐 쟁점정기적금은 결국 전용계좌를 통해 사용되는 것과 같으므로 전용계좌 사용의무 위반으로 볼 수 없는 것이다.
(3) 청구법인은 ‘OOO원 이상의 수익용 기본재산을 확보’하도록 규정한 대학설립·운영규정(2005.10.25. 대통령령 제19095호로 개정된 것)과 이에 따른 교육부의 이행권고로 부득이 OOO의 주식을 추가로 취득할 수밖에 없었다고 주장하나, 위 규정에서 대학교를 설치한 학교법인으로 하여금 수익용 기본재산을 OOO원 이상 확보하도록 규정하고 있는바, 여기서 ‘수익용 기본재산’은 학교경영에 필요한 재산 중 수익을 목적으로 하는 재산으로 토지, 건물, 주식, 정기예금 또는 금전신탁 및 국공채 등 다양한 형태가 있음에도 수익용 기본재산을 확충하도록 한 대학설립․운영규정으로 인하여 청구법인이 부득이 OOO 의 주식을 추가로 취득할 수밖에 없었다는 주장은 설득력이 없다.
(4) 청구법인은 1968년 OOO 설립 당시부터 OOO의 지분을 이미 100% 보유하고 있었고, 유상증자를 통하여 주식을 취득하였다고 하더라도 그 지분율이 달라지거나 의결권을 추가로 가지는 것이 아니므로 상증법 제48조 제2항 제2호에 따른 증여세 과세대상이 아니라고 주장하나, 상증법 관련 규정은 공익법인의 주식 취득으로 인하여 지분비율이 5% 미만에서 5% 초과로 변동될 것을 요구하거나 주식취득 전후 지분비율이 변동될 것을 과세요건으로 하지 않고 있고, 상증법이 공익법인의 특정 내국법인 주식 취득지분율을 5%로 제한하는 취지는 공익법인의 분산투자를 유도하여 주식투자 위험도를 낮추어 공익법인의 운영에 바람직한 방향을 제공함과 동시에 우량 중소기업의 육성 등 경제활력을 제공하고자 하는 것이며, 이러한 취지를 고려할 때 청구법인이 유상증자 참여 전에 이미 OOO의 100% 지분을 보유하고 있었다고 하더라도 지분율의 변동 여부와 무관하게 5%를 초과하여 주식을 취득한데 대하여는 증여세가 과세되는 것이다. 또한, 청구법인 주장대로라면 학교법인이 수익사업을 목적으로 한 영리법인에 수익을 이전시키고 그 이익을 이전받은 수익사업체가 다른 특정 법인의 지분을 집중 매수하는 방법으로 학교법인이 특정 법인을 지배할 수도 있는바, 이는 공익법인이 지주회사화 함으로써 경제력이 집중되는 상황을 사전에 방지하고자 하는 상증법 규정의 입법취지에도 부합하지 아니한다.
(5) 청구법인은 공익법인의 주식보유취득을 제한하는 상증법 규정은 공익법인이 의결권 있는 일반법인의 주식을 과다하게 보유하여 기업경영에 관여하고 영향력을 행사하는 폐해를 줄이고자 하는 것인데, OOO은 청구법인이 학교법인의 수익사업을 목적으로 설립한 법인이기 때문에 수익사업목적 법인의 주식을 취득하는 것은 상증법 규정의 입법취지와 무관하여 과세대상이 아니라고 주장하나, 공익법인의 주식보유·취득 기준을 제한하는 규정을 둔 상증법의 입법취지는 우량기업에 대한 공익법인의 분산투자를 유도하는 측면도 있으므로 청구법인이 OOO의 유상증자에 참여하여 OOO원 상당의 OOO 주식을 취득한 것이 위 규정취지에 부합한다고 볼 수 없고, 조세법률주의와 조세법령 엄격해석의 원칙에 비추어 상증법에 없는 추가적인 과세요건을 설정한 후 이에 해당하지 않는다고 하여 과세처분이 위법하다는 청구법인의 주장은 이유 없다. 이와 관련하여 법원에서 출연자가 공익법인에 내국법인의 주식을 출연하여 상증법 제48조 제1항 단서에 따라 증여세를 과세한 데 대하여 ‘당해 공익법인에 대한 주식 출연이 상증법에서 금지하고자 하는 경제력 집중이나 경영권 편법 승계와 무관하므로 과세처분이 위법하다’는 출연자의 주장은 조세법률주의와 조세법령 엄격해석의 원칙에 비추어 허용될 수 없다는 취지로 판결(서울고등법원 2011.8.19. 선고 2010누26003 판결, 같은 뜻임)한바 있다.
