조세심판원 심판청구 법인세

청구법인의 차세대 전산시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용이 연구인력개발비세액공제 적용 대상인지 여부

사건번호 조심-2015-서-2349 선고일 2018.09.04

처분청이 쟁점용역대가가 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외되는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 OOO에서 금융‧보험업을 영위하는 법인으로, 2011.3.10. OOO 주식회사(이하 “수탁업체”라 한다)와 차세대 전산시스템 구축개발을 위한 계약을 체결하고 2011년부터 2013년까지 수탁업체에게 전산시스템 구축에 대한 용역대가 OOO원(이하 “쟁점용역대가”라 한다)을 지급하였다. OOO
  • 나. 이후 청구법인은 쟁점용역대가가 조세특례제한법 제10조 의 “연구·인력개발비에 대한 세액공제”(이하 “연구‧인력개발비세액공제” 라 한다) 적용 대상에 해당한다 하여 2015.1.26. 법인세 합계 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
  • 다. 처분청은 쟁점용역대가가 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외되는 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목의 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용”에 해당한다고 보아 2015.3.20. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 2011.12.31. 개정된 조세특례제한법 제9조 제5항 에 의하면 연구개발활동은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하는바, 청구법인의 차세대 전산시스템은 금융환경 변화에 대응하여 고객에게 새로운 서비스를 제공하고 기술적 진전을 이루기 위한 활동의 일환으로서 조세특례제한법상의 연구개발활동에 해당하므로 쟁점용역대가는 조세특례제한법 제10조 의 연구‧인력개발비세액공제 적용 대상이다. (가) 청구법인은 과거 고객의 내방 또는 영업사원의 방문을 통하여 보험상품을 판매하고 수익을 거두는 사업구조를 가지고 있었으나, 2008년 자본시장과 금융투자업에 관한 법률이 시행된 이후 청구법인이 제공하는 서비스의 범위는 단순 보험의 영역을 넘어서 대출 등 금융의 영역까지 확장되었고, 청구법인의 고객들은 인터넷 및 모바일기기 등을 통하여 24시간 365일 서비스를 제공받기를 원하게 되었으며, 사회적으로는 금융정보 등 개인정보보호의 필요성이 대두되는 상황이 발생하였다. 이에 따라 청구법인은 변화하는 금융환경에 대응하고 인터넷이라는 새로운 매체를 통하여 해킹의 위험으로부터 안전하게 서비스를 제공하기 위하여 차세대 전산시스템을 구축하게 되었고, 이는 결국 새로운 서비스 제공을 위한 활동의 일환이다. (나) 법원은 생명보험업을 영위하는 법인이 지출한 전산개발용역비가 “대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화와 효율화를 달성하기 위한 체계적이고 종합적인 시스템을 구축함으로써 기술적 진보를 이루기 위한 활동인 점”을 근거로 연구개발비에 해당한다고 판시(서울행정법원 2013.8.22. 선고 2012구합31885 판결, 서울고등법원 2014.4.24. 선고 2013누26370 판결, 대법원 2014.9.4.자 2014두7459 판결)하였는바, 청구법인이 수탁업체에게 발주한 차세대 전산시스템 구축개발은 종합 시스템 구축활동으로서 법원이 인정한 연구개발활동에 해당한다.

