쟁점사업양수도가 부가가치세법상 재화의 공급인지, 아니면 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 양도인지 여부

OOO세무서장이 2015.3.19. 청구법인에게 한 2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2001.2.6. 설립되어 건물개발 및 공급업을 주업으로 영위하는 사업자로서 2008.5.9. 경기도 OOO 소재 OOO 판매시설 4개동을 신축하여 분양하는 시행사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 위해 시공사인 주식회사 OOO건설(이하 “OOO건설”이라 한다)과 상가 신축 도급계약을 체결하였다가 2009.9.14. OOO건설에 쟁점사업의 사업권한과 관련된 일체의 권리 및 의무를 포괄하여 위임하는 대가로 OOO원 및 상가 11개호(A동 601호～610호 및 113호, 이하 “쟁점상가”라 한다)를 확정이익(분양예정금액 합계 OOO원)으로 각 지급받기로 하는 내용의 합의서(이하 “쟁점합의서”라 한다)를 체결하였고, 쟁점합의서에 따라 청구법인은 2010.6.3. 아래 <표1>과 같이 쟁점사업 관련 상가 264개 중 미분양상가 154개의 소유권 및 분양계약체결 후 잔금지급일이 미도래한 상가 19개의 잔금채권 등 관련 자산 및 PF대출금, 공사미지급금 등 관련 부채를 OOO건설에 양도(이하 “쟁점사업양수도”라 한다)하였는바, 쟁점사업양수도는 ｢부가가치세법｣(2013.7.1. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제6항 제2호의 규정에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당되는 것으로 보아 관련 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다. <표1> 쟁점사업 상가 분양현황(2010.6.3. 기준)
• 나. OOO은 OOO세무서에 대한 감사시 쟁점사업양수도가 ｢부가가치세법｣ 제6조 제6항 제2호 의 규정에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당되지 아니하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.3.19. 청구법인에게 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 ｢부가가치세법｣상 사업양도를 재화의 공급으로 보지 아니하는 것으로 규정하고 있는 취지는 사업양도의 경우 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 공급의 본질적 성격에 맞지 아니할 뿐만 아니라 일반적으로 그 거래금액과 나아가 그에 관한 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외 없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되기에 이와 같은 거래에 대하여도 매출세액을 징수하도록 하는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되어 이를 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 있는 것으로 사업양도에 해당하는지 여부는 피상적인 사실 뿐 아니라 사업양도와 관련된 제반 사실을 종합적으로 참작하여 판단하여야 할 것(부가가치세과-584, 2014.6.18.)인바, 청구법인이 쟁점사업을 양도하게 된 경위를 보면 2009년경 시공사인 OOO건설에서 그룹 계열사에 속한 패션업종 회사들의 사업확장 등을 위해 쟁점사업 전체를 양수하겠다는 제안을 받아 쟁점사업을 원활히 수행할 수 있는 OOO건설에 쟁점사업을 대신 수행하게 하는 것이 청구법인 입장에서 유리하다는 경영상 판단에 따라 쟁점합의서를 체결한 것으로 동 합의서대로 상가 264개호 중 기분양상가 80개호를 제외한 184개호를 2010.6.3. 모두 양도한 점, 양도대가의 일부로 쟁점상가를 이전받게 된 경위를 보면 쟁점상가에 요양원 입점이 추진되고 있어 양도대가 지급이 확실하다는 판단에 따라 양도대가 미수위험에 대한 담보의 목적으로 쟁점합의서에 쟁점상가를 청구법인에게 분양하여야 한다고 명시(제2조 제3항 제5호)하였으나, 쟁점합의서 체결 이후 쟁점상가의 분양이 이루어지지 아니하여 쟁점상가를 양도대가로 지급받기로 최종 합의한 것으로 쟁점사업 양도대가로 갈음하기로 합의함에 따라 OOO건설에 소유권이전등기 후 재차 청구법인에게 소유권등기를 이전하는 번거로움을 피하고자 관리신탁 해지에 따라 청구법인에게 귀속된 등기를 유지한 것이므로 쟁점상가는 쟁점사업 양도일에 OOO건설에 양도되었다가 청구법인에게 양도대가로서 재양도된 것으로 보아야 할 것인 점, OOO건설 입장에서 청구법인에 대한 공사미지급금의 변제를 받기 위해 쟁점사업 관련 상가를 양도받기로 한 것이라면 해당 공사미지급금에 상당하는 상가만을 양도받았을 것인데도 추가로 현금 등을 지급하면서 청구법인에 대한 공사미지급 채권액을 초과하는 전체 상가를 양도받은 점, 시행사로부터 시행사업권을 양수한 시공회사가 수분양자들의 계약해지에 따른 중도금을 반환한 것은 시공회사가 분양계약상의 권리․의무를 승계하였기 때문으로 이는 사업의 양도임을 나타내는 사정에 해당하는 것(대법원 2008.12.24. 선고 2006두17895 판결, 같은 뜻임)으로 OOO건설은 쟁점사업양수도 당시 분양계약이 체결되었다가 이후에 분양계약이 해지된 상가 13개의 계약해지에 따른 중도금을 반환한 사실이 나타나는 점 등에 비추어 쟁점사업양수도는 ｢부가가치세법｣ 제6조 제6항 제2호 의 규정의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당하는 것으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 OOO건설 간에 2009.9.14. 체결된 쟁점합의서 제1조에 의하면 동 합의의 목적이 쟁점사업의 분양률이 저조하여 청구법인의 OOO건설에 대해 미수공사비 등이 발생하였기 때문인 것으로 되어 있는 점, 청구법인은 쟁점사업 관련 분양상가 264개호 중 일부 기 분양된 80개호와 쟁점상가 11개호(A동 113호는 2012년 임대 후 2012. 9.24. 양도) 등 일부 미분양 상가를 제외한 154개호를 양도한 사실이 나타나는 점, 청구법인은 쟁점사업 양도대가에 갈음하여 A동 11개호를 OOO건설로부터 재차 양수한 것이라고 주장하나 쟁점합의서 제2조 제3항 제5호에서 OOO건설 등은 쟁점상가를 청구법인 또는 청구법인이 지정한 자에게 분양하여야 하고, 다만, 쟁점합의 후 준공일 이전에 분양계약을 체결하여야 한다고 되어 있는 등 쟁점사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점사업양수도는 분양률이 저조하여 미수공사비 등이 발생함에 따라 OOO건설에 대한 공사미지급금을 대물변제한 것이어서 ｢부가가치세법｣ 제6조 제6항 제2호 의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당되지 않는다.

