청구법인이 실제보다 매출액을 과소 신고한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

OOO이 2015.8.17. 청구법인에게 한 OOO원은 청구법인이 제출한 장부, 금융 거래자료 등을 통해 2010년 제1기 과세기간 중 OOO㈜ 외 3개 매출처에 대하여 합계 OOO원을 매출누락 하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액, 소득금액 변동통지 금액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1989.11.1. 개업하여 OOO에서 소프트웨어 개발․공급 등을 영위하는 법인이다.
• 나. OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 2014.7.31.～2015.8.27. 기간 동안 청구법인에 대해 법인제세통합조사를 실시하면서 매입‧매출처별 세금계산서합계표 불부합자료에 대하여 청구법인과 거래상대방으로부터 소명자료를 제출받아 검토한 결과, 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중 청구법인이 OOO㈜에 대한 매출액 OOO원, OOO㈜에 대한 매출액 OOO원, OOO ㈜에 대한 매출액 OOO원, ㈜OOO에 대한 매출액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 매출누락한 것으로 보아 쟁점금액을 법인소득금액 계산상 익금산입하고, OOO원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2015.8.17. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하고, 부가가치세 상당액을 포함한 OOO원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 내부 회계프로그램인 OOO에 의하여 인보이스 발행, 매출 인식, 매출 채권 등을 전산화하여 관리하고 있고, 세금계산서의 발행시점과 회계상 수익의 인식시점이 다르기 때문에 그 관리에 이원화된 시스템을 사용하고 있는바, 쟁점금액이 발생한 것은 수익인식 시점의 차이에 기인하고, 2010사업연도 법인세 결산서상 수입금액과 전산파일의 총 거래 누계액이 일치하는 것으로 미루어 OOO상 모든 거래가 법인세 신고에 포함된 것으로 보는 것이 타당하므로 쟁점금액이 매출 누락된 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 매출누락이 없었던 것으로 주장하며 그 증빙으로 내부전산자료, 청구서 등을 제출하였으나, OOO 자료는 당초 조사당시 제출한 자료와 거래일자가 상이한 자료로 OOO의 특성상 오류가 있다는 점이 분명하므로 이를 신뢰할 수 없고, 기표된 내용의 경우 청구법인의 매출신고 금액과 거래상대방의 매입신고 금액이 일치해야 함에도 여전히 신고불일치 금액이 존재하고 있어 매출누락이 없었음을 뒷받침하는 근거자료로 볼 수 없으므로 2010사업연도에 쟁점 금액을 매출누락한 것으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 세금계산서 및 계산서 합계표 불부합자료에 의하여 청구법인이 실제 보다 매출액을 과소 신고한 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제14조 [각 사업연도의 소득] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제15조 [익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. 제60조 [과세표준등의 신고] ② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다.

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서)

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다) 제67조 [소득처분] 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제106조 [소득처분] ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 관련 세금계산서 및 계산서 합계표 불부합내역은 아래 <표1>과 같다.

(2) 조사청은 위 <표1>의 매입․매출 세금계산서 등 불부합 자료를 처리하는 과정에서 청구법인의 매출에 대하여 수입 금액 신고누락으로 아래 <표2>와 같이 OOO원을 익금산입하여 법인세를 경정하고, 청구법인이 OOO㈜에 대한 매출액을 2011년도 귀속분 으로 잘못 신고한 것으로 보아 소득처분 금액 에서 제외OOO하여 아래 <표3>과 같이 소득금액변동통지를 하였다.

(3) 청구법인 주장 및 처분청 의견은 다음과 같다. (가) 거래① 관련: OOO㈜

1. 청구법인 주장: 처분청은 2010년 귀속분 OOO원을 2011년에 신고한 것으로 보아 2010년 유보처분(익금산입)하고, 2011년 (-)유보처분(손금산입)한바, 해당 금액이 매출누락된 것이 아니고 단지 손익 귀속시기가 다르다는 점을 인정하였다. OOO에 의하면, 해당 금액은 OOO원으로 계상된 후, 매월 선수수익을 매출액으로 대체 하는 회계처리가 이루어졌고, 아래 <표4>와 같이 총 OOO원을 2011사업연도(2010.6.1.～2011.5.31.) 매출액으로 계상하였다. 2) 처분청 의견: 청구법인의 회계장부 원장출력본, 청구서, 손익계산서는 조사 당시 제출한 소명자료(거래시기: 2010.4.13.～2010.6.9.)와 거래일자가 상이하므로 신뢰성이 없다. (나) 거래② 관련: OOO㈜

1. 청구법인 주장: 해당 거래는 당초 OOO㈜에 대한 매출액으로 계상된 OOO이 1개월 후인 2010년 6월에 감액 조정된 것으로 내부 회계시스템상 계정과목 코드 OOO, OOO원이 매출액 차감으로 회계처리되었다.