(2) 처분청은 청구법인의 차세대 전산시스템이 조세특례제한법상의 전사적 기업자원 관리설비에 해당하는 것으로 주장하고 있으나, 청구법인의 차세대 전산시스템은 전사적 기업자원 관리설비 외에 다른 설비로서의 성격을 가지고 있어 2010.2.18. 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 “전사적 기업자원 관리설비 등”에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 그 개발비용을 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외할 수 없다. (가) 기업의 전사적 기업자원 관리설비인 ERP 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하기 때문에 연구‧인력개발비세액공제에서 제외되는 것인바, 청구법인의 차세대 전산시스템 구축개발은 정형화된 ERP 등의 구축과는 명확히 구별되는 연구개발활동이고, 청구법인의 차세대 전산시스템은 OOO 주식회사나 OOO등이 개발한 프레임워크를 사용하여 구축한 것이 아니라 자체 개발한 프레임워크를 이용하여 완벽하게 업무모듈의 표준화를 이룩한 것이다. (나) 차세대 전산시스템은 일반적으로 금융기관의 비즈니스 전략을 효과적으로 반영하고 지원할 수 있도록 비즈니스와 첨단 IT가 이상적으로 통합된 시스템을 말하며, 서비스의 효율적인 제공을 위하여 금융기관에 새로 도입되는 하드웨어, 소프트웨어, 운영체계 모두를 말하는 것인바, 청구법인은 차세대 전산시스템을 ① 고객 맞춤형 서비스 제공, ② 신속한 금융상품 출시, ③ 업무효율성 향상, ④ IT 서비스 생산성 제고, ⑤ 정보보안수준 강화라는 5대 차세대 개선 목표 하에 진행하였으며, 이러한 청구법인의 시스템 개발 목적은 경영관리를 위한 것이 아니라 주로 고객에게 신속하게 맞춤형 서비스를 제공함으로써 타 금융사와의 경쟁에서 우위를 점하기 위한 것이었다. (다) 청구법인은 인터넷, 전화, 홈쇼핑, 방카슈랑스 등 다양한 채널을 통하여 고객과 소통하고 영업활동을 진행하는바, 종전에는 채널별 별도 시스템으로 고객 및 상품을 관리함에 따라 많은 문제점이 야기되었으나, 차세대 전산시스템 개발 후에는 채널이 통합되어 어떤 채널이든 고객에게 동일한 서비스를 제공할 수 있게 되었으며, 채널별 정보 공유 및 실시간 업무처리가 가능하게 되었다. 즉, 청구법인은 차세대 전산시스템 개발을 통하여 여러 개의 개별 시스템에 산재하던 고객정보를 통합하여 체계적으로 관리할 수 있게 되었고, 고객별로 맞춤형 서비스 공급이 가능하게 되었다. (라) 그 외에 차세대 전산시스템 구축에 따라 청구법인은 ① 상품기초서류 및 요율 정보 등을 상품관리시스템을 통하여 통합‧자동화함으로써 체계적이고 안정적인 상품정보관리가 가능하게 되었고, ② 상품구조의 변화에 유연한 시스템을 구축하게 되었으며, ③ 상품의 자동검증 시스템을 구축하고 상품 출시 전후 공정관리를 체계화하였으며, ④ 상품 모니터링 정보관리 시스템을 구축하게 되었다. 또한 고객이 필요로 하는 상품출시 기간 역시 단축되었으며, 고객들이 인터넷을 통하여 실시간으로 보험상품을 조회하고 가입할 수 있게 되었고, 고객 본인이 가입한 보험상품의 조회도 24시간 가능하게 되었다. (마) 조세특례제한법 및 같은 법 시행령에는 설비 또는 시스템으로 전사적 기업자원 관리설비 뿐만 아니라 전자상거래설비, 생산공정정보화 시스템, 기업간 정보공유시스템, 통합지원 소프트웨어, 판매시점 정보관리 시스템설비, 정보보호 시스템설비, 공급망 관리 시스템설비, 고객관계관리 시스템설비, 물류 프로세스 관리 시스템설비가 규정되어 있는데, 청구법인의 차세대 전산시스템은 단순히 내부적으로 기업 내 자원을 관리하는 수준이 아니라 신속한 상품개발, 대고객 판매 역량 강화, 자산운용능력 확보, 거래 제휴선 다양화 등 외부의 고객에 대하여 새로운 서비스를 제공하여 신규수익창출에 기여하기 위한 시스템으로서 조세특례제한법상 전자상거래설비, 정보보호시스템설비, 고객관계관리 시스템 설비 등 3가지 이상의 시스템과 유사한 기능을 수행하고 있고, 따라서 청구법인의 차세대 전산시스템을 단순히 조세특례제한법상의 전사적 기업자원 관리설비로 보는 것은 타당하지 아니하다.

