사업연도별로 법인의 소득이 인식되어 법인세가 부과되는 점, 법인세법상 재건축조합에 대하여 재건축사업 전체 기간을 하나의 사업연도로 보도록 하는 특별한 규정이 없는 점 등에 비추어 이전 사업연도에 납부한 세액을 AAAA사업연도의 기납부세액으로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
사업연도별로 법인의 소득이 인식되어 법인세가 부과되는 점, 법인세법상 재건축조합에 대하여 재건축사업 전체 기간을 하나의 사업연도로 보도록 하는 특별한 규정이 없는 점 등에 비추어 이전 사업연도에 납부한 세액을 AAAA사업연도의 기납부세액으로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점재건축사업을 목적으로 도시 및 주거환경정비법에 따라 2002.8.20. 조합설립인가를 받아 설립된 조합으로서 2003.7.30. 조합설립등기를 마쳤다.
(2) 쟁점재건축사업은 2005.1.7. 관리처분계획 인가를 받아 2007.8.14. 준공되었으나, 2007.9.21. 관리처분계획 무효의 소가 제기되어 2008.11.21. 관리처분계획 무효의 판결이 선고되었고, 이에 따라 2012.4.6. 관리처분계획 재인가 및 2013.11.4. 관리처분계획 변경인가를 거쳐 2014.2.27. 이전고시가 이루어졌다.
(3) 청구법인은 2014.2.27. 주택재건축사업에 대한 이전고시가 있기 이전에는 비수익사업인 조합원분양 면적과 수익사업인 일반분양 면적이 확정되지 않아 건물원가를 개별구분하지 아니하고 전체를 공통원가로 보아 수익사업비율로 안분하여 법인세를 신고하였으나, 2014.2.27. 관리처분계획인가가 이전고시되어 수익사업비율이 확정됨에 따라 전체 사업기간의 비용을 소급하여 안분정산하여야 한다고 보아 2015.3.3. 아래 <표>와 같이 2007사업연도 법인세에 대하여는 쟁점경정청구를, 2007사업연도를 제외한 2003～2009사업연도 법인세에 대하여는 각 수정신고를 하였다 OOO
(4) 청구법인은 1차 경정청구가 거부된 이후, 조합설립연도인 2003년부터 최종정산연도인 2014년까지의 각 사업연도별 원가 및 비용을 정산하고 그 결과 발생된 각 사업연도별 법인세 차액 합계액을 최종정산연도인 2014사업연도 법인세 경정청구서상 기납부세액에 일괄반영하여 2015.6.10. 처분청에 쟁점경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.3.3. 제기한 경정청구와 동일한 내용의 경정청구로 보아 2015.8.4. 이를 거부(각하)하였다.
(5) 청구법인의 기타 주장은 아래와 같다. (가) 국세청은 ‘일반분양수입(수익사업)과 조합원분양수입(비수익사업)에 대한 공사원가 배분을 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 단서 규정에 의하여 면적비율로 구분계산함에 있어 조합원분양(비수익사업) 면적과 일반분양(수익사업) 면적이 수시로 변동되는 경우 각 사업연도말 현재 일반분양면적비율에 의하여 법인세 신고를 한 후 일반분양면적이 최종 확정되는 날이 속하는 사업연도의 법인세 신고시 이전 각 사업연도의 배분원가를 정산하여 신고하는 것’이라고 회신OOO하였다. 이에 따르면, 정산은 강행규정이고, 또한 정산의 필수조건인 대상기간은 이전 각 사업연도라고 할 뿐 5년 이내 사업연도로 제한을 두지 않았으므로, 당연히 재건축사업기간 전체로 해석하여야 한다. (나) 청구법인의 경우 이전고시가 되지 않아 최종 원가를 확정할 수 없는 상황에서 5년 이상 기간이 흐르고 난 후 비로소 이전고시가 완료되어 원가를 확정하고 세액을 정산하고자 하는데, 정산일 이전 과거 사업연도의 경정청구를 각하하게 되면, 5년이 경과한 사업연도의 예정원가 반영으로 과다납부한 법인세액이 있는 경우 환급하지 못하고 부당하게 법인세를 과다부담하게 되는 결과가 발생한다. (다) 부가가치세법 시행령 제82조 의 정산규정을 보면 하나의 취득과정이 여러 과세기간에 걸쳐 이루어지는 경우 취득과정이 확정되는 시점에 그 이전의 취득과정기간이 3년 또는 5년 등의 제한 없이 하나의 과세기간으로 보고 전체를 정산토록 하고 있는 점을 보더라도 법인세 정산도 단일사업 소득단위이므로 3년 또는 5년의 제한 없이 전체 과세소득 단위기간을 정산대상으로 하여야 한다. (라) 부가가치세율과 달리 법인세율은 소득구간별로 차등 적용되므로 원가 확정에 따른 소득차이를 확정 사업연도의 소득에 일괄 반영할 수 없고, 각 사업연도별로 소득에 반영하여 법인세액을 정산하여야 하며, 정산 결과 과거 사업연도 법인세 환급세액이 발생하는 경우 법인세 계산구조상 세액을 환급하지 아니하고 소득개념인 결손금으로 차기로 이월할 수는 없다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 각 사업연도별 법인세 정산차액 합계액을 최종정산 사업연도인 2014사업연도 법인세 신고상의 기납부세액으로 일괄반영하여야 한다고 주장하나, 법인세법상 사업연도는 1년을 초과하지 못하는 1회계기간으로 규정하고 있고 그 사업연도별로 법인의 소득이 인식되어 법인세가 부과되는 점, 이에 따라 청구법인은 매년 1.1.～12.31. 기간을 사업연도로 신고한 것으로 나타나는 점, 법인세법상 청구법인과 같은 재건축조합에 대하여 재건축사업 전체기간을 하나의 사업연도로 보도록 하는 특별한 규정이 없는 점 등에 비추어 2014사업연도 이전 사업연도에 납부한 세액을 2014사업연도의 기납부세액으로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 법인세법 제6조 【사업연도】① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다. 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제60조【과세표준 등의 신고】① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제113조【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산・부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설・제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 건설 등 이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 작업진행률 이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.