(6) 청구법인이 성실공익법인 요건을 충족하였다고 하더라도 상증법 제48조 제2항의 규정에 따라 증여세 부과대상에 해당한다. 상증법 제48조 제1항에서 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연 받은 경우로서 출연 받은 주식 등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다고 규정하여 성실공익법인의 경우라도 100분의 10으로 비율만 다를 뿐 증여세 부과대상에 해당하며(상증법 제48조 제2항 제2호의 규정에서도 비율만 다를 뿐 증여세 부과대상임), “공익법인 등이 상증법 제48조 제2항 제2호 단서의 요건을 충족하지 아니하고 주식을 취득하는 경우로서 해당 공익법인 등이 1993.12.31. 현재 A법인의 의결권 있는 주식을 100% 보유하던 중 A법인의 유상증자를 통하여 새로이 A법인의 주식을 취득하는 경우 해당 주식을 취득하는데 사용한 재산의 가액에 대하여 같은 법 제48조 제2항에 따라 증여세를 과세하는 것으로 성실공익법인이 증여세 부과대상에서 제외된다는 규정은 없다.
(7) 상증법 제50조의2 제1항은 ‘공익법인이 직접 공익목적사업과 관련하여 받거나 지급하는 수입과 지출의 경우로서, 인건비를 지급하는 경우와 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업회계에 전입하는 경우 공익목적사업용 전용계좌를 사용하도록 규정하고 있다. 한편,사립학교법상 학교법인의 회계는 ‘학교에 속하는 회계’와 ‘법인의 업무에 속하는 회계’로 구분되고, ‘학교에 속하는 회계’는 교비회계와 부속병원회계로 구분되며, 교비회계는 등록금회계와 비등록금회계로 구분된다. 그리고, 사립학교법 시행령제13조는 교비회계의 세입이 되는 수입과 세출이 되는 경비를 정하고 있는데, 교원의 인건비와 같이 ‘학교운영에 필요한 인건비’는 교비회계의 세출에 해당하는 것으로 규정하고, ‘다른 회계로부터 교비회계로 전입되는 전입금’은 교비회계의 세입으로 규정하고 있다. 따라서, 학교법인의 부속병원은 학교법인이 설치한 기관으로 부속병원의 임상교원은 학교법인의 교원에 해당하는바, 청구법인이 교비회계의 세출에 해당하는 부속병원 임상교원의 인건비를 지급하는 경우 교비회계의 전용계좌를 사용하여야 함에도 부속병원의 부속병원회계에서 교비회계로 전입되어 각 임상교원에게 지급된 것이 아니라 부속병원회계에서 임상교원 각 개인의 계좌로 직접 지급됨에 따라 학교법인이 인건비를 지급하는 경우 전용계좌를 사용하도록 한 상증법 제50조의2 제1항 제3호의 규정에 위반된다. 그리고, 청구법인은 교원보수규정에 따라 의과대학 교수의 급여는 부속병원의 재원으로 지급하도록 되어 있으므로 부속병원에서 임상교원에게 인건비를 직접 지급하였다고 하더라도 전용계좌 사용의무를 위반하였다고 볼 수 없다고 주장하나, 위 보수규정은 임상교원 인건비의 ‘재원’에 관하여 규정한 것일 뿐이고, 임상교원의 인건비 지급절차는 사립학교법 시행령과 상증법 제50조의2 제1항 제3호에 따라 부속병원의 수입을 교비회계로 전입하여 교비회계에서 지급되어야 한다. 청구법인은 회계처리만 ‘부속병원에서 청구법인으로 수입금액을 전출하고 청구법인이 임상교원에게 인건비를 지급한 것’으로 처리하였을 뿐 실제 금융거래는 부속병원에서 직접 지급하여 전용계좌를 사용하지 아니한 것이다.