(3) 처분청은 2010.2.18. 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 개정으로 모든 시스템 개발비용이 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외되었으므로 청구법인의 차세대 전산시스템 개발을 위한 위탁비용 역시 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외된다고 주장하나, 동 개정 규정은 모든 시스템 개발비용이 아니라 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 재무보고 시스템 등의 개발비용을 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외하기 위한 규정으로 보아야 한다. (가) 기업 발전과 더불어 전사적 기업자원 관리설비가 보편화‧범용화되면서 전사적 기업자원 관리설비 개발비용은 더 이상 새로운 기술적 진전이 있는 연구개발 활동이 아니라 소프트웨어 구입비용, 즉 단순자산 취득행위에 불과하다고 보게 되었고, 이에 2010.2.18. 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 개정으로 기업의 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용을 연구‧인력개발비세액공제 대상의 범위에서 제외하게 되었는바, 이는 전사적 기업자원 관리설비 개발비용을 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 배제하고자 하는 것일 뿐 모든 시스템 개발비용을 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 배제하려는 것으로 볼 수 없다. (나) 또한 2010.2.18. 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6]에서 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외하는 대상을 단순히 “시스템”이라고 규정하지 아니하고 “전사적 기업자원 관리설비 등”으로 규정한 것은 전사적 기업자원 관리설비 및 재무보고 시스템과 같이 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 시스템만을 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외하려는 취지로 보아야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 차세대 전산시스템 구축비용은 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동이 아니라 기존 전산시스템을 개선하기 위한 비용이므로 연구‧인력개발비세액공제 적용 대상에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 차세대 전산시스템 개발이 2011.12.31. 개정된 조세특례제한법 제9조 제5항 의 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동”에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 “차세대시스템 구축사업 사업수행계획서”에 의하면 그 사업목표가 “업무생산성‧효율성 및 영업경쟁력 극대화, IT효율 및 생산성 개선 등을 통해 업계 최고 수준의 업무환경 제공으로 차별화된 경쟁력을 창출하여 비젼의 실현을 지원하는 것”이고, 세부목표는 “업무생산성 및 효율성 향상, 영업경쟁력 강화, 리스크 관리 강화, 온라인 시스템 효율화, 배치 시스템의 고도화, 안정적인 인프라”로 되어 있는바, 이는 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동이라기보다는 청구법인의 업무생산성 및 효율성과 영업경쟁력을 강화하기 위하여 기존의 인적‧물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 전산시스템을 개선하기 위한 것으로서 조세특례제한법 제5조의2 제1항 에서 규정하고 있는 전사적 기업자원 관리설비의 개선활동에 해당하는 것이다. (나) 청구법인이 인용한 대법원 및 하급심 판례(대법원 2014.5.29. 선고 2014두2348 판결, 서울행정법원 2013.8.22. 선고 2012구합 31885 판결)는 2010.2.18.자로 조세특례제한법 시행령이 개정되기 전 사업연도에 관한 판례로, 2010.2.18. 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목의 개정으로 2010.1.1. 이후 연구개발용역 등 위탁비용 중 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외하는 것으로 명백히 규정하고 있으므로 설령 기술적 진전을 이루었다 하더라도 이 역시 시스템 개발로서 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외되어야 한다. (다) 청구법인이 주장하는 바와 같이 차세대 전산시스템이 새로운 서비스 개발을 위한 활동이라고 하더라도 2011.12.31. 조세특례제한법 개정으로 새로운 서비스 개발을 위한 활동이 연구개발 활동으로 추가되면서 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발을 위한 활동”의 경우 자체연구개발비용만 연구‧인력개발비세액공제가 적용되는 것으로 하였으므로 청구법인의 주장과 같이 차세대 전산시스템 개발이 고객들에게 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동에 해당한다면 청구법인의 위탁개발비용은 더더욱 연구‧인력개발비세액공제를 적용받을 수 없다.