1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설 등의 경우
2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우
② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.
1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우
2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우
③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다. 제71조【임대료 등 기타 손익의 귀속사업연도】⑦ 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)・조세특례제한법및 이 영에서 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다. (3) 법인세법 시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】① 영 제69조 제1항 본문에서 건설 등을 완료한 정도 란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.
1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간・작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등” 이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.
2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율
② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.
③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각 호의 산식에 의한다.
1. 익금: 계약금액 × 작업진행률 - 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액
2. 손금: 당해 사업연도에 발생된 총비용
④ 영 제69조 제2항 제1호에서 기획재정부령으로 정하는 경우 란 법인이 비치・기장한 장부가 없거나 비치・기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비 누적액 또는 작업시간등을 확인할 수 없는 경우를 말한다. 제36조【기타 손익의 귀속사업연도】영 제71조 제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것 외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 제76조【비영리법인의 구분경리】⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분 경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분 계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간・사용시간・사용면적 등의 기준에 의하여 안분 계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. (4) 조세특례제한법 제104조의7 【정비사업조합에 대한 과세특례】②도시 및 주거환경정비법제18조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 정비사업조합 이라 한다)에 대해서는법인세법제1조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아법인세법(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.
④ 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 해당 정비사업의 시행으로 조성된 토지 및 건축물의 소유권을 타인에게 모두 이전한 경우로서 그 정비사업조합이 납부할 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비를 납부하지 아니하고 그 남은 재산을 분배하거나 인도한 경우에는 그 정비사업조합에 대하여 체납처분을 집행하여도 징수할 금액이 부족한 경우에만 그 남은 재산의 분배 또는 인도를 받은 자가 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 이 경우 해당 제2차 납세의무는 그 남은 재산을 분배 또는 인도받은 가액을 한도로 한다.
⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한법인세법제3조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 조세특례제한법 시행령 제104조의4 【정비사업조합의 수익사업의 범위】법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이도시 및 주거환경정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은법인세법제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다. (6) 도시 및 주거환경정비법 제18조 【조합의 법인격 등】① 조합은 법인으로 한다.
② 조합은 조합 설립의 인가를 받은 날부터 30일 이내에 주된 사무소의 소재지에서 대통령령이 정하는 사항을 등기함으로써 성립한다.
③ 조합은 그 명칭 중에 정비사업조합 이라는 문자를 사용하여야 한다. 제52조【정비사업의 준공인가】③ 시장・군수는 제2항 전단 또는 후단의 규정에 의한 준공검사의 실시결과 정비사업이 인가받은 사업시행계획대로 완료되었다고 인정하는 때에는 준공인가를 하고 공사의 완료를 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.
④ 시장・군수는 직접 시행하는 정비사업에 관한 공사가 완료된 때에는 그 공사의 완료를 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 제54조【이전고시 등】① 사업시행자는 제52조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에 정한 사항을 분양을 받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 당해 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전에 완공된 부분에 대하여 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 이를 분양받을 자에게 그 소유권을 이전할 수 있다.
② 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 대지 및 건축물의 소유권을 이전하고자 하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시한 후 이를 시장・군수에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물에 대한 소유권을 취득한다. (7) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간
② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
3. 제45조의2 제2항 또는 국제조세조정에 관한 법률 제10조의2제1항 및 제19조제4항에 따른 경정청구 또는 같은 법 제10조의3제1항에 따른 조정권고가 있는 경우 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 (8) 국세기본법 시행령 제25조의2 【후발적 사유】법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고・결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
결정 내용은 붙임과 같습니다.