쟁점매입세액이 토지 관련 매입세액으로 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO 주식회사와 OOO 소유의 OOO외 2필지 임야(이하 “쟁점토지”라 한다)에 주택부지 조성공사 등을 실시하는 계약을 체결하고, OOO 주식회사에게 1차분 공사대금 OOO원(부가가치세 OOO원 포함)을 지급하였으며, OOO원을 환급세액으로 하여 2014년 제2기 부가가치세 확정신고 및 영세율 등 조기환급신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 환급을 위한 현지확인을 실시하여 청구법인이 2014년 제2기 부가가치세 확정신고시 환급세액으로 신고한 OOO원 중 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 토지 관련 매입세액으로 공제대상에 해당하지 아니하고, 청구법인이 초과환급신고에 따른 가산세 OOO원의 부과대상으로 보아 OOO 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급세액으로 경정․통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점토지의 소유자인 OOO와 쟁점토지의 토목공사, 주택공사 및 분양대행 등에 대한 전속계약을 체결하였고, 청구법인은 쟁점토지에 고급주택의 시공 및 분양을 대행하였으며, 청구법인은 OOO 주식회사와 쟁점토지의 기초토목공사의 계약을 체결하여 1차 기성공사비 OOO원을 지급하였고, OOO 주식회사로부터 세금계산서를 받아 2014년 제2기 부가가치세 확정신고시 이와 관련된 매입세액의 환급을 신청하였다. 처분청은 쟁점토지의 소유자인 OOO가 자신의 부동산을 개발하기 위하여 청구법인에게 용역을 의뢰한 것이 아니라 OOO는 쟁점토지를 출자하고, 청구법인은 부동산 개발 및 사후관리 업무 일체 등의 용역을 제공하는 공동사업의 성격을 가지고 있다는 의견이나, 전속사업계약서상 공동사업을 하겠다는 내용은 없고, 전속계약서 제8조의 내용으로 보아도 토지를 출자하였다면 이러한 특약사항을 명시할 필요가 없으며, 건축주 명의와 쟁점토지에 건축된 건축물의 등기도 토지의 소유자인 OOO 명의로 등기하였고, 청구법인과 OOO는 용역비에 대한 정산을 진행 중에 있으므로 처분청이 이를 용역과 자본을 출자한 공동사업으로 보는 것은 타당하지 아니하다. 토지소유주가 아닌 제3자의 토지 관련 공사비와 관련되는 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아닌 자기 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급으로 보아 매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점토지의 소유자가 아닌 청구법인의 사업과 관련된 매입세액인 쟁점매입세액을 공제되지 아니하는 매입세액으로 경정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 소유자인 OOO와 실질적으로 공동사업을 영위하고 있으므로 청구법인이 쟁점토지에 대한 기초토목공사를 시행한 OOO 주식회사에게 지급한 기초토목공사비에 대한 부가가치세를 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제하였던 것인바, 청구법인과 OOO 사이에 체결된 부동산 지주공동개발 및 시행 전속계약서 제2조에 의하면, 토지대를 추후 공사원가 및 개발 제반비용에 따라 상호 협의하에 조정 가능하고, 현금 및 건축물로 지급할 수 있다고 되어 있음에 따라 청구법인과 OOO는 각각 용역과 토지를 출자하여 수익의 재분배를 목적으로 한 공동사업을 영위하고 있는 것으로 볼 수 있는 점, 공동사업의 경우 청구법인과 쟁점토지의 소유자간 쟁점토지에 대한 임대차계약 상태에 있지 아니하여 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출액에 해당하는 쟁점매입세액은 부동산 개발의 공동사업상 지출된 토지 관련 매입세액으로서 매출세액에서 차감하지 아니한 매입세액으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 토지 관련 매입세액으로 보아 공제대상에 해당하지 아니한 것으로 본 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세액이 토지 관련 매입세액으로 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제80조[토지에 관련된 매입세액] 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 OOO 처분청에 제출한 부가가치세 신고서 등에 의하면, 청구법인은 OOO 주식회사와 쟁점토지에 주택부지 조성공사 등을 실시하는 계약을 체결하고, OOO 주식회사에게 1차분 공사대금 OOO원(부가가치세 OOO원 포함)을 지급하였으며, OOO원을 환급세액으로 하여 2014년 제2기 부가가치세 확정신고 및 영세율 등 조기환급신고를 한 사실이 확인된다. (나) 처분청의 부가가치세 경정결의서에 의하면, 처분청은 청구법인이 2014년 제2기 부가가치세 확정신고시 환급세액으로 신고한 OOO원 중 OOO원인 쟁점매입세액은 토지 관련 매입세액으로 공제대상에 해당하지 아니하고, 초과환급신고에 따른 가산세 OOO원의 부과대상으로 보아 OOO 청구법인에게 2014년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급세액으로 경정․통지하였다. (다) OOO와 청구법인 사이에 OOO체결된 부동산 지주 공동개발 및 시행 전속계약서에 의하면 다음과 같이 기재되어 있다. (라) 청구법인과 OOO 주식회사 사이에 OOO 체결된 주식회사 OOO 주택부지 조성공사 계약서에 의하면, 발주자는 청구법인, 공사장소는 쟁점토지, 공사기간은 OOO까지, 공급가액은 OOO원, 1차 기성금은 일금 OOO원(부가가치세 별도, OOO)으로 기재되어 있다. (마) OOO 주식회사가 OOO 청구법인에게 발행한 세금계산서에 의하면, 공사대금 공급가액 OOO원, 세액 OOO원으로 기재되어 있다. (바) 처분청이 청구법인의 부가가치세 조기 환급신청과 관련하여 환급현장을 확인하고 작성한 복명서에 의하면 다음과 같이 기재되어 있다. (사) 처분청이 2015년 2월 청구법인에게 통지한 현장확인 결과통지서에 의하면, 공사 관련 1차 기성회비 OOO원 및 지적공사비용 OOO원, 공통 매입세액 면세사업분 등 토지 관련 매입세액 OOO원 불공제하고, 감액되는 환급세액 또는 추가 고지세액은 OOO원이며, 세부내용은 <표1>과 같다고 기재되어 있다. <표1> 청구법인의 결정 매입세액

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 제39조 제1항 에서 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 그 제7호에서 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제80조에서 법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액을 규정하고 있으며, 위 규정에서 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당하므로 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 매입세액 불공제대상인 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다고 할 것(대법원 2010.1.14. 선고 2007두20744 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 쟁점토지가 OOO의 소유이므로 쟁점매입세액은 매입세액 불공제대상인 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구법인과 OOO 사이에 OOO 체결된 부동산 지주 공동개발 및 시행 전속계약서에 의하면 토지대는 추후 공사원가 및 개발 제반비용에 따라 상호 협의 하에 조정이 가능하고 현금 및 건축물로도 지급할 수 있다고 규정하고 있어 사업시행 결과에 따라 쟁점토지의 대금이 달라지고 OOO도 사업결과에 따른 책임을 부담하게 되므로 쟁점토지상에 주택을 신축하는 사업은 성격상 청구법인과 OOO의 공동사업에 해당한다고 보이는 점, 처분청의 현지확인 복명서 등에 의하면 쟁점매입세액은 쟁점토지의 터파기, 되메우기 등의 건축물을 올릴 대지의 확보를 위한 보강토 옹벽공사비와 관련된 매입세액으로 확인되는 점, 공동사업에 공여되는 토지의 조성비와 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 매입세액 불공제대상인 토지 관련 매입세액에 해당한다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지 관련 매입세액으로 본 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.