자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 부인하고 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있음

OOO장이 2014.10.16. 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 가. 청구인(1934년생, 남자)은 아버지 망 OOO(이하 “피상속인”이라 한다)이 1937.2.25. 취득한 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1949.3.11. 상속받아 보유하다가 2013.2.15. OOO원에 양도하였고, 2013.4.13. 쟁점토지의 양도차익 OOO원에서 장기보유특별공제 OOO원을 차감한 OOO원을 양도소득금액으로, 양도소득세를 OOO원으로 하여 양도소득세 과세표준을 신고하고 해당세액을 납부하였다.
• 나. 처분청은 2013.9.23.～2013.10.11. 기간 동안 양도소득세 실지조사를 실시하여, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하여 2013.11.11. 청구인에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2013.12.20. 이의신청을 제기하였으며, 처분청은 2014.2.6. 청구인이 쟁점토지를 자경하였다고 보기는 어려우나, 피상속인이 쟁점토지를 취득하여 사망할 때까지 8년 이상 쟁점토지를 재촌․자경하였고, 쟁점토지는 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 에서 규정하고 있는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역 내의 녹지지역에 해당하는 토지로서 직계존속이 8년 이상 재촌․자경한 농지를 해당 직계존속으로부터 상속받은 토지로서 비사업용 토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제를 배제한 위 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분을 취소한다는 결정을 내렸다.
• 다. 청구인은 2014.8.19. 양도소득세 과세표준 신고시 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액 OOO원을 공제 누락하였다며 처분청에 위 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점토지를 자경하지 않은 것으로 보아 2014.10.16. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2015.1.2. 이의신청을 거쳐 2015.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인의 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산을 청구인은 1949.3.11. 아버지인 피상속인이 12년 이상 농지소재지에서 거주하면서 자경한 쟁점토지를 상속 취득하여 가족들과 함께 1년 이상 경작하였다. 피상속인은 쟁점토지를 1937.2.25. 취득하여 1949.3.11. 사망할 때까지 계속하여 자경하였고, 35세에 갑자기 사망함에 따라 장남인 청구인이 생계를 책임지는 가장이 되어 농사일과 학업에 열중하며, 1950.3.30. OOO를 졸업하고, 6.25 전쟁으로 상급학교 진학을 포기하고 농작물 경작에 매진하였다. 청구인은 농민후계자를 목표로 1953년에 OOO에 입학하여 가족과 함께 농사에 최선을 다하였으나, 전쟁 후의 농촌현실로 인해 농사만으로는 대가족의 생계를 유지하기 어려울 것으로 판단하여 1956년 4월에 다시 OOO 법학부에 진학하여 1963.2.26.에 졸업하였으나 별다른 취업자리가 없었고, 1960년에 결혼하여 아내와 두 자녀, 어머님과 동생들의 생계를 책임져야 했는바, 이와 같은 상황에서 농번기에는 농사일에 매진하고 밤에는 공부하는 주경야독 외에는 다른 선택의 여지가 없었으며, 그러던 중 1968.3.31. 공무원으로 임용되어 고향을 떠나게 되었고, 어머니와 동생들이 그 후 오랫동안 쟁점토지를 경작하였으며, 1982.12.31. 어머니가 고령이고 건강상의 이유로 농작물 경작이 어려워져 청구인이 쟁점토지에 주목 등을 재배하였고, 1985년 어머니가 사망한 뒤 1995.1.1.부터는 쟁점토지를 타인에게 위탁하여 대리경작하다가 2013.2.15. OOO원에 양도하였다. 이와 같이 청구인은 1949.3.11. 상속으로 쟁점토지 취득시부터 1968.3.31. 공무원에 임용되어 농지소재지를 떠나기 전까지 가장으로서 세대원인 가족들과 농사를 지어 생계를 유지하였고, 특히 1963.2.26. OOO 졸업시부터 1968.3.31. 공무원 임용시까지는 5년간 농업인으로서 직접 농작물 재배에 상시 종사하면서 오로지 농작업에 매진하였는바, 피상속인과 청구인의 쟁점토지 보유기간은 75년, 직․간접 경작기간은 56년 이상이고, 쟁점토지는 양도 당시 농지임이 확인된다. 청구인은 2013.4.18. 양도소득세 과세표준 신고시 자경사실을 뒷받침할 객관적인 증빙자료가 없었으므로 자경농지에 대한 감면신청을 포기하였던 것이나, 농지원부는 1996.1.1.부터 시행된 제도로서 1949년 피상속인 생존 당시에는 농지원부 제도가 없었고, 8년 자경의 요건도 현재와 같이 엄격한 증빙을 요구하지 않았기에 비료 등의 구입 영수증과 수확물 판매기록 등의 자료를 보관할 필요가 없었으며, 피상속인은 해방 이전에 특별한 직업이나 소득이 없어 농사일에 전념하였는바 이는 자경사실확인서를 통해 확인된다.
• 나. 처분청 의견 청구인의 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제를 구하는 이의신청 결정서에 나타난 바와 같이, 청구인은 쟁점토지를 상속받은 1949년부터 1963년까지 OOO전쟁 기간을 제외하고는 학생이었고, 1968년에 공무원에 임용되어 1989년까지 공무원으로 근무하다가 퇴직하였으며, 퇴직 이후 현재까지 계속하여 법무사업을 영위하고 있고, 1968년 이후 쟁점토지 소재 지역인 OOO에서 법무사업을 영위한 5년 정도의 기간을 제외하고는 계속하여 OOO에서 거주한바, 비록 대학을 졸업하여 공무원에 임용되기 전까지의 5년 정도는 청구인이 쟁점토지 소재 지역에 거주하였으나, 청구인이 당시로서는 상당한 고학력인 대학졸업자이면서 공무원에 임용된 점으로 보아 그 당시 청구인이 전적으로 농업에 종사하였다고 보기는 어렵고, 그 외의 기간은 학생 또는 공무원 신분이거나 법무사업을 영위하였으므로 쟁점토지를 직접 경작하였다고 보기는 어려울 뿐만 아니라, 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였음을 확인할 수 있는 농자재 구입 및 농작물 수확에 관한 증빙 또는 경작사실에 관한 다른 입증자료가 없으므로 청구인이 쟁점토지를 자경하였다고 보기는 어려운바, 청구인이 쟁점토지를 직접 경작하였음을 확인할 수 있는 추가 입증이 없는 이상 청구인의 자경사실을 인정하기는 어렵다.

