당초 부가가치세 매입세액 공제시기의 과점주주가 아닌 대손세액 확정일 현재의 과점주주인 청구인들에게 제2차 납세의무가 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들은 OOO소재 주식회사 OOO(이하 “체납법인”이라 한다)의 대표이사 및 주주(각 지분율 30%)로서 체납법인의 체납세액 납세의무성립일 현재 체납법인 발행주식 총수의 60%를 소유한 과점주주들이다.
• 나. OOO주식회사는 체납법인에게 2010.3.2. 공급한 OOO백만원 중 OOO백만원에 대하여 2013년 제2기 확정 부가가치세 신고 시 대손세액공제 신고하였으며, 체납법인은 2013.10.23. 대손확정일 이후인 2013.10.25. 폐업하여, 처분청은 2015.1.22. 체납법인에게 부가가치세법 제45조 제3항 에 따라 매입세액을 차감하여 2013년 제2기 부가가치세 OOO(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 경정․고지하였다.
• 다. 처분청은 고지된 세액과 가산금을 포함하여 OOO을 징수할 수 없게 되자 2015.4.23. 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고, 부가가치세 OOO을 각 납부통지 하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2015.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) 국세기본법 제39조 에서 본래의 납세의무성립일 현재 과점주주가 제2차납세의무를 진다고 규정하고 있는바, 대손세액 공제로 인하여 부가가치세 매입세액에 대하여 환수하는 경우 본래의 납세의무인 부가가치세 납세의무가 성립한 2006년～2010년 상반기의 과점주주가 부가가치세에 대하여 제2차납세의무를 부담한다고 보는 것이 타당하므로 2010년 하반기부터 과점주주가 된 청구인들에게 제2차납세의무를 지정하여 납부통지한 이 건 처분은 조세법률주의에 반하는 위법․부당한 처분에 해당한다. (가) 국세기본법 제39조 는 법인의 본래의 납세의무의 성립일 현재의 과점주주가 제2차납세의무를 진다고 규정하고 있고, 대법원은 납세의무 성립일 현재 과점주주가 아니라면 현재 과점주주라고 하더라도 제2차납세의무가 없다고 보고 있다(대법원 1982.5.11. 선고 80누223 판결, 같은 뜻임). (나) 청구인 OOO2010년 하반기부터 15%의 지분을 추가로 취득하면서 체납법인의 과점주주가 되었으나, 쟁점세액은 체납법인이 2010년 3월 준공 승인전까지인 2006년 ～ 2010년 3월까지 매입과 관련하여 부가가치세 매입세액으로 공제 받은 것이고 이 시기의 청구인들은 회사의 과점주주가 아니다. 따라서, 처분청이 본래의 부가가치세 납세의무가 성립되었을 당시인 2006년 ～ 2010년 3월까지의 과점주주가 아닌 청구인들에게 대손세액공제 신청 당시인 2013년에 과점주주라는 이유만으로 제2차납세의무자로 지정한 것은 조세법률주의를 위반한 위법․부당한 처분이다. (다) 또한, 다른 사업자가 대손세액공제 신청을 언제 하느냐에 따라서 책임을 지는 과점주주가 달라진다는 결과는 매우 부당하므로, 부가가치세 대손세액 환수에 관한 납세의무 성립일은 본래의 부가가치세 매입세액을 공제받은 시기로 해석하여야 한다. 예를 들어, A가 2012.12.31.에 A회사의 주식을 제3자에게 양도하였고, 다른 사업자는 2013.1.1.에 대손세액공제를 신청하였다면 제3자는 전혀 예상할 수 없었던 상황이 될 것이고, 이 경우 만일 대손세액공제신청이 2일전에만 이루어졌어도 제2차납세의무를 부담하는 과점주주는 A가 될 것인데 이와 같은 결과가 부당한 것은 분명히 확인할 수 있다. (라) 인정상여처분과 비교하여 보더라도 청구인들을 제2차납세의무로 지정하는 것은 부당한 것임을 확인할 수 있다. 인정상여처분에 의하여 소득세 납세의무를 지는 대표자는 소득금액변동통지가 도달할 당시의 대표자가 아니라 해당사업연도의 대표자가 되는데 반해, 처분청은 실제 부가가치세가 귀속되는 과세기간이 아닌 대손세액공제 환수를 고지 받았을 때를 기준으로 제2차납세의무자를 지정하고 있다. 따라서, 회사의 경영 내지 관리감독을 부주의하게 하여 부가가치세 매입세액이 귀속되는 사업연도의 과점주주가 아닌 대손세액공제 환수를 고지 받은 사업연도의 과점주주를 제2차납세의무자로 지정함으로써 실질적으로 매입세액공제로 인하여 배당 등으로 이익을 얻거나 당해 회사의 경영 내지 관리감독을 부주의한 주주들은 인정상여처분과 달리 판단하고 있는 것은 부당한 것이다. (마) 조세채무는 법률이 정하는 과세요건이 충족되는 때에는 그 조세채무의 성립을 위한 과세관청이나 납세의무자의 특별한 행위가 필요 없이 당연히 자동적으로 성립하는 것이고, 납세의무자가 과세요건 충족사실을 인식할 필요도 없으며(대법원 1985.1.22. 선고 83누279 판결, 같은 뜻임), 일정한 시점에 어떤 사람에게 과세물건이 귀속하게 되면 세법이 정한 바에 따라 이를 화폐 또는 수량으로 측정하여 과세표준을 산정하고, 여기에 세율을 적용할 수 있는 상태에 이르러서 그 사람에게 당연히 조세채무 즉, 납세의무가 성립하는 것이다. 즉, 과세물건의 귀속시기와 납세의무의 성립시기는 분리되도록 자의적으로 판단하는 것은 부당한 것이다. 처분청은 자의적으로 납세의무의 성립시기를 대손세액 환수에 관한 과세관청의 통지가 있었던 시기로 보고 있으나, 부가가치세 대손세액 환수에 관한 부가가치세 납세의무는 과세물건인 용역의 제공이 있었던 2006년도 ～ 2010년 제1기에 성립된 것이 분명하므로 2006년 ～ 2010년 제1기에 과점주주가 아니었던 청구인들을 제2차납세의무자로 지정한 것은 위법한 처분이다. 특히 과세물건의 귀속시기와 무관하게 과세관청의 통지 또는 대손세액공제 신청이라는 사실에 따라 부가가치세 납세의무가 성립한다고 보는 것은 납세의무의 성립에 행정행위의 개입 내지 과세관청의 재량권을 인정하는 것으로 부당한 처사이다.

