과,면세 겸업사업자에게서 임차권 등 시설물 및 영업권 매입시 매입세액을 안분계산하여야 함

심판청구를 기각한다.

• 가. 부가가치세 과세사업과 면세사업 (이하 “과․면세사업”이라 한다) 의 겸업법인인 OOO 농업회사법인 합자회사(이하 “OOO”이라 한다)가 임차하고 있는 OOO 지점의 임차권 등 제반권리를 청구법인에게 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)할 때 양도가액 전액인 OOO원에 대해 세금계산서를 발행․교부하였고 청구법인은 2010년 제2기 부가가치세 신고시 이를 전액 매출세액에서 매입세액으로 공제하여 신고하였다.
• 나. OOO장은 OOO에 대한 법인세 세무조사결과 쟁점거래에 대해 세금계산서 발행시 과․면세사업으로 안분계산을 하지 않아 청구법인이 과다공제한 금액 OOO원에 대해 처분청에 매입세액 불공제대상으로 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2015.2.9. 청구법인이 과다하게 공제받은 세금계산서 공급가액 OOO원에 대해 매입세액 불공제하여 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 OOO에 지급한 임차권리금 OOO원은 OOO의 주된 사업의 범위 내에서 공급한 부가가치세 과세 또는 면세 재화에 해당하지 아니하며, 부동산의 임차인의 지위에서 임대사업장을 제3자에 이전하면서 통상 수령하는 임차권리금을 수취한 것에 불과하다. 권리금이라 함은 일반적으로 ① 장소적 이익에 대한 대가(바닥권리금), ② 시설비 명목의 권리금(시설권리금), ③ 특정 점포가 가지고 있는 고객이나 명성에 대한 대가(영업권리금)로 나눌 수 있는바, 시설권리금 및 영업권리금의 경우 양도자가 영위하던 기존 사업과의 연관성이 밀접하여 과세 및 면세사업 비율로 안분함이 타당할 것이다. 쟁점거래 임차권리금의 경우 바닥권리금에 해당될 것으로 판단(OOO의 영위사업인 농수산물 등 유통과 청구법인의 영위사업인 카페가 확연히 상이함)되며 또한, OOO의 기존 영위사업과 장소적 이익과의 연관성이 희박하므로 실지귀속이 불분명한 재화의 공급으로 단정할 수 없으며, 오히려 기존 사업과는 무관하게 개별적으로 거래된 재화의 공급으로 보아야 함이 타당하다.

(2) 처분청은부가가치세법제39조 제1항 제2호에 따라 관련 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과하였으나, 청구법인의 경우 ① OOO과의 사업양수도 계약이 정상적인 계약에 해당하였으며, ② 정상적인 거래에 대하여 OOO이 교부하는 세금계산서의 적정성에 대하여 비정상적인 세금계산서에 해당되는지 여부를 판단할 수 있는 지위에 있지 아니하다. 청구법인은 OOO과의 쟁점거래 당시 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로서 매입세금계산서를 수취한 것이므로 그 매입세액을 공제함이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 과․면세사업 공통사용재화의 과세표준 안분계산이란 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 과세되지 않는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 해당 대가로서 받는 금액 중에 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급가액에 해당하는 과세표준을 안분하여 계산하는 것을 말한다. 이는 해당 재화가 부가가치세 과세사업 또는 면세사업에 공통으로 사용․소비되어 부가가치를 창출하였으나, 어느 사업에 사용하는지 실지 귀속이 불분명하므로 해당 재화의 공급시 공급한 날에 가장 가까운 직전과세기간의 공급가액을 기준으로 과세표준을 안분계산하여 과세 사업 해당분만을 부가가치세 과세대상으로 삼겠다는 취지라 할 수 있다. 이 경우 해당 사업자는부가가치세법제32조 제1항에 따라 과세사업 해당분을 공급가액으로 기재하여 세금계산서를 교부하여야 하며, 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재한 매입세액은부가가치세법제39조 제1항 제1호에 따라 공제받지 못할 매입세액에 해당한다.

