청구법인이 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 의 중소기업 유예기간 적용대상에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2010.2.2. 휴대폰부품(SMT) 판매업, 샘플개발 및 휴대폰 국내형 모델 부품제조업 등으로 설립된 법인으로, 2010․2011사업연도에 ｢조세특례제한법｣상 중소기업에 해당하는 것으로 법인세를 신고․납부하였다가, 2012사업연도 매출액이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 단서 규정에 따른 규모기준(이하 “상한기준”이라 한다) 중 매출액 기준(OOO원 이하)을 초과하여 2012․2013사업연도에 중소기업 적용을 배제하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 중소기업의 상한기준을 초과하는 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도(이하 “유예기간”이라 한다)까지는 중소기업으로 보도록 되어 있는데도 중소기업 적용을 배제하여 법인세를 신고한 것으로 보아 2012․2013사업연도 법인세 합계 OOO을 환급하여 달라는 취지로 2014.6.25. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2014.8.20. 청구법인이 중소기업 유예기간 적용대상에 해당하지 아니한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.11.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 ｢조세특례제한법｣ 제2조 제2항 제4호 에 중소기업 유예기간 적용이 배제되는 중소기업기준을 초과하는 경우에 있어서 “중소기업기준”이란 같은 법 제2조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 “업종별 규모기준”이라 한다)을 의미하는 것으로 청구법인은 2012․2013사업연도 중 상시 근로자 수가 200명 미만으로 위 업종별 규모기준 이내로 유지되었고, 다만 2012사업연도 매출액이 상한기준을 초과하였으나 동 상한기준은 위 유예기간 적용배제 대상을 규정하고 있는 중소기업기준에 해당되지 아니하여 청구법인은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 에서 규정하고 있는 유예기간 적용대상인데도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보도록 되어 있으나(이하 “유예기간”이라 한다), ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 제4호 에서 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우에는 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없도록 규정되어 있는바, 여기서 “중소기업기준”이란 법 취지상 업종별 기준과 상한기준을 모두 의미하는 것으로 청구법인의 창업일인 2010.2.2.이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내인 2012사업연도 매출액이 OOO원으로 상한기준인 OOO원을 초과하였으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 제4호 의 중소기업 유예기간 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 시행령 (1) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

① 조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 도시가스사업법 제2조 제4호 에 따른 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

중소기업기본법 시행령별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "평균매출액 등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매출액이 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동 항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 (2) 중소기업기본법 시행령 〔별표 1〕 해당 업종 분류기호 규모기준 농업, 임업 및 어업 A 상시 근로자 수 200명 미만 또는 매출액 200억원 이하 전기. 가스, 증기 및 수도사업 D 도매 및 소매업 G 숙박 및 음식점업 I 금융 및 보험업 K 예술, 스포츠 및 여가관련 서비스업 R 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2012년 매출액이 OOO원을 초과하여 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 단서에 따른 상한기준을 초과하였으나, 2012․2013사업연도 중 업종별 규모기준은 충족하였다는 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼은 없다. 구 분 ｢중소기업기본법 시행령｣ 제3조 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제3조 적용업종 모든 업종 열거된 업종 업종별 규모기준 ｢중소기업기본법 시행령｣ [별표 1]의 업종별 규모기준에 따른 상시 근로자 수 또는 자본금(매출액) ｢중소기업기본법 시행령｣ [별표 1]의 업종별 규모기준에 따른 상시 근로자 수․자본금 또는 매출액 상한기준 ․상시 근로자 수 1,000명 ․자기자본 1,000억원 ․3년 평균 매출액 1,500억원 ․자산총액 5,000억원 ․상시 근로자 수 1,000명 ․자기자본 1,000억원 ․매출액 1,000억원 ․자산총액 5,000억원

(2) 2012․2013사업연도에 적용되는 ｢조세특례제한법｣과 ｢중소기업기본법｣상 중소기업의 범위와 관련된 주요 내용은 다음과 같다.

(3) 중소기업의 범위의 규모기준 중 상한기준은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 단서에서 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 OOO원 이상, 매출액이 OOO원 이상 또는 자산총액이 OOO원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 업종별 기준은 같은 법 시행령 제2조 제1항 제1호에서 상시 사용하는 종업원수․자본금 또는 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 1의 규정에 의한 규모기준 이내일 것으로 규정하고 있으며, 동 별표 1에서 도매 및 소매업(분류기호 G)은 상시 근로자 수 200명 미만 또는 매출액 OOO원 이하로 규정하고 있다. 한편, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 에서 위 중소기업의 규모기준을 적용함에 있어서 중소기업이 규모의 확대 등으로 상한기준이나 업종별 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 유예기간 동안에는 이를 중소기업으로 보도록 규정하면서 단서에서 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제2항 제1호 내지 제4호 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하도록 되어 있는바, 제4호에서 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제1항 제1호에서 중소기업기준은 업종별 기준으로 정의하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제1호 에서 중소기업기준으로 업종별 기준을 정의하고 있으므로 유예기간 적용배제 기준을 정하고 있는 같은 법 시행령 제2조 제2항 제4호에서 중소기업기준도 업종별 기준만을 의미한다고 주장하나, 동 규정에서 창업 초기에 중 소기업 규모기준을 초과하는 경우는 당초부터 중소기업 특성에 맞지 않아 세제혜택 등을 부여할 유인이 적으므로 중소기업 유예기간 적용을 배제하고 있는 것이고, ｢조세특례제한법｣상 중 소기업의 규모기준은 업종별 기준과 상한기준을 두고 있는바, 중소기업 유예기간 적용을 배제함 에 있어 위 2개 기준을 달리 적용하여야 할 사유가 없어 보이므로 ｢ 조세특례제한법 시행령｣ 제2조 제1항 제1호에서 중소기업기준은 업종별 기준과 상한기준 모두를 의미하는 것으로 해석하여야 할 것이어서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.