소송 진행중 신고기한으로부터 5년이 경과 후 본세를 직권취소하고 부과제척기간을 경과한 농특세를 부과한 처분

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.10.30. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도한 후, 2006.11.13. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3 의 신축주택 감면규정에 따라 양도소득세 OOO원을 감면받는 것으로 신고하고, 감면분과 관련한 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.
• 나. 처분청은 종전주택 취득일부터 쟁점주택 준공일 전일까지의 양도소득금액에 대한 감면을 배제하여 2012.4.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하고 이에 따른 농어촌특별세 OOO원을 환급하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.10. 이의신청과 2012.11.19. 심판청구를 거쳐 2013.5.31. 행정소송(OOO)을 제기하였고, 소송이 진행중이던 2014.12.11. 대법원이 동일 쟁점의 행정소송 사건에 대하여 국가패소로 판결하였으며, 이에 처분청은 2015.1.8. 당초 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 부과처분을 직권취소하면서 2015.1.21. 청구인에게 기환급하였던 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.4.15. 이의신청을 거쳐 2015.8.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 당초의 양도소득세 부과처분을 직권취소하여 환급하면서 관련 농어촌특별세 OOO원을 청구인에게 부과하였는바, 이러한 2006년 양도소득세 감면과 관련한 농어촌특별세 부과처분은 부과제척기간을 경과한 2015.1.21.에 한 것이므로 이를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능(대법원 2002.9.24. 선고 2000두6657 판결)하므로, 당초의 양도소득세 부과처분은 제척기간이 경과한 후임에도 직권취소가 가능하고, 이에 관련한 농어촌특별세 부과처분은농어촌특별세법제8조에 따라 본세의 경정·징수의 예에 따라 고지된 것이므로 잘못이 없다. 또한, 국세기본법제26조의2 제2항에는 특례 제척기간을 규정하고 있는바, 당초의 양도소득세 부과처분이 판결에 따라 취소되더라도 1년 이내에는 농어촌특별세 부과처분이 가능한 것이고, 청구인의 경우에는 판결 이전임에도 처분청이 직권취소하여 사건이 조기에 종결됨으로써 오히려 기한의 이익을 본 것이므로 이 건 농어촌특별세 부과는 부과제척기간이 경과한 후에 한 것으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 양도소득세 부과처분에 대한 소송 진행중 신고기한으로부터 5년이 경과한 후에 본세(양도소득세)를 직권취소하고 농어촌특별세를 부과한 처분이 부과제척기간을 경과한 위법한 처분인지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제26조의2【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(괄호 생략)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략).(후단 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우 (2) 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(괄호 생략) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

(3) 농어촌특별세법 제2조【정의】

① 이 법에서 “감면”이란 조세특례제한법·관세법·지방세법 또는 지방세특례제한법에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제 제3조【납세의무자】 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자 제5조【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세특례제한법·관세법·지방세법 및 지방세특례제한법에 따라 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(괄호 생략) 100분의 20 (이하 생략) 제7조【신고·납부 등】

① 제5조 제1항 제1호에 따른 농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부(중간예납은 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다. (단서 생략) 제8조【부과·징수】

② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고·납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

1. 제3조 제1호의 납세의무자 중 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 자와 제3조 제3호·제4호 및 제6호의 납세의무자(괄호 생략)에 대하여는 세무서장이 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006년에 쟁점주택을 양도하고 조특법 제99조의3에 따라 양도소득세 감면을 신청하였으며, 처분청이 감면을 부인(청구인이 신고한 농어촌특별세는 환급)함에 따라 행정소송을 제기하였고, 행정소송의 진행중에 처분청의 직권취소로 다시 양도소득세 감면을 적용받게 되면서 처분청으로부터 농어촌특별세 과세처분을 받아 이에 불복하여 심판청구를 제기하였는바 이와 관련한 내역을 요약하면 아래 <표>와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청의 농어촌특별세 부과처분이 국세부과제척기간 5년을 경과하여 부당하다고 주장하나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보는 것이 타당한 점, 처분청이 양도소득세 부과처분과 관련한 소송 진행중 당해 부과처분을 직권취소하는 경우에는 그 날을 국세기본법제26조의2 제2항의 판결이 확정된 날로 볼 수 있고, 그 날로부터 1년이 지나기 전까지는 직권취소에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 볼 수 있는 점, 농어촌특별세법제8조 제2항 제1호에서 농어촌특별세는 해당 본세의 결정․경정 및 징수의 예에 따라 결정․경정 및 징수한다고 규정하고 있어 양도소득세의 감액경정에 부수한 농어촌특별세의 증액경정은 가능하다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 이 건 농어촌특별세에 관하여는 국세기본법제26조의2 제1항이 아닌 제2항의 국세부과제척기간이 적용(조심 2015서1610, 2015.6.22. 같은 뜻임)되므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.