(2) 제2차납세의무의 책임을 부담하는 과점주주는 회사의 경영 내지 관리감독을 제대로 하지 못한데 대한 책임을 추궁하는 것에 그 이론적 근거가 있으므로 대손세액공제 환수와 관련하여 회사의 경영 내지 관리감독에 관한 책임은 부가가치세가 성립한 2006년～2010년 상반기의 과점주주에게 있다고 보는 것이 타당하므로 2010년 하반기부터 과점주주가 된 청구인들에게 제2차납세의무를 지정하여 납부통지한 처분은 조세법률주의에 반하는 위법․부당한 처분이다. (가) 법인의 주된 납세의무의 성립일 현재의 과점주주에게 제2차납세의무를 부과하는 취지는 과점주주에게 법인의 재산을 납세부족 상태로 만들어 놓은 책임을 물으려는데 있는 것이다. 출자자에 대하여 제2차납세의무를 지우는 이론적 근거는 법인격 부인론 내지 실질과세의 원칙에 있는 것이고, 과점주주의 제2차납세의무의 본질도 회사를 사실상 지배하는 과점주주에 대하여 책임을 추궁하는 것에 있는 것이므로, 제2차납세의무의 책임을 부담하는 과점주주는 소득의 사외유출이나 법인의 부당행위계산 등이 발생하던 당시의 과점주주에게 회사의 경영 내지 관리감독을 제대로 하지 못한데 대한 책임을 추궁하는 것이 타당하다고 할 것이다. (나) 청구인 OOO2007년 중반까지만 체납법인의 대표이사를 역임하였으며, 실제 체납법인이 부가가치세 매입세액을 공제받은 2006년 ～ 2011년까지의 기간 중 대표이사로서 재직하던 기간은 2006년과 2007년 일부에 불과하여 매입세액공제를 통한 현금재원의 사실상 통제(업무집행)권은 청구인 OOO아닌 다른 대표이사에 있는 것이며, 준공일 이후인 2010년이 되어서야 비로소 60%인 최대주주가 되었으므로 이미 쟁점사업 수지가 결정된 이후가 되어서야 영향력을 행사하게 되었다. (다) 청구인 OOO준공일 이후 과점주주가 된 것은 시공사인 OOO주식회사와의 파트너 관계를 유지하고, 최초 관련공사를 시작한 도의적인 책임을 지고 마무리하고자 과점주주가 된 것인데, 청구인들이 어떠한 조세를 회피할 의도가 없었음에도 불구하고 대손세액공제신청 당시의 과점주주라는 이유만으로 제2차납세의무를 부담해야 한다는 상황이 청구인들은 억울하다고 말할 수밖에 없으며, 이는 제2차납세의무의 입법취지와도 근본적으로 맞지 않다. 만일, 손실이 예상되는 사업이 있을 경우 이러한 책무를 회피하고자 사업을 폐기하는 것이 논리상 타당할 것임에도 오히려 실지사업주로서 책임을 완수하고자 과점주주가 되었으나, 다른 고려 없이 과점주주가 되었다는 사실만으로 제2차납세의무을 부담하게 된다면 조세회피를 하는 사업자에 비해 오히려 역차별을 받게 되는 상황이 될 것이다.

