청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1983.12.27. OOO 대지 OOO㎡를 취득하고, 1992.12.31. 그 지상에 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 신축ㆍ취득하였다가, 2002.5.15. 종전주택을 철거하고 그 지상에 다세대주택(OOO, 이하 “신축주택”이라 한다)을 신축ㆍ취득하였고, 2006.4.21. 신축주택을 양도한 후, 2006.6.30. 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택 양도소득 과세특례를 적용(양도소득세 OOO원 감면)하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 양도소득세 감면대상이고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2012.4.19. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 2015.2.6. 신축주택 양도소득 과세특례 적용시 신축주택 취득일부터 5년 이내 양도의 경우 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면대상이라는 취지의 최근 대법원 판례(대법원 2014.12.11. 선고 2013두12690 판결)를 이유로 2006년 귀속 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.3.5. 경정청구기한 경과 및 부과제척기간 도과를 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.5.28. 이의신청을 거쳐 2015.9.21. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세기본법 제45조의2 제2항 에 따르면, 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등 이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 경정을 청구할 수 있고, 경정청구를 하는 자가 제기한 ‘소송’이어야 한다는 별도 규정은 없는바, 동 규정의 취지가 소송과 같은 후발적 사유가 발생한 때에 납세의무자의 권리구제를 위한 것이고, 청구인이 이미 이의신청 및 심판청구를 통하여 적극적으로 권리구제를 받기 위해 노력하여 왔던 점을 비추어보면, 청구인이 제기하지 아니한 ‘소송’이라는 이유로 경정청구를 거부한 것은 부당하다. 같은 취지에서 국세기본법 제26조의2 제2항 의 국세부과의 제척기간을 해석한다면 최근 대법원 판결에 따라 그 판결일부터 1년 이 지나기 전까지는 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. 그렇다면, 처분청이 조세특례제한법 제99조의3 에 대한 자의적 해석이 부당하다는 최근 대법원 판결에 따르지 아니하고 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제45조의2 제2항 에 규정된 후발적 경정청구의 사유로서의 ‘소송에 대한 판결’은 동 소송과 관련된 과체처분에 관한 것을 의미하는 것이므로 소송의 당사자가 아닌 자에 대하여 이를 적용할 수 없고, 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구기간도 이미 경과하였다. 같은 취지에서 국세기본법 제26조의2 제2항 에 따른 국세부과체척기간도 도과하였으므로 처분청은 어떠한 경정도 할 수 없다. 따라서, 처분청의 이 건 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 국세기본법 제45조의2 제2항 에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니한다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 청구이유서, 양도소득세 과세표준 신고서, 처분청이 제출한 양도소득세 경정청구 검토서 및 처리결과 보고서 등의 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 198312.27. 이 건 토지(대지 OOO㎡)를 취득하였고, 1992.12.31. 그 지상에 종전주택을 신축ㆍ취득(사용승인)하였으며, 2002.4.17. 신축주택을 신축ㆍ취득(사용승인)하였다. (나) 청구인은 2006.4.21. 신축주택을 양도하고, 2006.6.30. 양도소득세 예정신고(양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원, 과세표준 OOO원, 산출세액 OOO원, 신축주택 감면세액 OOO원 및 자진납부세액 OOO)를 하였다. (다) 처분청은 2012.4.19. 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 신축주택 양 도소득세 과세특례 적용시 신축주택 보유기간에 대한 양도소득금액만 이 감면대상이라고 보아, 감면세액 OOO원 중 OOO원을 감액하고, 가산세 OOO원을 포함하여 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. (라) 청구인은 이에 불복하여 2012.7.16 이의신청을 거쳐 2012.11.7. 심판청구를 제기하였으나 모두 기각 결정되었고, 청구인은 행정소송을 제기하지 아니하였다. (마) 최근 대법원은 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항 본문(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)의 해석과 관련하여, “이 사건 특례조항의 문언과 체계, 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례조항은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다. 따라서 이 사건 특례조항 전단의 감면대상인 ‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다"라는 취지로 판결(대법원 2014.12.11. 선고 2013두12690 판결)을 하였는데, 동 판결의 원고는 청구인이 아니라 “OOO”이다. (바) 청구인은 2015.2.6. 최근 대법원 판결에 따라 양도소득세를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 경정청구에 대하여 과세관청의 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 세액에 대하여는 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 경정을 청구하여야 하나 청구인은 납세고지서 수령일로부터 90일이 경과한 후 경정을 청구하였고, 청구의 대상이 된 국세의 부과제척기간(5년)도 만료되어 어떠한 경정도 할 수 없다는 이유로 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 최근 대법원 판결 등을 고려할 때 청구인의 경정청구가 정당하다고 주장하나, 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 ‘과세표준신고 서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자’라 함은 동 판결서상 소송당사자에 국한되는 것으로 해석함이 타당하다 할 것(대법원 2013.5.9. 선고 2012두28001 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인은 청구인이 근거로 제시하는 최근 대법원 판결의 소송당사자에 해당하지 아니하므로, 결국 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.