조세심판원 심판청구 종합부동산세

소유권 이전등기가 유지되는 등 종합부동산세 합산대상으로 본 처분은 정당함

사건번호 조심-2015-서-1680 선고일 2015.06.12

매매계약을 원인으로 하여 청구법인 앞으로 경료된 소유권이전등기는 결국 실체관계에 부합하는 등기로서 유효하다고 판시한 점 등에 비추어 종합부동산세 합산대상으로 본 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 서울특별시 OOO에 대하여 2009.12.9. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의19 제1항의 주택건설사업 자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당한다고 보아 종합부동산세 합산배제신청을 하였고, 쟁점토지는 이에 따라 2010년 ~2012년 귀속 종합부동산세 과세대상에서 배제되었다.
  • 나. 처분청은 주택건설사업자인 청구법인이 쟁점토지를 등기접수일인 2008.3.31. 취득하였음에도 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에 해당한다고 보아 2014.7.4. 청구법인에게 아래 <표>와 같이 2010~2012년 귀속 종합부동산세와 농어촌특별세를 각 결정․고지하였다. OOO
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.30. 이의신청을 거쳐 2015.3.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 2008.3.31. 쟁점토지에 대하여 소유권이전등기를 마쳐 소유권을 취득하고, 같은 날 쟁점토지를 OOO 주식회사에 신탁을 원인으로 소유권이전등기(2009.4.30. OOO 주식회사로 수탁자 변경)를 하였으나, OOO 주식회사가 쟁점토지를 점유한 강OOO을 상대로 제기한 건물철거 및 토지인도 소송에 대하여 대법원은 2011.8.18. 쟁점토지의 양도자인 지OOO는 재단법인으로서, 재단법인의 기본재산 처분은 재단법인 정관의 변경을 초래하게 되므로 정관의 변경이 이루어지지 아니한다면 재단법인의 기본재산에 관한 처분행위는 그 효력을 발생할 수 없고, 재단법인의 정관변경은 주무관청의 허가를 얻지 아니하면 그 효력이 없는바, 쟁점토지 양도의 경우 재단법인의 기본재산 처분에 관하여 주무관청의 허가가 없는 경우에 해당하여 무효이므로 쟁점토지에 관한 청구법인 명의의 소유권이전등기는 원인무효이고, 이에 터잡아 이루어진 OOO 주식회사 명의의 각 소유권이전등기 역시 모두 원인무효인 것으로 선고OOO하였고, 이에 양도법인은 2012.11.21. 이사회에서 쟁점토지 등의 처분에 관한 정관변경 허가 신청을 하며 정관변경 허가 없이 이루어진 2007.7.25.자 쟁점토지 매매계약의 하자를 치유하기로 한다는 내용의 결의를 한 다음, 2012.11.27. 정관변경 허가신청을 하였고, 이에 따라 OOO은 2012.12.11. 쟁점토지의 기본재산 처분에 관한 정관변경을 허가함으로써 쟁점토지 매매계약은 비로소 유효하게 되었으며, 이러한 사실은 OOO 주식회사가 쟁점토지를 점유한 권OOO 등을 상대로 제기한건물 철거 및 토지인도 소송에 대한 OOO에서도 확인되므로 청구법인이 쟁점토지를 사실상 취득한 시기는 OOO의 정관변경 허가일인 2012.12.11.이고, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 5년이 경과하지 아니하였으므로 처분 청이
쟁점

토지를 종합부동산세 합산대상에 해당한다고 보아 종합부동산세 등을 과세한 이 건 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제162조는 자산의 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일이라고 규정하고 있는바, 청구법인은 2007.7.25. 매매를 원인으로 2008.3.31. 소유권이전등기를 하여 소유권을 취득하였고, 쟁점토지에 대하여 이 건 심리일 현재까지 양도법인 명의로 소유권환원등기가 경료된 사실이 없으며, 청구법인은 2008.3.31. 쟁점토지를 취득한 후 쟁점토지에 대한 재산세 납세의무를 이행하였고, 2009.12.9. 쟁점토지에 대하여 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지이므로 종합부동산세 합산배제대상에 해당한다고 보아 합산배제신청을 한 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점토지 취득 시기는 등기접수일인 2008.3.31.이고, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법 에 따른 주택건설을 위하여 사업계획의 승인을 받지 못하였으므로 종합부동산세 등을 추징한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지가 조특법 제104조의19 제1항의 종합부동산세 합산배제 대상인지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 과세자료 등에 의하면, 청구법인은 2009.12.9. 쟁점토지가 조특법 제104조의19 제1항의 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당 한다고 보아 종합부동산세 합산배제신청을 하였고, 처분청은 이에 따라 2010년 ~2012년 쟁점토지를 종합합산과세대상에서 배제하였다가 청구법인이 쟁점토지를 등기 접수일인 2008.3.31. 취득하였음에도 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 사업계획의 승인을 받지 아니하였다고 보아 2014.7.4. 청구법인에게 이 건 처분을 하였다.