(8) 청구법인의 부속병원이 병원수입의 일부를 정기적금한 금액을 청구법인의 전용계좌로 전입하지 않고 부속병원으로부터 정기적금 통장 자체를 인계받았는바, 이는 수익사업용 운용소득을 고유목적사업 회계에 전입하는 경우 전용계좌를 사용하도록 한 상증법 제50조의2 제1항 제5호를 위배한 것이다. 청구법인은 부속병원에서 청구법인에게 정기적금 통장을 인계한 시점에는 현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우로 볼 수 없고, 쟁점정기적금 계약기간이 만료하여 청구법인이 원금과 이자를 수취하여 청구법인의 전용계좌에 입금하였다면 전용계좌를 사용한 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 부속병원에서 청구법인에게 정기적금 통장을 인계한 것은 당해 정기적금 채권의 처분권을 이전한 것으로 자금의 이전을 수반하는 것이어서 이 시점에 청구법인의 전용계좌로 전입이 되어야 하는 것이다. 따라서, 청구법인은 쟁점정기적금과 쟁점인건비 모두 금융흐름과 회계흐름이 일치되도록 할 수 있었고, 그렇게 하여야 함에도 전용계좌를 사용하지 아니하여 그 거래사실을 금융조사 등 세부 조사확인을 통하여야 알 수 있었으므로 전용계좌 사용의무를 이행하지 아니한 데 대하여 가산세를 부과한 것은 정당하다.
① 공익법인이 100% 출자한 내국법인의 유상증자에 참여한 금액을 증여세 과세대상으로 볼 수 있는지 여부
② 쟁점인건비 및 쟁점정기적금 전입액을 전용계좌 미사용으로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부
(1) 청구법인이 제출한 심리자료를 보면, OOO의 출자 및 매출현황은 다음과 같다. (가) 청구법인은 사립학교(OOO)를 설치, 운영할 목적으로 설립된 공익법인으로 1968년 OOO을 100% 출자하여 설립한 이후 13회의 유상증자를 실시하였는데 1984년까지 OOO원이던 자본금이 청구법인의 전액(2008년 10월 OOO) 증자로 인하여 총 OOO원이 되었고, 자본금 변동현황은 다음 <표1>과 같으며, 처분청은 공익법인이 보유기준을 초과하여 보유하는 경우 적용하는 가산세를 부과하지 아니한 사실이 조사보고서 등에 나타난다. OOO (나) 청구법인의 수익용 기본재산은 대학설립·운영규정(제7조 제1항)에서 일정 금액 이상을 확보하도록 규정하고 있고, 동 규정이 2005.10.25. “대학의 경우 수익용 기본재산을 OOO원 이상 확보하여야 한다”라고 개정되었는데 즉시 이행하지 못하다가 교육부의 감사지적에 따라 2008년 10월 OOO원 및 2008년 11월 OOO원을 각각 증액하여 자본금을 OOO원으로 확충하여 수익용 기본재산을 법령상의 기준금액 이상이 되도록 하였으며, 감사원이 2011.8.8.～2011.8.31. 기간 동안 청구법인의 “대학 등록금 책정 및 재정운용 실태”에 대한 감사를 실시하여 수익용 기본재산 확충 을 위해 수익사업체의 수익증대와 재산증가를 위해 좀 더 많은 투자와 관리․감독을 해 나갈 것을 권고함에 따라 청구법인은 2012.10.17. OOO의 자본금 OOO원을 증액(유상증자)하였다. (다) OOO 의 매출･매입내역은 다음 <표2>와 같고, 매출액의 97% 이상이 특수관계자와 거래하고 있는 사실이 나타난다. OOO (라) OOO의 운영수익을 기부금 형식으로 청구법인에 전입한 내역은 다음 <표3>과 같다. OOO
(2) 청구법인의 전용계좌 미사용과 관련한 처분청의 과세근거는 다음과 같다. (가) 청구법인의 고유목적사업용 전용계좌 미사용에 따른 증여세(가산세) 부과근거 및 내역은 다음 <표4>와 같다. OOO (나) 청구법인의 쟁점인건비에 대한 회계처리 및 지급방법은 다음과 같다. 1) ｢사립학교법｣ 제29조 에서 학교법인의 회계는 ① 학교에 속하는 회계와 ② 법인의 업무에 속하는 회계로, ① 학교에 속하는 회계는 ⅰ)교비회계와 ⅱ) 부속병원 회계로, ⅰ) 교비회계는 등록금 회계와 비등록금 회계로 구분하고, 학교가 받은 (일반)기부금 및 수업료 기타납부금은 교비회계의 수입으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제13조에서는 부속병원 회계의 세출은 교비회계 또는 일반업무 회계로의 전출금을 포함하며, 의료기관 회계기준 규칙에 따르면, 대학병원의 경우 임상교원의 급여를 교비회계에서 지급시에도 그 부담이 부속병원회계와 관련되는 경우 부속병원회계에서 지출하는 것으로 계상하도록 되어 있다.