2. 처분청 의견: 조사 당시 청구법인은 OOO㈜와의 해당 거래가 매출액 차감으로 처리된 사실을 확인할 수 있는 증빙을 제시하지 못하였고, 이후 심판청구시 제출한 회계장부 원장출력본 등은 조사 당시 청구법인이 제출한 자료OOO와 거래일, 거래금액이 상이하므로 신뢰성이 없다. (다) 거래③ 관련: ㈜OOO

1. 청구법인 주장: 청구법 인은 OOO상 매출액을 적정하게 인식하고 있고 법인세 신고시 이를 포함하였다.

2. 처분청 의견: 처분청은 해당 거래와 관련된 객관적인 증빙이 없으 므로 거래상대방인 ㈜OOO가 제출한 세금계산서 및 대금지급 내역 등을 근거로 청구법인이 매출을 과소하게 신고한 것으로 판단하였다. (라) 거래④ 관련: OOO㈜

1. 청구법인 주장: 처분청은 2010년 귀속분 OOO원 을 매출누락한 것으로 주장하나, 계산서 매입매출 불부합 자료의 대부분은 청구 법인이 OOO㈜에 대한 매출을 인식할 때에 아래 <표7>과 같이 2개의 금액으로 나누어서 인식한 것에 기인하고, 해당 거래는 청구법인 의 2010～2011사업연도 매출액OOO에 포함되어 있다.

2. 처분청 의견: 청구법인이 제출한 회계장부 원장출력본, 거래명세표 등은 조사 당시 청구법인의 소명자료(거래시기: 2010.3.10.～2010.11.10.)와 거래일자 및 금액이 상이하고, 거래일자 오류 등이 반복되어 신뢰성이 없다. 처분청은 2010․2011사업연도 계속 거래처인 OOO㈜가 제출한 계산서, 거래내역, 수금내역 등을 근거로 청구법인이 2010.3.2.부터 2010.5.28.까지의 거래금액 7건, OOO원을 2010사업연도의 매출로 신고하지 않은 것으로 판단하였다.

(4) 청구법인의 대리인은 OOO 조세심판관회의에 출석하여, 청구 법인이 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 중 매출처에 세금계산서 발행후 수입을 매월 나누어서 인식함에 따라 매입․매출 세금계산서 합계표상의 불일치가 발생[예를 들어 OOO㈜의 경우 처분청은 달력을 기준으로 세금계산서 발행일이 2010.6.1.인 거래를 2010사업연도 매출누락으로 보았으나, 해당 거래는 세금계산서 기준으로 2010년 제1기 거래라고 할지라도 법인세 목적상으로는 2011사업 연도(2010.6.1.～2011.5.31.) 거래에 해당함]한 점, 관련 회계업무 및 세무 조정이 국내가 아닌 OOO 등 해외에서 이루어지고 있어 세무조사 당시에는 입증자료를 제시하지 못한 점 등을 진술하였다. 한편, 조세심판관회의에 출석한 처분청 담당자는 조사 당시 세금계산서 및 계산서 합계표 불부합자료에 대하여 청구법인에게 수차례 소명 요구를 하였으나 청구법인이 소명하지 못하였고, 조사청은 국세청 전산자료와 매입처 제출자료가 일치함에 따라 매출누락으로 과세하였으며, 심판청구시 제출된 이 건 내부 회계처리 자료는 청구법인의 2010사업연도에 거래된 수십만 건의 자료 중 특정 부분으로 그 정확성 을 신뢰할 수 없고 설령, 이 건 내부 회계처리 자료가 맞더라도 수입 금액의 귀속시기에 대해서는 추가적인 확인이 필요하다는 취지로 진술 하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 매출누락이 없었던 것으로 주장할 뿐, 세금계산서 등 객관적인 증빙이 없고, 청구법인이 제출한 내부 전산자료 등은 조사 당시 제출된 자료와 거래일자 및 금액이 상이하므로 이를 신뢰할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 내부 회계프로 그램에 의하여 청구서 발행, 매출 인식, 매출채권을 전산화하여 관리 하고 있고, 세금계산서 및 계산서의 발행시점과 회계상 수익의 인식시점이 다 른 것으로 주장하며 회계장부 원장출력본, 청구서, 금융거래내역 등을 제출한 점, 처분청도 OOO㈜와의 거래 에 대해서는 수입금액의 귀속시기를 달리 할 뿐, 매출누락이 없었던 것으로 보아 소득처분금액에서 제외한 점, 청구 법인이 제출한 OOO㈜에 대한 청구서, 수금내역 등에 의하면 위 수입금액 귀속시기를 2011사업연도로 볼 개연성이 있는 점, 처분청도 수입금액의 귀속시기에 대해서는 추가적인 확인이 필요한 것으로 인정한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점금액을 매출 누락하였는지 여부 및 수입금액의 귀속시기 등을 재조사 하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액, 소득금액 변동통지 금액을 경정 함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.