미등록자·간이과세자로부터 발급받은 신용카드매출전표 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없음

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 2003.4.18. 설립되어 컴퓨터 주변기기 도․소매업을 영위하는 사업자로서, 일부 물품을 OOO 등 인터넷 쇼핑몰(이하 “부가통신사업자”라 한다)을 통한 전자상거래 방식으로 실매입처(이하 “통신판매업자”라 한다)로부터 매입하면서 그 대금을 신용카드로 결제하여 신용카드매출전표를 수취하고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2011년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 미등록사업자 또는 간이과세자인 통신판매업자로부터 발급받은 신용카드매출전표 수취분에 대해 관련 매입세액 OOO원을 불공제하여 2015.1.9. 청구법인에게 2011년 제1기～2013년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(<별지> 기재)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.3.9. 이의신청을 거쳐 2015.6.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 부가통신사업자를 통하여 신용카드매출전표를 받아 부가가치세를 신고할 때 세무회계프로그램이나 다른 보조프로그램의 기능을 최대한 활용하여 정당한 거래분에 한하여 매입세액을 공제하였는데도, 통신판매업자가 미등록사업자 또는 간이과세자라고 하여 관련 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다. 만약 통신판매업자가 미등록사업자인 경우 국세청 고시사항에 부가통신사업자가 신용카드 발행을 대행하지 못하도록 규정하여야 하며, 간이과세자인 경우 국세청 현금영수증 사이트에서 제공되는 신용카드 매입내역에 부가가치세 매입세액 공제 대상이 아님을 표시하여야 한다. 따라서 처분청이 부가가치세 신고기간이 경과한 후 청구법인에게 물품을 판매한 통신판매업자의 판매유형이 미등록사업자 또는 간이과세자인지 여부를 확인하여 신고한 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

(2) 국세청 현금영수증 사이트에서 제공되는 신용카드 매입내역에는 부가통신사업자의 사업자등록번호만 제공될 뿐 통신판매업자의 사업자등록번호는 제공되지 아니하여 청구법인은 미등록사업자․간이과세자와의 거래 등 매입세액 공제 대상인지 여부를 판단하는데 어려움이 있다. 또한, 부가통신사업자가 운영하는 전자상거래 프로그램에는 통신판매업자가 미등록사업자인 경우 원천적으로 회원으로 가입할 수 없을 것인데, 이를 허용하는 것은 조세질서에 반하는 행위이다.

(3) 처분청은 부가통신사업자가 발급한 신용카드매출전표에 통신판매업자의 사업자등록번호가 나타나지 않지만 전자상거래를 통해 물품을 구입할 때 구입 건별로 판매자 정보(사업자등록번호 포함)를 확인할 수 있다고 한다. 그러나 청구법인과 같이 부가통신사업자를 통하여 다량의 물품을 신용카드로 구입하는 경우에는 신용카드매출전표를 일일이 세무회계프로그램에 수동으로 입력하여 매 건마다 국세청 휴폐업자 조회를 통하여 휴․폐업 여부를 조회하여야 하는데 이는 물리적으로 불가능하다.

• 나. 처분청 의견 ｢부가가치세법｣ 제46조 제3항 에서 규정하고 있는 신용카드매출전표 등에 의한 매입세액 공제는 사업자가 일반과세자로부터 재화 또는 용역을 공급받는 것을 전제로 하는 것으로, 청구법인이 비록 부가통신사업자로부터 신용카드매출전표를 수취하고 신용카드매출전표 수취명세서를 제출하는 등 부가가치세 신고의무를 다하였다고 하더라도, 청구법인에게 물품을 공급한 공급자가 간이과세자 또는 미등록사업자인 경우에는 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 부가통신사업자를 통해 미등록자․간이과세자로부터 발급받은 신용카드매출전표 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제46조(신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등) ① 일반과세자 중 주로 사업자가 아닌 자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업을 하는 사업자(법인은 제외한다)와 간이과세자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 제34조 제1항에 따른 세금계산서의 발급시기에 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표, 조세특례제한법 제126조의3 에 따른 현금영수증 또는 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 이 조에서 “신용카드매출전표등”이라 한다)을 발급하거나 대통령령으로 정하는 전자적 결제 수단에 의하여 대금을 결제받는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액(연간 500만원을 한도로 한다)을 납부세액에서 공제한다.

1. 음식점업 또는 숙박업을 하는 간이과세자의 경우: 발급금액 또는 결제금액에 2퍼센트(2016년 12월 31일까지는 2.6퍼센트로 한다)를 곱한 금액

2. 제1호 외의 경우: 발급금액 또는 결제금액에 1퍼센트(2016년 12월 31일까지는 1.3퍼센트로 한다)를 곱한 금액

③ 사업자가 대통령령으로 정하는 일반과세자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표등을 발급받은 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 부가가치세액은 제38조 제1항 또는 제63조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다.

1. 대통령령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출할 것

2. 신용카드매출전표등을 제71조 제3항을 준용하여 보관할 것. 이 경우 대통령령으로 정하는 방법으로 증명 자료를 보관하는 경우에는 신용카드매출전표등을 보관하는 것으로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 제88조(신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등) ① 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업을 하는 사업자”란 제73조 제1항 및 제2항에 따른 사업을 하는 사업자를 말한다.