• 가. 쟁 점 쟁점사업양수도가 ｢부가가치세법｣상 재화의 공급인지, 아니면 재화의 공급으로 보지 않는 사업의 양도인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.7.1. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제6조【재화의 공급】

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 부가가치세법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22578호로 개정되기 전의 것) 제17조【담보제공·사업양도 및 조세의 물납】

② 법 제6조 제6항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것" 이라 함은 사업장별(｢상법｣에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장 안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(｢법인세법｣ 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지・건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2008.5.9. OOO건설과 쟁점사업 관련 상가건물 신축에 관한 도급계약을 체결 후 2008.7.18. ｢건축물의 분양에 관한 법률｣ 제5조 에 따라 쟁점사업 분양신고 승인을 받았고, 같은 날 한국토지신탁과 쟁점사업 관련 분양관리신탁계약을, OOO과 쟁점사업에 관한 사업약정 및 대리사무계약을 각 체결하였다.

(2) 청구법인이 쟁점사업을 OOO건설에 양도한 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인과 OOO건설 간에 2009.9.14. 체결된 쟁점합의서 및 쟁점합의서에 첨부된 별지의 주요내용은 다음과 같다.

1. 쟁점합의서 ‘별지1 채무목록’은 다음과 같다.

2. 쟁점합의서 ‘별지2 위임장’은 ‘청구법인은 OOO건설과 체결한 쟁점합의서에 따라 제소전화해조서를 작성하기로 하였으며, 이에 따라 청구법인은 본건 조서에 필요한 일체의 법률행위를 을에게 위임함과 동시에 일체의 대리권을 수여하였음을 확인한다’는 내용이다.

3. 쟁점합의서 ‘별지3 권리위임 확약서’의 주요내용은 다음과 같다.

