중소기업에 대한 특별세액감면 적용을 배제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2013년 8월 청구법인의 관계회사인 주식회사 OOO에 대한 세무조사시 청구법인이 2008～2012사업연도 기간 동안 OOO의 수입금액(이하 “전체수입금액”이라 한다)을 신고 누락한 것으로 조사한 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 나. 청구법인은 2013.11.1. 전체수입금액에 대하여 일반과소신고가산세 적용 및 2012사업연도분을 제외한 수입금액 OOO에 대해 조세특례제한법 제7조 에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 법인세 수정신고를 하였다가, 2014.10.24. 전체수입금액에 대하여 부당과소신고가산세를 적용하여 법인세 수정신고를 하였다.
• 다. 처분청은 청구법인의 수정신고가 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에 해당하므로 쟁점수입금액은 조세특례제한법 제128조 제3항 에 따라 중소기업에 대한 특별세액 감면대상에서 배제된 다고 보아 2015.7.15. 청구법인에게 법인세 2008사업연도분 OOO, 2009사업연도분 OOO, 2010사업연도분 OOO, 2011사업연도분 OOO 합계 OOO을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.8.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제128조 제3항 에서 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 부정과소신고금액에 대하여 중소기업에 대한 특별세액 감면을 배제하도록 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제29조 에서 “경정할 것을 미리 알고 제출한 경우”란 해당 국세에 대하여 ① 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 제출한 경우와 ② 관할세무서장으로부터 과세자료 해명통지를 받고 제출한 경우를 말한다고 규정하고 있으며, 부정과소신고금액이라 하더라도 “세무공무원이 조사에 착수한 것을 알기 전”이나 “관할세무서장으로부터 과세자료 해명통지를 받기 전”에 과세표준 수정신고서를 제출한 경우에는 조세특례제한법 제128조 제3항 에 따른 중소기업특별세액감면 배제대상에 해당되지 않는 것으로 해석되는바, 청구법인은 최초 수정신고서 제출시 처분청으로부터 아무런 통보도 받은바 없이 자기 시정하여 법인세과세표준 수정신고서를 제출하였으므로 위 조항에서 규정하고 있는 “과세표준 수정신고서를 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우”에 해당되지 아니함에도 처분청이 쟁점수입금액에 대하여 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제128조 제3항 의 개정취지는 범칙사건 조사 등 사전통지 없이 세무조사하는 경우 납세자가 이러한 사실을 알고 수정신고하는 경우에는 조세회피 소지가 있는 점을 감안하여 외부의 아무런 영향이 없는 상태에서 온전히 스스로가 자기 시정을 할 경우에 세액감면이라는 혜택을 부여하기 위한 것으로 조사청은 2013년 8월 청구법인의 관계회사인 OOO에 대한 세무조사시, 청구법인이 수입금액을 개인계좌로 관리하면서 수입금액을 누락한 사실을 확인하고, 같은 달 청구법인의 대표로부터 청구법인의 수입금액 누락사실에 대한 확인서를 징구하여 처분청에 과세자료로 통보하였고, 위 확인서를 제출한 이후인 2013.11.1. 청구법인이 2008～2011년 사업연도 법인세에 대한 수정신고서를 제출한 것으로 보아 청구법인의 경우 위 조항에서 규정하는 있는 “과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우”에 해당되는 것이므로 쟁점수입금액에 대하여 중소기업특별세액감면을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 수정신고가 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에 해당한다고 보아 중소기업에 대한 특별세액감면 적용을 배제하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2005.9.22.부터 OOO에서 자동차용품 등 제조업을 영위하고 있는 법인이다. (나) 조사청은 2013.7.4.～2013.8.30. 기간 동안 청구법인의 관계회사인 OOO에 대한 세무조사를 실시하였고, 동 세무조사시 청구법인이 수입금액을 개인계좌로 관리하면서 전체수입금액을 신고누락한 사실을 확인하고 2013년 8월 청구법인의 대표이사 홍OOO으로부터 아래와 같은 내용의 확인서를 제출받았다. OOO (다) 청구법인은 2013.11.1. 전체수입금액에 대하여 최초로 수정신고를 하면서 일반과소신고가산세를 적용하고, 쟁점수입금액에 대하여는 조세특례제한법 제7조 에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 신고하였고, 2014.10.24. 위 수정신고시 적용한 일반과소신고가산세를 부당과소신고가산세로 변경하여 다시 수정신고하였다. (라) 조사청은 2015년 1월 처분청에 대한 종합감사를 실시하여 청구법인의 수정신고에 대하여 조세특례제한법 제128조 의 제3항의 규정에 따라 쟁점수입금액에 대한 특별세액감면을 배제하도록 현지 시정하였고, 처분청은 이에 따라 2015.5.21. 청구법인에 과세예고 통지 후, 2015.7.15. 이 건 법인세를 경정․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청으로부터 아무런 통보도 받은바 없이 자기 시정하여 수정신고를 하였으므로 과세표준 수정신고서를 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에 해당되지 아니한다고 주장하나, 청구법인의 관계회사인 OOO에 대한 세무조사시 청구법인의 신고누락매출액에 대한 확인서를 청구법인의 대표이사가 조사청에 제출한 점, 청구법인이 확인서 제출 이후 처분청에 수정신고서를 제출한 점 등에 비추어 청구법인이 별도의 세무조사 통지나 해명통지를 받은 사실이 없다 하더라도 쟁점수입금액에 대한 수정신고는 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 한 것으로 보이므로 조세특례제한법 제128조 제3항 의 “과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우”에 해당한다 할 것이어서 처분청이 쟁점수입금액에 대하여 같은 법 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면 적용을 배제하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

• 마. 제조업 제128조(추계과세시 등의 감면배제) ③ 소득세법 제80조 제2항 또는 법인세법 제66조 제2항 에 따라 경정(제4항 각 호의 어느 하나에 해당되어 경정하는 경우는 제외한다)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액(過少申告金額)에 대하여 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제62조 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항·제2항, 제96조, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제122조 (과소신고소득금액의 범위) ① 법 제128조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 과소신고금액"이란 법인의 경우에는 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호 에 따른 부정과소신고 과세표준을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다. (3) 국세기본법 제48조 (가산세 감면 등) ② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호에서 정하는 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 제45조에 따라 수정신고한 경우(제47조의3에 따른 가산세만 해당하며, 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액 (4) 국세기본법 시행령 제29조 (가산세 감면 제외 사유) 법 제48조제2항 제1호 및 제2호에 따른 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우

2. 해당 국세에 관하여 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받고 과세표준수정신고서를 제출한 경우