• 가. 쟁 점 청구인 이 쟁점토지를 상속받은 후 1년 이상 계속하여 자경하였는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[괄호 생략] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

⑥ 소득세법 제89조 제1항 제2호 및 법 제70조의 규정에 의하여 농지를 교환·분합 및 대토한 경우로서 새로이 취득하는 농지가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에 있어서는 교환·분합 및 대토 전의 농지에서 경작한 기간을 당해 농지에서 경작한 기간으로 보아 제1항 본문의 규정을 적용한다.

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 주요 이력 등은 다음 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 주요 이력 등

(2) 청구인의 재촌 요건과 관련하여 주민등록표상 내역은 다음 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 주민등록표 내역

(3) 청구인의 법무사업 사업장과 관련하여, 청구인은 1989.10.21. OOO에서 법무사업 사업자등록을 하여 1995.8.11. OOO으로 사업장을 이전하였다가, 1997.1.3. 다시 OOO 교리로 사업장을 이전하였으며, 2002.6.1. OOO로 사업장을 이전한 것으로 나타난다.

(4) 처분청은 청구인이 쟁점토지 이외에 피상속인으로부터 상속받은 토지의 내역으로 다음 <표3>을 제시하였다. <표3> 청구인이 쟁점토지 이외에 상속받은 토지 내역

(5) 처분청의 경정청구 검토 보고서(2014년 10월)에 나타난 주요 내용은 다음과 같다.