(2) 청구법인의 전산시스템 구축활동은 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용에 해당하므로 연구‧인력개발비세액공제를 적용받을 수 없다. (가) 연구개발비용에 대하여는 일차적으로 이를 비용으로 인정해 주고 일정 요건을 갖춘 경우에 추가로 세액공제를 하여 주는 것인바, 2010.2.18. 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목에서 연구개발용역 등 위탁비용 중 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외하는 것으로 명백히 규정하였고, 청구법인의 차세대 전산시스템 연구개발비용은 2011∼2013사업연도분으로서 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 개정 이후 발생한 연구개발비이며, 이는 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발 비용에 해당하므로 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외되어야 한다. (나) 청구법인은 차세대 전산시스템 구축활동이 전사적 기업자원 관리설비 등의 구축과 명확히 구분되는 활동이라고 주장하나, 조세특례제한법에서 정의하고 있는 전사적 기업자원 관리설비(ERP)는 청구법인의 주장처럼 단순히 경영관리(재무관리, 관리회계)를 위한 개별시스템만을 말하는 것이 아니라 기업의 인적‧물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 포괄적인 시스템을 말하는 것이고, 이는 청구법인이 RISK 분석, 상품관리시스템 등을 통합하는 전사 차원의 통합시스템이라고 주장하는 청구법인의 차세대 전산시스템과 차이가 없다. (다) 청구법인은 차세대 전산시스템이 전자상거래설비, 정보보호시스템설비, 고객관계관리시스템설비 등 3가지 이상 시스템의 기능을 수행하고 있어 단순한 전사적 기업자원 관리설비에 해당하지 아니한다고 주장하나, 2010.2.18. 개정된 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목에서 연구‧인력개발비세액공제 제외 대상을 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발”로 규정한 것은 연구‧인력개발비세액공제 적용시 전사적 기업자원 관리설비 뿐만 아니라 이와 유사한 시스템도 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외하기 위한 것인바, 전자상거래설비, 정보보호시스템설비, 고객관계관리시스템설비 등은 기업의 시스템 투자와 관련된 것으로 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 설비에 해당하므로 연구‧인력개발비세액공제에 해당하지 아니한다. 또한, “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발”의 의미는 조세특례제한법에서 찾아야 하는바, 조세특례제한법 제24조 제1항 의 생산성향상시설 투자세액공제 대상을 보면 2003년 조세특례제한법 개정 당시 생산성향상시설 세액공제 대상을 서비스 업종까지 확대하면서 전사적 기업자원 관리설비(ERP)와 함께 공급망관리(SCM), 고객관계관리(CRM), 시스템통합(SI) 등을 규정하였고, 그 개정취지를 전사적 기업자원 관리설비(ERP)와 유사한 정보투자인 공급망관리(SCM), 고객관계관리(CRM), 시스템통합(SI) 투자에 대하여도 전사적 기업자원 관리설비(ERP)와 동일하게 세제지원하기 위한 것이라고 하고 있으므로, 전자상거래설비, 정보보호시스템설비, 고객관계관리시스템설비 역시 전사적 기업자원 관리설비와 유사한 설비에 해당하는 것으로 보아야 한다. (라) 청구법인은 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 “전사적 기업자원 관리설비 등”의 의미를 전사적 기업자원 관리설비 외에 재고 및 생산관리, 재무보고 시스템에만 한정된 것으로 축소해석하고 있으나, 조세특례제한법 제5조의2 제1항 은 전사적 기업자원 관리설비를 “구매‧설계‧건설‧생산‧재고‧인력 및 경영정보 등 기업의 인적‧물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 설비”로 규정하여 경영정보를 구매‧설계‧건설‧생산‧재고‧인력과 관련된 경영정보로 한정하고 있지 아니하므로 청구법인의 주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인의 차세대 전산시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용이 연구‧인력개발비세액공제 적용 대상인지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지1> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011.3.10. 수탁업체와 “OOO 차세대시스템 구축 프로젝트 계약”이라는 명칭으로 차세대 전산시스템 구축개발 위탁계약을 체결하였는바, 사업명은 “OOO 차세대시스템 구축 사업”, 계약기간은 2011.2.9.부터 2013.4.8.까지, 계약금액은 OOO원(부가가치세 포함)이고, 업무범위는 청구법인의 주요업무에 대한 차세대시스템 구축 프로젝트(응용시스템 개발 부문, 인프라 구축 부문, S/W 아키텍처)로 되어 있으며, 사업목표는 업무생산성, 효율성 및 영업경쟁력 극대화, IT 효율 및 생산성 개선 등을 통해 업계 최고 수준의 업무환경을 제공함으로써 차별화된 경쟁력을 창출하는 것이고, 세부 목표는 업무생산성 및 효율성 향상, 영업경쟁력 강화, 리스크 관리 강화, 온라인 시스템 효율화, 배치 시스템의 고도화, 안정적인 인프라 등으로 되어 있다.