(2) 청구법인은 쟁점거래가 OOO의 주된 사업 범위 내에서 공급한 재화에 해당하지 않는다고 주장하나, OOO은 쟁점거래의 양도 목적물인 해당 임차물에서 과․면세사업을 겸업하여 왔으며, 관련 임차료 등에 대해서는 OOO이 공통매입세액으로 보아 안분계산을 이행하여 왔음이 부가가치세 신고서를 통해 확인된다. 이에 OOO이 과․면세사업의 공통사용재화에 해당하는 해당 임차물에 대한 영업권 등 권리를 양도함에 있어서 부가가치세가 과세되는 재화의 공급가액에 해당하는 과세표준을 산출하기 위해 부가가치세법 시행령제63조에 따라 직전기 공급가액 기준으로 과세표준을 안분계산함은 타당한 것으로 판단된다. 이를 주된 사업의 범위 내에서 공급한 부가가치세 과세 또는 면세재화에 해당하지 않고 개별적으로 거래된 재화의 공급이라는 청구 주장은 근거가 없는 것으로 사료된다.

(3) 청구법인이 주장하는 선의의 거래당사자로서 매입세액 공제가 타당하다고 주장하는 근거는 부가가치세법 기본통칙57-103-1에 따른 것으로 이는 명의위장사업자와의 거래시 선의의 거래상대방을 보호하기 위한 법리로서 이 건 쟁점인 과․면세사업 겸업사업자의 과세표준 안분계산 관련 건과는 사안이 달라 해당 법리를 적용하기 어려울 것으로 사료된다. 또한, 청구법인이 주장하는 선의의 거래당사자를 인정한 판례는 민법상 ‘선의’의 개념을 차용하여 납세자에게 선량한 관리자로서의 주의 의무를 부여하고 있고부가가치세법상 ‘선의’에 기본적으로 무과실을 요구하고 있어 납세자의 약간의 주의의무 위반에 대해서도 책임을 져야 한다고 보고 있다. OOO은 해당 임차물에서 2009.9.1.부터 2011.4.30.까지 사업자등록증상 ‘OOO 영농조합법인 OOO’이란 상호로 사업을 운영하여왔고 청구법인이 OOO의 사업장 방문(영업형태, 판매재화 확인), 사업자등록증을 확인하는 등 약간의 주의의무만 기울이면 OOO이 과․면세사업 겸업법인이라는 것을 추측할 수 있는 점 등에 비춰볼 때 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다했다고 볼 수 없다고 사료된다.

• 가. 쟁점 과․면세사업 겸업사업자인 OOO이 과․면세사업 구분없이 전액 세금계산서를 발행하고 이를 수취한 청구법인은 매입세액 전액을 공제받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 부가가치세법 제29조 【과세표준】⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 "면세사업 등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제63조【과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산】① 법 제29조 제8항에 따른 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다. 이 경우 휴업 등으로 인하여 직전 과세기간의 공급가액이 없을 때에는 그 재화를 공급한 날에 가장 가까운 과세기간의 공급가액으로 계산한다

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점거래 관련 권리양수도계약서를 보면 2010.11.23. 계약금 OOO원, 2010.12.10. 잔금 OOO원을 수수하기로 되어 있고, 양도․양수할 대상 물건의 임대차 계약내용을 보면 소유자는 OOO으로 되어있으며, 임대차기간이 2009.9.1.～2011.4.30.(20개월)이다. (2) OOO장의 OOO에 대한 법인세 세무조사서 내용을 보면 OOO 지점의 영업권 등을 청구법인에 양도시 교부한 세금계산서 OOO원에 대한 면세 및 과세 안분계산을 착오하여 세금계산서를 전액발행 후 기타 매출을 감소시킨 사실이 확인된다.

(3) OOO은 쟁점거래 사업장에서 2009.9.1.부터 2011.4.30.까지 사업자등록증상 ‘OOO 영농조합법인 OOO’이란 상호로 과․면세사업을 겸업하여 운영하였고, 관련 임차료 등에 대해서도 공통매입세액으로 보아 안분계산을 이행하였음이 부가가치세 신고서를 통해 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점거래의 임차권은 OOO이 포기해야 하는 시설비와 영업권으로 과․면세사업 공통사용재화로 판단되어 안분계산함이 타당하고, 청구법인이 OOO의 사업장 방문(영업형태, 판매재화 확인), 사업자등록증을 확인하는 등 약간의 주의의무만 기울이더라도 OOO이 과․면세겸영사업자라는 것을 알 수 있는 점 등에 비추어 청구법인을 선의의 거래당사자로도 보기 어려워 처분청이 청구법인에게 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 경정․고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.