(2) 처분청이 제시한 OOO의 쟁점토지에 대한 재산세 과세 자료에 의하면, OOO은 2010년부터 2012년까지 쟁점토지의 납 세의무자를 청구법인으로 하고, 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 보아 재산세를 과세한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점토지의 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2007.7.25. 매매를 원인으로 2008.3.31. 쟁점토지의 소유권을 이전받았고, 청구법인은 쟁점토지를 2008.3.31. OOO 주식 회사에 신탁을 원인 으로 소유권이전등기하였다가 2009.4.30. OOO 주식회사로 수탁자를 변경한 것으로 나타난다.

(4) OOO국세청장의 이 건 이의신청결정서(2014.12.12.)에 의하면, 청구법인이 2007.7.25. 양도법인과 체결한 쟁점토지의 매매계약서에 기재된 매매대금은 총 OOO이고, 위 매매대금이 2007.7.25.~2008.3.31. 지급된 내역이 금융증빙 등에서 확인된다고 기재되어 있다.

(5) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 확인되는 청구법인의 쟁점토지 취득과정은 다음과 같다. (가) 청구법인과 변OOO은 2005.5.7. 변OOO이 양도법인에 대하여 가지는 쟁점토지에 대한 매수청구권을 매수하기로 하는 계약을 체결하였다. (나) 청구법인은 2005.12.21. 양도법인을 상대로 쟁점토지에 대한 소유권이전등기청구소송을 제기하였고, 청구법인과 양도법인 사이에 “청구법인은 양도법인에게 매매대금 OOO을 지급하고, 동시에 양도법인은 2007.7.25. 매매를 원인으로 쟁점토지에 관한 소유권이전등기절차를 이행한다”는 내용의 조정이 2007.8.21. 성립되었으며, 양도법인은 2008.3.31. 청구법인에게 2007.7.25. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다. (다) 청구법인으로부터 쟁점토지를 수탁받은 OOO 주식회사가 쟁점토지를 점유한 강OOO을 상대로 제기한 건물철거 및 토지인도 소송에 대하여 대법원은 2011.8.18. 쟁점토지의 양도는 재단법 인의 기본재산 처분에 관하여 주무관청의 허가가 없는 경우에 해당하여 무효이므로 쟁점토지에 관한 청구법인 명의의 소유권이전등기는 원인무효라고 선고OOO하였다. (라) 청구법인은 2011.12.23. 양도법인과 쟁점토지의 소유권 분쟁을 종식시키기 위하여 양도법인에게 OOO을 지급하고, 양도법인은 쟁 점 토지의 처분에 관한 정관변경 허가신청 절차를 이행하고 2007.7.25. 매매계약을 추인한다는 내용의 약정을 체결하였다. (마) 양도법인은 2012.10.29.까지 위 (라)의 약정에 따른 대금 OOO을 지급받고 2012.11.27. 기본재산 처분에 관한 정관변경허가를 신청하였고, OOO은 2012.12.11. 정관변경을 허가하였다. (바) 쟁점토지를 청구법인으로부터 수탁받은 OOO 주식회사가 쟁점토지를 점유한 권OOO 등을 상대로 제기한 건물철거 및 토지인도 소송에 대하여 대법원에서 2013.10.17. 심리불속행으로 확정된 OOO의 주요내용은 다음과 같다. 1) 재단법인의 기본재산의 처분은 재단법인의 정관의 변경을 초래하므로 정관의 변경이 이루어지지 아니하면 재단의 기본재산에 관한 처분행위는 그 효력이 발생할 수 없다고 할 것이고, 정관의 변경은 주무관청의 허가를 얻지 아니하면 그 효력이 없으므로 주무 관청의 허가가 없는 재단법인의 기본재산의 매매계약은 그 효력이 발생할 여지가 없다고 할 것이나 OOO, 그 허가는 반드시 기본재산의 처분 전에 받아야만 하는 것은 아니고, 매매 등 계약 성립 후에 받더라도 그 매매 등 계약이 유효하게 된다OOO.