4. 쟁점합의서 ‘별지4 시행권 포기각서’의 주요내용은 다음과 같다. (나) 쟁점사업 관련 상가의 등기사항전부증명서에 의하면 2009. 12.10. 준공되어 청구법인에 소유권 이전되었다가 같은 날 OOO에 신탁(관리)등기된 사실이 나타난다. (다) 2010.6.3. 청구법인과 OOO건설은 쟁점사업 양도대가로 쟁점상가를 청구법인에게 이전하는 것으로 합의(확인서 제시)하여 청구법인은 쟁점사업 수임인의 지위로 쟁점사업 관련 상가에 관한 OOO과 체결한 관리신탁을 해지하는 한편, 쟁점상가는 청구법인에 소유권 이전되었고, 2010.6.4. 미분양상가 154개에 대해 OOO건설을 채무자 및 수익자로 하는 담보신탁계약을 주식회사 OOO과 체결한 사실이 나타난다. (라) 청구법인의 2010사업연도 재무제표에 대한 주석에 기재된 쟁점사업양수도 내역은 다음과 같다. (마) 청구법인은 2010.11.19. OOO건설로부터 쟁점사업 양도대가 OOO원을 지급받은 사실이 관련 장부에 나타난다.

(3) 처분청은 쟁점사업양수도 양도금액 OOO원을 관련 상가의 건물 및 토지의 기준시가 비율대로 안분하는 등 아래 <표2>와 같이 산정한 건물의 공급가액 OOO원을 과세표준에 합산하여 청구법인에게 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다. <표2> 쟁점사업양수도 과세표준 산정내역 (단위: 원)

(4) 처분청은 쟁점사업양수도는 청구법인이 OOO건설에 쟁점사업 관련 공사대금 미지급금에 대한 미분양상가 154개를 OOO원에 양도한 것이고, 쟁점사업 관련 상가 264개 중 쟁점상가 11개 및 미분양상가 19개를 제외한 일부의 부동산의 양도로서 사업의 포괄양수도 요건에 해당되지 않는 대물변제라고 보았으며 그 논거 및 제시한 관련증빙은 다음과 같다. (가) 쟁점합의서 제1조에 “청구법인이 쟁점사업의 분양율이 저조하여 시공사에 미수공사비 등이 발생함에 따라”라고 되어 있어 이는 청구법인이 쟁점사업을 활발히 수행하던 중 2009년경 OOO건설이 쟁점사업의 양도를 청구법인에게 제안하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다. (나) 청구법인의 2010사업연도 감사보고서상 재무제표에 대한 주석에 쟁점사업양수도에 따른 양도물건의 상세내역에 의하면 쟁점사업양수도시 OOO건설에 양도한 상가는 A동 107호 등 154개를 OOO원에 양도한 것으로 되어 있어 쟁점사업 관련 상가 264개 중 일부만 양도한 것으로 이는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 경우에 해당되지 않는다. (다) 쟁점상가의 경우 쟁점합의서 제2조 제3항 제5호에서 청구법인 또는 청구법인이 지정하는 자에게 분양하여야 하고, 본건 합의 후 준공일 이전에 분양계약을 체결하여야 한다고 되어 있는 등 쟁점사업양수도는 쟁점사업 관련 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로 볼 수 없으며, 쟁점상가 중 A동 601호～610호는 2015.6.29. 현재 사실상 청구법인의 소유(주식회사 OOO에 신탁 중)이고, A동 113호의 경우 청구법인이 2012.9.24. 제3자에게 양도한 사실이 나타나는 점, 청구법인은 2010사업연도 법인세 신고시 쟁점상가를 재고자산으로 분류하고 있고, 수입금액조정명세서상 분양매출 OOO원 및 임대료수입 OOO원이 신고된 사실이 나타나는 점으로 뒷받침된다.

