청구법인이 특수관계자에게 쟁점토지를 저가 임대한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2015.1.14. 청구법인에게 한 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원 및 2014년 제1기분 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2006.6.2. OOO와 ‘OOOk 조성 민자유치사업 실시협약’을 체결하면서, OOO 국제신청사내 OOO을 신축하기 위해 필요한 토지인 서울특별시 OOO 외 6필지 잡종지 등 194,874㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO로부터 20년간 사용․수익하기로 한 후, 연간 토지사용료를 OOO원에 소비자물가지수변동율을 곱한 금액으로 하여 OOO에 납부하였다.
• 나. 청구법인은 2011년 12월 OOO 주식회사(이하 OOO”이라 한다) 및 주식회사 OOO와 각 84%, 5% 및 11%의 지분투자비율로 하여 OOO OOO을 완공한 후, OOO이 자신의 투자비율 5%를 초과하여 사용한 동 쇼핑몰 지하 1～5층 건물 49,820.7㎡ 및 토지 34,960.4㎡(전체 토지면적의 약 18%로, 건물과 합하여 이하 “쟁점사업장”이라 한다)에 대하여 2012.12.30. OOO과 OOO원(2개 감정평가기관의 평균 감정평가가액으로, 토지분 OOO원, 건물분 OOO원이며, 이하 “쟁점임대료”라 한다)을 연간 임대료로 수수하기로 하는 임대차계약을 체결하고, 쟁점임대료를 각 부가가치세 과세기간별 공급가액으로 하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 쟁점사업장의 임대료 중 건물분에 대하여는 청구법인의 감정평가가액을 인정하는 한편, 토지분에 대하여는 감정평가가액을 부인하고, 당초 청구법인이 OOO에 지급한 연간 토지사용료를 기준으로 재산정한 OOO원을 시가로 간주하여, 청구법인이 특수관계자인 OOO에게 쟁점사업장의 토지를 시가보다 저가에 임대한 것으로 보아 시가와 쟁점임대료와 차이에 대하여 2015.1.14. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제2기분 OOO원, 2012년 제1기분 OOO원, 2012년 제2기분 OOO원, 2013년 제1기분 OOO원, 2013년 제2기분 OOO원, 2014년 제1기분 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 세법상 시가를 정함에 있어서, 당해 거래와 유사한 상황에서 특수관계가 없는 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래한 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하는 것이나, 그 가격이 불분명하여 적용할 수 없는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항 의 규정에 따라 감정평가법인의 감정가액을 적용하여야 한다. 청구법인은 OOO이 초과 사용한 면적(토지 및 건물)에 대한 적정 임대료를 산정함에 있어서 유사 또는 인접 지역 내 불특정다수인과 계속적으로 거래한 쇼핑몰 등 임대가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래한 쇼핑몰 등 임대가격이 존재하지 아니하므로 차순위 방법인 감정평가가액을 시가로 보아 쟁점임대료를 정하기로 하였고, 감정평가기관 역시 쇼핑몰 건물의 임료산정을 위해 감정평가한 것임을 명시하고, 유사지역내 유사조건의 일반 사례가 존재하지 않는 것으로 판단하여 선순위로 적용하여야 하는 임대사례비교법을 적용하지 않고, 후순위로 대상물건의 가액에 기대이율을 곱하여 임대료를 산정하는 적산법을 적용하여 쟁점임대료를 산정하였으며, 기대이율 역시 쟁점사업장의 용도를 쇼핑몰로 전제한 뒤 산출한 것이다. 처분청은 쟁점임대료 중 토지임대료 감정평가가액을 무시한 채, 과거 청구법인과 OOO 간 자연녹지 용도인 쟁점토지 임대계약시 사용된 토지 임대가액과 청구법인과 OOO 간 임대계약시 쇼핑몰 용도로 감정평가된 건축물의 임대료의 합계가 쟁점임대료의 시가라는 의견이나, 쟁점사업장의 임대계약서상 용도는 판매시설로서, 토지와 건물로 각 구분되는 것이 아니며, 일반적으로도 판매시설을 임대하는 경우 당연히 부속토지의 사용은 수반되는 것으로 토지를 추가적인 임대차 대상으로 하여 별도의 임대차계약을 체결하지 아니함이 당연하다 할 것이므로 쟁점사업장의 임대료 시가를 산정함에 있어서 토지만을 별도로 구분하여 저가 여부를 판단한 것은 타당하지 않다. 