② 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 여신전문금융업법에 따른 다음 각 목의 것

• 가. 직불카드영수증
• 나. 결제대행업체를 통한 신용카드매출전표
• 다. 선불카드영수증(실제 명의가 확인되는 것으로 한정한다)

2. 조세특례제한법 제126조의3 에 따른 현금영수증(부가통신사업자가 통신판매업자를 대신하여 발급하는 현금영수증을 포함한다)

④ 법 제46조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 일반과세자”란 다음 각 호에 해당하지 아니하는 사업을 경영하는 사업자를 말한다.

1. 목욕ㆍ이발ㆍ미용업

2. 여객운송업(여객자동차 운수사업법 시행령 제3조 에 따른 전세버스운송사업은 제외한다)

3. 입장권을 발행하여 경영하는 사업

4. 제35조 제1호 단서의 용역을 공급하는 사업

5. 제35조 제5호 단서에 해당하지 아니하는 것으로서 수의사가 제공하는 동물의 진료용역

6. 제36조 제2항 제1호 및 제2호의 용역을 공급하는 사업

⑤ 법 제46조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 신용카드매출전표등 수령명세서”란 제74조 제1호에 따른 신용카드매출전표등 수령명세서를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 등에 의하면 청구법인은 2013.4.18. 설립되어 컴퓨터 주변기기 도․소매업을 영위하고 있는 사업자이다. 처분청은 청구법인이 부가통신사업자로부터 수취한 신용카드 매입내역 중 통신판매업자가 미등록사업자 또는 간이과세자에 해당하는 분에 대한 매입세액 합계 OOO원을 불공제하여 다음 <표1>과 같이 부가가치세 OOO원을 경정․고지한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 일부 품목을 인터넷 쇼핑몰에서 매입하면서 부가통신사업자로부터 신용카드매출전표를 수취하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고 있다. 이때 매 분기별 부가가치세 신고시 먼저 국세청 현금영수증 사이트에 접속하여 부가통신사업자별 신용카드 사용내역을 엑셀파일로 내려받아 매입세액 공제대상으로 기재된 것을 분류한 후, 동 분류된 자료를 토대로 국세청 휴폐업자 조회사이트에서 휴․폐업자 여부를 조회하여 정상사업자분에 한하여 신용카드 수령명세서에 거래내역을 기재하여 다음 <표2>와 같이 관련 매입세액을 공제하여 왔다. 처분청은 OOO 등 부가통신사업자로부터 신용카드매출전표를 수취하고 공제받은 매입세액 중 부가통신사업자의 오픈마켓에서 물품을 실질적으로 판매하는 통신판매업자가 미등록사업자 또는 간이과세자에 해당한다고 판단한 거래분에 대한 관련 매입세액을 불공제하였다. 청구법인이 국세청 현금영수증 사이트에 접속하여 엑셀파일로 내려받은 신용카드 사용내역에는 부가통신사업자의 사업자등록번호만 표시되어 있을 뿐 이건 매입세액 공제 여부를 판단할 수 있는 통신판매업자의 사업자등록번호 등의 정보는 제공되지 않고 있다. 그러나 처분청이 청구법인에게 통지한 소명요구자료에는 부가통신사업자 뿐만 아니라 통신판매업자의 정보가 함께 표시되어 있으며, 과세유형에 미등록사업자, 간이과세자 등으로 구분되어 있다.

(3) 청구법인이 국세청 현금영수증 사이트에서 내려받아 제출한 신용카드 매입내역의 일부 자료에는 다음 <표3>과 같은 내용이 기재되어 있다. 위 <표3>을 보면, 가맹점명에 청구법인에게 재화․용역을 공급하지 않는 부가통신사업자와 동 재화․용역을 공급하는 일반사업자가 함께 표시되어 있다. 청구법인은 부가가치세 매입세액 공제 여부를 가맹점(거래처 사업자번호)을 기준으로 하고 있는바, 동 가맹점이 부가통신사업자인 경우 물품 등을 실제로 청구법인에게 공급한 통신판매업자의 사업자등록번호 등은 표시되지 않은 것으로 되어있다. 한편, 처분청이 청구법인에게 보낸 신용카드 매입분에 대한 소명자료를 보면, 부가통신사업자와 함께 실제 물품 등을 판매한 판매자의 상호 및 사업자등록번호와 사업자등록 여부 및 간이과세자 해당 여부 등이 표시되어 있다.

(4) 처분청은 국세청 현금영수증 사이트에서 내려받은 신용카드 매입내역에 통신판매업자의 사업자번호가 나타나지 않지만, 전자상거래를 통해 물품을 구입하는 때에 구입 건별로 판매자(통신판매업자) 정보(사업자등록번호)를 확인할 수 있다고 한다. 청구법인은 이에 대해 2011년부터 2013년까지 신용카드매출전표 등 매입세액 공제 건수가 OOO건에 달해 일일이 수작업으로 확인하기는 사실상 불가능하다고 주장한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ｢부가가치세법｣ 제46조 제3항 에서 사업자가 일반과세자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표등을 발급받은 경우로서 같은 항 각 호의 요건을 모두 충족한 경우 그 부가가치세액은 공제할 수 있는 매입세액으로 본다고 규정하는바, 청구법인은 부가통신사업자를 통하여 일반과세자에 해당하지 않는 미등록사업자․간이과세자 등 통신판매업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 신용카드매출전표를 발급받은 것이므로 이와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하기는 어렵다 하겠다. 따라서, 청구법인이 통신판매업자 중 미등록사업자 또는 간이과세자로부터 받은 신용카드매출전표와 관련된 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.