2. 이 사건에서 보건대, 위 인정사실 및 제시증거에 의하면, ① 양도법인이 2007.7.25. 이 사건 제1토지 등을 처분할 당시에는 주무관 청의 유효한 허가가 없었던 사실, ② 양도법인이 이 사건 제1토지 등에 관한 청구법인과의 소유권분쟁을 종식시키기로 하여 2011.12.23. 청구법인과 사이에, 청구법인은 양도법인에게 OOO을 지급하고, 양도법인은 이 사건 제1토지 등의 처분에 관한 정관변경 허가신청 절차를 이행하고 이 사건 매매계약을 추인한다는 내용의 이 사건 약정을 체결한 사실, ③ 이후 양도법인은 2012.10.29.까지 이 사건 약정에 따른 대금 OOO을 모두 지급받은 사실, ④ 양도법인은 2012.11.21. 이사회에서 전원의 찬성으로, 이 사건 제1토지 등의 처분에 관한 정관변경 허가신청을 하며 정관변경 허가 없이 이루어진 2007.7.25.자 이 사건 매매계약의 하자를 치유하기로 한다는 내용의 결의를 한 다음, 2012.11.27.경 정관변경 허가신청을 한 사실, ⑤ OOO은 2012.12.11. 이 사건 제1토지 등의 기본재산 처분에 관한 정관변경을 허가한 사실을 각 인정할 수 있는바, 이에 의하면 양도법인과 청구법인 사이의 이 사건 매매계약은 2012.12.11. 주무관청의 정관변경 허가를 받음으 로써 유효하게 되었다고 할 것이고, 따라서 별지 목록 제2․3․4항 기재 각 토지에 관하여 이 사건 매매계약을 원인으로 하여 청구법인 앞으로 경료된 각 소유권이전등기와 그로부터 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사 앞으로 순차 경료된 각 소유권이전등기는 결국 실체관계에 부합하는 등기로서 유효하다고 할 것이다. (6) 청구법인은 쟁점토지를 사실상 취득한 시기는 2012.12.11.이라고 주장하면서, 양도법인이 2012.11.28. OOO에게 송부한 지구단위계획 등 인허가 협조요청서OOO, OOO이 2012.12.11. 양도법인에게 발송한 정관변경허가 공문(쟁점토지의 처분을 허가하며, 허가조건으로 처분 대금을 법인 목적사업 및 운영을 위해 사용하고, 사용내역에 대해 증빙자료를 첨부하여 보고하며, 허가 신청 내용상 허위사실이 있거나 관계법령 위반사항이 있을 경우 허가를 취소할 수 있음), OOO 주식회사가 2012.12.13. 작성한 토지사용승낙서OOO, 양도법인의 토지사용승낙서(일자미상, 양도법인은 쟁점토지의 소유자로서 청구법인이 주택건설사업계획 승인을 위해 쟁점토지를 사용함에 있어 하등의 이의가 없기에 부지사용을 승낙함) 등을 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구 법인은 쟁점토지의 사실상 취득시기는 OOO의 양도법인 정관 변경 허가일인 2012.12.11.이고, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 5년이 경과하지 아니하였으므로 쟁점토지는 종합부동산세 합산배제대상 이라고 주장하나, 청구법인은 2008.3.31. 매매잔금을 완납하고 청구 법인 명의로 쟁점토지의 소유권을 경료하였고, 경료된 소유권 이전등기가 심리일 현재까지 말소되지 아니하고 그대로 유지되고 있으며, 대법원에서 심리불속행으로 확정된 OOO법원의 쟁점토지 관련 건물철거 및 토지인도에 대한 판결서 OOO에 의하면, 주무관청의 허가가 없는 재단법인의 기본재산의 매매계약은 그 효력이 발생할 여지가 없다고 할 것이나, 그 허가는 반드시 기본 재산의 처분 전에 받아야만 하는 것은 아니고, 매매 등 계약 성립 후에 받더라도 그 매매 등 계약이 유효하게 되는 것인바, 양도법인과 청구법인 사이의 이 건 매매계약은 2012.12.11. 주무관청의 정관변경 허가를 받음으로써 유효하게 되었고, 따라서 이 건 매매계약을 원인으로 하여 청구법인 앞으로 경료된 소유권이전등기는 결국 실체관계에 부합하는 등기로서 유효하다고 판시한 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점토지 취득시기는 등기접수일인 2008.3.31.이고, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 사업계획의 승인을 받지 못하였으므로 청구법인에게 종합부동산세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제21934호로 개정된 것) 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(주택법 제32조 에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 도시 및 주거환경정비법 제7조 부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다. 이하 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.

③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.

(4) 종합부동산세법(2009.5.27. 법률 제9710호로 개정된 것) 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자

2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자

(5) 지방세법(2009.10.09. 법률 제9791호로 개정된 것) 제182조(과세대상의 구분) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

  • 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지
  • 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지중 다음 각 목의 1에 해당하는 토지

  • 마. 가목 내지 라목의 규정에 의한 토지와 유사한 토지로서 분리과세 하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지 (6) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것) 제132조(분리과세 대상토지의 범위) ⑤ 법 제182조 제1항 제3호 마목에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제182조 제1항 제3호 다목에 따른 토지를 제외한다)를 말한다. 다만, 제5호 및 제9호부터 제11호까지의 규정에 따른 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행중인 토지를 포함하며, 제1호에 따른 토지는 취득일부터 5년이 경과한 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지를 포함하지 아니한다.

8. 주택법에 의하여 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(주택법 제32조 의 규정에 의한 주택조합 및 고용자인 사업주 체와 도시 및 주거환경정비법 제7조 내지 제9조의 규정에 의한 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 동법에 의한 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 공여되고 있는 토지

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)