(2) 청구법인은 청구법인의 차세대시스템 개발 배경 및 내용, 도입 효과 등을 설명하기 위하여 차세대시스템 구성도, 차세대시스템 매뉴얼, 차세대시스템 추진성과(2013.12.3.), 상품개발 현황분석 및 개선방안 등을 제출하였고, 그 외 청구법인이 2013.5.11. 언론에 배부한 보도자료를 제출하였는바 동 보도자료의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 차세대 전산시스템 구축 프로젝트는 ① 고객 맞춤형 서비스 제공, ② 신속한 금융 상품 출시, ③ 업무 효율성 향상, ④ IT 서비스 생산성 제고 그리고 ⑤ 정보보안 수준 강화라는 5대 차세대 개선 목표하에 진행되었다. (나) 청구법인은 차세대 전산시스템 구축에 따라 고객 맞춤형 서비스 제공을 위하여 전사 고객 정보와 서비스 이력을 통합관리함으로써 고객정보의 정합성을 높이고, 고객 유형을 14개에서 79개로 세분화하여 고객 개개인을 위한 맞춤형 서비스를 제공할 수 있게 되었으며, 프로세스를 업무처리자 중심에서 고객 중심으로 변경하여 고객의 보험계약, 보상처리, 약관대출 등의 모든 정보를 한눈에 파악할 수 있도록 함과 동시에 보헙가입설계 시간 단축(20%), 보험금 자동산출기능 제공 등을 통하여 고객 편의성을 대폭 향상시켰고, 신속한 금융상품 출시를 위해 업무기능별로 분해/조립이 가능하도록 설계된 “상품팩토리” 기능을 구현함으로써 빠르게 변하는 금융시장과 복잡 다양한 고객의 요구에 일치하는 상품 개발이 가능하게 되었다. (다) 한편 ① OOO와 연계된 자체 개발 OOO를 이용해 업무모듈의 완벽한 표준화를 이룩하였고, ② 전사시스템과 어플리케이션 정보를 통합관리하여 모든 업무 서비스의 End-To-End 모니터링을 가능하게 하였으며, ③ 통합인터페이스(ESB) 구축으로 대내/외 인터페이스 개발 시간을 단축함과 동시에 ④ 온라인 연계 및 정보계 전환을 통해 기존의 Batch 작업량을 40% 이상 개선하는 등 IT 서비스 생산성의 대폭적인 향상이 기대되며, 이 밖에도, 데이터베이스 고객정보암호화, 웹구간 암호화를 전사차원으로 확대적용하여 금융 당국이 요구하는 높은 정보보안 수준을 확보하게 되었다.

(3) 청구법인은 청구법인이 구축개발한 차세대 전산시스템은 정형화된 ERP 등의 구축과는 명확히 구별되는 것이라고 주장하면서 청구법인의 차세대 전산시스템과 기업의 전사적 기업자원 관리설비인 ERP 개발의 대조‧비교표를 <별지2>와 같이 제출하였다.