(3) 따라서, 국세기본법 제39조 는 법인 본래의 납세의무의 성립일 현재의 과점주주가 제2차납세의무를 진다고 규정하고 있는바, 대손세액 공제로 인하여 부가가치세 매입세액을 환수하는 경우 본래의 납세의무인 부가가치세가 성립한 2006년～2010년 상반기의 과점주주가 부가가치세에 대하여 제2차납세의무를 부담한다고 보는 것이 타당하고, 더욱이 제2차납세의무의 책임을 부담하는 과점주주는 회사의 경영 내지 관리감독을 제대로 하지 못한데 대한 책임을 추궁하는 것에 그 이론적 근거가 있으므로 2010년 하반기부터 과점주주가 된 청구인들에게 제2차납세의무를 지정하여 납부통지한 처분은 조세법률주의에 반하는 위법․부당한 처분에 해당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 매입세액에서 차감하는 대손세액의 납세의무 성립일은 재화·용역을 공급 받아 매입세액을 공제받은 과세기간(2006년부터 2010년 상반기)이 아닌, 재화·용역을 공급한 사업자가 거래처의 파산 등으로 대손이 확정된 과세기간에 대손세액 공제를 받은 과세기간 종료일인 2013.10.25.이다. (가) 납세의무는 각 세법이 정하는 과세요건의 충족, 즉 특정의 시기에 특정사실 또는 상태가 존재함으로써 과세대상(물건 또는 행위)이 납세의무자에게 귀속됨으로써 세법이 정하는 바에 따라 과세표준의 산정 및 세율의 적용이 가능하게 되는 때에 성립되므로, 대손세액은 재화·용역을 공급한 사업자의 대손확정(특정시기, 대손확정일: 2013.10.23.)으로 대손세액 공제를 받아(특정사실 존재) 과세표준의 산정 및 세율이 적용가능하게 되는 때인 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 매입세액에서 차감이 가능하다. (나) 대법원 판례(2006.10.12. 선고, 2005다3687 판결)에서도 매입세액에서 차감하는 대손세액의 납세의무 성립일은 공급자의 대손이 확정된 때로 명확하게 판단하였다. (다) 따라서, 출자자의 제2차 납세의무자로 지정할 수 있는 납세의무 성립시기는 국세기본법 제1항 제7호 에 따라 체납법인의 패업일인 2013.10.25.이다.