(5) 청구법인은 쟁점사업양수도는 ｢부가가치세법｣ 제6조 제6항 제2호 의 규정에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당된다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제시하였다. (가) 쟁점사업 양도 경위를 보면 청구법인이 쟁점사업을 추진하던 중 2009년경 OOO건설이 그룹 패션업종 회사들의 사업확장을 위해 쟁점사업 전체를 양수하여 일부는 동 회사들에게 분양하고, 나머지는 일반분양하겠다는 제안을 하였고, 청구법인은 OOO건설로 하여금 쟁점사업을 대신 수행케 하는 것이 유리하다는 경영상 판단에 따라 쟁점사업의 사업권한과 관련된 일체의 권리를 청구법인에게 이전한 것으로 합의서 조항 중 미수공사비 등이 발생함에 따른 것이라는 일부 문구만을 근거로 쟁점사업양수도가 공사미지급금의 변제를 위한 것이라는 처분청의 의견은 타당하지 않다. (나) 2010.6.3. 기준 쟁점사업의 분양현황은 아래 <표3>과 같은바, 다음과 같은 근거로 청구법인은 전체상가 264개 중 기분양상가 80개를 제외한 184개를 쟁점사업양수도시 양도한 것으로 보아야 한다. <표3> 쟁점사업 상가 분양현황(2010.6.3. 기준)

1. 쟁점사업 관련 264개 상가 중 80개는 쟁점사업양수도가 있었던 2010.6.3. 당시 분양이 완료되어 수분양자들에게 소유권이 이전된 상태였다.

2. 분양계약이 체결되었으나 일부 잔금의 수수 및 소유권이전등기 절차가 남아 있던 19개 상가는 분양사업을 목적으로 체결하는 담보신탁 계약의 대상에 포함할 필요성이 없었고, 관련 분양대금 채권 등이 쟁점사업양수도시 포괄적으로 OOO건설에 이전되었으며, 위 상가들 중 14개 상가는 중도에 분양계약이 해지됨에 따라 OOO건설이 직접 해약금을 반환하고 추가 담보신탁 계약을 체결하였다가 이 중 1개는 재분양되어 분양이 완료되었는바, 동 사실의 근거로 OOO 건설이 해약된 상가의 중도금을 반환한 사실이 나타나는 관련 회계장부, 추가 담보신탁 계약서를 제시하였다.