(6) 청구인이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) OOO(1926년생)․OOO(1948년생)의 자경 사실 확인서(2013.7.24., 인감증명서 첨부)에 의하면, 쟁점토지는 청구인의 선친인 OOO이 1937.2.25. 취득하여, 누대로부터 살고 있던 고향인 OOO에서 거주하며, 가족과 함께 농작물을 경작하다가, 1949.3.11.자로 청구인의 선친인 OOO이 사망하여, 그 장자인 청구인이 위 농지를 상속받아 청구인의 모친인 OOO 등 가족과 함께 1982년까지 농작물을 자경하다가 1983년경부터는 청구인이 주목 묘목을 12년 동안 재배하여 정원수로 처분하고 1995년경부터는 타인에게 위탁하여 대리 경작한 것을 확인한다고 되어 있다. (나) 청구인의 진술서(2013.7.24.)에 의하면, 청구인은 1996.11.30.부터 2002.5.30.까지 OOO 합동사무소에 근무하며 OOO에 전세권 설정 등기를 하고, 1996.12.26.부터 2003.4.1.까지 진술인의 처와 같이 6년간 거주하면서 OOO 중 300평에 고추, 배추 등을 심어 자경하였음을 진술한다고 되어 있다. (다) 그 밖에 청구인은 주장사실을 입증하기 위한 증빙으로, 경정청구서 및 경정청구 결과통지 사본, 양도소득세 과세표준신고 및 납부계산서 사본, 이의신청 결정서 사본, 제적등본, 가족관계증명서, 주민등록표, 주민등록법 연혁, 쟁점토지의 취득 및 자경내역 요약, 이력서 및 OOO 1-3학년 상장과 임명장, 졸업증명서(OOO), 병적증명서 등을 제시하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제와 관련한 이의신청 결정에서, 피상속인이 쟁점토지를 취득하여 사망할 때까지 8년 이상 쟁점토지를 재촌․자경한 사실을 인정하고 있는 점, 청구인에 대한 상속이 이루어진 1949년 당시 청구인은 15세로서 OOO에 재학 중이었고, OOO 전쟁 이후인 1953년 OOO에 입학하였으며, 1956년에 OOO 법학부에 입학하여 1963년에 OOO를 졸업하였고, 1968년에 공무원 임용된 것으로 나타나는바, 청구인이 쟁점토지를 상속받은 1949년부터 1968년 공무원 임용 전까지 쟁점토지 소재 지역이 아닌 다른 지역에 거주하였다고 보기 어렵고, 당시 많은 우리나라 국민이 농촌에 거주하면서 농업을 주업으로 하였던 점을 고려하여 볼 때, 아버지의 사망으로 인한 부재 상황에서 청구인과 청구인의 어머니 등 가족이 농업 외에 다른 직업으로 생계를 유지하였다고 볼 수 있는 정황이 없어 해당 기간 동안 청구인 등 가족이 함께 농업에 종사한 것으로 볼 수 있는 점, 청구인이 OOO를 졸업한 1963년부터 공무원에 임용된 1968년까지 약 5년간 기간은 특히 다른 직업이 없는 상황에서 생계를 유지하기 위하여 농업을 전업으로 한 것으로 볼 수 있는 점, 청구인이 쟁점토지를 상속받은 1949년부터 공무원으로 임용된 1968년까지는 현재로부터 약 50년 이상 이전으로서, 당시의 경작사실을 알 수 있는 농자재 구입 및 농작물 수확에 관한 증빙이 보관되어 있다고 기대하기 어려운 점, 당시 피상속인의 상황을 알 수 있을 정도의 연령인 OOO(1926년생) 등 쟁점토지 인근 거주자가 피상속인 및 청구인의 경작사실을 확인하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 피상속인이 8년 이상 재촌․자경하여 온 쟁점토지를 상속받은 후 1년 이상 계속하여 경작한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이어서 처분청이 청구인에게 한 2013년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.