(2) 청구인들은 재화·용역을 공급받아 매입세액을 공제한 2006년부터 2010년 상반기까지의 과점주주가 회사의 경영 내지 관리감독에 관한 책임이 있으므로 제2차 납세의무를 부담하는 것이 타당하다고 하나, 국세기본법 제39조 및 같은 법 제21조에 근거하여 대손세액의 납세의무 성립일 현재 과점주주인 청구인들에게 제2차납세의무를 지정하는 것이 타당하다.

(3) 따라서, 매입세액에서 차감하는 대손세액의 납세의무 성립시기는 재화·용역을 공급한 사업자가 대손을 확정하여 대손세액공제를 받은 2013년 제2기 부가가치세 과세기간으로 국세기본법 제21조 제1항 제7호 에 따른 ‘과세기간이 끝나는 때’인 2013.10.25. 현재의 과점주주인 청구인들에 대한 제2차납세의무 지정․통지 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 대손세액공제에 있어서 당초 부가가치세 매입세액 공제시기의 과점주주가 아닌 대손세액 확정일 현재의 과점주주인 청구인들에게 제2차 납세의무가 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제39조【출자자의 제2차납세의무】법인(주식을 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다) 제21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

7. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때 (2) 부가가치세법 제45조【대손세액의 공제특례】① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 "대손금액"이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10

② 제1항은 사업자가 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에만 적용한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정(更正)하여야 한다. (3) 부가가치세법 시행령 제87조【대손세액 공제의 범위】① 법 제45조 제1항 본문에서 "파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 사유를 말한다.

② 법 제45조에 따른 대손세액 공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 제1항의 사유로 확정되는 대손세액(법 제57조에 따른 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준에 대하여 부가가치세액을 납부한 경우 해당 대손세액을 포함한다)으로 한다.

③ 법 제45조 제1항 본문에 따라 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할 세무서장은 대손세액 공제사실을 공급받는 자의 관할 세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제45조 제3항 본문에 따라 공급받은 자가 관련 대손세액에 해당하는 금액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 같은 항 단서에 따라 결정하거나 경정하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 체납법인은 OOO주식회사와 주상복합프로젝트의 공사도급계약을 2006.1.24. 체결하였고, 그 공사도급계약서의 주요 내용과 기성청구내역은 아래 <표1>과 같다.

(2) 2010년 2월 공사완료 후 준공되어 2010.2.26. 사용승인을 득하였고, OOO주식회사는 공사도급계약서 제17조에 따라 도급공사비를 청구하였으나, 사용승인일 이후에도 분양률 저조와 입주지연, 분양대금 할인 등의 사유로 2013.10.10. 현재 OOO억원의 공사대금을 회수하지 못한 내용이 심리자료에 나타나며, 주상복합프로젝트의 시공일 이후 2013.10.10.까지의 채권발생 및 회수금액과 미회수금액은 아래 <표2>와 같다.

(3) 2010년 중 청구인 OOO체납법인의 주주인 OOO으로부터 15%의 주식지분을 양수하여 2010년말 이후 청구인들의 보유주식지분 합계는 60%로서 과점주주에 해당하는 것이 국세통합시스템상에 나타나고, 체납법인의 2010년도 주식등변동상황명세서 내역은 아래 <표3>와 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법 제45조 제3항 에서 ‘재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정하여야 한다’라고 규정하고 있으므로 공급자의 대손이 공급을 받은 사업자의 폐업 전에 확정되면 그 공급자의 대손이 확정된 때에 비로소 그 대손세액 상당의 매입세액 차감액에 대한 사업자의 납세의무가 발생하고 그에 상응하는 조세채권이 성립한다(대법원 2006.10.12. 선고 2005다3687 판결, 같은 뜻임) 할 것인바, 부가가치세법 제45조 제1항 에서 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 빼도록 규정하고 있는 점, 국세기본법상 부가가치세의 납세의무 성립시기는 과세기간이 끝나는 날로 규정되어 있고, 출자자의 제2차납세의무는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주에게 부담하도록 하고 있는 점 등에 비추어 2013.10.25. 현재 체납법인의 과점주주인 청구인들에 대하여 제2차 납세의무지정 및 납부통지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 의하여 주문과 같이 결정한다.