2. 청구법인의 부속병원 임상교원의 보수는 의대생 교육에 따른 교수로서의 보수와 부속병원에서 환자진료에 따른 보수를 합하여 부속병원의 부담으로 일괄 지급하였고,법인세법제133조의 규정에 따라 대학교수로서의 보수부분은 교비회계로서 대학에서 원천징수하고 부속병원에서 받는 진료에 따른 보수부분은 부속병원회계에서 원천징수 이행상황신고서를 작성하고 있으며, 쟁점인건비에 대하여 구분경리에 따라 정상적으로 회계처리한 것으로 나타난다.
3. 청구법인은 대학경영의 등록금 의존율을 낮추고 법인의 설립목적사업을 원활히 수행하기 위해 교육부에서 의과대학 교수의 보수에 대한 재원을 부속병원 회계에서 전액 부담하도록 한 행정지도에 따라 임상교원의 보수를 사립학교법 시행령제13조 및 교육부 지침, 청구법인의 교원보수규정에 의하여 전액을 청구법인의 부속병원에서 자금을 부담하여 부속병원의 수익금이 교비회계로 유입되도록 한 것으로 나타난다. (다) 부속병원에서 쟁점정기적금을 청구법인에 다음 <표5>와 같이 전입하였고, 다른 정기적금도 같은 방법으로 청구법인의 전용계좌에 입금되어 고유목적사업에 사용된 것으로 나타난다. OOO
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 1968년 OOO 설립시부터 OOO의 주식 100%를 보유하고 있었고, 출연받은 재산과 그 운용소득으로 ① 2008.10.21. ② 2008.11.11. 및 ③ 2012.10.17. 이루어진 OOO의 유상증자에 참여하여 OOO원 상당의 OOO 주식을 취득하였는바, 이는 출연재산으로 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5%를 초과하는 주식을 취득하는 경우 그 초과부분을 취득하는 데 사용한 재산의 가액에 대하여 증여세를 과세하도록 규정한 상증법 제48조 제2항 제2호의 요건에 그대로 부합한다는 의견이나, 1996년 신설된 상증법 제48조 제2항 제2호에서는 공익법인이 타회사 주식을 취득하여 5%를 초과 보유하게 되는 경우 증여세를 부과하도록 규정하고 있는데, 동 규정에 따른 주식의 5% 초과가액의 계산에 관한 상증법 시행령 제37조의 부칙에서는 해당 계산규정을 시행일(1997.1.1.)이후 최초로 취득하는 분부터 적용하도록 하고, 5% 초과 여부의 판정에 있어서는 시행일 이전부터 보유하던 주식을 포함하여 계산하는 것으로 하고 있다(상증법 시행령 부칙 제15193호, 1996.12.31. 제3조). 이때 상증법 제48조 제2항에 따른 증여세 과세가액의 계산에 관한 상증법 시행령 제40조 제1항 제2호에서는 주식의 추가취득으로 인하여 지분율이 5%를 초과하게 되는 경우 증여세 과세가액을 ‘지분율 5% 초과부분을 취득하는데 사용된 재산의 가액’으로 규정하고 있고, 지분율 5% 초과여부 판정시 의결권주식만을 대상으로 하도록 규정하고 있는데, 청구법인과 같이 이미 지분의 100%의 보유가 허용된 경우에는 유상증자를 통해 주식의 추가취득으로 주식수량이 증가되더라도 취득 전이나 취득 후 지분율 100%에는 아무런 변동이 없고, 의결권이 추가로 발생된 것도 아니므로 교육부 및 감사원의 지적에 따라 유상증자에 의한 주식의 추가취득이 있었다고 하더라도 “지분율 5% 초과부분의 취득’에 해당하지 아니한 이 건의 경우 증여세 과세가액의 산정대상에 해당되지 아니한다 할 것이다. 