청구법인과 OOO 간 임대차 목적물은 나대지 상태의 쟁점토지인 반면에, 청구법인과 OOO 간의 임대차 목적물은 쟁점사업장이고, 청구법인과 OOO 간 임대차거래와 청구법인과 OOO 간 임대차거래는 원칙적으로 상호 비교대상에 해당되지 아니하므로 청구법인과 OOO간 임대차거래에 청구법인과 OOO 간 임대차거래를 유사한 상황하의 매매사례가액으로 적용하여야 한다는 처분청의 의견은 근거가 없으며, 관련 조세심판원 선결정례(국심 2007전5117, 2010.6.30. 외 다수 같은 뜻임)는 일반적으로 토지의 가격은 개별성이 매우 강하여 연접된 토지라도 그 지목, 위치, 품위 등에 따라 가격이 다를 수 있고, 설사 같은 모지번에서 분할된 다른 토지의 매매사례가액이 있다고 할지라도 현황이 다른 경우에는 이를 다른 분할된 토지의 시가로 평가할 수는 없다고 하였으며 비교가능 거래가격을 엄격히 제한하는바, 청구법인과 OOO간 쟁점사업장 임대차시 동시에 임대차가 이루어지는 부속토지 임대가액에 청구법인과 OOO 간 나대지 상태의 토지임대가액을 비교가능 거래가격으로 적용하여야 한다는 처분청의 의견은 근거가 없다. 또한, 대법원 판례(대법원 1997.2.14. 선고, 95누13296 판결, 대법원 2013.9.21. 선고 2013두10335 판결)에서는 부당행위계산부인 규정 적용시 여러 자산을 포괄적으로 거래한 것으로 인정되는 경우에는 원칙적으로 개개의 자산별로 그 거래가격과 시가를 비교하여 고가양수 등에 해당하는지 여부를 판단할 것이 아니라, 그 자산들의 전체 거래가격과 시가를 비교하여 포괄적 거래 전체로서 고가양수 등에 해당하는지 여부를 판단하여야 하는 것으로 판시한바, 청구법인과 OOO간 쟁점사업장 임대차거래시 건축물 및 그에 따른 부속토지를 포괄적 임대차거래 전체로 보아 부당행위계산부인 해당여부를 판단하여야 하며, 처분청 의견에 따라 건축물 및 그에 따른 부속토지 각각에 대하여 부당행위계산부인 해당여부를 판단할 수는 없다. 따라서, 처분청이 쟁점사업장의 임대료 시가를 산정함에 있어서 토지와 건물을 각각 분리하여 시가를 달리 적용하는 것은 타당하지 아니하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO로부터 쟁점사업장의 토지를 포함한 전체면적 사용분에 대하여 토지사용료를 지급하였음이 OOO의 2011년도 OOO 토지사용료 고지 및 납부요청, 2012년도 토지사용료 산정고지, 2013년도 토지사용료 부과알림, 2014년 토지사용료 정정알림 및 OOO에서 청구법인으로의 전자세금계산서 발급 내용에 의해 확인되는데 이는 특수관계자 외 제3자간에 일반적인 거래로 볼 수 있는바, 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 해당하는 가액이 존재하므로 감정평가액에 우선하여 시가로 적용함이 타당하다. 청구법인은 쟁점사업장이 집합건물로서 원칙적으로 토지, 건물 구분없이 감정평가에 관한 규칙 제22조에 의거 임대사례비교법으로 임대료를 산정하여야 하나, 임대사례포착이 곤란한 점을 들어 감정평가기법 중 적산법을 이용하여 토지, 건물을 각각 구분하여 계산한 후 합한 것으로 감정평가상 토지 임대가액이 낮은 이유는 청구법인이 한국공항공사에 임대한 층이 지하 1층 내지 지하 5층인 점이 반영되었기 때문이라고 주장하나, 청구법인이 OOO에 지급하는 토지사용료를 보면, 전체금액에서 각 투자법인이 부담하는 사용료는 규모, 용도, 층수 등에 관계없이 각 투자 지분별로 청구법인이 84%, OOO이 5%에 해당하는 토지사용료를 지급하고 있는 것으로 확인되므로 이는 OOO OOO점 소유지분 5%에 대한 부속토지의 시가에 해당된다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점사업장에 대한 임대료의 시가를 산정함에 있어서 토지와 건물을 각각 분리하여 시가를 달리 적용한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 특수관계인에게 건축물에 딸린 부속토지를 저가 임대한 것으로 보아 그 차액에 대하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ④ 제3항에도 불구하고 특수관계인에게 공급하는 재화 또는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 공급한 재화 또는 용역의 시가를 공급가액으로 본다.

1. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 아무런 대가를 받지 아니한 경우

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다(단서 생략). (2) 부가가치세법 시행령 제62조(시가의 기준) 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가는 다음 각 호의 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격 (3) 법인세법 시행령 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인, 주식회사 OOO 및 OOO가 2006.6.2. 체결한 OOO 조성 민자유치사업 실시협약 제17조에는 사업시행자는 연간 토지사용료 납부예정액(OOO원)에 소정의 부가가치세를 가산하여 매년 1회 OOO의 청구에 의하여 납부하고, 운영기간 중의 토지사용료는 매 직전년도의 연간 토지사용료에 소비자물가지수변동율을 곱한 금액을 OOO에 납부하는 것으로 기재되어 있다. (나) 청구법인과 OOO이 2011.12.7. 체결한 쟁점사업장 임대차계약서에는 쟁점사업장의 용도가 판매시설로 되어 있고, 토지부분에 대한 별도의 계약내용은 기재되어 있지 않으며, OOO이 청구법인에게 지급하는 월 임대료는 청구법인이 부담한 임대차목적물에 해당하는 공사비 금원에 청구법인의 매월 평균 차입이자율을 곱한 금액(공급가액)으로 하는 것으로 기재되어 있다. (다) 쟁점사업장에 대한 처분청과 청구법인의 임대료에 대한 비교표는 아래와 같다. OOO

1. 청구법인이 산정한 임대료는 OOO의 감정평가가액 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원) 및 OOO의 감정평가가액 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)의 평균액이다.

2. 처분청이 산정한 쟁점사업장 토지의 임대료는 청구법인이 OOO에 지급하고 있는 쟁점토지의 임대료(OOO원)에 OOO의 초과사용 면적비율(18%)을 곱한 가액이다. (라) 청구법인이 OOO로부터 임차하고, 위 감정평가법인이 평가한 쟁점토지의 현황은 아래와 같다. OOO (마) OOO의 홈페이지 OOO → 경영공시 → 주요의사결정사항 → 이사회 의사록 → 제54차 의사록)에 공개된 동 공사의 2006.6.26.자 이사회 의사록(OOO 조성 민자유치사업 실시협약 체결보고)에는 쟁점토지의 사용료는 OOO원 내지 OOO원 정도이며, 예정가격이 OOO원이 된 것은 향후 20년간의 사업권 가액이 반영된 것이라는 발언 내용이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점사업장의 적정 임대료 산정에 있어 건물에 대한 감정평가가액은 인정하고, 토지에 대하여는 청구법인이 OOO에 지급한 연간 토지사용료를 시가로 보아 동 시가보다 낮은 감정평가가액을 적용한 것이 부당행위계산부인 대상이라는 의견이나, 부당행위계산은 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에 할 수 있는 것(대법원 1992.1.21. 선고 91누7637 판결, 같은 뜻임)이고, 여러 자산을 포괄적으로 양도한 것으로 인정되는 경우에는 개개의 자산별로 그 거래가격과 시가를 비교하여 포괄적 거래 전체로서 저가양도에 해당하는지 여부를 판단하여야 할 것(대법원 1997.2.14. 선고 95누13296 판결, 같은 뜻임)인바, 일반적인 거래관행상 판매시설을 임대할 경우 건물과 부속토지에 대한 임대료를 각각 산정하지 않고 건물을 중심으로 임대료를 산정하는 경우가 대부분이며, 쟁점사업장의 용도도 판매시설로서 토지에 대하여 별도의 임대차계약을 체결하지 않았던 점, OOO가 OOO 조성 민자유치사업 실시협약 체결보고를 위해 2006.6.26. 개최한 이사회의 의사록에 의하면 쟁점토지의 임차에 대하여 청구법인이 OOO에 지급할 적정 토지사용료는 약 OOO원 내지 OOO원 정도로 나타나고, 이는 청구법인이 OOO에 실제 지급한 OOO원보다 적은 것이어서 청구법인의 실제 지급액은 향후 20년간의 사업권 가액이 반영된 가격으로 보이는 점, 청구법인은 공개경쟁입찰에 의해 사업권을 확보하고 토지사용료를 납부하고 있는데 공개경쟁입찰 방식은 일시적이고 일반거래보다 높은 가격에 결정되는 것이 일반적이어서 당해 낙찰가를 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격으로 보기 어려운 점, 쟁점토지는 개발제한지역에 위치한바 동 개발제한지역은 현실적으로 매매나 임대가 거의 이루어지지 않는 지역이며 실제로 매매사례가액 등이 확인되지 않는 점, 쟁점사업장의 임대료를 산정한 감정평가기관도 임대사례를 찾기 어려워 임대사례비교법이 아닌 적산법에 의해 토지 및 건물을 각 구분하여 계산한 후 합산한 점, 실제로 쟁점사업장은 나대지 상태의 토지 위에 쇼핑몰을 신축한 것이어서 매매사례나 임대사례가 없다고 보이므로 시가가 불분명한 경우에 해당된다 할 것이어서 청구법인이 건물과 토지의 구분없이 2개의 감정평가법인의 감정평가가액의 평균액을 임대료로 삼은 것은 합리적으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점임대료를 사회통념상 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래가격이 아니라고 보기는 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점임대료에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.