(4) 조세특례제한법상 연구‧인력개발비세액공제 및 기업의 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 투자에 대한 세제지원 관련 개정 내용은 다음과 같다. (가) 2008.12.26. 개정된 조세특례제한법 제9조 제5항 은 “연구개발이란 과학적 기술적 진전을 이루기 위한 활동”이라고 하여 연구개발에 대한 개념정의 규정을 신설하였는데, 당시에는 그 개념을 과학기술분야로만 한정하였다가 2011.12.31. 조세특례제한법 개정시 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다”라고 하여 연구‧인력개발비세제지원을 서비스 분야로까지 확대하면서 서비스분야는 과학 기술분야와는 달리 자체 연구개발비에 대해서만 세제지원하는 것으로 그 범위를 제한하였다. (나) 조세특례제한법 제5조의2 는 중소사업자가 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 지급받아 관련 설비에 투자하는 경우 그 투자금액을 손금에 산입할 수 있도록 하는 과세이연 특례를 부여하면서 투자대상 관련 설비로 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비(ERP)”, “전자상거래설비” 등을 규정하고 있다. (다) 내국인이 생산성향상시설(공정 개선 및 자동화 시설, 전자상거래 설비, 공급망관리시스템 설비, 고객관계관리 시스템설비 등)에 투자하는 경우 조세특례제한법 제24조 의 “생산성향상시설 투자에 대한 세액공제” 규정에 따라 투자금액의 3%(중소기업 7%)의 세액공제가 가능한바, 2010년까지 세액공제 대상이었던 전자적 기업자원 관리설비 및 전자상거래설비는 이미 상용화된 설비임을 이유로 하여 2011.1.1. 이후 투자분부터 세액공제 대상에서 제외되었다. (라) 연구‧인력개발비세액공제를 적용받는 비용은 조세특례제한법 시행령 [별표6]에서 열거하고 있는바, 2010.2.18. 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목 개정시 위탁 및 공동연구개발비용 중 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”라고 하면서 2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용하도록 규정하였는데, 당시 개정요강을 보면 동 개정안은 연구‧인력개발비세액공제 대상 비용을 합리적으로 조정하기 위해 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용 제외”를 명문화한 것으로 되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 차세대 전산시스템 구축개발이 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발과는 다른 새로운 서비스 전달체계 개발활동으로서 조세특례제한법상 연구개발활동에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 “차세대시스템 구축사업 사업수행계획서”에 의하면 그 사업목표가 “업무생산성‧효율성 및 영업경쟁력 극대화, IT효율 및 생산성 개선 등을 통해 업계 최고 수준의 업무환경 제공으로 차별화된 경쟁력을 창출하여 비젼의 실현을 지원하는 것”이고, 세부목표는 “업무생산성 및 효율성 향상, 영업경쟁력 강화, 리스크 관리 강화, 온라인 시스템 효율화, 배치 시스템의 고도화, 안정적인 인프라”로 되어 있는바, 이는 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동이라기보다는 청구법인의 업무생산성 및 효율성과 영업경쟁력을 강화하기 위하여 기존의 인적‧물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 전산시스템을 개선하기 위한 것이고, 이는 결국 기술변화 및 시대와 고객의 요구에 따라 종전 서비스가 기능·사용자·상품 중심으로 재편되고, 카드·방카슈랑스·유가증권 등의 서비스와 연계한 인터넷·모바일 등으로의 접근 방법이 확장되었을 뿐, 기본적으로 “기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형·무형의 설비”라는 본질적 속성에서는 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템”과 다르지 아니한 것으로 보이는 점, 2011.12.31. 조세특례제한법 개정으로 새로운 서비스 개발을 위한 활동이 연구개발 활동으로 추가되면서 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발을 위한 활동”의 경우 자체연구개발비용만 연구‧인력개발비세액공제가 적용되는 것으로 하였으므로 청구법인 주장과 같이 차세대 전산시스템 개발이 고객들에게 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동에 해당한다면 청구법인의 2012~2013사업연도분 위탁개발비용은 연구‧인력개발비세액공제를 적용받을 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점용역대가를 연구‧인력개발비세액공제 대상에서 제외되는 조세특례제한법 시행령 [별표6] 제1호 나목의 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용”으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)