또한, 상증법 제48조 제2항 제2호 단서의 요건을 모두 충족하는 경우 공익법인의 주식초과 취득에 따른 증여세 과세대상에서 제외되는 것으로 규정하고 있는바, 기획재정부가 발간한 ‘2000년 간추린 개정세법’에서 동 규정의 취지를 공익법인의 주식보유한도를 일률적으로 적용함으로 인하여 공익사업을 위한 안정적 재원조달을 위하여 주식을 보유하는 경우까지 주식보유가 제한되는 애로점을 해소하기 위한 것임을 밝히고 있고, 공익법인의 출연자(특수관계인 포함)가 공익법인의 주식을 보유한 내국법인의 주주가 아닌 경우 출연자가 공익법인을 통하여 간접 지배할 우려가 없으므로 특수관계가 없다고 보아 주식보유한도의 예외를 인정하고 있는 점, 청구법인은 공익법인의 주식보유제한 규정의 도입 이전부터 OOO의 지분을 100% 보유하였으며, 2008년 이전까지 계속 성실공익법인 요건을 충족함에 따라 상증법 제49조 제1항 단서규정에 해당하여 이미 타회사 지분의 100% 보유가 허용되었고 처분청도 보유기준을 초과하여 주식을 보유하는 경우 부과되는 가산세를 적용하지 아니한 점, 청구법인은 상호출자제한기업집단과는 아무런 관련이 없는 점, 청구법인은 공익법인으로서 수익용 기본재산의 취득시 교육부장관의 승인을 받은 점, 청구법인의 주식취득은 이미 타회사 지분의 100% 보유가 허용된 상황에서 지분율의 변동이 발생되지 아니하는 증자로 추가적인 의결권의 취득과는 관련이 없는 점 등에 비추어 상증법 제48조 제2항 제2호 단서의 요건을 충족하고 같은 법 제48조 및 제49조에 따른 공익법인의 주식취득․제한규정의 취지에도 부합한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 동화산업에 대한 유상증자 참여금액(OOO원)을 상증법 제48조 제2항 제2호에 따른 증여세 과세대상으로 보아 청구법인에게 증여세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 쟁점인건비는 학교법인인 청구법인의 등록금 의존율을 낮추기 위한 정부 방침에 따라 사립학교법령 및 교육부 지침 등에 근거하여 전액을 부속병원에서 직접 지급하고, 단지 법인세법상 구분경리 규정에 따라 대학교수로서의 보수부분에 대한 회계처리를 교비회계로 처리하여 전용계좌 사용대상으로 보기 어려운 점, 청구법인이 부속병원으로부터 중도해지 하지 아니한 쟁점정기적금의 통장을 인계받은 후 만기 이후 이자가 포함된 인출금액 전액을 청구법인이 개설․사용하는 전용계좌에 입금한 것은 정기적금의 만기 전 해약에 따른 손실을 피하기 위한 것으로 시점의 차이만 있을 뿐 전용계좌에 입금․사용한 점, 사회통념상 또는 경제적 합리성 측면에서 의무의 이행을 기대하기 어려워 정당한 사유가 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점인건비 및 쟁점정기적금에 대해 전용계좌 사용의무를 위반한 것으로 보아 관련 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리 결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.