3. 청구법인 명의로 소유권 이전된 쟁점상가 11개는 쟁점사업양수도시 포괄적으로 OOO건설에 이전되었다가 쟁점사업양수도 대가로 청구법인에게 재차 양도된 것으로 보아야 한다. (다) OOO건설은 2010.6.4. 미분양 상가 154개에 대해 담보신탁계약을 체결하여 현재까지 분양사업을 수행하고 있는 사실이 OOO건설 홈페이지 분양현황에 나타나고 있어 쟁점사업은 경영주체만이 청구법인에서 OOO건설로 교체되어 사업의 동일성이 유지된 채 진행되고 있고, 쟁점사업양수도로 인한 상가 분양수입금에 대한 부가가치세의 국고손실도 전혀 초래하지 않았다. (라) 청구법인은 쟁점사업양수도 회계처리시 쟁점상가에 대해 별도의 회계처리를 하지 아니하였으나, 청구법인의 손익에 미치는 영향이 없어[이전대상 자산(대변) 및 양도대가(차변)가 동시에 계상되는 경우 양도차익에 영향 없음] 쟁점사업의 양도대상에서 쟁점상가가 제외되었다는 증거가 될 수 없다. (마) 청구법인의 2010사업연도 법인세 신고서상 분양매출 및 임대료수입 신고와 관련하여 쟁점사업양수도일인 2010.6.3. 이전의 경우 쟁점사업 상가들 중 일부의 분양매출 및 청구법인이 추진 중이던 타 사업의 분양매출이 포함되었고, 그 이후에는 쟁점사업과 관련하여 2개 상가의 일부 분양대금이 포함되어 있으나 이는 OOO건설의 부탁으로 청구법인이 동 분양대금의 세금계산서를 대신 발행함에 따른 것으로 2010.10.19. 쟁점사업양수도 회계처리시 OOO건설에 분양미수금을 양도하는 방식으로 정산을 한 사실이 청구법인 회계장부로 확인되며, 2010년 7월 이후 쟁점사업 관련 상가들의 임대료 수입은 전혀 계상되어 있지 아니하는 등 수입금액조정명세서상 분양매출 OOO원 및 임대료수입 OOO원이 신고된 사실을 근거로 쟁점사업 관련 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 타당하지 않다. (바) 결론적으로 이 건 쟁점사업양수도 관련 합의서 체결이 양도대가의 지급보다 선행되었으므로 양도대가의 지급을 담보할 필요가 있었고, 같은 사유로 양도대가 중 현금으로 받기로 한 금원에 대해 약속어음을 교부받아 지급의 담보를 하기도 한 점, 쟁점상가의 경우 쟁점합의서상 “11개 상가에 대한 확정이익”이라고 표현한 것은 쟁점상가를 제외하고 쟁점사업을 양도할 것을 예정한 것이 아니라 쟁점사업 양도대가의 지급을 담보하기 위한 예비적 성격으로 해석하는 것이 타당한 점 등을 감안할 때 쟁점사업양수도는 ｢부가가치세법｣ 제6조 제6항 제2호 의 규정의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양도에 해당한다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점사업양수도 대상에 쟁점상가 11개호와 분양상가 중 잔금지급이 완료되지 않은 19개호가 각 제외되었으므로 이는 쟁점사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시킨 경우에 해당되지 아니한다는 의견이나, 청구법인과 OOO건설 간에 2009.9.14. 체결된 쟁점합의서 제2조 제1항에서 청구법인은 사업부지소유자로서의 권한, 건축주로서의 권한, 분양계약체결 등에 관한 권한, 분양대금결정 및 할인분양에 대한 권한, 분양광고에 대한 권한, 공사대금 결정 및 지급에 대한 권한, 설계변경에 대한 권한 등 쟁점사업의 사업권한과 관련된 일체의 권리 및 쟁점사업 관련 PF대출금 등 관련 부채 모두를 쟁점합의서를 체결함과 동시에 OOO건설에 위임 및 이전하는 것으로 명시되어 있고, 청구법인과 OOO건설은 쟁점합의서의 내용대로 2010. 6.3. 쟁점영업양수도를 실행한 사실이 나타나며, OOO건설은 쟁점사업양수도 이후 현재까지 쟁점사업 관련 분양사업을 수행하고 있는 점, 쟁점합의서 제2조 제3항 제5호에 의하면 청구법인은 쟁점사업양수도 대가로 쟁점사업 토지계약금 OOO원 및 쟁점합의서 제2조 제3항 제6호에 따른 OOO건설의 청구법인에 대한 쟁점상가 분양대금 대여금의 상환비용을 지급받기로 하였다가 쟁점사업양수도일인 2010.6.3.까지 청구법인이 추진 중이던 쟁점상가의 요양시설 입점이 계획대로 이행되지 아니하자 쟁점상가 분양대금 대여 및 대여금 상환비용을 지급받는 대신 쟁점사업양수도 대가로 청구법인이 쟁점상가를 직접 이전받는 내용으로 OOO건설과 합의한 것으로 보여 쟁점사업양수도 이후에도 쟁점상가의 소유권이 사실상 청구법인에 있다는 사유만으로 쟁점사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하지 아니한 것으로 보기는 어려운 점, 분양계약이 체결되었으나 일부 잔금의 수수 및 소유권이전등기 절차가 남아 있던 19개 상가의 경우 분양대금 채권이 OOO건설에 이전된 사실이 청구법인의 회계장부에 나타나고, 이 중 14개 상가는 중도에 분양계약이 해지됨에 따라 OOO건설이 직접 해약금을 반환하고 추가 담보신탁 계약을 체결한 사실이 관련 담보신탁 계약서에 나타나는바, 위 19개 상가와 관련된 모든 권리가 OOO건설에 이전된 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점사업양수도 회계처리시 쟁점상가를 OOO건설에 이전하였다가 쟁점사업양수도 대가로 지급받은 별도의 회계처리를 하지 아니하였으나, 회계처리 내용만으로 쟁점사업양수도가 권리와 의무를 포괄적으로 승계한 것인지 여부를 판단하기 보다는 쟁점합의서 등 관련 계약서의 내용 등 제반사정을 종합적으로 감안하여 판단하여야 할 것인 점, 청구법인이 2010사업연도 법인세 신고시 수입금액조정명세서상 분양매출 및 임대료수입은 쟁점사업양수도일인 2010.6.3. 이전에 발생된 것으로 쟁점사업의 포괄적 승계 여부와 관련이 없는 사실관계로 보이는 점 등에 비추어 쟁점사업양수도는 ｢부가가치세법｣ 제6조 제6항 제2호 의 규정에 따른 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점사업양수도를 사업의 포괄양도가 아닌 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.